Chapitre 1 Flashcards

1
Q

Placez en ordre chronologique les évènements suivant :
Découverte de la structure de l’ADN, bases théoriques de l’hérédité, premier génome complet séquencé, règles de Chargaff, théorie cellulaire, brevets pour l’utilisation de CRISPR/Cas9, validation de l’ADN comme support de l’hérédité et mise en marché du vaccin à ARN

A
  1. Théorie cellulaire (1837)
  2. Bases théoriques de l’hérédité (1865)
  3. Validation de l’ADN comme support de l’hérédité (1944)
  4. Règles de Chargaff (1950)
  5. Découverte de la structure de l’ADN (1953)
  6. Premier génome complet séquencé (1977)
  7. Brevets pour l’utilisation de CRISPR/Cas9
  8. Mise en marché du vaccin à ARN
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Q

Expliquez l’expérience qu’a fait Avery pour valider l’ADN comme étant le support de l’hérédité.

A

Il a déterminé quelle est la source de la substance transformante des bactéries en utilisant trois tubes avec des compositions différentes. L’extrait actif perd la capacité à transformer les cellules R lorsque traité avec des DNases.
S (DNases) + R = pas de transformation possible, on a que des R.
S (pas de protéines ou pas d’ARN) + R = S + R, transformation possible

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3
Q

V ou F. La structure de l’ADN a pu être déterminée dès la première analyse des photographies aux rayons X de Franklin.

A

Faux, Franklin n’a pas pu analyser sa photo jusqu’à la fin. Il y a eu une course entre Pauling (3 hélices) et Watson/Crick (2 hélices) pour déterminer la structure de l’ADN (diamètre, sillons majeurs et mineurs, distances entre eux).

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4
Q

À quoi sert le séquençage de l’ADN?

A

Comprendre l’impact de certains gènes dans des conditions environnementales particulières, contre des maladies, entre différentes variétés d’une même espèce, d’une même genre ou d’une même famille.

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5
Q

Quelles sont les structures primaire, secondaire et tertiaire de l’ADN?

A

Primaire : Brin monocaténaire retenu par des liens phosphodiesters entre les nucléotides
Secondaire : Brin bicaténaire retenu par des ponts hydrogènes entre les bases azotées
Tertiaire : Double hélice retenue par des forces d’empilement. Créée par l’angle des liaisons chimiques des bases en milieu aqueux

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6
Q

Qu’est-ce qu’une liaison covalente?

A

Partage d’une ou plusieurs paires d’électrons. Lien plutôt fort parce que les atomes partagent l’électron et c’est plus difficile de le voler.
- Polaire : Partage inégal (H20)
- Non-polaire : partage égal (CH4)

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7
Q

Qu’est-ce qu’une liaison ionique?

A

Tendance ultime d’attraction d’un électron décrite dans une liaison covalente polaire. (Plus facile à séparer que ceux qui se partagent un électron)

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8
Q

Qu’est-ce qu’une liaison hydrogène?

A

Environ 20 fois plus faible que la liaison covalente. Brefs contacts entre les molécules. H avec O,N,F. Intercellulaire
- 2 entre les thymine-adénine
- 3 entre les guanine-cytosine (donc plus difficile à défaire)

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9
Q

Qu’est-ce qu’une liaison phosphodiester?

A

Ester : un atome relié à un O avec un double lien et un groupement alcoxyle. Liaison covalente plus forte que liaisons H, donc, la dénaturation ne sépare que le double brin d’ADN.

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10
Q

Que nécessite la polymérisation?

A

L’apport en nucléotide triphosphate. Lors de la polymérisation, on libère un pyrophosphate (par hydrolyse), qui va ensuite s’hydrolyser en deux phosphates inorganiques pour libérer encore plus d’énergie. Cette même énergie est nécessaire pour continuer la polymérisation.

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11
Q

Les liens H se forment que si…

A

l’orientation des nucléotides est antiparallèle

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12
Q

De quoi est composé un nucléotide?

