Chapitre 12 Flashcards
Inhibiteurs du centre peptidyltransferase
Chloramphenicol et Linezolid
Comment fonctionne des inhibiteurs du centre peptidyltransferase
Elle se place sur l’ARNt au site A et empêche la liaison du peptide de l’ARNt au site P vers celui en site A
C’est qui l’inhibiteur de l’élongation dans la traduction
Puromycine
Quelle est la caractéristique de la puromycine
Elle ressemble à un ARNt donc il peut se placer dans le site A et terminer prématurément la traduction
Que fait la chloramphénicol
S’attache à 50S
Inhibe la formation de lien peptidique
Que font les macrolides, clindamycines & streptogramins
bloque le tunnel de sortie de la polypeptide sur 50S et empêche l’élongation
Que font les Tetracyclines
Se lie à 30S et interagit avec la liaison entre l’ARNm et le complexe ribosomal
Que font les Aminoglycosides
Se lie à 30S et cause la mauvaise lecture de l’ARNm. Interagit avec 30S, 50S et l’ARNm
Qu’est-ce qu’une molécule d’ADN recombinant
Molécule d’ADN crée en laboratoire à partir de plusieurs sources
Quelles sont les différentes parties du clonage
-Préparation du vecteur
-Préparation de l’ADN à insérer
-Réalisation d’un recombinant : ligation
-Incorporation à l’hôte: transformation
ADN recombinant vs ADN recombiné
ADN recombiner est introduit dans un autre organisme
Quelles sont les utilités du clonage
Produire des prot pour le traitement d’une maladie génétique ou pour des vaccins
Les plasmides ont-ils besoin de quelquechose d’autre pour faire la réplication
Non
Quelles sont les caractéristiques des plasmides
Taille réduite
Peuvent accepter jusqu’à 10kb d’ADN exogène
Confère résistance à 1 ou + antibiotiques = marqueur de sélection
C’est quoi les marqueurs de selection
Les gènes que l’on va utiliser pour savoir si la bactérie a accepté le vecteur plasmidique
Comment fait-on pour insérer des fragments d’ADN dans le vecteur
Enzymes de restriction
Quelle est la différence entre une coupure cohésive et franche
Franche = coupe de manière égale
Cohésive = coupe de manière à que ce soit complementaire
Les enzymes de restriction coupe pour cb dans des régions de cb de nucleotides
entre 4 et 12
De quoi sont constitués les enzymes de restriction
Protéine homodimérique et chaque s-u reconnait un des 2 brins d’ADN
Quelle est la caractéristique des sites de restriction
Ce sont des palindromes
Que permet la ligase
Lie de façon covalence 2 molécules d’ADN pour en faire une seule
Que fait la ligase dans la réaction elle-même
Transforme 2 ATP en 2 AMP + 2PPi pour briser les liaisons P et OH et créer des liaisons entre les brins
Que permettent entre-autre les ligase
Réplication et Réparation
Qu’est-ce qu’un polylinker
Gène de résistance à un antibiotique comme marqueur de sélection
Origine de réplication
rep E
Régulateurs de réplication
Taille de 6,5 kb
À quoi servent les régulateurs de réplication sop A et B
À maintenir un faible nombre de copies pour le polylinker
Comment on introduit un ADN recombinant dans un procaryote
Par transformation : L’ADN est introduit dans les bactéries qui sont traitées par choc thermique/électrique
Qu’est-ce qu’une bactérie compétente
Quand elle est capable de recevoir un vecteur plasmidique
D’ou vient l’insuline
De l’ADN recombinant et est le 1er a avoir été fait grâce à ca
Quelles sont les 3 types de banques d’ADN
Banque génomique
Banque de cDNA
Banque d’expression
Qu’est-ce que la banque génomique
-Couvre l’ensemble du génome
À quoi sert une banque génomique
Clonage facilite manipulation de vecteur et leur multiplication ainsi que leur conservation à long terme
-Permet d’isoler des gènes d’intérêt/définir cartographie du génome
C’est quoi banque cDNA
ARNm qui ont fait de la rétrotranscription pour redevenir de l’ADN
C’est quoi banque d’expression
Banque dont le vecteur porte des signaux transcriptionnels ce qui permet à n’importe quelle vecteur avec un marqueur de sélection cloné de produire un ARNm et ensuite protéine
Quelle est la particularité de la banque d’ADNc
