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Microbiologie > Chapitre 6 - Caractérisation et classification des microorganismes > Flashcards

Chapitre 6 - Caractérisation et classification des microorganismes Flashcards

1
Q

Quel est un synonyme de taxonomie?

A

Taxinomie

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Q

Donnez la définition de taxonomie.

A

Établir des groupes naturels d’organismes présentant des caractères communs.

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3
Q

Les groupes taxonomiques sont définis comme des _______ ou ______.

A

Taxons ou Taxa.

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4
Q

Nommer 2 caractéristiques importante de la hiérarchie des taxons.

A
  1. La proportion des caractères communs. Les organismes vont des plus similaires aux moins similaires.
  2. La hiérarchie non chevauchante : un organisme fait partie d’un seul taxon à un niveau donné de la hiérarchie.
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5
Q

Quels sont les 7 taxons pour une bactérie en ordre.

A
  1. Espèce
  2. Genre
  3. Famille
  4. Ordre
  5. Classe
  6. Phylum (embranchement)
  7. Domaine (pour bactérie = Bacteria)
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6
Q

Quel suffixe représente une famille?

A

-aceae, par exemple Enterobacteriaceae

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7
Q

Quel suffixe représente un ordre?

A

-ales, par exemple Enterobacteriales

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8
Q

Qu’est ce qu’une famille?

A

Un regroupement de genres

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9
Q

Combien de classes de protéobactéries y a-t-il? Nomme les.

A

5 : classe alpha, beta, gamma, delta, epsilon

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10
Q

Combien de domaines existe-t-il? Nomme-les.

A

3 : Bacteria, Archeae et Eukarya.

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11
Q

Quels sont les 9 taxons pour un mammifère en ordre?

A
  1. Espèce
  2. Genre
  3. Famille
  4. Ordre
  5. Classe
  6. Embranchement
  7. Sous-embranchement
  8. Règne
  9. Domaine
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12
Q

Quel est l’embranchement du chat?

A

Vertebrata

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13
Q

Quel est l’ordre du chat

A

Carnivora

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14
Q

Quel est le sous-embranchement du chat?

A

Chordata

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15
Q

Quel est le règne du chat?

A

Animalia

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16
Q

Quel est le domaine du chat?

A

Eukarya

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17
Q

Quels sont les 3 étapes de la taxonomie?

A
  1. Identification
  2. Nomenclature
  3. Classification (systématique)
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18
Q

Qu’est ce que l’identification?

A

La description et la caractérisation de l’organisme.

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19
Q

Qu’est-ce que la nomenclature?

A

Trouver un nom pour l’organisme

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20
Q

Qu’est-ce que la classification (systématique) ?

A

Trouver un liens avec ancêtres communs.

- Faire des arrangements et des relations inter-groupes.

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21
Q

Quelle est la définition d’une culture pure?

A

Culture (population) de microorganismes ou tous les individus ont les mêmes caractéristiques.

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22
Q

Quel est le prérequis à la taxonomie d’une espèce (identification, nomenclature, classification)

A

Obtention d’une culture pure.

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23
Q

Qu’est ce qu’une souche ou un isolat?

A

Tous les descendants (sous-cultures) d’une culture pure.

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24
Q

Quelle est la définition d’une espèce?

A
  • C’est un groupe de souches dont les caractéristiques sont (presque) identiques.
  • Groupe homogène qui diffère des autres groupes.
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25
Q

Donner un exemple d’une espèce.

A

Escherichia coli de différents individus (différentes souches)

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26
Q

Quel est le taxon de base?

A

L’Espèce

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27
Q

Quelle est la définition d’une souche type?

A

Souche possédant toutes les caractéristiques représentatives de l’espèce ( la 1ere, référence)

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28
Q

Qu’est ce qu’on utilise en terme de référence lorsque l’on trouve une souche différente d’une espèce?

A

La souche type

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29
Q

Quels sont les 8 critères ou caractères que nous pouvons identifier afin de décrire et de caractériser une espèce?

A
  1. Caractères morphologiques
  2. Composition Biochimique
  3. Composition physiologique
  4. Composition Métabolique
  5. Composition génétique
  6. Interactions avec l’hôte
  7. Compositions écologiques
  8. Composition moléculaires
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30
Q

Quels sont les caractères morphologiques que nous pouvons observer? (5)

A

Taille, forme, arrangements (chaînes, agrégats, etc)
Structures cellulaires/endospores
Réaction aux colorants (ex. Gram, chez les procaryotes)

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31
Q

Qu’est ce que nous observons en terme de composition chimique? (2)

A
  1. Les membranes (Types de lipides, alcools - archae vs eubactéries)
  2. Parois cellulaires - Polysaccharides, protéines
    (peptidoglycane, pseudomuréine, cellulose)
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32
Q

Quel type de paroi cellulaire retrouvons-nous chez les eubactéries?