A

Un groupement phosphate, une base azotée et un sucre (désoxyribose). Lien phosphoester (en 5’OH) entre le sucre et le phosphate, lien osidique entre la base azotée et le sucre (en 1’OH).

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13
Q

À quoi sert les nucléotides?

A
  • Source d’énergie chimique via la liaison entre les groupements phosphates facilement hydrolysable (ATP, GTP).
  • Association avec différents groupements chimiques pour former des coenzymes (CoA)
  • Molécules de signalisation intracellulaire ou second messager (AMPc)
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14
Q

Qu’est-ce qui donne la charge négative de l’ADN?

A

Le groupement phosphate -> donne le caractère ACIDE

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15
Q

Différences entre les sillons majeurs et mineurs

A
  • Le sillon majeur est plus spécifique puisqu’il distingue les paires A:T et T:A (C:G et G:C).
  • Il y a plus d’avantages à ce que la protéine se lie au sillon majeur parce qu’il y a plus de diversité et un plus grand nombre de liaisons.
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16
Q

Quelles sont les différentes formes retrouvées de double hélice?

A
  • Forme B : Classique, hélice à droite
  • Forme A : Hélice à droite, plus compacte, migration plus loin dans l’axe central à cause de la torsion des bases
  • Forme Z : Hélice à gauche, plus allongée, charpente sucre/phosphate en forme de zigzag, unité de base en doublet purine-pyrimidine. Concentration élevée en ions positifs ou dans des régions de l’ADN surenroulées négativement.
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17
Q

Quelle est la caractéristique commune aux trois formes de double hélice?

A

La charpente est toujours vers l’extérieur et les bases se retrouvent tout le temps à l’intérieur.

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18
Q

Qu’est-ce que ça implique : la structure globale de la molécule reste la même que ce soit un couple A:T ou C:G?

A

La forme de l’ADN reste pareille parce que les facteurs de transcription reconnaissent les liaisons avec les bases azotées et non la forme de l’ADN. On ne peut pas se lier à la forme vu qu’elle est pareille partout, on s’intéresse à la chimie entre les bases azotées.

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19
Q

Les caractéristiques physiques de l’ADN permettent…

A

La transmission de l’information génétique d’une génération cellulaire à une autre.

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20
Q

Comment dénature-t-on l’ADN? De quoi dépend la température de dénaturation?

A

En fournissant l’énergie sous forme de température ou en modifiant le pH vers une solution plus alcaline.
La température de dénaturation dépend de la longueur du segment et des types de bases.

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21
Q

Comment peut on déterminer la spécificité d’un hybride?

A

Plus la température d’hybridation est élevée (proche de Tm), plus l’hybride est spécifique. (On peut créer une sonde en laboratoire qui est complémentaire à une séquence spécifique.)

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22
Q

Quelles sont les deux techniques d’hybridation sur filtre?

A

Southern (ADN) et Northern (ARN)

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23
Q

Que faut-il faire pour que mon brin d’ADN monocaténaire puisse être congelé, dégelé, bouillir, être mis dans un SDS sans qu’il soit dégradé?

A

On le met sur une membrane de nitrocellulose (ou un filtre).

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24
Q

Qu’est-ce que l’hybridation in situ?

A

On utilise une sonde (fabriquée in vitro) spécifique à un gène sur un chromosome qui va produire (par exemple) de la lumière verte au niveau du gène complémentaire à la séquence.

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25
Q

Quelle est la différence entre les techniques de visualisation FISH et immunocytochimie?

A

FISH = Sonde d’ADN radioactive qui va libérer une molécule fluorescente lorsqu’elle s’hybride sur l’ADN.
Immunocytochimie : Permet la visualisation directe de certaines séquences. Au lieu d’avoir une sonde, je vais avoir un anticorps qui va chercher où est le facteur de transcription X sur l’ADN (par exemple). Plus utilisée pour cartographier des séquences uniques ou à faible nombre de copies.