Elle est spécifique à un tissu
Qu’est-ce qui permet la rétrotranscription dans l’ARNm
Oligonucléotide complémentaire à la
Comment le VIH se réplique
Par retro-transcription
Qui a découvert PCR
Kary Mullis
Qu’est-ce qu’une prot recombinante
Une prot faite à partir d’un ADN recombinant
Qu’est-ce qu’a fondé Genetech
Facteur 8 de la coagulation dans l’hémophilie A
Comment les prot recombiantntes doivent être utiles (conditions)
Elles doivent garder leur activité
Empecher leur immunogénicité chez l’homme
Quelle est la chose la plus importante à choisir quand on veut utiliser une protéine recombinant
L’organisme d’expression le mieux adapté
Les meilleurs organismes hôtes pour les prot recombinantes sont
- bactérie
- insecte
- levure
- cellules de mammifères
- plantes et animaux et transgéniques
Cb de g/L d’insuline E. coli modifié peut produire
1g/L
Quelle est le problème des levures lors de l’utilisation de protéines recombinantes
Glycolsylation des protéines est complètement différente de l’être humain donc elles peuvent être immunogène pour l’humain
Quelle est le problème des cellules d’insectes pour la production de prot recombinantes
Milieu de culture couteux
Glycolisation différente des êtres humains
Quelle est le problème des cellules d’insectes pour la production de prot recombinantes
Croissance cellulaire lente
Cultures peuvent être contaminés par des bactéries ou des champignons. Produit peut être contaminé par virus qui infectent humain
Quand est-ce que le premier enzyme OGM a été produit
1988 (NOVO, Lipolase
Que veut dire GRAS
Generally Recognized as Safe
Grâce à quoi est fait le fromage
Chymosine recombinante
Quand est-ce que la FDA a approuvé la chymosine recombinante
1990
Qu’est-ce qu’un OGM
microorganisme/plante/animal dont le patrimoine génétique a été modifié par génie génétique pour attribuer/enlever des traits désirables/indésirables
Y’a-t-il eu un brevet pour les OGM et comment ?
Diamond vs Chakrabarty
Chakrabarty modifie pseudomas pour avoir un métabolisme d’huile.
Pseudomas modifié pouvait métaboliser 66% des hydrocarbures d’un déversement de pétrole
Chakrabarty voulait brevet, demande a dit non, Chakrabarty a fait appel, cour des douanes et brevets a dit oui, Diamond voulait pas, donc c’est allé jusqu’en cour suprême qui a dit oui
Quelle bactérie est utilisé pour produire des plantes transgéniques
Agrobacterium tumefaciens
Quelle est la production de vaccins de l’usine de vaccins medicago
40 à 50 millions
Quelle est le fonctionnement de la pomme arctic
Agrobactérium a un plasmide avec un vecteur Ti, le vecteur Ti est inséré de manière virale dans la cellule de la pomme.
Connaissons nous les effets a long terme des plantes transgéniques sur la santé humaine et l’environnement
Non
Que permet le mais Bt
Production de toxine Bt qui tue les insectes sauf les papillons*
Quelles types de gènes sont utilisés souvent comme marqueur de sélection
Résistance aux antibiotiques
Si une bactérie devient résistante aux antibiotiques, sa progéniture le sera-t-elle ?
Oui
Quelle a été le premier animal transgénique
Souris qui produisait plus de HGH
Quelles sont les deux opérations de la transgénèse
Addition et remplacement de gènes
Ces opérations de transgénèse sont utilisés sur qui
Principalement souris, remplacement de gènes commencent seulement à être mises en oeuvre chez d’autres espèces
De quelle manière l’ADN peut être introduit
Spermatozoide
Vecteurs retroviraux
Vecteurs lentiviraux
Microinjection
Comment les vecteurs viraux sont réprimés
Par la méthylation de l’ARN viral
Peut-on prédire le site d’intégration et le nombre de copies du transgène intégrées
Non
Comment les cellules souches peuvent avoir un contenu génétiquement modifié
Grâce à des techniques précises de recombinaison homologue
D’ou sont obtenus les cellules multipotentes
Blastocytes (ES)
fœtus (EG)
Le transfert de gènes via les cellules ES servent à quoi ?
Inactiver des gènes chez la souris
Comment le transfert de gène via cellules ES marche ?
