Chapitre 11 Flashcards
1
Q
Comment classifie-t-on les types d’ARN
A
Selon leur relation avec les protéines
2
Q
ARN codant vs non codant
A
codant : détermine la séquence d’une protéine
non codant : fonction directement accompli par l’ARN
3
Q
Quelles sont les ARN non-codants les plus importants dans la traduction
A
ARNr et ARNt jouent un rôle dans la traduction
4
Q
En terme de masse (%) quelle ARN est le plus abondant
A
ARNr
5
Q
En terme de quantité (%) quelle ARN est + nombreux
A
ARNt
6
Q
ARN vs ADN caractéristiques
A
-Ribose (2’-OH) vs Deoxyribose
U vs T
-Ribopolynucléotides MONOcaténaires
-Appariements de bases intramoléculaire
-Structures 3D variés
-Régions appariées + courte
-Plusieurs bases modifiées
7
Q
Nucléotides modifiés des molécules d’ARNt
A
-1-Méthyladenosine (m1A)
-N6-Isopentenyladénosine (i6A)
-3-Méthylcytidine (m3C)
-N2,N2-Diméthylguanosine(m22G)
-Ribose Dihydrouridine
-Uridine
-Pseudouridine (liaison glycosidique C-C)
8
Q
Quelle est le dogme central de la biologie établi dans années 60
A
L’ARN fait des structures 3D complexes qui vont se former en protéine, ce qui tenait à faire croire que les premiers organismes étaient à l’origine des ARN
9
Q
Qu’est-ce qu’un ribozyme
A
ARN doué d’avitité enzymatique
10
Q
Quelles sont les caractéristiques des ribozymes
A
-Spécificité de substrat
-Non modifiés par la réaction
-Accélèrent les réactions, comme auto-épissage des introns, ARN de ribon, ribosome
11
Q
Qui ont découvert les ribozymes
A
Cech et Altman
12
Q
Que permet RNase P
A
Switch extrémité 3’OH avec une coiffe 5’
13
Q
De quelles ARN a-t-on besoin pour la transcription
A
-ARNt (apporte acides aminés à la machinerie de trad)
-ARNr : occupe + grande partie du ribosome
-ARNm : séquence complémentaire à un des brins d’ADN qui est traduit au niveau des ribosomes en protéines
14
Q
En quoi consiste l’initiation de la transcription
A
Assemblage du complexe transcripteur au site d’initiation
15
Q
L’ARN nouvellement synthétisé est libéré sous quelle forme
A
Molécule simple brin
16
Q
Combien de sous-unités ont les procaryotes dans leur ARN pol
A
5
17
Q
À quoi correspondent les RPB
A
RPB1 = b’
RPB2 = b
RPB3 = a
18
Q
Quelles sont les étapes de la synthèse de l’ARN
A
- 3’OH attaque le P(a) d’un NTP
- Formation de liaison phophodiester
3.Libération de PPi
19
Q
Quelle est la différence entre ADN pol et ARN pol
A
ARN pol n’a pas besoin d’amorce
20
Q
C’est quoi un promoteur
A
Région de l’ADN ou s’amorce la transcription
21
Q
Que permet sigma et chez qui
A
Permet reconnaissance du promoteur chez les procaryotes
22
Q
Qu’est-ce qu’un opéron
A
L’ensemble des gènes qui sont transcrits quand le promoteur commence la transcription
23
Q
Comment se fait la reconnaissance du promoteur chez les eucaryotes
A
Par des facteurs généraux de transcription
24
Q
Y’a-t-il des opérons chez les eucaryotes ?