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26
Q

Citez les étapes de la technique d’hybridation sur membrane Southern.

A
  1. L’ADN est digéré par des nucléases
  2. Séparation sur gel selon leur taille par électrophorèse
  3. L’ADN est transféré sur une membrane ou un filtre par capillarité
  4. Une sonde radioactive est produite avec du phosphate radioactif
  5. La sonde va s’hybrider
  6. Fragment double-brin radioactif peut enfin être détecté par exposition aux rayons X (radiogramme)
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27
Q

Quelles sont les principales différences entre Southern et Northern?

A

Bien que les techniques soient assez similaires, Northern s’effectue en moins d’étape parce que j’obtiens pas de gros amas comme l’ADN. Il faut aussi prendre plus de précaution puisque l’ARN est plus fragile.

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28
Q

Comment est contenu le génome chez les eucaryotes et chez les procaryotes?

A

Chez les procaryotes, il est dans un seul chromosome circulaire dans la région du nucléoïde. Chez les eucaryotes, il est contenu dans le noyau (linéaire, ADN génomique).

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29
Q

V ou F. Plus le génome est grand, plus l’organisme est complexe.

A

Vrai, il existe une corrélation positive entre la taille d’un génome, le nb de gènes et la complexité de l’organisme.

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30
Q

V ou F. Les séquences associées aux gènes ou codantes pour un gène sont présentes en majorité dans le génome.

A

Faux, le génome est composé à 2/3 d’ADN intergénique et à 1/3 de gènes et séquences associées.

31
Q

Qu’est qu’un plasmide et comment son information génétique peut être transmise?

A

Petites molécules d’ADN généralement indépendantes du chromosome et susceptibles d’être transmises d’un individu à un autre. Transmission verticale et horizontale. Il peut se répliquer indéfiniment alors que le chromosome bactérien se réplique une fois.

32
Q

V ou F. Les plasmides ne contiennent pas de gènes importants pour la croissance.

A

Vrai, mais ils confèrent souvent un caractère avantageux comme la résistance à un antibiotique.

33
Q

V ou F. Une bactérie peut être diploide.

A

Vrai, si un gène est présent dans l’ADN chromosomique et dans le plasmide.

34
Q

V ou F. Une bactérie peut être diploïde.

A

Vrai, si un gène est présent dans l’ADN chromosomique et dans le plasmide.

35
Q

V ou F. Un organisme diploïde est représenté par 2n.

A

Faux, il est plutôt représenté par 2x. 2n signifie que c’est une cellule somatique.
X représente le nombre de jeu de chromosome. Une cellule peut donc être tétraploïde pour sa cellule somatique : 4x = 2n.

36
Q

Pourquoi sélectionne-t-on des espèces végétales polyploïdes dans l’agriculture?

A

Elles permettent de surmonter le problème de stérilité des hybrides ou de créer des espèces sans graines.

37
Q

Quels sont les points communs entre l’ADN mito et chloro?

A
  • Existent en plusieurs copies
  • Réplication indépendante du reste de la cellule
  • Transmission non mendélienne (aléatoire)
  • Génome circulaire
  • Séquences ressemblant aux génomes bactériens
38
Q

Comment sont organisés les gènes des procaryotes et les gènes des eucaryotes?

A

Pro : En opérons, transcrits polycistroniques = plusieurs gènes qui se suivent un derrière l’autre, mais ils vont être transcrits d’un seul coup. 1 opéron pour plusieurs protéines
Eu : Généralement plus longs, monocistroniques = 1 gène, 1 ARN. Discontinus = séparés par des introns.

39
Q

V ou F. Le génome bactérien est principalement constitué de séquences codantes.

A

Vrai, le reste constitue des séquences non-codantes régulatrices de l’expression génique.

40
Q

Comment qualifie-t-on la corrélation entre la densité génique et la complexité de l’organisme?

A

Négative. Plus l’organisme est complexe, moins on a de gènes par Mb. On va retrouver des introns à l’intérieur des gènes et bcp d’ADN intergéniques 60%(séquences uniques et répétées).

