Caspule 1.1 Flashcards
Qu’est-ce qu’un groupement fonctionnel?
Un groupe fonctionnel (aussi appelé groupement fonctionnel) est un regroupement d’atomes à l’intérieur d’une molécule qui forme la partie réactive de cette molécule.
Les groupements fonctionnels déterminent les propriétés particulières d’une biomolécule comme sa réactivité chimique, sa solubilité, son odeur et son degré d’absorption de la lumière.
Il existe une grande variété de groupements fonctionnels et nous ne verrons ici que ceux qui présentent un intérêt majeur en biochimie.
Qu’est-ce qu’un groupement hydroxyle
Les groupements hydroxyle sont formés d’un atome d’oxygène et d’un atome d’hydrogène. On utilise la lettre R pour signifier que la nature de l’atome lié au groupement hydroxyle n’a pas d’importance. Les composés contenant ce type de groupement sont aussi appelés alcool. Les glucides sont un groupe de biomolécules caractérisées par la présence de ce type de groupement.
Qu’est-ce qu’un groupement carbonyle?
Le groupement carbonyle correspond à un atome de carbone et un atome d’oxygène liés entre eux par une double liaison. Les composés contenant des groupements carbonyle seront appelés aldéhyde ou cétone selon la présence ou non d’un atome d’hydrogène lié au carbone du carbonyle. On retrouve ce type de groupement chez les glucides. La distinction entre un aldéhyde et une cétone est très importante, car, comme vous le verrez lors du module 7, elle est à la base de la classification des glucides.
Qu’est-ce qu’un groupement carboxyle?
Le groupement carboxyle correspond à un carbone lié à un groupement hydroxyle, mais également lié à un oxygène par une double liaison.
Les composés contenant des groupements de ce type peuvent être appelés acides carboxyliques. On retrouve ces groupements chez deux types de biomolécules : tout d’abord, les lipides de types acides gras contiennent un groupement carboxyle à leur extrémité. On rencontre aussi un groupement carboxyle chez tous les acides aminés.
Qu’est-ce qu’un groupement amine?
Les groupements amines sont très facilement reconnaissables par la présence d’un atome d’azote. On les appelle aussi groupements amino.
On parle d’amine primaire lorsque l’atome d’azote ne partage qu’un lien avec un atome autre que l’hydrogène, représenté ici par un R. On rencontre ce type de groupement dans presque tous les acides aminés. Les amines secondaires correspondent au groupement dans
lequel l’azote forme deux liens avec des atomes autres que l’hydrogène. Représenté ici par R et R’. On retrouve ce type de groupement dans un seul acide aminé : la proline. Vous verrez au cours de la session que cette caractéristique particulière de la proline joue un rôle important dans la structure des protéines. Il existe également des amines tertiaires et quaternaires dans certaines biomolécules, mais celles-ci seront très peu abordées au cours de la session.
Qu’est-ce qu’un groupement phosphate?
On peut reconnaître les groupements phosphate (aussi appelés groupements phosphoryle) par la présence d’un atome de phosphore. Cet atome est lié à trois atomes d’oxygène par des liaisons simples et à un 4ième atome d’oxygène par une liaison double. Ces groupements font partie de la structure de base des acides nucléiques. Bien qu’ils soient absents de la structure de base des acides aminés et des glucides, les
groupements phosphoryle sont fréquemment ajoutés à ceux-ci afin de les modifier. On les retrouve également dans certaines classes de lipides.
Qu’est-ce qu’un groupement sulfhydryle?
Finalement les groupements sulfhydryle aussi appelés groupement thiol, contiennent unatome de souffre lié à un atome d’hydrogène.
Ce groupement est retrouvé dans un acide aminé particulier : la cystéine. Cette caractéristique de la cystéine joue un rôle important dans la structure des protéines en permettant la formation de ponts disulfures que nous verrons un peu plus loin.
Comment on reconnaît un acide aminé?
On peut reconnaître un acide aminé par la présence d’un groupement amine et d’un groupement carboxyle. Les groupements carboxyle et amine, au pH physiologique, sont ionisés, c’est-à-dire qu’ils portent une charge. On peut alors parler de carboxylate plutôt que de carboxyle et d’ion ammonium plutôt que d’amine. Mais il est aussi possible d’utiliser
l’appellation carboxyle et amine pour désigner le groupement même si celui-ci est ionisé.
