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génétique > bloc 3 > Flashcards

bloc 3 Flashcards

1
Q

Les éléments de séquences reconnus comme sites d’épissage de l’intron sont (_____ ):

Les introns contiennent également une séquence consensus _____ localisée près du site 3’ d’épissage, où A est _____.

A

spliceosome majeur

  1. – GU au site 5’ de l’intron
  2. – AG au site 3’ de l’intron

YNYURAY (N = A, C, G ou T; Y = pyrimidine; R = purine)

le point de branchement, et qui précède une région riche en pyrimidine (Y11)

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2
Q

comment sappelle la voie standard de la machinerie du spliceosome ?

A

voie canonique de l’assemblage

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3
Q

Une protéine_____ joue un rôle important dans les déplacements, réarrangements du spliceosome et son désassemblage

A

DEAD-box (activité hélicase)

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4
Q

Déplacement de__ par ___ favorise l’extrusion de A au point de branchement, ce qui le rend disponible pour__

A

BBP

snRNP U2

la catalyse.

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5
Q

Entrée de ___ et la perte de __ convertit le complexe ‘A’ en complexe ‘B’

A

3 nouvelles snRNP (U6, U4 et U5)

U2AF

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6
Q

un premier réarrangement du spliceosome remplace __ par __ au site 5’ de l’intron
Un deuxième réarrangement du spliceosome éjecte__ et vient placer ___ côte à côte pour
former__

A

U1 —– U6

U4—– U2 ET U6

le site catalytique

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7
Q

Deux réactions de trans-estérification:

A
  1. OH-2’ du point de branchement (A) fait une attaque nucléophile sur le groupement phosphate du G conservé au site 5’ de l’intron et brise le lien phosphodiester
    • Ceci forme une structure en lasso au point de branchement
  2. OH-3’ de l’exon 1 libéré attaque le groupement phosphate 5’ du second exon
    • Excision de l’intron et union des deux exons
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8
Q

Trois observations suggèrent fortement que le maintien des introns chez les eucaryotes favorise l’évolution, en permettant la génération de multiples protéines par ‘brassage d’exons »

A
  1. Les exons représentent très souvent des domaines protéiques ayant une fonction unique. Permet une diversité de protéines a partir d’un même gène.
  2. Plusieurs gènes ont évolué par la duplication d’exons
  3. Plusieurs exons très similaires se retrouvent dans des gènes différents et codant pour des protéines ayant des fonctions très variées ( prob de recombinaison )
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9
Q

Taille des introns (entre ___) et nombre d’introns par gène (___) sont variables

A

60 pb et 800 000 pb

entre 7 et 8 chez l’homme

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10
Q

La grande majorité de l’épissage des pré-ARN est effectuée par une
particule de 45S appelée ‘___’ (~150 protéines et 5 ARNs)
- 5 ARNs =
complexéx avec des protéines pour former :
- ____
L’épissage des introns requiert l’hydrolyse d’ATP

A

spliceosome

snRNAs (small nuclear RNAs) U1-U2-U4-U5-U6 , de 100 à 300 nt

snRNP (small nuclear ribonucleoproteins)

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11
Q

Les nombreux réarrangements pour former le complexe ‘C’ (site actif) sont basées sur des pairages___ ce qui ___

A

ARN:ARN

minimise les erreurs possibles dans l’épissage

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12
Q

Certains introns sont également enlevés par auto-épissage (introns des groupes I et II) :

A

fait avec des enzyme : autoépissage

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13
Q

Épissage des introns du groupe I

A
  • L’intronsereplieenuneconformation de « pochette » pouvant lier un G libre
  • L’extrémité3’-OHdeG(libre)forme une liaison phosphodiester avec le 5’ de l’intron
  • 3’-OH de l’exon 1 forme une liaison phosphodiester avec 5’ de l’exon 2
  • 3’-OHdel’intronlibéréformeune liaison phosphodiester avec le phosphate du nt 15 (5’)

tres simple tse

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14
Q

VOIR LES TITS VIDÉOS

A

…

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15
Q

Deux types d’erreurs possibles POUR FIDÉLITÉ DE LEPISSAGE :