41
Q

De quoi sont constituées les séquences uniques de l’ADN intergénique?

A
  • Séquences régulatrices de l’expression génique
  • ARN régulateurs
  • Origines de réplication
  • Pseudogènes et fragments de gènes : Produits par duplication, incorporation de gènes viraux, mutations. Ne fonctionneront jamais.
42
Q

Quelles sont les séquences uniques relativement conservées avec les générations?

A
  • Les séquences régulatrices, ARN régulateurs, les origines de réplication
43
Q

De quoi sont constituées les séquences répétées?

A
  • Transposons : séquences d’ADN capables de se déplacer de manière autonome dans le génome
  • Régions hautement répétitives incluant les télomères, les centromères et les microsatellites (très variables entre les individus causant des problèmes lors de la réplications - mutations).
44
Q

Comment est compacté l’ADN chez les procaryotes?

A

En nucléoïde, situé directement dans le cytoplasme. Le nucléoïde est dynamique.

45
Q

Quels sont les deux formats de condensation chez les eucaryotes?

A
  • Chromosome mitotique = condensation maximale lors de la mitose
  • Chromatine non mitotique = moins condensé (interphase)
46
Q

Qu’est-ce qui compose la moitié de la masse moléculaire d’un chromosome?

A

Les protéines

47
Q

Quelles sont les deux catégories de protéines?

A
  • Histones (condensation)
  • Non-histones (transcription, réplication, réparation et recombinaison)
48
Q

Quelles sont les deux formes de chromatine?

A

Hétérochromatine (condensées) et euchromatine (étendues). Histones contrôlent le passage d’une forme à l’autre.

49
Q

Quel est le premier niveau de compaction? De quoi est-il composé?

A

Le nucléosome : 8 histones (2 H2A, 2 H2B, 2 H3 et 2 H4) enroulent environ 147pb

50
Q

Comment s’appelle l’ADN reliant deux noyaux de nucléosome?

A

ADN intercalaire

51
Q

Quelle propriété permet aux histones de se lier aux séquences d’ADN?

A

Présence importante (20%) d’arginines et de lysines qui sont +.

52
Q

Où se lient les histones?

A

Elles ne sont pas séquences spécifiques, donc, on les retrouve au niveau du sillon mineur pour laisser le sillon majeur libre pour les protéines qui sont séquences spécifiques. Elles vont préférer les séquences A:T.

53
Q

V ou F. Il est possible de retrouver un noyau de nucléosome libre.

A

Faux, le noyau du nucléosome peut s’agencer seulement en présence d’ADN. (2 Dimères H2A-H2B et tétramère H3-H4)

54
Q

Vers où se retrouvent les queues N-terminales des histones?

A

Vers l’extérieur du nucléosome

55
Q

Dans quel ordre se forme le nucléosome? Combien de liens hydrogènes sont formés?

A

Tétramère d’abord = courbure, ensuite les deux dimères se joignent au complexe, ce qui le stabilise.
Environ 40 liens hydrogènes sont formés, la plupart impliquant les « O » de la charpente de l’ADN.

56
Q

V ou F. Les histones interagissent avec des régions spécifique de l’ADN.

A

Vrai, mais indépendant de la séquence

57
Q

Qu’est-ce qui maintient l’ADN enroulé? Quelles modifications peut-on y faire?

A

Les queues N-terminales. Elles peuvent être modifiées par acétylation, méthylation, phosphorylation (post-traductionnelle). Les queues émergent à des positions spécifiques et elles forment plusieurs des liaisons H entre l’ADN et les histones. Elles sont facile d’accès pour les protéines aux alentours.

58
Q

V ou F. Les nucléosomes sont fixés à leur emplacement.

A

Faux, ils ont des interactions dynamiques et ils ne sont pas séquences spécifiques. Donc, ils peuvent facilement bouger. Ils sont inhibés par la compétition entre les protéines non-histones. D’autres protéines interagissent avec le nucléosome existant, le stabilisant.