Les cells ES modifiées sont injectées dans la cavité d’un blastocyte et participent à la naissance d’une souris chimère
C’est quoi Glo Fish
Poisson transgénique qui exprime protéines fluorescentes
Comment se fait la création de poissons transgéniques
Par micro-injection dans l’oeuf
Quand est-ce que le séquence de l’ADN a été terminé
En 2001(3 milliards de pb = 700Mb)
combien de gène codent pr cb de protéine
20 310 pour 100k prot
Cb de %age du génome code pour des protéines
Moins de 2%
Quelle est le %age du génome de l’ADN qui se répète
50%
LINE 20%
SINE 13% (Alu 10%)
LTR rétrotransposons 8%
ADN transposons 3%
Qu’est-ce qu’un SNV/SNP
Partie du génome ou le type de nucléotide peut différer d’une personne à l’autre
Que permettent les SNP
De déterminer des r.gions du génome qui peuvent être importantes dans le développement d’une maladie
De quoi est constitué le génome du chien
2,4 gigabases (20k gènes)
3 millions de SNP entre chien et loup ciblées par la domestication du chien
Pk le gène du chien peut être sélectionné
A des gènes qui aident à digérer l’amidon: 7,4 milliards de copies de gène pour amylase, une nouvelle copie du gène pour la maltase qui est plus active
Que permet la méthode de Sanger
De trouver une séquence dans l’ADN en y ajoutant des ddNTP qui n’ont pas de 3’OH, ce qui va arrêter leur élongation. En marquant chaque type de ddNTP nous seront capables de reconnaitre l’identité du nucléotide ou la synthèse d’ADN s’est arrêtée
Dans le séquencage ou se trouve le plus grand nombre de réactions de synthèse
Dans le tube
Il existe bcp de quoi et comment
Il existe statistiquement bcp de chaines de toutes les tailles et de fragments de mm tailles
Ou commencent ces chaines sur l’ADN
ADN matrice toute au même endroit
Concrètement comment la méthode de Sanger
ddNTP s’ajoute à l’ADN pendant la polymérisation, ce qui l’arrête. On fait ça plusieurs fois et ensuite on l’envoie dans l’électrophorèse pour mesurer la longueur et poids de chaque molécule d’ADN traité et de là, avoir un certain ordre
Qu’est-ce qu’une dégénerescence génétique
Plusieurs codons qui codent pour un seul acide aminé
Un codon produit cb d’acide aminé
1
Comment on appelle plusieurs codons spécifique à un seul acide aminé
Codons synonymes
Cb y’a-t-il de codons
64, dont 61 pour les acides aminés
Quelles codons sont des codons de terminaison
UAA, UGA, UAG
C’est quoi un cadre de lecture
Point de départ potentiel d’une suite de codons
Qu’est-ce que le cadre de lecture ouvert
Partie du cadre de lecture ou il y a potentiel d’encoder une protéine et ou il n’y a pas de terminaison
Cb d’acide aminé a une protéine chez l’être humain
375 (1125 nt)
Que fait un décalage de lecture
Addition/perte de 1 ou 2 nt
Expliquer les différents types de mutation dans la traduction
Silencieuse : Base muté de l’anti-codon ne change pas l’acide aminé produit
Faux-sens: Base muté change l’acide aminé produit
Continuation : Anticodon qui codait pour STOP a été muté en un acide aminé donc la traduction continue
Non-sens : Anticodon qui code pour un acide aminé a été muté en codon qui code STOP, donc la traduction s’arrête
Cb y’a-t-il d’espèces ARNt
20 MINIMUM (1 pour chaque un acide aminé)
Quelle est la séquence de la tige acceptrice en 5’-3’
CCA
Quelles sont les composants d’un ARNt
Tige acceptrice
Lobe TYC
Lobe variable 3-21 nt
Lobe D (résidus dihydro-uridine)
Qu’est-ce que le Wobble pairing
La flexibilité de conformation de la position 5’ de l’anticodon
Comment le wobble pairing peut être appelé
Position de flottement
Que permet le wobble pairing
Désamination en position 5’ de l’anticodon pour donner une inosine
Que permet la présence d’inosine en 5’ de l’anticodon
Exemple : Si ARNtAla porte IGC de se lier à 3 codons spécifiant l’alanine (GCA, GCC et GCU) parce que I peut se lier à C, U et A
Comment appelle-t-on les ARNt qui possède le même acide aminé mais pas le même anticodon
Des ARNt isoaccepteurs
Comment l’acide aminé se lie au ARNt
Covalence par l’aminoacyl-ARNt synthétase
Comment appelle-t-on les molécules d’aminoacyl-ARNt
ARNt activées
Il existe cb d’aminoacyl-ARNt synthétase
Minimum 20 (1 pour chaque acide aminé pcq une synthétase peut reconnaitre plusieurs ARNt isoaccepteurs)
L’aminoacyl-ARNt synthétase utilise comment l’ATP
La transforme en AMP
Quelles sont les interactions observées dans la synthèse d’aminoacyl-ARNt
-Intéractions avec anticodon + Face concave de molécule d’ARNt + site d’aminoacylation
Quelles sont les 2 étapes de la synthèse de l’aminoacyl-ARNt
1- Formation d’un intermédiaire réactionnel (aminoacyl adénylate) : Acide aminé + ATP = Aminoacyl-adénylate + PPi
2- Aminoacyl-adénylate + ARNt = Aminoacyl-ARNt + AMP
Quelles sont les unités ribosomales des procaryotes
30S (ARNr 16S vaut 1.5 kb) et 50S = 70S
Quelles sont les unités ribosomales des eucaryotes
60s et 40S = 80S
Comment appelle-t-on les sous-unités de 40S
S-u Svedberg
Les ribosomes sont quoi
Des ribonucleoproteines
De quelle manière est composé un ribosome
2/3 d’ARNr
1/3 de protéines
ARNr 23S a cb de kb
2.9
ARNr 5S a cb de nt
120nt
Ou se place ARNt chargé qui porte la chaine naissante
Directement dans P
Que veut dire site P et site A
Site peptidyle
Site aminoacyle
Quelle est la matrice de la synthèse protéique
L’ARNm
Qui bouge pendant l’élongation, le ribosome ou l’ARNm ?
