Chapitre 4: Les protéines Flashcards
Qu’est-ce qu’un codon
Triplet de nucléotides désigné par les initiales des noms des trois bases respectives, qui détermine la synthèse cellulaire des acides aminés.
Qu’est-ce qu’un cadre de lecture
C’est un mode de regroupement des nucléotides constituant la séquence d’un acide nucléique — ADN et ARN — en triplets consécutifs, qui se succèdent sans interruption ni recouvrement.
Qu’est-ce qu’une mutation non-sens
C’est une mutation qui interrompt le cadre de lecture en y introduisant un codon stop
Comment sont associés les acides aminés
Par leur bout carboxylique C-terminal au ARN de transfert
Décrire la disposition cis d’un lien peptidique
Le carbone alpha se trouve du même côté que le lien peptidique
Décrire la disposition trans d’un lien peptidique
Le carbone alpha est de côté opposé au lien peptidique
Qu’est-ce qu’un plan amide
Voir dessin PP
Quelles sont les quatre niveaux de structure d’une protéine
Primaire
Secondaire
Tertiaire
Quaternaire
Définir le niveau de structure primaire d’une protéine
Séquence en acides aminés
Définir le niveau de structure secondaire d’une protéine
Repliement immédiat
Définir le niveau de structure tertiaire d’une protéine
Repliement de toute la structure (assemblage des structures secondaires)
Définir le niveau de structure quaternaire d’une protéine
Association de sous-unités (assemblage des structures tertiaires)
Quelles sont les caractéristiques d’une hélice alpha
Angle phi ~57°
Angle psi ~47°
De pas droite
3,6 résidus par tour
Peut-être amphipathique
0,15 nm par résidus = 0,54 nm par tour
Quelles sont les caractéristiques d’un feuillet beta
-Angle phi et psi près de la même valeur
-parallèle (-119°, 113°) ou antiparallèle (-139°, 135°)
-Forme un plan ressemblant à un Ruffle (group. R de part et d’autre)
-Ponts hydrogènes latéraux
Vrai ou faux: la proline et la glycine sont très fréquentes dans les hélices alpha et les feuillets beta
Faux, ils sont très rarement présents
Qu’est-ce qu’un résidus
Un résidus est un acide aminé dans une protéine
Vrai ou faux: une protéine se replierait spontanément pour adopter sa structure tertiaire si on lui laissait assez de temps
Vrai
Vrai ou faux: la structure finale d’une protéine ne dépend pas de sa séquence/structure primaire
Faux
Quand le pH < pK on fait quoi
Ajoute tout les H possible
Quand pH > pK on fait quoi
Enlève tous les H possible
Quelles sont les différentes façons de stabiliser une structure tertiaire
Liaisons ioniques
Les interactions hydrophobiques
Les ponts disulfures
Force de Van der Waals
Vrai ou faux: seulement la cystéine peut faire des ponts sulfure
Vrai
Décrire les ponts hydrogène
L’attraction entre un hydrogène lié de facon covalente à un atome électronégatif et un autre atome électronégatif
Décrire le force de Van der Waals: London
C’est l’attraction entre des dipôles transitoires. Peut se faire entre toutes les types molécules
Décrire la force de Van der Waals: Keesom
C’est l’attraction entre les dipôles permanents. Ressemble à un pont H mais moins fort
Qu’est-ce de la dénaturation de protéine
C’est le déroulement, modification ou perte des structures supérieures sans bris de la structure primaire
Comment les protéines peuvent être dénaturées
À l’aide de chaleur
Bris des ponts disulfures avec un agent réducteur
Interférence avec les liens hydrophobes à l’aide de détergents ou agents chaotropiques
Qu’est-ce qu’un détergent
Molécule amphipathique qui interfère avec les régions hydrophobes
Qu’est-ce que la renaturation
C’est le repliement des protéines
À quoi servent les protéines chaperons. Nommez des exemples
Aide au repliement adéquat d’une protéine
Hsp70
Hsp60/Hsp10
Hsp90
Nucléoplasmines
Qu’est-ce le salting-out
C’est lorsqu’un excès de sel est ajouté à la solution et vient monopoliser les molécules d’eau faisant sortir les protéines de la solution
Qu’est-ce que la solubilité
C’est la capacité d’un soluté à se dissoudre dans le solvant pour former une solution homogène
Vrai ou faux: À pH bas, l’hémoglobine a une forme tendue avec une grande cavité centrale qui a une faible affinité pour l’O2 mais une très grande pour le CO2 (Déoxyhémoglobine)
Vrai
Vrai ou faux: À pH élevé, l’hémoglobine a une forme relaxée et une petite cavité centrale qui a une grande affinité pour le O2 (Oxyhémoglobine)
Vrai
Comment on calcule la masse moléculaire d’une protéine
On peut considéré qu’un résidu pèse environ 110 Da
M= 110 Da x nbr de résidus
Qu’est-ce que le SDS
C’est la séparation des protéines selon leur masse avec le dodécylsulfate de sodium (SDS) qui est un détergent ionique
Plus la barre est haute dans le gel plus la protéine est lourde
Comment on appelle un peptide long
Polypeptide
Comment on appelle un peptide court
Oligopeptide