59
Q

Avec quel région l’histone H1 interagit?

A

Avec l’ADN intercalaire.

60
Q

V ou F. L’histone H1 fait partie de l’euchromatine.

A

Vrai

61
Q

Comment forme-t-on l’hétérochromatine?

A

Grâce aux interactions des queues N-terminales des histones avec les nucléosomes adjacents. Elles vont former des structures en hélice.

62
Q

Quels sont les deux modèles d’hétérochromatine?

A

Solénoïde : Interaction entre le nucléosome et son voisin immédiat.
Zigzag : Hélice à deux début qui oblige l’interaction entre un nucléosome et le deuxième suivant.

63
Q

Comment sont retenues les bases de chaque boucles d’hétérochromatine?

A

Échafaudage nucléaire.

64
Q

Quelles sont les protéines de l’échafaudage nucléaire?

A
  • Topoisomérase II : Maintien de la structure et s’assure que les boucles demeurent séparées les unes des autres. S’il y a un nœud, elles vont couper l’ADN et elles vont permettre le maintien en ressoudant. Elles se cassent en premières lors de l’analyse de l’ADN, donc, on n’a pas trop d’info sur elles.
  • Protéines SMC : Participent au maintien de la boucle. Garde les nœuds jusqu’à ce que ça se règle.
65
Q

Quels sont les 5 niveaux de compaction?

A
  1. La structure de base, aucune histone
  2. Nucléosome (le vrai premier niveau) avec les H1 (euchromatine)
  3. L’hétérochromatine selon les deux modèles
  4. Échafaudage nucléaire
  5. Chromosome
66
Q

Quels sont les deux classes de complexes protéiques?

A
  • Complexes remodelants (ATP-dépendants)
  • Complexe de modifications post-traductionnelles des queues des histones
67
Q

Qui recrute les complexes remodelants ATP-dépendants?

A
  • Facteurs de transcription
  • Queues N-terminales des histones
68
Q

Comment le remodelage se fait-il?

A

Transfert (1) ou glissement (4) des nucléosomes. Un autre complexe permet même l’échange d’histone. Un brin à la fois. Les complexes marchent sur l’ADN comme des mitaines.

69
Q

Comment fonctionnent les complexes de modification post-traductionnelles des queues d’histones?

A
  • Ajout actéyl : neutralise la charge + des histones -> augmente transcription
  • Ajout méthyl : répression de la transcription -> recrute des protéines pour la formation d’hétérochromatine
  • Ajout phosphate : neutralise la charge + des histones -> augmente la transcription
70
Q

Quel est le lien entre l’épigénétique et le remodelage de la chromatine?

A

Ce sont des changements stables et transmissibles causés par l’activation et la désactivation des gènes, sans altération des séquences à cause de l’acétylation/méthylation (entre autres) des queues des histones.

71
Q

Expliquez l’exemple de l’apprentissage chez la souris.

A

WT : Permet l’ajout acétyl = augmente la transcription = permet l’apprentissage
CBP : Acétyltransférase qui permet l’acétylation et augmente la transcription
CBP muté : Pas d’acétylation, moins de transcription, moins d’apprentissage
Ensuite, pour savoir si c’est vraiment une question d’acétylation, on a fait de l’immunodétection et un Western blot pour détecter les histones H2B-acétylées. Quand on enlève CBP, on a moins d’histones acétylées. (bandes plus fines ou moins de coloration)

72
Q

Décrivez les variants d’histones.

A

Spécifiques à certaines espèces, types cellulaires ou phases cellulaires. Elles différent des histones conventionnelles par quelques résidus, mais ça change grandement leurs propriétés.
**Ils sont séquences spécifiques!

73
Q

L’accessibilité à l’ADN est dynamique via…

A
  • Le positionnement de variants d’histones
  • Les complexes de modifications post-traductionnelles des queues d’histones
  • Les complexes remodelants (ATP-dépendants)