chap4 Flashcards
Donnez un exemple de cas où variation de seulement 1 nucléotide
gène pelage souris :Mcr1
Que sont les variations structurales
Indel ( insertion, deletion)
Microsatellite
Inversion, CNV ( copie number variant)
Variaiton chromosomique
Fusion chromo, translocation, duplication génome entier
Inversion trio
Qu’est ce que l’épigénétique
Que sont les types
Mecanisme transmissible qui modifie l’expression
Micro ARn
Histon e
Methylation cytosine
En fonction de quoi varient les gènes exprimés
-tissues
enviro
Temps
On a une difféfence de variation d’un gènes, qu eregarde t,ont
Variation épigénétique et Génétique
Qu,est ce qui mène à une différence phénotypoque
Varia nucléo, structurale, Épigénétique
Variation quantittative, quali d,une gène
Varia de la prot
Varia pheno
Par quoi est influencé la diversité généytique
1- Taille effective, elle même influencé par la démographie, l’histoire de vie, Système reproducteur
2- Mutation
3- Selection liées ( va diminuer la diversité)
VOIR CARTE
Qu,est ce qui influence la selection liée
Recombinaison, Densité du gène
Quel es tl’impact d,un taux de recombinaison faible
haplotype long, perte de diversité
Qu,est ce qui impact la taille effective
Histoire de vie
r= + effecive
Demographie
Migraiton +
Système reproducteur
Croisement = +
Sur quoi impact le système reproducteur
Sur la taille effective
et sur le taux de recombinaison
Le taux de recombinaison va lui impacter sur les gènes liés, en diminuant le nombre de gène lié. Moins de gène lié implique + de diversité
Sur quoi impact l’histoire de vie
Mutation
( + de division germinale = + de mutation)
Taille effectvie
comment trouve-ton des variation structurale de petite taille
- Avec couverture
(deletion1duplication) , GBS’ WGS - Ou alignement de petite paires WGS
Pourquoi utilise ont les SNP /array/ chips
Indentificaition site d’interet, on prend Certon site
Comme exome
Pourquoi utilise t-on rad seq/GBS
On digère ADN avec nzyme é Quand on peut une représentation réduite du génome
Quand on a pas de seq de référence
Comment peut ont voir les insertions 1 deletions
Whole genome, long read
Comment on caractérise les snp
nbd’individus ( barcodes) X taille du génome ( entier ? segmenter ( caputr,e radseq) X profondeurde couverture ( Plus la couverture est bonne, plus on a confiance dans le polymorphisme observé
Mais il existe des méthodes pour tenir compte de l’incertitude si basse couverture)
Avec quelle méthode on utilise les SNps ?
Quelle génération on utilisera
Génome entier Ou représentation réduite du génome -Rad-seq -Capture -SNP-chip -Exomecapture
Concernant les COi barcode, on différencie les individu pa rleurs différents….
Haplotypes
Est il plus interessant d’unitliser des Sv ou des SNp
pk
SV car concernent 3x,5x plus de pb que les SNps
Que sont les avriants biallelique ? Que signifie bi allélique
Multiallélique ?
2 versions possibles d’un allèle
Inverstion délétion
Nombre de copies des CNVS
Si on veut vérifier la variation d’une gène candidat, comemnt on fait
On va regarder la QUANTITÉ et si il y a la présence d’isoformes différents
Développer amorce spécifique à ce gène .
On extrait ARN; cDNA, on regarde qualité
On pourrait faire une ddPCR”
Que sont des isoformes en génétique
es isoformes d’une protéine sont les différentes formes qu’elle prend lorsqu’elle est issue d’un même gène
Quelle sont les différents niveau de différence dans ld’expression
Varia nucléo structur epigné expre protéique phenot
Refait le diagrame
ok
Qu,est ce qui favorise laperte de diversité
- derive sur petite popu
- Sélection purificatrice
- Sélection directionne+ liaison recombi
Que sont les différentes échaelles de variabilité
variabilité entre tissus/cellules
Hétérozygotie
varia entre individu
varia entre popu/espèce
En quoi peut résulté un même génome
Différents épigénome
Différents transcriptome
Différents protéome
Que revele la diversité des individus au sein d’une population
révélatrice du niveau de consanguinité et d’apparentement
Que révèle La similarité ou la variabilité entre populations et/ou entre espèces
révélatrice du niveau de flux de gènes et de possibles adaptations locales
Que va t,on utilier pour la phylogénie, taxonomie ?
