Chap 11 - MARQUEURS GÉNÉTIQUES Flashcards
Trois techniques de base des marqueurs génétiques
- PCR
- enzymes de restrictions
- séquençage de l’ADN
quel type d’ADN est impliqué dans la PCR
ADN polymérase
technique d’amplification d’ADN
PCR
Qu’est ce que la taq polymérase
ADN polymérase, stable a T°C élevé
Technique qui coupe l’ADN (nucléases)
enzymes de restrictions
A quoi sert le séquençage d’ADN?
Déterminer l’ordre des nucléotides dans une molécule d’ADN
Qui suis-je? Séquence d’ADN avec une location connue qui peut être utilisée pour dentifier des individus dans une population
marqueurs génétiques
Quels sont les modifications possibles grâce aux marqueurs? (3)
- Différences dans la séquence de nucléotides (SNP)
- Délétion ou insertion d’un fragment d’ADN dans la séquence
- Variation dans le nombre de répétitions en tandem
Marqueurs qui reposent sur la PCR? (4)
- CAPS
- HRM
- InDel
- Microsatellite
nommer l’avantage et les 2 inconvénients des CAPs
avantage: facile d’utilisation
inconvénient:
* Nécessite un site de restriction à l’endroit précis de la différence dans la séquence (pas toujours possible)
* Un peu plus long et coûteux que les marqueurs InDel ou microsatellites (Ils ne nécessitent pas de digestion)
quels sont les deux marqueurs possible de détecter les mutations
CAPS
HRM
Qu’est ce que HRM implique?
La technique repose sur les différences de la température de dissociation
Les marqueurs InDel sont basé sur quoi?
sur la détection d’une insertion ou d’une délétion
Quel est l’avantage des marqueurs InDel?
Très facile et efficace
Les marqueurs InDel sont généralement utilisé:
* entre espèces
* à l’intérieur d’un même espèce
même espèce
Séquence d’ADN formée d’une répétition continue de courts motifs de nucléotides (2 à 10 nucléotides).
les microsatellites
Avantage des microsatellites
Hautement polymorphiques
quels sont les deux utilisation du séquençage de nouvelle génération?
- découvrir les différences qui servent à développer des marqueurs
- utilisé directement pour génotyper les plantes
le Séquençage complet du génome de chaque individu d’une population permet quoi?
de détecter toutes les variations
les 2 avantages du séquençage partiel du génome de chaque individu
- Beaucoup plus économique
- S’applique à toutes les espèces peut importe la taille du génome
qu’est ce que le multiplexage?
technique qui permet de séquencer plusieurs échantillons à la fois
quels sont les avantages du séquençage de nouvelle génération comparer aux marqueurs traditionnelles? (2)
- Beaucoup plus rapide
- Peut être appliqué à des espèces dont on connaît peu la génétique
Vrai ou faux:
La grande majorité des modifications de l’ADN que l’on utilise pour faire un marqueur est aussi responsable du phénotype observé?
F
Quels sont les raisons d’avoir des cas où le phénotype ne correspond pas au génotype obtenu par le marqueur? (2)
mutations
recombinaison
Quels sont les situation où un marqueur est fiable (2)?
- Si les deux mutations sont apparues au même moment ou presque
- s’il y a eu sélection et que les individus avec les deux mutations ont survécu aux dépens des individus avec la situation intermédiaire
Vrai ou faux:
pour qu’un marqueur soit fiable, il ne peut pas y avoir aucune exception dans la population
F
il arrive parfois quelques exception
Plus un marqueur est lié génétiquement à sa cible et plus il sera:
- fiable
- instable
fiable
comment peut on diminuer les erreurs?
ajouter un marqueur à l’autre extrémité
comment se nomme le type de marqueur pouvant être responsable du phénotype?
marqueur direct
où sont conçu les marqueurs directs?
au site même de la mutation
Pourquoi c’est difficile d’avoir un marqueur lié au phénotype (2)?
- Difficile de déterminer le gène responsable d’un phénotype
- Encore plus difficile de déterminer la mutation dans le gène ou autour du gène qui est responsable
Vrai ou faux:
Le taux de recombinaison est très faible dans les régions avec beaucoup d’hétérochromatine
V
Cela veut dire que deux marqueurs éloignés de1cM près du centromère peuvent être à plus de 10 millions de paires de bases de chacun
À l’inverse, deux marqueurs dans une région d’euchromatine éloignés de 1cM pourraient être séparés par seulement 100 000 paires de bases
une région avec beacoup d’hétérochromatine rend difficile… (3)
- D’identifier un gène (vaste zone à analyser)
- D’obtenir des recombinants
- De développer des marqueurs physiquement proches
De quoi est constitué un gel pour faire migrer de l’ADN?
* gélatine
* amidon
* agarose
agarose
vrai ou faux:
Un fragment d’ADN de 200 pb va migrer plus loin dans un gel qu’un fragment de 400 pb
V
vrai ou faux:
Une enzyme de restriction a comme fonction de restreindre l’accès des protéases coupant l’ADN
F
Le séquençage traditionnel de l’ADN est parfait pour le séquençage d’un génome, car il permet d’obtenir de grandes quantités d’informations (des millions de bases) avec une seule réaction
F
Le polymorphisme des microsatellites s’explique par le glissage des répétitions lors de la réplication de l’ADN
V
Le multiplexage permet de séquencer plusieurs échantillons en même temps avec le séquençage de nouvelle génération
V
Pour avoir un marqueur fiable, on essaie de sélectionner un marqueur qui est très proche de notre cible et qui a été associé à notre cible au cours de la sélection
v