A
Non, car chaque gène possède en général son propre promoteur
25
Quelle séquence promotrice se trouve à -35
TTGACA
26
Quelle séquence promotrice se trouve à -10
TATAAT
27
À quelle nucléotide se trouve le début du site de transcription
+1
28
Quelles sont les promoteurs de E. coli (procaryote)
TTGACA et TATAAT
29
Que fait sigma
Lie les séquences -35 et -10
30
Comment les cellules bactériennes regulent les différents patrons d'expression des gènes
En utilisant différents facteurs sigma, chacun spécifique d'une séquence promotrice différente
31
Pourquoi l'initiation de la transcription chez les eucaryotes ne peut pas commencer avec l'ARN pol et ses facteurs accessoires qui lient les séquences du promoteur
1) Pcq le génome non-codant deivient de plus en plus important compte tenu du fait que sa taille augmente selon le nombre de types cellulaires encore plus que le génome codant
2)La chromatine est une barrière pour l'ARN polymérase car elle enroule le noyau d'une manière extrêmement épaisse
32
Qu'a-t-on besoin pour le remodelage de la chromatine
-De facteurs de transcription spécifiques pour qu'ils ne lient pas le promoteur
-De complexe de remodelage pour qu'ils ouvrent la chromatine
33
Quelles sont les étapes de l'initiation de la transcription chez les eucaryotes
1. Remodelage de la chromatine
2. Recrutement médiateur
3. Recrutement de facteurs généraux de la transcription et de l'ARN polymérase
34
À quoi sert le remodelage de la chromatine
À rendre les séquences d'ADN plus accessibles à la machinerie de transcription
35
À quoi servent les facteurs spécifiques
Ils sont des pionniers, ils vont recruter les complexes qui vont ouvrir la chromatine et exposer la région du promoteur
36
Que contiennent les complexe de remodelage de la chromatine
ATPase de la SNF2
37
Que font les complexes de remodelage
Catalysent le glissement ou le déroulement des nucléosomes, éviction des histones ou l'échange d'histones
38
Que possède les histones dans leur queue
N-terminale avec lysines
39
La queue terminale des histones peuvent être modifiés par quoi
Acétylation/Méthylation
40
Combien y'a-t-il d'histones et cb de types différents
8 histones 4 types
41
Quelles modifications ferment la chromatine/repression des gènes
Méthylation des lys 9 et 27 de H3
42
Quelles modifications servent à l'activation de la chromatine
Méthylation de la lys 4 H3
Acétylation des lys 9 H3
Acétylation lys 16 H4
43
Pk l'acétylation aide à décompresser l'ADN
Pcq histones acétyltransferases aident à decondenser l'ADN et est une marque d'activation
44
Que fait HDAC
Annule les modification de l'acétylation
45
Que permet le médiateur de la transcription
ARN pol 2 va le recruter en présence des facteurs de transcription et s'attacher conjointement avec FGT
46
Quelle est l'équivalent des facteurs sigma chez les eucaryotes
Les FTG (TF2B)
47
Qu'est-ce qu'un activateur
Facteurs de transcription ou facteurs de transcription spécifique
48
Qui sont les FG
TF2A à TF2I
49
Quelles FTG sont les mieux étudiés
TF2D et TF2H
50
À quoi sert TF2B et tf2d
Lient plusieurs éléments en promoteurs
51
De quoi est formé TF2D
TBP (TATA Binding protein)
TAF1,2,7
52
Pk TF2D a besoin d'autant d'éléments pour reconnaitre un promoteur
Pcq un gène peut contenir plusieurs éléments mais pas tous, ce qui fait en sorte que TF2D n'est pas composé des mêmes éléments selon le type cellulaire
53
Que fait TBP
Lie la boite TATA
54
Qui recrutent TAF1
Activateurs (fts)
55
Que fait le bromodomaine
Lie les histones acétyles
56
Que permettent les motifs de TAF1
-Lier TBP
-Activité HAT H3
-Activité kinase
-Activité ubiquitine ligase sur H1
-Bromodomaine peut lier lysines acétylées
57
Quelle rôles jouent la TF2H
Hélicase et kinase
58
Le domaine CTD de mammifères contiennent quoi
52 pseudorépétitions de la séquence YSPTSPS
59
Quelles sérines peuvent-elles être phosphorylées
2, 5 et 7
60
Comment le promoteur est dégagé dans la transcription
ARN pol fait transcription abortive (2-3 nt), reste collé au promoteur avec FGT
TF2H permet à ARN pol de dégager le promoteur et perd contact avec la plupart des FGT
61
Que permet TF2H
-Formation de la bulle de transcription
-Dégagement de promoteur
-Mode élongation
62
En quoi consiste la formation de la bulle de transcription
Hélicases XPB, XPD = Déroulement de l'ADN = permet formation de la bulle de transcription = activation de l'ARN pol
cdk7 + Sérine 5 CTD de la s-u RBP1 génère forme active de la pol 2.