ADNmt
Que va t,on utilier pour la phylogénie, taxonomie ?
Pourquoi ?
ADNmt
Évolue rapidement
Pourquoi on tuilise l’ADN mt pour les adn ancien
Plusieurs copie, contrairement à l’ADN nucléaire
Quand on analyse l’ADNmt, que regarde on
l’utilise t’on sur tout l’ADN mitochondrial
SNp, haplotype
Segment ciblés ?
Génome mitochondrial
Quel est l’incovenient de l’utilisation de l’ADNmt
1 seul locus. Transmis sans recombinaison
mesure seulement flux génique maternel
Quand utilise on les gene candidat
comprendre le lien génotype/phénotype et l’effet de la sélection.
evolution et conservation, comprendre, la reportition et polymorphisme du gène
Quelle approche on aborde pour comprendre les fonctions et cibler les fonction d’interet
IMPORTANT POUR COMPRENDRE FONCTION
ET CIBLER FONCTION D,INTERETS
Dans quelle situation on cherche des microsatellite
avantage?
Quelle génération
On en prend pour la structure sociale, apparentement, structure population
Généralement neutre (mais qui peut être lié à des gènes d’importance).
Requiert peu d’ADN
Très polymorphes
Seconde(miseq)
Qu prend on pour l’analyse des strcuture de population
Microsatellite
SNP
Que. prend ont pour reconnaitre des individus
Microsatellite
Quel sont les inconvénients des SNPS
avantages
En général très spécifique (même à l’intérieur d’une espèce) -> un problème pour le développement des biopuces mais pas pour le RAD-seqou le WGS
-Marqueur bi-allélique (niveau de diversité limitée)
Avantages de l’analyse de SNP:
- Grande abondance dans le génome (1000 à des millions selon méthode de séquençage)
- Marqueurs neutres ou sous sélection.
- Grande précision des génotypes (faible taux d’erreur)
- Calibration «absolue» entre laboratoires.
SI on veut étudier l’iIdentification de gènes sous sélection (reliés à l’adaptation) , que va ton utiliser
des SNps
SI on veut étudier la cartographoe génétique (reliés à l’adaptation) , que va ton utiliser
SNPS
Dans quelle situation on utilise les snp en prorité
utilisés dans toute les méthode, sauf ADNe.
Surtout en phylogéo, phylogénie, Sélection et dapt
Comment on procède au séquencage de génpm enntier
On sépare les bee et on extrait ADN
ADN coupé en morceau
sequncage
matchage des sequnces
à genome de reférence
SI on a pas de génome de référence; que fait on
on prend de smorceaux du génomes; Rad seq
Quells sont les avantages du whole génome
inconvenient
Avantages:
- Aucun développement requis mais un génome de référence est préférable
- Très bonne représentation de l’ensemble du génome
- Grand nombre de marqueurs (> millions de SNPs)
- Accès à toute la variation génétique (SNPs, variations structurales…)
Inconvénients:
- Coûts de séquençage non négligeable (selon couverture)
- Nécessite du matériel ADN relativement «frais» et de bonne qualité
- Stochasticitédans le génotypage (couverture variable entre individus et SNP).
- Requiert des ressources et expertise en bio-informatique
Comment develope ont SNp chip 1snp array
Que sont les avantages ?