Le ribosome
Que faut-il pour démarrer la synthèse protéique
Assemblage d’un complexe d’initiation au départ du cadre de lecture
Quelle est le rôle de la réaction d’initiation
Bon codon d’initiation et bon cadre doivent être choisis
La traduction se fait dans quelle sens
5’-3’
La synthèse de la protéine commence sur quelle extrémité ?
Sur l’extrémité aminée
ARNt initiateur des eucaryotes vs eubactéries
Eubactérie : Utilise formyltransférase pour acquérir un fMet-ARNtfMet
Eucaryote: Met-ARNtiMet
Comment se déroule l’initiation de la traduction chez les procaryotes
- Dissociation des s-u ribosomales
- 30S se met sur ARN ensuite fMet-ARNtfMet se met sur AUG
- 50S vient sur ARNm grâce à hydrolyse de GTP
Qui sont les facteurs d’initiation chez les procaryotes
IF-1 : S’attache sur 30S et provoque la dissociation entre les 2 s-u
IF-2 : Prot de liaison au GTP, ramene ARNt initiateur + aide à sa fixation à 30S
IF-3 : Fixe ARNm sur ribosome (empêche 30S de s’associer à 50S)
De quoi dépend le choix du codon d’initiation chez les procaryotes
De ARNt-fMet et de interaction entre 30S et matrice d’ARNm
À quoi s’associe la 30S chez les procaryotes
Région riche en purines placé en amont du codon initiateur ARNm
Comment s’appelle la séquence à laquelle s’attache 30S
Shine-Dalgarno
La séquence Shine-Delgarno s’associe à quoi (Quelle ARNr)
ARNr 16S du 30S riche en pyrimidines
Comment se déroule l’initiation de la traduction chez les eucaryotes
40S se fixe à 5’ de ARNm et parcourt de 5’ en 3’ jusqu’à ce qu’elle trouve le codon initiateur (Balayage)
Elle privilègera son attachement à la séquence Kozacs (ACCAUGG)
Quelles sont les étapes de l’initiation chez les eucaryotes
- Dissociation
- Assemblage complexe ternaire ARNt-Met et 40S
- Complexe ternaire se met sur le 5’ de l’ARNm et balaie
Quelles sont les facteurs d’initiation des eucaryotes
eIF2
eIF4F
De quoi est composé eIF4F
eIF4A
eIF4G
eIF4E
Que fait eIF2
Lie ARNt chargé avec 40S
Que fait eIF4F
Lie complexe ternaire (40S + ARNt chargé) avec ARNm
C’est quoi le microcycle de 3 étapes dans l’élongation
- Mise en place correcte de l’aminoacyl-ARNt au site A
- Formation de liaison peptidique
- Translocation (ce qui fait avancer le ribosome)
Quand est-ce que l’allongement commence
Quand le premier ARNt chargé non initiateur se met sur le site A
Par quoi est catalysée l’ajout de ARNt chargé au site A
par facteur d’élongation EF-Tu
Quelle est la caractéristique de EF-Tu
Elle possède un site de liaison pour GTP ce qui lui permet de lier l’aminoacyl-ARNt avec le site A
À quoi sert de EF-Ts
Aide EF-Tu à échanger GDP en GTP
Équivalents de EF-Tu et EF-Ts chez les eucaryotes
EF1A
EF1B
Dans quelle s-u se trouve l’anticodon
30S
Dans quelle s-u se trouve les extrémités aminoacylés
50S
Que y’a-t-il dans l’interface 30S-50S
ARNm (site de fixation)
Qu’est-ce qui permet le transfert d’un acide aminé à un autre ARNt
la peptides transférase
Ou se trouve la peptidyl transferase
Grande s-u ribosome
Que permet EF-G
Catalyse la translocation (ribosome se déplace de 5’ en 3’, de 3nt/1 codon)
C’est quoi le bilan énergétique de chaque liaison peptidique
4 ATP
Comment se déroule la terminaison concrètement
Codons de terminaison ne sont pas reconnus par les ARNt, mais ils sont reconnus par des prot de relargage
Quel facteur de relargage reconnait quelle codon stop
RF1
UAA
UAG
RF2
UAA
UGA
Que fait RF3
Lié à un GTP et rend plus efficace l’action des RF1 et RF2
Comment RF3 catalyse les rf1 et rf2