A

1) la non-reconnaissance d’un site d’épissage 3’ (excision non souhaitée d’un exon) ( OUBLIE UN EXON ) ENRTE DEUX AUTRES EXON
2) la reconnaissance d’une séquence ne correspondant pas à un site d’épissage (‘pseudo’ site) ( COUPE EXON EN DEUX GENRE . )

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16
Q

Deux mécanismes assurent la fidélité de l’épissage:

A
  1. Le fait que l’épissage soit co-transcriptionnel : les facteurs reconnaissant les sites d’épissage sont associés au domaine CTD de l’ARN pol II. En cours d’élongation, ces facteurs sont transférés sur l’ARN dès l’émergence des sites (reconnaissance des sites est co- transcriptionnelle même si l’épissage n’est pas nécessairement linéaire.
  2. Des séquences présentes dans les exons sont reconnues par des protéines qui recrutent spécifiquement les complexes du spliceosome, ce qui assure que les sites utilisés soient les bons (i.e. localisés près des exons)
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17
Q

(ESE : exonic splicing enhancers; ______
Protéines SR : riches en ___ (domaine de liaison à l’ARN (RRM) et domaine RS).
Permet de recruter spécifiquement ____

A

séquences présentes dans les exons reconnues par des protéines SR.

sérine et arginine

U2AF (3’ de l’intron) et U1 (côté 5’) ce qui assure que les sites utilisés soient les bons (i.e. localisés près des exons)

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18
Q

COMMENT ON APPEL : 2 exons de 2 arn diff genre ?

A

TRANS-ÉPISSAGE

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19
Q

‘spliceosome’ mineur = son nom

A

AT-AC splicoseome.

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20
Q

GUAG POUR SPLICEOSOME MAJEUR ..MAIS MINEUR ?

U1 = …

U2=…

A

AUAC

u11 . u12

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21
Q

Chez l’humain on estime qu’environ___ des gènes subissent un épissage alternatif

A

90 %

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22
Q

L’épissage alternatif

A

La plupart du temps ~ deux ARNm différents, mais dans certains cas extrêmes des centaines d’ARNm différents sont produits par épissage alternatif d’un seul gène! (ex. gène humain Slo)

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23
Q

Exemple d’épissage alternatif impliquant un exon étendu : l

A

Le gène codant l’antigène T (deux formes t et T) du virus SV40

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24
Q

L’épissage alternatif le plus fréquent est

Dans 10 % des cas il s’agit de

A

la présence ou l’absence d’un exon complet (ex. Troponin T)

paires d’exons, la présence de l’un exclut l’autre (“cassette exons”)

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25
Q

Au moins 3 mécanismes peuvent conduire à l’exclusion mutuelle des exons :

A

Premier mécanisme : l’encombrement stérique
Deuxième mécanisme :
Sites d’épissage pour le spliceosome majeur ET le spliceosome mineur
Troisième mécanisme : Dégradation des ARNm avec un codon stop interne (NMD; Nonsense-mediated decay)

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26
Q

mécanismes peuvent conduire à l’exclusion mutuelle des exons : l’encombrement stérique

A

La présence de U1 au site 5’ de l’intron 2 empêche U2 de se lier au point de branchement du même intron
OU
La présence de U2 au point de branchement de l’intron 2 empêche U1 de se fixer au site 5’ du même intron

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27
Q

Pour certains gènes le nombre d’épissage alternatif est tellement grand (ex. gène Dscam de la drosophile) qu’un mécanisme particulier doit faciliter le bon épissage

A

La formation de structures secondaires alternatives au niveau de l’ARN de l’intron qui sépare deux exons contigus dicte le site d’épissage.
• Entre l’exon 5 et le premier variant de l’exon 6 se trouve une séquence d’ancrage (‘docking site’) qui peut s’apparier avec l’une des séquences ‘sélectrices’ alternatives, localisées dans chaque intron qui précède chaque variant.
entre chaque version dexon il y a sequence de selection ( jamais la mm) qui peut se fixer a séquence dencrage
avec plus ou moins daffinité
L’appariement entre les deux séquences rapproche le variant d’exon choisi de l’exon 5 et, de plus, le libère d’un système de répression de l’épissage assuré par la protéine Hpr36.

