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Environnement et biosphère > Chapitre 2A - Communautés microbiennes dans le sol et l'air > Flashcards

Chapitre 2A - Communautés microbiennes dans le sol et l'air Flashcards

1
Q

Quel est l’effet des racines des plantes sur les mo de la rhizosphère?

A

30% C fixé par plantes relâché dans racines : mo rhizosphère + riche que ailleurs dans sol

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Q

Quel est l’effet d’un sol gorgé d’eau et quels mo risquent plus de vivre dans sol gorgé eau?

A

Sol devient anoxique : mo anaérobie

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Q

Quels sont les différents environnements du sol (pour mo)?

A

Près racines (source C)
Près vers de terre (sol affecté par digestion)
Contact avec eau : sol devient anoxique
Roches : mo associés à roches ou non

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4
Q

Quels sont les différents très petits habitants du sol?

A 
Bactéries
Virus
Archées
Mycètes
Protozoaires
Algues
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Q

Quel est le rôle des bactéries dans le sol?

A 
Cycles biogéochimiques
Recyclage nutriments
Biodégradation
Prod. antibio
Agent biocontrôle
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6
Q

Quel est le rôle des archées dans le sol?

A

Cycles biogéochimiques

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7
Q

Quel est le rôle des protozoaires dans le sol?

A

Contrôle populations de bactéries

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8
Q

Quel est le rôle des mycètes dans le sol?

A

Recyclage nutriments
Biodégradation
Structure du sol

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9
Q

Quel est le rôle des algues dans le sol?

A

Pionnières (car photosynthèse)

Structure du sol

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10
Q

Quelles sont les 5 pressions environnementales présentes dans le sol?

A 
Acidité (+ acide = - de bacs)
Disponibilité en nutriments (P,C,N)
Oxygène : sol gorgé (anoxique) ou sec (air circule bien)
Disponibilité en eau
Température
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11
Q

Quelles sont les conséquences des pressions environnementales sur les mo du sol?

A

Peu de mo persistent pour longue durée suite à inoculation artificielle
Seul. 1% surface disponible du sol occupée par bactéries
+ de 95% des mo dans sol sont dormants / inactifs

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12
Q

Où sont les endroits où l’on retrouve le moins de biomasse microbienne et pourquoi?

A

Déserts : pas dispon. ressources et eau

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13
Q

À quel pH y a-t-il un maximum de diversité?

A

pH neutre (7)

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14
Q

Quels sont les facteurs environnementaux influençant les mycètes dans le sol?

A

Latitude (distance p/r à équateur)
Disponibilité de l’eau
Source de C (mycètes font pas de photosynth. : racines plantes = bonne source de C)
Historique du site

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15
Q

Pourquoi l’échantillonnage est-il complexe?

A

Car l’environnement est complexe

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16
Q

De quoi doit dépendre un protocole d’échantillonnage du sol?

A

Environnement (comment se rendre?)
Paramètres à évaluer (but de l’échantillonage? besoin bcp ou peu d’échantillons?)
Ressources disponibles

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17
Q

Quelles sont les qualités d’un bon protocole d’échantillonnage du sol?

A

Précis et juste
Représentatif (ex : prendre endroit sec dans marais = pas représentatif)
Reproductible (assez de documentation pour que qqn puisse le refaire)
Supporté par la logique
Utile

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18
Q

Quelles sont les variantes possibles pour l’échantillonnage du sol?

A

Taille échantillon
Nb échantillons
Paramètre temporel
Emplacement (2D et/ou en profondeur)

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19
Q

De quoi dépend la taille de l’échantillon?

A

Des méthodes d’étude : culture dépendante besoin d’un moins gros échantillon

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20
Q

Pourquoi le nombre d’échantillon peut faire varier l’échantillonnage?

A

Car varie la représentativité

Combien d’échantillon prendre pour avoir des résultats significatifs?

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21
Q

À quoi ressemble un échantillonnage aléatoire et pourquoi est-il intéressant?

A

Échantillon pris n’importe ou`dans emplacement

Intéressant car bon 1er contact avec le site et simple

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22
Q

À quoi ressemble un échantillonnage transect et pourquoi est-il moins intéressant?