A

Peptidoglycane

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33
Q

Quel type de paroi cellulaire retrouvons-nous chez les archaebactéries?

A

Pseudomuréine

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34
Q

Quel type de paroi cellulaire retrouvons-nous chez les mycètes ou algues?

A

Cellulose

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35
Q

Quels critères observons-nous lors de l’identification de la composition physiologique? (2)

A
  1. Exigences nutritionnelles ( milieu de culture: sources de carbone, facteurs de croissance)
  2. Conditions d’incubation (Température, O2 ou pas, lumière ou pas)
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36
Q

Quels sont les 2 critères que nous observons lorsque nous identifions une espèce selon la composition métabolique?

A
  1. Produits finaux de fermentation (identification et quantités) - pour anaérobie stricte ou aérotolérant
  2. Enzymes extracellulaires (Protéases, exotoxines, hémolyses)
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37
Q

Quels sont les 3 critères que nous analysons lorsque nous identifions une espèce selon la composition génétique?

A
  1. Composition de G+C%
  2. Nombre de chromosomes (ex. eucaryotes) - varie selon espèce
  3. Plasmides : taille, nombre, gènes plasmidiques
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38
Q

Comment analysons-nous la composition en G+C% d’une espèce? Méthode? Outils?

A

Grâce à un spectrophotomètre UV

  • Analyse de la DO bicaténaire (2) vs monocaténaire (1)
  • Nous chauffons afin de faire séparer les brins
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39
Q

Qu’est ce que la température de fusion (Tm)?

A

La température pour laquelle 50% de l’ADN se retrouve sous la forme simple brin.

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40
Q

Vrai ou faux: Plus le G+C% augmente, plus la Tm diminue?

A

Faux. Plus le G+C% augmente, plus la Tm augmente.

Si bcp de G+C%, il est plus difficile de séparer les brins d’ADN.

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41
Q

Quel est le G+C% des plantes et animaux?

A

30-50%

42
Q

Quel est le G+C% des microorganismes?

A

25-80%

43
Q

Vrai ou faux: Le G+C% est une valeur typique de l’espèce et exclusive.

A

Faux. Le G+C% est une valeur typique de l’espèce mais n’est pas exclusive à l’espèce.

44
Q

Vrai ou faux: Les valeurs de G+C% intra-genre sont très similaires.

A

Vrai

45
Q

Quels sont les 3 critères que nous observons lorsque nous identifions les interactions de l’espèce avec l’hôte?

A
  1. Pathogénicité
  2. Capacité de provoquer une maladie chez différents hôtes. - spécificité de l’hôte (VIH, influenza)
  3. Symbiose (plantes, poisson, etc.)
46
Q

Quels sont les critères de l’identification de la provenance écologique de l’espèce? (2)

A
  1. Habitats (d’où l’avons-nous isolé?)

2. Niche écologique, rôle dans les cycles de la matière

47
Q

Quels sont les manière d’identifier la composition moléculaire d’une espèce? (2)

A
  1. Comparaison de séquences

2. Hybridations ADN-ADN - complémentarité des séquences d’ADN chromosomiques.

48
Q

Comment comparons-nous les séquences moléculaires lors de l’idenfification d’une espèce? (4)

A
  1. Gènes conservés
  2. Protéines conservées
  3. Séquences signatures (Analyse bio-informatiques)
  4. Homologie des séquences (avec organisme apparentés)
49
Q

Comment fonctionne l’hybridation ADN-ADN?

A

Nous identifions la complémentarité des séquences d’ADN chromosomiques entre espèces.
Plus l’hybridation et forte, plus les espèces sont apparentées.

50
Q

Quel pourcentage de complémentarité ADN-ADN ont des espèces apparentées?

A

Même espèce ou espèces apparentées = au dessus de 80% d’appariement.

51
Q

Quel est le critère pour pouvoir nommer une espèce?

A

Si nous avons identifié une nouvelle espèce qui possède un nombre élevé de caractéristiques différentes des autres espèces connues, nous pouvons lui donner un nom.

52
Q

Qui attribut des noms aux nouvelles espèces?

A

Le comité international de systématique des Procaryotes/microorganismes eucaryotes.

53
Q

Qui est le scientifique ayant mit de l’avant la méthode de nomenclature?

A

Carl von Linné

54
Q

Comment appelle-t-on la nomenclature de Carl von Linné et à quels organismes s’applique-t-elle?

A

Nomenclature linnéenne et elle s’applique à tous les organismes.

