Caractérisation et classification des microorganismes Flashcards
En quoi consiste la taxonomie?
L’établissement des groupes naturels d’organismes présentant des caractères communs
Un organisme peut-il appartenir à plusieurs taxons?
Non, il appartient à un seul taxa (non chevauchement)
Établissez la hiérarchie taxonomique.
Espèce - Genre - Famille - Ordre - Classe - Phylum (embranchement et sous-embranchement) - Règne - Domaine
Qu’est-ce qu’une culture pure?
Population de microorganismes où tous les individus ont les mêmes caractéristiques
Qu’est-ce qu’une souche-type?
Souche possédant toutes les caractéristiques représentatives de l’espèce. (Souche-mère)
Qu’est-ce qu’une espèce?
Un groupe de souche dont les caractéristiques sont PRESQUE identiques.
Qu’est-ce qu’un taxon de base?
Groupe homogène différent des autres groupes.
Nommez les caractères de type servant à l’identification des microorganismes.
Morphologie - Composition chimique - Physiologique - Métabolique - Génétique - Interactions avec l’hôte - Écologique - Moléculaire
Quelles sont les caractères morphologiques servant à l’identification?
Taille - Forme - Arrangement
Structure cellulaire
Réaction aux colorants
Comment peut-on identifier un microorganisme par sa composition chimique?
Par ce qui compose la membrane et la paroi cellulaire.
Quels sont les éléments de l’identification physiologique des microorganismes?
- Éléments nutritifs ( Milieu de culture, source de carbone, facteurs de croissance
- Conditions d’incubation (T°, O2 lumière)
De quelle manière est-t’il possible d’identifier un microorganisme métaboliquement parlant ?
Avec les produits finaux de fermentation ou encore les enzymes extracellulaires (protéases, exotoxines, hémolysines)
Avec la génétique, comment peut-on identifier les microorganismes?
Grâce à :
- la composition G-C %
- les séquences de nucléotides
- au nombre de chromosomes
- Les plasmides (extrachromosomiques)
Quel outil est utilisé pour vérifier la composition G-C%
Un spectrophotomètre émettant dans le UV (260 nm)
Quelle est la composition G-C% des animaux et des plantes?
Quelle est celle des microorganismes?
Animaux et plantes: 30 - 50%
Microorganismes: 25 - 80%
Quelles interactions sont vérifiées pour l’identification?
La pathogénicité et la symbiose
Comment identifie-t’on les microorganismes d’un point-de-vue moléculaire ?
Par la comparaison des séquences protéiques et nucléique. On vérifie l’homologie des séquences par analyse bio-informatique de l’hybridation d’acides nucléiques.
Quelles sont les étapes de l’hybridation d’acides nucléiques?
- Marquage
- Chauffage
- Hybridation
Qu’attribue-ton à Carl von Linnaeus ?
La nomenclature des microorganismes
La classe du microorganisme est-elle inclue dans la nomenclature ?
Non, seuls l’espèce et le genre le sont.
Vrai ou faux?
La 1re lettre de l’espèce doit être minuscule tandis que la 1re lettre du genre, majuscule ?
Vrai
Vrai ou faux?
On nomme le genre avant l’espèce?
Vrai
Sur quoi base ton le nom du genre?
Le descriptif, le découvreur généralement
Lors de l’hybridation d’ADN, quel est le seuil minimal à respecter pour dire que deux organismes appartiennent à la même espèce?
80 %
Sur quoi base-t’on la classification taxonomique des microorganismes ?
Sur les caractères communs (des liens évolutifs sont établis)
En quoi consistent les classifications naturelle, phénétique et numérique?
Naturelles nature biologique des organismes
Phénétique: sur la similarité des caractères phénotypiques (morphologie, métabolisme, génétique)
Numérique: nombre de caractères communs. Les microorganismes sont comparés 2 par 2. Représentation avec un dendrogramme
Quelle est la limite de la classification numérique?
La pondération des caractères
Nommez 3 aspects de la phylogénétique.
Comparaison d’espèces distantes
Comparaison de séquence de gènes/protéines observés
Mutation au hasard
Vrai ou faux? Les mutations n’altèrent pas la fonction de l’ARN ribosomal
Vrai
Les régions conservées de l’ARN ribosomal sont elles essentielles à sa fonction?
Oui elles le sont.
Vrai ou faux? Le nombre de différences chez l’ARN ribosomal est indépendant du temps depuis la divergence d’un ancêtre commun.
Faux, le nombre de différence est proportionnel au temps.
Dans un dendrogramme, comment nomme-t’on les événements de divergence et qu’est-ce qui détermine la longueur des branche ?
Les noeuds sont les événements de divergence et la longueur des branches est proportionnelle au nombre de changement moléculaire subit par le microorganisme
Qui a ajouté le 3e règne (les protistes) à la classification des microorganismes? Que comprennent les protistes?
Haeckel en 1865.
à cette époque, les protistes comprennaient les bactéries, les levures, les protozoaires et les algues.
Sur quoi est basé le concept de nutrition pour la classification des microorganismes (Whittaker, 1969)?
Sur la photosynthèse, l’absorption (soluble) et l’ingestion (solide)
Encore selon Whittaker, les microorganismes se divisaient en 5 règnes. En plus des plantes, des animaux et des protistes, quels sont les deux autres règnes ajoutés?
Le règne fungi et celui des monères.
Principe d’évolution unidirectionnelle
L’approche phylogénétique (voies évolutives divergentes) qu’a utilisé Woes (1977) lui a permis de classer les microorhganismes et 3 domaines, quels sont-ils?
Eucarya, Bactéria, Archaea
Les deux derniers sont apparentés aux procaryotes
Quelle serait l’origine des mitochondries et des chloroplastes?
- Autoréplication
- Chromosome circulaires uniques
- Gènes ARNr apparentés aux eubactéries
En quoi consiste l’endosymbiose?
Ingestion par la cellule de bactéries respiratoires ou de cyanobactéries photosynthétiques
Vrai ou faux? Il y a très peu d’échanges entre les domaines du monde vivant dans l’arbre de la vies.
Faux, les échanges sont nombreux.
Le point de fusion (Tm) augmente-t’il avec le % de liaisons G-C ?
Oui