63
Quelle est le problème de la forme active de l'ARN pol 2
Elle fait transcriptions abortives
64
Comment la bulle de transcription avance
ARN pol dégage le promoteur, hybride ARN-ADN atteint longueur max (10nt) et bulle de transcription avance 5' vers 3' par rapport au brin codant (juste 5' vers 3')
65
En quoi consiste le mode élongation
Recrutement de la kinase CDK9 pour phosphoryler le CTD en sérine 2
66
Initiation de la transcription chez les eubactéries
-facteur sigma aide ARN pol à lier promoteur
-élément enhancer généralement proximal au moteur de base et est occupé par un ou quelques activateurs
67
Initiation de la transcription chez les archea
-FGT substituent facteurs sigma
-Plusieurs enhancers en amont du promoteur pour recruter ARN polymérase et FGT
68
Initiation de la transcription chez les eucaryotes
-FGT augmentent
-Activateurs lient enhancers qui peuvent être éloignés du promoteur de base
-Médiateur aide activateurs à recruter ARN pol et FGT
69
C'est quoi Archea
3ème domaine du vivant
Unicellulaires sans noyau très différents des eucaryotes et procaryotes
70
En quoi consiste l'élongation de la transcription
-2 brins d'ADN se séparent en avant du site de polymérisation et réhybrident en arrière du site de la sortie de l'ARN
-Durant la transcription, la pince se referme sur l'ADN matriciel en bleu (haute processivité)
-Taille de la bulle de transcription (24 nt) et ARN-ADN (9nt) demeurent constants
71
Qu'est-ce qui sépare l'hybride ARN-ADN
Une partie conservée de la pol 2, le gouvernail
72
Comment la correction sur épreuve se fait
-ARN mésapparié ressort du site actif à travers le canal par lequel rentre les nucléotides
-TF2S situmule ARN pol à raboter ARN
-Transcription reprend 3' de l'ARN tronqué
73
Est-ce que l'octamère d'histones peut se dissocier au complet de l'ADN transcrit ?
Jamais
74
Comment se passe la terminaison de la transcription chez les procaryotes
But : déstabiliser l'hybride ADN-ARN qui est dans le site active de l'ARN polymérase à l'aide de 2 mécanismes
75
Qui a découvert la transcription
Francois Jacob et Jacques Monod
76
Comment le lactose peut-il être utilisé comme source d'énergie
À l'aide de la B-galactosidase
77
Que fait le B-galactosidase
-convertit le lactose en glucose et galactose (50%)
-Convertit lactose en allolactose (50%) par isomérisation
78
La B-galactosidase est quelle genre d'enzyme
Enzyme inductible
79
Qu'est-ce qu'une enzyme inductible
Se présente seulement en grande quantité quand il y a présence de lactose
80
Que veulent dire les couleurs dans le Test de coloration de Agar sur X-gal
Bleu : présence de galactosidase
Blanches : absence de galactosidase
81
Les colibacilles peuvent être étudié comme les ?
Éléphants
82
L'activité du repreneur lac est ajusté par quoi ?
allolactose (isomère B-(1-6) du lactose)
83
Qu'est-ce qu'induit l'activité du represseur
Induit transformation qui entraine dissociation du represseur de son site de liaison sur l'opérateur
84
Que permet l'inactivation du represseur
Permet à ARN pol de commencer à transcrire l'opérons et d'induire l'expression des gènes
85
Lac 1 c'est quoi
Le represseur
86
Que fait lac 1 concrètement
Lie l'ADN de manière spécifique, ce qui crée une boucle
87
Que veut dire palindrome
séquence d'ADN identique lorsque lu dans le sens 5'-3' de chaque brin
88
Comment se fait la boucle dans l'ADN par lac 1
Vu qu'il s'agit d'un ADN palindrome, il peut y avoir des séquences qui se lient et cela crée une boucle dans l'ADN, ce qui rend le promoteur innacessible
89
Grâce à quoi l'opéron Lac peut être régulé de manière positive
Par une prot qui l'ADN de manière spécifique : CRP
90
Que permet CRP-AMPc
De permettre à l'ARN pol de transcrire plus efficacement
91