55
Q

Quel genre de nomenclature est la nomenclature linnéenne?

A

Nomenclature binomiale : Italique ou souligné.

56
Q

Que représente le premier mot dans la nomenclature linnéenne? taxon? Majuscule minuscule? Langue?

A

Il représente un descriptif ou un découvreur. (mais plus maintenant, les découvreurs sont plus autorisés)
Le genre, 1er lettre majuscule en Latin ou Grec.

57
Q

Donner des exemples de premier mot dans la nomenclature linnéenne. (5)

A
  1. Bacillus - forme de la cellule
  2. Lactococus - retrouvé dans le lait, produit acide lactique
  3. Pyrococcus - température de croissance élevée
  4. Pasteurella - découvreur
  5. Neisseria - découvreur
58
Q

Que représente le 2e mot dans la nomenclature linnéenne? taxon? Majuscule minuscule? Langue?

A

Il représente un descriptif également.

L’espèce, 1ere lettre minuscule en Latin ou Grec.

59
Q

Donner 3 exemples du 2e mot dans la nomenclature linnéenne.

A
  1. Neisseria gonorrhoeae
  2. Mycobacterium tuberculosis (Champignons, mycètes)
  3. Pyrococcus abyssi (rondes et T de croissance élevée)
60
Q

Description du Clostridium lavalense. (PQ ont-ils choisi ce nom?)

A 
Clostridum = Écosystème intestinal
lavalense = Terme latin pour Université Laval ou elle a été découverte.
61
Q

Quelle est la définition de la classification des espèce?

A

Arrangement en groupes et relations intergroupes

62
Q

Comment classifiquons-nous des espèces? (2)

A
  1. Selon les caractères communs

2. liens évolutifs

63
Q

Qu’est ce que la classification naturelle?

A

Au début, nous classifions selon la nature biologique des organismes (selon l’anatomie)
ex. Plantes vs Animaux

64
Q

Qu’est ce que la classification phénétique? Selon quoi classifions-nous les espèces? exemples.

A

Selon les similarités des caractères phénotypiques.

ex. Morphologiques, métaboliques, génétiques, etc.

65
Q

Définition de la classification numérique? (2)

A
  • Comparaison de plusieurs organismes, 2 par 2, nombre de caractères: minimum 50
  • Déterminer coefficients d’appariement
66
Q

Quel est le nombre minimum de caractères qu’il faut évaluer pour effectuer une classification numérique?

A

50

67
Q

Comment déterminer le coefficient d’appariement ou % de similarité en classification numérique?

A

% de similarité = %S = (Nb caractères similaires/ Nb caractères totaux) x 100

68
Q

Comment représentons-nous une classification?

A

À l’aide de Dendogrammes

69
Q

Quelles est la limite à la méthode de classification numérique?

A
  • La pondération des caractères qui est uniforme
  • La pertinence biologique est donc non équivalente
  • La présence vs absence du caractère = 0 ou 1 peu importe l’importance du caractère chez une espèce vs la non-importance du caractère chez une autre espèce.
    ex. Présence de capsule vs similarité fonctionnelle de l’ADN polymérase (les 2 auraient la même valeur malgré différence en pertinence biologique)
70
Q

Comment classifions-nous des espèces selon la phylogénétique? (4)

A
  1. Relations évolutives probables
  2. Comparaison des séquences de gènes/protéines conservées
  3. Mutations = au hasard
  4. Gène ARN ribosomal
71
Q

Que signifie la phylogénétique?

A

Race, génèse/origine.

72
Q

Comment déterminons-nous s’il y des relations évolutives probables entre des espèces? (2)

A
  1. Ancêtre communs

2. Comparaison d’espèces distantes

73
Q

Pourquoi est-il difficile d’effectuer la phylogénétique en déterminant les relations évolutives probables avec les procaryotes?

A

Car les fossiles utiles des procaryotes sont très rares.

74
Q

Comment effectuons-nous la comparaison de séquences de gènes/protéines conservées?

A

Grâce à une chronomètre moléculaire

75
Q

De quelle manière se font les mutations?

A

Au hasard

76
Q

Comment déterminons-nous l’effet d’une mutation sur l’espèce?

A

Si l’effet a été neutre ou + , la mutation a été conservée.
On peut estimer la distance entre 2 espèces en comparant les séquences conservées et la répartition des mutations (gènes).

77
Q

Comment effectuons-nous la phylogénétique à l’aide de l’ARN ribosomal? (2)

A
  1. Les régions conservées de l’ARNr = essentielles à la fonction
  2. Les régions variables : Mutations = n’altèrent pas la fonction car celles causant maladies mortelles n’existent plus.
    Le nombre de différences est proportionnel au temps depuis la divergence d’un ancêtre commun.
78
Q

Vrai ou faux: Le nombre de différences dans le gène ARNr est proportionnel au temps depuis la divergence d’un ancêtre commun.