A

Ligne droite et intervalle
Moins intéressant car assez limité (en 1D)
Se fait pour prendre des échantillons préliminaires

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23
Q

À quoi ressemble un échantillonnage en deux étapes (ou plus) et à quels endroits est-il intéressant?

A

Séparer emplacement en 2

Bon sur sites avec différentes caractéristiques (sol marécageux/sol sec)

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24
Q

À quoi ressemble un échantillonnage en grille systématique?

A

Emplacement divisé en «grille» et un échantillon pris dans chq grille (intervalle prédéfinis)

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25
Q

Quel genre d’échantillonnage est préférable pour comparer l’effet d’un pesticide donné sur une communauté bactérienne dans un emplacement scindé en 2 par une barrières biologique (arbres par exemple)?

A

Échantillonnage en 2 étapes

26
Q

Que doit-on faire de particulier si on veut échantillonner un environnement boueux à la recherche d’un virus pathogène?

A

Prendre de gros échantillons (car difficile de travailler avec virus)

27
Q

Qu’est-ce qui est important afin d’assurer une bonne conservation des échantillons du sol?

A

Les analyser rapidement

On peut les congeler ou réfrigérer temporairement jusqu’à 21 jours et il faut conserver leur humidité

28
Q

Quels sont les défis dans l’échantillonnage du sol?

A

Contamination (ne pas introduire de mo par outils contaminés par exemple)
Zones difficiles

29
Q

Qu’est-ce qui permettrait de limiter la contamination des échantillons?

A

Décontaminer entre les étapes, pour pas que mo de 1er échantillon contamine 2e échantillon
Utiliser outils à usage unique ou stériliser

30
Q

À quoi ressemblerait la biomasse des procaryotes en profondeur selon certains articles?

A

Elle serait très importante

31
Q

Pourquoi l’échantillonnage en profondeur est-il sous-exploré?

A

Nombreuses difficultés techniques : + profond, + d’appareils, + contamination, …

32
Q

Quelles sont les approches d’échantillonnage pour l’échantillonnage en profondeur?

A

Collecte de fluides à partir de puits préexistants (forrage pétrolier, eau souterraine, …)
Forage dédié à l’exploration microbienne
Accès direct via excavations existantes ( + simple)

33
Q

Quels sont les problèmes de l’échantillonnage en profondeur?

A

Contamination (stériliser tubes sur plusieurs milliers de mètres, équipement de forage)
Coûts

34
Q

Que sont les bioaérosols?

A

Cellules ou matériel biologique (toxine, etc) suspendus dans l’air
Souvent en association avec particule liquide ou solide qui sert de radeau

35
Q

Quelles sont les étapes du trajet aéromicrobiologique d’une particule d’aérosol?

A

Décollage : source souvent terrestre (vent sur feuille) ou aquatique
Transport (temps de survie des mo affecte transport)
Dépôt : retour au sol via gravité, vent vers sol, etc

36
Q

Quelles sont les pressions environnementales majeures dans l’air extérieur?

A

Humidité (Gram - survivent moins quand humide)

Température

37
Q

Les mo se multiplient-ils dans l’air?

A

Non, ils sont seulement plus ou moins bien adaptés pour survivre dans l’air

38
Q

Quelles sont les pressions environnementales mineures dans l’air extérieur?

A

Radiations : peut affecter ADN

Oxygène : problème de radicaux libres : dommages sur cellules (toxique à toutes les bactéries, pas juste aérobie)

39
Q

Quel genre de microorganismes trouve-t-on dans les nuages selon une étude?

A

Envrion 5000 cellules / m3

100x + bactéries que champignons

40
Q

Dans quels échantillons y avait-il plus de viabilité dans l’étude selon une coloration live/dead?

A

Échantillons pendant des ouragans : ouragan cause décollage, mo viennent juste d’être propulsés dans les airs

41
Q

Pourquoi y a-t-il une grande disparité entre les résultats par qPCR et les résultats par microscopie live/dead?

