Chapitre 11 Marqueurs génétiques Flashcards
Quels sont les 3 principales techniques sur lequel repose les marqueurs?
1- La PCR
2- Les enzymes de restrictions
(endonucléase, capable de couper un fragment d’ADN au niveau d’une séquence de nucléotides caractéristique appelée site de restriction)
3- Le séquençage de l’ADN
Quel est le nom de l’ADN polymérase utilisé dans un PCR
taq polymérase
Quels sont les composantes d’un PCR (5)
1- La solution d’amplification
1. 1- Tampon pH (stabiliser autour de 8) 1. 2- Magnésium (pour élongation) 1. 3- Sels (KCl, dénaturation de l'ADN)
2- Taq polymérase
3-dNTP (désoxyribonucléotides)
4-Amorces pour la séquence
5-l’ADN a amplifier
De quoi ce sert t’on pour visualiser un PCR
Un électrophorèse sur gel d’agarose
L’ADN est généralement révèler par quoi durant la lecture d’un PCR?
Bromure d’éthidium
devient fluorescent sous lumière UV
A quoi servent les enzymes de restrictions et comment fonctionnent-elles?
Coupe l’ADN et reconnaissent des séquences spécifiques (4 à 10 paires de bases, mais
le plus souvent 6 paires de bases)
Donne des bouts francs ou cohésifs
Quelles sont les caractéristique du séquençage d’ADN de type Sanger (4)
Limité à environ 1000 paires de bases
Autour de 4$ par réaction de séquençage
Très précis
Peu adapté au séquençage d’un génome
Quels sont les 9 étapes de la nouvelles méthode de séquencage illumina?
- Fragmentation de l’ADN
- Ligation de l’adaptateur
- Sélection de fragments de la bonne grosseur
- Amplification de l’ADN en pont
- Formation de groupement de molécules identiques
- Appariement de l’amorce de séquençage
- Élongation de l’ADN, production de fluorescence et déblocage
- Répétition de l’étape précédente
- Analyse de la séquence
Donner la définition d’un marqueur génétique
Séquence d’ADN avec une location connue qui peut être utilisée pour identifier des individus dans une population
Trois types de modifications peuvent être détectées par les marqueurs
1- SNP
2- Deletion ou insertion d’un gène
3- Variation dans le nombre de répétitions en tandem
Nommé les 4 marqueurs utilisant un PCR, et ce qu’ils détectes
1- CAPS (SNP, différence dans la séquence)
2- HRM (SNP, différence dans la séquence)
3- InDel (insertion ou délétion)
4- Microsatellite (Variation dans le nombre de répétitions en tandem)
Qu’est-ce que CAPS, les 3 étapes et ses avantage(1)/inconvénients(2)
A) Cleaved amplified polymorphic sequence = Polymorphisme dans une séquence amplifiée puis clivée
B) Étape 1: Amplification d’un fragment d’ADN
Étape 2: Digestion avec une enzyme de restriction
Étape 3: Visualisation sur gel d’agarose
C) 1-Facile d’utilisation
2-Nécessite un site de restriction à l’endroit précis de la différence dans la séquence (pas toujours possible)
3-Un peu plus long et coûteux que les marqueurs InDel ou microsatellites (Ils ne nécessitent pas de digestion)
Qu’est-ce que HRM, son fonctionnement
A) La technique repose sur les différences de la
température de dissociation
B) 1-Amplification des fragments d’intérêts par PCR
2-Après la PCR, un cycle supplémentaire où la température augmente lentement
3-Mesure de la température à laquelle le brin se sépare
C) Fait chauffer l’ADN et vérifie la chaleur de séparation (G et C ont des liens plus forts donc besoin de + de chaleur pour briser le lien)
Qu’est-ce que InDel, son fonctionnement et son avantage(1)/inconvénient(1)
A) Un marqueur basé sur la détection d’une insertion ou d’une délétion d’un gène ou séquence de lettre
B) 1- Détection d’un insertion ou d’une délétion
2- Conception des amorces bordant l’insertion ou la délétion
3- PCR
4- Visualisation sur gel
C)1-Très facile et efficace
2-Plus appliqué au développement de marqueurs entre espèces
Que sont les micro-satellites et leur fonctionnement
A) Les microsatellites sont aussi appelés SSR (simple
sequence repeats)
B) 1. Initiation de la réplication (mitose)
2. Dissociation partielle Glissage de l’ADN
3. Ré-hybridation avec un mauvais alignement
4. La nouvelle copie a une répétition supplémentaire
Si la loupe est sur l’autre brin, il y a une délétion
3. Ré-hybridation avec un mauvais alignement
4. La nouvelle copie a une répétition de moins
Lors de la prochaine duplication de l’ADN, le brin
complémentaire aura le nouveau nombre de répétitions
À quoi sert le séquencage de nouvelle génération de facon général (4)
1- Sert à développer des marqueurs
2- utilisé directement pour génotyper les plantes
3-Séquençage complet du génome de chaque individu d’une population
4-Séquençage partiel du génome de chaque individu
Pourquoi faire le séquencage complet vs le séquencage partiel du génome
- 1 Pour l’instant possible seulement avec les espèces avec un petit génome (trop cher avec les espèces aux gros génomes)
- 2 Permet de détecter toutes les variations
- 3 À long terme il est probable que cette technique soit appropriée à davantage d’espèces (à mesure que la quantité d’information recueillie augmente et que les coûts diminuent)
- 1 Beaucoup plus économique
- 2 S’applique à toutes les espèces peut importe la taille du génome
- 3 Plusieurs façons de sélectionner une partie du génome
Qu’est-ce que le multiplexage? caractéristiques?
Technique qui permet de séquencer plusieurs échantillons à la fois
- Possible lorsque la quantité d’information obtenue est supérieure à celle nécessaire pour génotyper
- Chaque individu va avoir un code-bar unique de quelques nucléotides pour l’identifier (ajouté dans l’adaptateur)
Es-ce que les modifications génétiques utilisées pour fabriquer un marqueurs sont en relation direct avec le phénotype?
Non, il peu y avoir des cas où le phénotype ne correspond pas au génotype obtenu avec un marqueur
Comment développe t’on un marqueur?
En fonction de :
Outils a disposition
Connaissance du gène responsable
Accessibilité a une population variée
Si l’on connait la séquence des deux parents :
Trouver les différences dans la séquence près de la zone d’intérêt et à concevoir des marqueurs
(InDel, CAPS, microsatellites)
Si l’on connait la séquence d’un seul des deux parents:
1- Il faut séquencer des fragments du deuxième parent pour trouver des différences
2- Ou essayer d’amplifier une région en espérant par chance d’avoir un résultat différent
Si l’on ignore où est le gène d’intérêt:
1- Il faut développer des marqueurs de façon à couvrir l’ensemble du génome
2-Étudier l’association des marqueurs avec le phénotype
Quels sont les deux grandes catégories de chromatine? ainsi que leur caractéristique
L’euchromatine:
◼ Moins dense, permet l’expression des gènes
L’hétérochromatine:
◼ Très dense, la machinerie (protéines) n’a pas accès aux gènes et ils ne sont pas exprimés
La région du centromère et des télomères est
constituée en grande partie d’hétérochromatine. Quesque cela impact?
L’expression des gènes, mais aussi la fréquence de recombinaison
Un haut taux d’hétérochromatine engendre quoi?(3)
Plus difficile :
d’identifier un gène (vaste zone à analyser)
d’obtenir des recombinants
de développer des marqueurs physiquement proches