A

Vrai

79
Q

Que représentent les noeuds dans la classification?

A

Nœuds: Événements de divergence

80
Q

Comment mesurons-nous la longueur des branches?

A

La longueur des branches est proportionnelle aux nombres de changement moléculaires. (entre 2 espèces)

81
Q

Qu’utilisons-nous comme outil afin de faire la classification phylogénétique?

A

Des outils bio-informatiques, classifications extrêmement utiles

82
Q

Caractéristiques des outils bio-informatiques (2)

A
  1. Nous permettent de voir la disponibilité des séquences génomiques
  2. Sont en développement constant
83
Q

Quelle est la méthode de classification contemporaine?

A

La méthode polyphasique

84
Q

Comment fonctionne la méthode de classification polyphasique? Quelles données rapporte-elle?

A

Elle prend des informations phénétiques et phylogénétiques

85
Q

Quels sont les avantages de la méthode polyphasique de classification? (2)

A
  1. Plus complète

2. Remaniements continus

86
Q

Vrai ou faux: Il y a maintenant une réévaluation de la notion d’espèce.

A

Vrai. Surtout chez les procaryotes, il y a une réévaluation de la notion d’espèce.
ex. % d’identité des séquences génomiques.

87
Q

Quelle a été la découverte de Linnaeus pour la classification des microorganismes (1753)?

A

2 règnes : Animaux et Plantes, selon l’anatomie

88
Q

Quelle a été la découverte de Haeckel pour la classification des microorganismes (1865)?

A

Il ajoute le 3e règne : les protistes (levures, protozoaires, algues)

89
Q

Quelle a été la découverte de Whittaker pour la classification des microorganismes (1969)?

A

Avec la découverte des structures fines des microorganismes, Whittaker a pu classifier les espèces EN 5 RÈGNES selon leur :
NUTRITION ET ORGANISATION CELLULAIRE
- ex. Photosynthèse, absorption (soluble) ou ingestion (solide)
- ex. Eucaryotes vs procaryotes
- ex. Unicellulaires vs pluricellulaires

90
Q

Quelle était la théorie de Whittaker sur l’évolution de 5 règnes?

A

L’évolution avait été originelle et unidirectionnelle.

ex. Bactéries ont donné naissance aux protozoaires qui ont donné naissance aux plantes et animaux, etc.

91
Q

Quelle a été la découverte et approche de Woese pour la classification des microorganismes? (1977)

A

Il a utilisé une approche phylogénétique (ARNr) - relation existante entre ses gènes, comparaison des séquences des gènes ribosomaux.

  • Découverte de 3 domaines: Eukarya, bacteria et Archaea
  • Bacteria et Archaea faisant partie des protocaryotes
92
Q

Pourquoi est-ce que les Archaea et les Eukarya aurait des caractéristiques communes?

A

Parce qu’ils auraient eu un ancêtre commun pendant une longue période de temps avant l’événement de divergence.

93
Q

Quel organisme serait l’ancêtre commun des 3 domaines du vivant? (Bacteria, Archaea, Eukarya)

A

LUCA, confirmé par des études biochimiques.

94
Q

Quelles sont les caractéristiques des organites : mitochondries et chloroplastes? (3)

A
  1. Autoréplicatives (propre matériel génétique)
  2. Chromosomes circulaires, uniques
  3. Possèdent Gènes ARNr
95
Q

À quel domaine sont apparentés les organites : mitochondries et chloroplastes, selon leur caractéristiques?

A

Ils sont apparentés aux eubactéries.

96
Q

Quelle théorie explique l’orgine des organites?

A

La théorie de l’endosymbiose

97
Q

Expliquer la théorie de l’endosymbiose

A
  • Une bactérie à métabolisme respiratoire aurait été ingérée par un eucaryote ancestral (ou archée anaérobique) , menant à la mitochondrie
  • Une cyanobactérie photosynthétique aurait été ingérée par un eucaryote ancestral (ou archée anaérobique), menant au chloroplaste
98
Q

Nommer les ancêtres des mitochondries et chloroplastes.

A 
Bactéries = mitochondries , ancêtre = Rickettsia
Cyanobactéries = chloroplastes, ancêtre = Prochloron
99
Q

Vrai ou faux: il y a des endosymbioses récentes et multiples.

A

Vrai

100
Q

Donner un exemple d’endosybiose récente.

A

Cyanophora paradoxa qui a donné place au peptidoglycane.

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