Comment on reconnaît les monosaccharides?
Les monosaccharides sont caractérisés par la présence de plusieurs groupements hydroxyle. Sous forme linéaire, on retrouve également un groupement carbonyle de type aldéhyde ou cétone. Dans l’exemple montré ici, vous voyez un aldéhyde. Les monosaccharides se retrouvent également sous forme circulaire. Sous cette forme, le groupement carbonyle disparaît. Mais, il est tout de même très facile de reconnaître un
monosaccharide sous sa forme cyclique puisque le type de représentation chimique appelé projection de Haworth n’est utilisé que pour les glucides.
Comment on reconnaît les nucléotides?
Les nucléotides sont les monomères les plus complexes et ils entrent dans la formation des acides nucléiques. On retrouve 3 composantes différentes dans un nucléotide : tout d’abord, une base azotée qui porte un groupement amine, ensuite, un monosaccharide portant des
groupements hydroxyle et, finalement, un à trois groupements phosphates.
Comment on reconnaît les acides gras?
Les plus simples des lipides sont les acides gras. Ces biomolécules simples sont composées d’une chaîne d’hydrocarbure (module complémentaire) et d’un groupement carboxyle. Une chaîne d’hydrocarbure ne contient que des atomes de carbone et d’hydrogène. La longueur de cette chaîne varie d’un acide gras à l’autre. Un groupement carboxyle est retrouvé à l’une des extrémités de la chaîne hydrocarbonée.
C’est quoi la différence entre une polymérisation et une hydrolyse?
On nomme polymérisation les réactions de condensation menant à la formation de macromolécules. Ces réactions se font en rejoignant des molécules organiques plus petites, ce qui entraîne la libération d’une molécule d’eau. Sur cette figure, on voit la polymérisation de monomères d’acides aminés afin de former une protéine. Un polymère peut être brisé en ces différents constituants en utilisant une molécule d’eau.
On appelle hydrolyse ce type de réaction chimique qui sépare un polymère en ces différents constituants.
Qu’est-ce qu’un lien peptidique, Ester et ethers
La structure des liens amides montre côte à côte un groupement carbonyle et un groupement amine. Ce type de lien est présent dans les protéines et est alors appelé lien peptidique. Il est formé par la réaction d’un groupement carboxyle avec un groupement amine.
Les liens esters sont formés d’un groupement carbonyle dont le carbone est lié à un atome d’oxygène. On retrouve fréquemment ce type de lien dans les lipides comme les acylglycérols. Il est formé par la réaction d’un groupement carboxyle avec un groupement hydroxyle.
Les liens O-glycosidiques rencontrés dans les polymères de sucre sont en fait des liens éthers. Dans ce type de lien, un atome d’oxygène sert de pont entre les deux composés liés.
Qu’est-ce qu’un résidu?
Le terme résidu est utilisé lorsque l’on veut désigner n’importe quel type de monomère inclus dans un polymère plus grand. Un polymère est donc constitué de X résidus selon le nombre de monomères entrant dans sa composition.
Qu’est-ce qu’un lien phosphoester, un lien phosphodiester et un lien phosphoanhydrides?
Les esters phosphoriques (aussi appelés phosphoester) sont des esters dans lesquels on retrouve un atome de phosphore plutôt qu’un atome de carbone. Ils sont formés par la réaction d’un groupement phosphoryle avec un groupement hydroxyle. Un lien phosphoester permet d’attacher un groupement phosphoryle à une molécule : c’est ce qu’on appelle une phosphorylation, une réaction particulièrement importante pour le vivant.
Un lien phosphodiester est composé d’un groupement phosphoryle qui forme un pont entre 2 groupements R. Ces liens sont retrouvés dans les nucléotides et également dans un sous-groupe de lipides appelé phospholipides.
Finalement, les liens phosphoanhydrides (aussi appelé anhydride phosphorique) sont des liens qui pourraient être comparés à deux groupements phosphoryles liés ensemble par un de leurs atomes d’oxygène. Ils sont très énergétiques, c’est pourquoi l’ATP, un nucléotide
contenant 2 de ces liens, est souvent considéré comme le transporteur d’énergie dans la cellule.