A

Car les 2 techniques ont défauts respectifs :
Live/dead on peut pas déterminer si c’est un eucaryote ou non (différencier mo)
qPCR la lyse n’est pas tjrs efficace et donc on aurait pas accès à 100% de l’ADN : sous-évaluation du nb de mo

42
Q

Pourquoi les échantillons pris pendant un ouragan sont-ils plus riches que les autres?

A

Plus de vent, plus de décollage et de production d’aérosols

43
Q

Quel genre de bactéries a-t-on principalement trouvé dans les nuages et pourquoi?

A

Beaucoup des bactéries qui consomment de l’acide oxalique : fait partie de la chimie des nuages

44
Q

Quelle était la provenance des mo lors d’ouragans?

A

Bcp des feces : ouragans passent dans des zones habitées…

Et majorité de provenance marine

45
Q

Quelle particularité ont plusieurs microorganismes qui résistent aux pressions environnementales de l’atmosphère?

A

Ils sont aussi pathogènes

46
Q

Nommer 3 mo qui peuvent se déplacer par aérosols et qui sont pathogènes.

A

B. anthracis
Influenza
Puccina graminis (path. pour plantes)

47
Q

Nommer les caractéristiques de B. anthracis.

A

Présent dans le sol
Cause anthrax
Spores peuvent être disséminés dans l’air

48
Q

Nommer les caractéristiques de Influenza.

A

Orthomyxoviridae
Cause grippe (oiseaux, humains, animaux)
Virus à ARN
Mode de transmission encore incertain

49
Q

Nommer les caractéristiques de Puccina graminis.

A

Mycète qui forme des spores
Cause maladie du blé (rouille les feuilles)
Peut voyager sur dizaines/centaines de km

50
Q

Comment peut-on éviter la contamination des plantes par des mo pathogènes voyageant par aérosols?

A

Si on connait vents : on peut prédire quand path va arriver dans champ : on peut prendre mesures de précaution
Appliquer les mesures au bon moment car les pesticides sont peu stables!

51
Q

Qu’est-ce qui est nécessaire afin que la glace se nucléise?

A

Un noyau : soit minéraux, vapeur d’eau ou matériel biologique

52
Q

Quelle protéine produite par Pseudomonas syringae catalyse la nucléation de la glace? (protéine utilisée dans les stations de skis pour les canons à neige)

A

InaZ

53
Q

Quelles preuves indiquent que la nucléation de la glace peut être effectuée à partir de matériel biologique (plus particulièrement une protéine provenant d’une bactérie vivant sur/dans une plante)?

A

Activité de nucléation de glace dans le sol disparait quand il est chauffé à 200 degrés
Activité présente à la surface des feuilles

54
Q

Vrai ou faux : Des protéines nucléant la glace sont retrouvées dans des bactéries, et la plupart sont phytopathogéniques.

A

Vrai

55
Q

Quels sont les avantages pour les bactéries de nucléer la glace?

A

Permet de faire des petits “couteaux” qui percent le mur de cellules de la plante et aide à aller chercher nutriments dans la feuille
Avantage pour bactéries sur feuilles : quand elles sont sous forme d’aérosols, nucléer la glace permettrait un retour au sol plus rapide

56
Q

Quels sont les techniques possibles d’échantillonnage de l’air?

A 
Emprisonnement dans matrice liquide
Impaction sur géloses
Centrifugation
Filtration
Dépôt
57
Q

Qu’est-ce qui est important afin d’assurer une bonne conservation des échantillons de l’air?

A

Les analyser rapidement
Congeler ou réfrigérer temporairement
Conserver humidité

58
Q

Qu’est-ce qui est souvent requis quand on échantillonne de l’eau ou de l’air pour avoir une quantité appréciable de mo?

A

Filtrer et/ou concentrer les échantillons

59
Q

Pourquoi est-il facile d’échantillonner de l’eau?

A

Car c’est un environnement homogène

60
Q

Qu’est-ce qui est important afin d’assurer une bonne conservation des échantillons de l’eau?

A

Les analyser rapidement

Congeler ou réfrigérer temporairement (48h)

61
Q

Quels sont les défis dans l’échantillonnage de l’eau?

A

Peut être coûteux : dépend de où on prélève

ex : échantillons marins : labs spécialisés, besoin de subvention pour temps de bateau, etc

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