chap3 Flashcards
Qu’est ce qui cause la degradation des adn
Biotique: enzyme
Abio: radiation, oxyge, Hydro
Dans ces différents ecosystemes, Combien de temps dure les ADN
Marin Eau douce Sédiment Pergelisol Glace
7j 30J 3000 ans 600 000 ans 500 000 ans
Avec quel marqueur détecte on l’ADN ancien ?
Quel eput etre l’utilité
COI
Détecter extinction
Microsatellite et SNp possible aussi
Que sont les 4 composantes de L’AD N et leur influences
ORigine Primare: feces, decomposition, secretion mucus= vient de l’Animal
Secondaire; ;predateur secondaire, une carcasse, bruit de fond
Etat intramembranaire Extramembranaire Particule Dissous
Transport
Bio, bullaste, resuspension, aquarium , rviière
–>essentiel dispersion temps et espace
Durée = degradation Selon environnment (sédiment ou eau ) interaction biotiqu e abiotique conformation
-Caracterisation ADN (conform, longueur)
Environnement biotique et abiotique
Qu’est ce que la production Net
Selon l’articles, qu’est ce qui a un impact
Degrdation + production
Voir fueille
TEMPERATURE ET MASSE D’EAU
Que sont les aspects contributaires de L’ADNe
Écologie
Conservation
Espece invasive
Biomonitoring
Que sont les avantage de l’unitlisation de l’ADN e en ecologie
Avantage Utilise pour quantifier la ichesse Diversité à dif echelles Mesurer biodiv et ecosyst Estimation biodiv
Desavantage : pb technique estimation abondance
Que sont les avantage de l’unitlisation de l’ADN e en conservation
- Non invasif
Rapide
Peu cher
M marque, m protoco, standardiser= bonne base interprtation
Desavantage: on repond pas aux question demo, poplation, structure age
Que sont les avantage de l’unitlisation de l’ADN e en invasive
Dectetion en faible abondance avant dégat
Dispersion
faux neg ou faux postif
Que sont les avantage de l’unitlisation de l’ADN e en biomonitoring
Detection d’espce cryptique, stade de vie etc.
aps de dommages
Quantifier diversité dur
Que sont les ETape d’une étdue avec ADN e
1-Question:
on cherche quoi
2-Echantillonage : Ou ? Combien de sites Combien d'échantillon ? Quantité ADn ? Stockage
3-Stockage:
ADn dans tampon, loin chaleur et lumière
- filtrer avant 24h, retirer filtre
4-Définir régions à amplifer -Marqueur: pour quoi & Recup sequence dans Genbank ou blod ADN mt ; quel ? Si nv espèce; dvp amorce; alignement sequences
5-Amplificaiton
ADn court ?
Quelle resoltion ? famille ? genre ?
Prendre une sequence qui varie et qui soit versatil
6-Analyse:
1 espèce ?
petite seq= sanger, peu seq
amorce spé
Plusieurs ; amorce
amorce universelle
seconde géné
8Bio info:
Nettoyer données, rechercher avec genbank
Blast si pas de ref; alignement
RÉSULTATS
COmment obtenir info sur réseau trophique
feces
Qu’est ce qui est important quand on utilie ADNe
Avoir comparaison avec visuel;
Si on veut detecter un espèce, qu’utilise on ?
Si on veut étudier l’écologie
visuel
ADNe
Quel est l’impact des chromosomes sexuels sur la diversité
La diversité génétique est réduite sur les chromosomes sexuels
(e.g. la taille efficace du X dans un système X/Y est de ¾ Ne = Il ne recombine que chez les femelles!)