Quelle molécule inhibe l'AMP cyclique chez les bactéries
Glucose
92
Qu'arrive-t-il si CRP n'a pas d'AMPc
Il ne peut pas activer la transcription
93
Quelles sont les modes d'action de l'ARN polymérase
-Empêche la fixation de l'ARN pol
-Inhibent réactions d'initiations ou empêche enzyme de quitter le promoteur
94
Quelles sont les 2 principaux facteurs de transcription
-Constitutifs
-Régulateurs
95
Par quoi sont régulés les facteurs régulateurs
-Développement
-Signaux spécifiques
96
Que font les facteurs signaux spécifiques
-Récepteurs nuclaires
-Signaux de stress
-Voies de signalisation
97
Que permettent les facteurs de signaux spécifiques
-Liaison de l'ADN de façon spécifique
-Création de 2 domaines fonctionnelles
98
Quelles sont les 2 domaines fonctionnelles des facteurs signaux spécifiques
1- Domaine de liaison de l'ADN
2- Domaine de régulation de la transcription
99
Qu'arrive-t-il avec p53 quand il y a un stress sur l'ADN
Lie l'ADN avec les séquences palindromiques, ce qui va lier en forme de tetramère
100
Cb y'a-t-il de FT chez l'homme
1052
101
Cb y'a-t-il de FT vérifiés expérimentalement
62
102
Quelle est le régulateur des muscles
MyoD
103
Quelle est le régulateur des cellules rouges
GATA1
104
Quelles sont les régulateur des cellules souches
Oct4, Sox2, Klf4, Myc
105
Quelle est le régulateur des macrophages
C/EBPa
106
Quelle est le régulateur des T Cells, macrophage
Pax 5 ablation
107
Quelle est le régulateur de Islet B-cells
Pdx1
Ngn3
Mafa
108
Que permettent les FT spécifiques
Contrôlent l'expression des gènes du développement
109
Que font les homéodomaines
Reconnaissent la boite homeotique
110
Quelle est la structure du domaine qui lie l'ADN avec les homeodomaines
3d appelée hélice-tour-hélice
111
Qui a découvert la dédifférenciation
Shinya Yamanaka
112
C'est quoi un amplificateur (enhancer)
Séquence d'ADN riches en éléments de réponse qui augmentent la transcription et peuvent agir à distance du promoteur en amont et en aval
113
Quelles sont les propriétés des amplificateurs
-Plusieurs centaine de bps
-Lient plusieurs FT
-Liaison est coopérative
114
Qu'a besoin l'ARN avant d'être traduit
3 remaniements :
1-soustraction de nt aux transcrits primaires d'ARN
2. +séquences nucléotidiques non codées par le gène correspondant
3. modification covalente de certaines bases
115
Concrètement que font les 3 remaniements
Maturation de l'ARN
116
Quelle est la maturation d'ARNm chez les procaryotes
Y'en a pas, elle est traduit avant que la transcription s'achève
117
Ou se passe la traduction et la transcription chez les eucaryotes
Transcription : Dans le noyau
Traduction : Dans le cytosol
118
Par ou passe les ARNm chez les eucaryotes
Par les pores nucléaires (120 nm de diamètre)
119
Comment fonctionne la modification de l'extrémité 5'
Extrémité 5' + phosphohydrolase = -groupe phosphate c
groupe 5'-diphosphate + GTP + quanylyltransferase = 5'triphosphate = la coiffe
Coiffe + méthylation de guanine + méthyltransférases = 7-Méthyl G
120
Quelles méthylation peut avoir lieu pdt la maturation de l'ARNm
7-Guanine
2'OH des 2 derniers nucléotides
121
Quand est-ce que commence la formation de la coiffe
Dès que l'ARN sort de la pol 2
122
À quoi sert la coiffe dans l'ARNm définitif
-À ancrer les ribosomes en vue de la synthèse protéique
123
À quoi sert la coiffe dans le noyau
À empêcher l'action des 5'-exonucléases
124
Que fait la coiffe 5' avec les précurseurs de l'ARNm
Les transforme en substrat pour d'autres enzymes nucléaires de maturation, comme celles qui font l'excision-épissage
125
Les ARN peuvent avoir quelle autre type de coiffe
Une coiffe NAD des fois
126
Les modifications 3'
1. Transcription du signal de polyadénylation (AAUAAA)
2. Ajout d'adénosines sur 10-20 nucléotides