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28
Q

Des protéines régulant l’épissage peuvent de fixer sur 4 types de séquences :

A

ISE (ENHANCER SUR INTRON )
ESS (SILENCER SUR LEXON )
ESE (ENCHANCER SUR LEXON)
ISS (SILENCER SUR LINTRON )

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29
Q

Chez l’humain, deux formes de l’apolipoprotéine B existent (transporteur majeur du cholestérol dans le foie). Pour la plus petite forme (intestin)
une désamination de ‘C’ en ‘U’ génère un codon STOP.

A

savoir

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30
Q

Certains ARNm subissent une modification de séquence après leur synthèse:

A
  1. Modification par désamination. Ex : Apolipoprotéine B

2. 2. Ajout ou délétion d’uracile : guide RNA-mediated U insertion

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31
Q

Le transport vers le cytoplasme est un mécanisme actif et certaines des protéines de…

A

liaison de l’ARN comportent des signaux spécifiques pour le transport

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32
Q

Les principes de la régulation génétique • Lorsqueaucunsiten’estoccupé:
•

A

– Transcription à niveau de base (très faible)

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33
Q

Lorsque le site ‘opérateur’ qui, le plus souvent, chevauche le promoteur et est lié par un ‘répresseur’

A

– Aucune transcription

34
Q

Lorsque le site de liaison à un ‘activateur’ qui est localisé en amont du promoteur, est lié par un activateur

A

– Stimulation de la transcription

35
Q

La liaison d’un activateur peut favoriser ___pour passer de l’étape du ‘complexe fermé’ au ‘complexe ouvert’.
(régulation par allostérie)

A

l’isomérisation

36
Q

Des protéines___ (bending protein) facilitent les contacts à distance entre les activateurs et l’ARN polymérase.

A

‘architecturales’

37
Q

Activation par____ :
– Dans les cas les plus simples, un activateur fait contact
avec l’ARN pol
– Parfois (très souvent chez les eucaryotes), il y a liaison coopérative entre plusieurs activateurs pour:
• Stimuler la transcription à un niveau plus élevé OU déclencher la transcription (i.e. seule la liaison de ____ conduit à la transcription)
• Activation par_____ :
– En modifiant la conformation de l’ARN pol ou de l’ADN au site promoteur, la régulation par allostérie active la transcription (ex. formation du ‘complexe ouvert’)
– Elle régule très souvent la fonction des ‘régulateurs’ (activateurs ou répresseurs)
• Ex. CAP doit être modifée par AMPc pour se lier au site activateur

A

recrutement

plusieurs activateurs

allostérie

38
Q

Chez les procaryotes, lorsque des gènes contigus sur le chromosome sont associés à des éléments de contrôle qui co-régulent leur
expression, cette unité génétique est appelée :

A

Opéron

39
Q

opéron lactose :

A

lacZ = B-GALACTOSIDASE : COUPE LE LACTOSE EN GLUCOSE ET GALACTOSE

lacY = prot membranaire qui fait entrer le lactose : perméase

lacA = tRANSACÉTYLASE: enzyme de détoxification

40
Q

activateur pour opéron lactose :

A

cap .

41
Q

commetn ca quand LacI se fixe ca répresse le gène qui suit ?

A

Le site opérateur où se fixe LacI chevauche le site promoteur ce qui empêche l’ARN pol de se lier au promoteur

42
Q

cap sert à quoi

A

CAP aide la polymérase à se fixer à son promoteur

43
Q

Chaque opérateur fait contact avec__ du répresseur

A

deux sous-unités

44
Q

• La fixation (ou non) du répresseur à l’allolactose (produit par β-galactosidase à partir du lactose), lui permet (ou non) de se fixer à l’opérateur : modif par ____

A

modification par allostérie

45
Q

La liaison CAP ou du répresseur LacI se fait par des motifs__________
dans chaque cas (sillon majeur)

A

hélice-coude-hélice de dimères à deux demi-sites de liaison

46
Q

Comme la plupart des activateurs de la transcription (procaryotes et eucaryotes), CAP est constitué de deux domaines distincts : un domaine _____ et un domaine _____

A

de liaison à l’ADN

d’activation qui interagit avec d’autres protéines

47
Q

Dans le cas de CAP, le domaine de liaison permet le ‘recrutement’ de l’ARN pol au site promoteur par contact avec le