Inconvenients
Etapede développement:
1-Séquençage massif aléatoire d’ADN génomique ou cDNA(DNA synthétisé à partir de l’ARN)
2-Alignement des séquences de plusieurs individus
3-Identification des sites d’intérêt (SNPs, loci, exons)
Avantages:
-Contrôle sur la représentation du génome ciblée (gènes d’intérêt, loci divergents,etc).
-Génotypage très précis.
-Données faciles à gérer (d’un point de vue informatique) et analyses rapides
-Grand nombre de marqueurs (5 000 à 500 000)
Inconvénients:
-Recherche et développement de SNP peut être longue, difficile et coûteuse.
-Biais possible de la représentativité allélique réelle (ascertainmentbias)
-Coûteux (limite le nombre d’individus ou de marqueurs analysés).
-La variabilité génétique explorée est limitée à la variabilité recherchée (et à des SNPs…)
On veut comprendre la connectivtié entre deux popu, que fait ont ?
On veut des SNPs.
Cependant sur quoi ?
Si bcp d’individus; Rad seq
On veut comprendre la distribution géo de certains gènes , qu’utilise ont
SNps sur une séquence précise
Puce-ADN
Que sont les haplotypes
Plusieurs SNPsphasés = Haplotypes
Groupes d’allèles hérités ensemble d’un même parent
Qu’informent les haplotypes
Plus d’information sur la démographie de l’espèce, le flux de gènes passé, l’hybridation, l’importance de la sélection, etc…
qu’utilise ont pour la démographie de l’espèce, le flux de gènes passé, l’hybridation, l’importance de la sélection, etc…
Haplotupe
On. a mis une espèces encemencé dans une espèce sauvage, que fait on
RAD –seq+ analyses par haplotypes
La longueur et le nombre d’haplotypes domestiques sont plus élevées chez les hybrides récents et les populations ensemencées récemment
Que peuvent indiquer les variants structuraux autre que SNPS
contribuent à l’évolution et la diversification des espèces (autant au niveau neutre, qu’adaptatif).
Comment les variants structuraux peuvent avoir un effet sur le phenotype
réduction de la recombinaison, altération de la
chromatine, dosage de l’expression des gènes)
Que sont les CNVs
copie number variant
Comment peut ont quantifier l’expression des gènes
Extraction ADN
Conversion en cADNpar reverse-transcriptase
Séquençage
Ensuite soit RTqpCR
Bio puce; milliers de gènes. Il faut dvp et ciblage de gène
Que veut ont étuider quand on veut étudier milliers de gènes
Bio puces
Comment étuider la différence d’expression des gènes hybrides
RNA seq
Quel est l’avantage du RNA seq sur la qPCR
Désaventage
transcriptome en tier, pas un gène
- Extrême sensibilité de détection (10 à 100 fois plus élevée que les bio-puces. quantification plus précise et détection d’ARN rares).
- Couverture complète et non biaisée du transcriptomeentier.
- Aucun développement de marqueurs et aucune connaissance du génome nécessaire a priori. (applicable à des espèces non-modèles, etc)
- Information précise sur les séquences des transcrits permettant d’identifier les différents allèles à un gène donné (expression allélique différentielle).
- Identification de nouveaux transcrits (ARN non-codants, miARN, etc.)
- Obtention simultanée des génotypes de tous les gènes transcrits.
Inconvénients
- Reste dispendieux (pour beaucoup de spécimen, les bio-pucessont plus intéressantes)
- Les données requirent expertise et ressources bioinformatiques
- Le compromis entre couverture par réplicat biologique vs nombre de réplicats doit être très bien évalué.
Comment on quantifie la mthylation de l’ADN
Traitementbisulfite pré-séquençage
C non méthylés sont convertis en T
donc C restant sont méthylé
% de cytosines
Si on ne remarque pas de différence gnétéqiue, comment expliquer cela
expliquez methode
Epigénétique ( niveau de methylation) ou
On regarde dif expression
Quel est l’impact de l’épigénétique sur le gène
change expression
PAS DE CHANGEMENT DANS LE GENOME