3.Clivage/Coupure
4.Ajout de 250 A avec la poly(A) pol qui utilise de l'ATP (Cette queue s'appelle PolyA) sans matrice
127
Comment se fait la terminaison
1. Après le clivage, exonucléasse 5'-3' dégrade ARN naissante
2. Transcription finit quand Rat1 rentre en collision avec l'ARN pol 2
3. Queues Poly A + ARN matures + prot PABP = Complexe qui stabilise l'ARNm ce qui l'empêche d'être dégradé par l'extrémité 3'
128
Existe-t-il des ARNm eucaryotes dépourvus de queues PolyA
Oui
129
Les procaryotes ont-ils une séquence discontinue
Non
130
Ou se trouve l'épissage des exons
Chez les eucaryotes seulement
131
Ou est situé le site d'embranchement sur l'intron
20-50 nt de l'extrémité 3' de l'intron (5' de l'exon)
132
À quoi sert le site d'embranchement
Quand l'extrémité 3' de l'exon est libéré, l'extrémité 5' (5'OH) va être lié par réaction phosphodiester avec le 2'OH de l'adénosine du site d'embranchement
133
Qu'arrive-t-il au 3'OH après qu'il soit libéré pat l'épissage
Il attaque le phosphate de la jonction intron-exon en aval = Jonctions exon-exon ensemble + l'intron cyclisé/lasso
L'intron est dégradé
134
De quoi est composé le spliceosome
U1, U2, U4, U5, U6
135
Qu'est-ce qu'un RNP
ARN + prots
136
À quoi sert U1
S'associe au site 5' de l'épissage
137
À quoi sert U2
S'associe à la boite de branchement
138
À quoi sert U4
S'associe à U6 et U5, ce qui rapproche la jonction 5' de la boite d'embranchement
139
après avoir lié l'extrimité 5' de l'intron et la boite d'embranchement, que se passe-t-il
U4 et U1 quittent le complexe
140
En quoi consiste l'épissage alternatif
À sélectionner des exons dans le précurseur de l'ARNm mature
141
Quelle % de gènes composent le génome humain
70%
142
Un gène donne cb de variants
4 variants
143
Cb de protéines peuvent donner les variants
100k différentes
144
L'ARN pol 1 synthèse quoi ?
ARNr
145
Ou se trouve l'ADN ribosomique
Nucléoles
146
Cb y'a-t-il de copies des gènes de combien de kb de l'ARNr dans les nucléoles
400 copies des gènes
32kb
147
Qu'est-ce qu'une copie contient
séquence d'environ 13,3 kb
148
Qu'est-ce que code les séquences de 13,3 kb
ARNr 18S,
ARNr 5,8S
ARNr 28S
149
Comment fonctionne l'initiation de l'ARN pol 1
UBF s'attache à UCE
SL1 lie UBF-ADN grâce à sa TBP
UBF recrute pol 1
150
L'ARN pol 3 synthétise quoi
petits ARN : ARNt et ARNr 5S
151
Comment fonctionne l'initiation de l'ARN pol 3
TF3C lie boite A et boite B
Recrute ensuite TF3B + pol 3 + TBP
152
Quelles sont les caractéristiques des petits ARN nucléaires
1000 bases contenants bcp de U
Fortements appariés et bcp dans le noyau (100k)
Font partie de snRNP à multiples fonctions
Sm = site de liaison aux prot
153
Que font les prot Sm
Ceux sont des antigènes ciblés par les anticorps anti-sm chez les gens avec LED (Lupus e. dissiminé = maladie auto-immune)
154
Pk elle s'appelle Sm ?
Stéphanie Smith
155
Les introns du groupe 1 se trouve chez qui ?
Protozoaires
156
Les introns du groupe 2 se trouve chez qui ?
Mitochondries
157
Qu'est-ce que l'autoépissage
L'ARN catalyse toutes les réactions d'épissage
158
Le spliceosome ressemble à quoi ?
Introns groupe 2
159
Quelles sont les autres ribozymes à part le spliceosome
Hammerhead, hairpin, ribosome
160
Quelles sont les types d'ARN interférentes
siRNA
miRNA
piRNA
161
Rôles des ARN interferentes
Reconnaitre ARN spécifique
Reconnaitre ARN aberrantes et toxiques produites par les transposons et les séquences répétées
En résumé : Fonctionne comme guide pour cibler ARN spécifiques
162
Qui a remporté le prix Nobel 2006
Craig Mellow
Andrew Fire
163
Quelles sont les tailles des ARN interférantes
20-30nt
164
Quelles sont les fonctions de siRNA
Voie d'interférence à l'ARN commence par un ARN double brin