A

domaine α- CTD

48
Q

La liaison de CAP à l’ADN nécessite un changement allostérique causé par

A

cAMP

49
Q

La concentration intracellulaire de cAMP augmente lorsque ___

A

la concentration de glucose diminue

50
Q

____ contrôle l’expression plus de 100 gènes chez E.coli, incluant tous les opérons bactériens impliqués ____ (ex = opéron galactose)

A

CAP-AMPc

dans le métabolisme des sucres

51
Q

L’expression des gènes peut être contrôlée par une succession de facteurs

A

σ

52
Q

Lorsque les conditions du milieu sont pauvres en azote, la bactérie induit un signal pour phosphoryler l’activateur __
• ___ se lie à un site de liaison à distance du promoteur et son activité ATPase induit un changement de conformation de l’ARN pol, déjà liée au promoteur (comme la plupart des gènes de stress), pour induire le “complexe ouvert ».

A

NtrC

NtrC phosphorylé

53
Q

• __ est un activateur qui contrôle l’expression des gènes impliqués dans la détoxification du mercure (ex. MerT)
• (a) En absence de mercure, MerR maintient une conformation du promoteur qui __
• (b) En présence de mercure, MerR-Hg2+

A

MerR

ne permet aucune transcription

subit un changement de conformation qui provoque une torsion dans le promoteur permettant l’initiation de la transcription

54
Q

Les boites -10 et -15 du promoteur MerT sont trop distantes (19bp au lieu de 17bp) pour permettre l’initiation de la transcription (liaison de la RNA pol, mais pas de transcription)
• Le changement de conformation de MerR en présence de Hg2+ force une torsion dans l’ADN, et place les séquences -10 et -35 en position favorable pour la formation du “complexe ouvert”

A

savoir

55
Q

En présence d’arabinose : (Activateur).

La protéine CAP-AmpC participe à l’activation (facilite l’élimination de la boucle : activateur)

A

AraC se lie aux sites I1 et I2 et interagit avec la RNA pol (une s.u) pour stimuler la transcription

56
Q

En absence d’arabinose :

A

AraC adopte une autre conformation qui réprime la transcription :

  • en favorisant une courbure de l’ADN qui empêche CAP de se lier
  • en éliminant l’interaction avec l’ARN pol à partir du site I2 (responsable de l’activation de la transcription)
57
Q

séquences répété combien de pb ?

A

30

58
Q

« spacers » =

A

régions de phages ou de plasmides

59
Q

Hypothèse : mécanisme de défense • Preuves :

A

Ø Sélection de bactéries résistantes à un phage ⇒présence de spacers provenant de ce phage
Ø Variation de résistance/sensibitité en variant la quantité de spaces
Ø Résistance ➚, spacers ➚

60
Q

QUEL POURCENTAGE DES EUBACTÉRIE ON SYST CRISPR??

A

MOITIÉ.

61
Q

CERTAInes prot cas nécessaire a lintégration du protospacer dans ladn .
toujours du coté

A

5 ‘ .

62
Q

Comprendre la double régulation qui s’opère sur l’opéron Trp (Répression par TrpR lié au tryptophane (co-répresseur) et l’atténuation résultant de la formation d’une tige-boucle entre les segments 3 et 4 de la séquence de tête qui agit comme “terminateur”).

A

svoir.

63
Q

Comprendre ce qu’est le locus CRISPR/Cas chez les bactéries; insertion des proto- espaceurs suite à une infection virale près de la séquence de tête du locus CRISPR. Rôle de cette séquence suite à une infection virale subséquente; transcription d’un pré-crRNA, hybridation d’un segment du crRNA avec l’ADN cible du bactériophage et clivage de l’ADN cible (système immunitaire de la bactérie) via le complexe Cascade et les protéines Cas.

A

comprendre

64
Q

Tout comme chez les bactéries:
– les eucaryotes utilisent des ‘activateurs’ et des ‘répresseurs’ de la transcription – l’étape la plus ciblée est l’initiation
• Par contre chez les eucaryotes:

A

– La présence de nucléosomes requiert souvent le recrutement de complexes de
modification ou de remodelage
– Le nombre d’activateurs et de répresseurs régulant un seul gène est aussi beaucoup plus grand que chez les bactéries et ceci est particulièrement vrai chez les organismes pluricellulaires

65
Q

chez lhumain tu as des séquences régulatrices en amont et en aval du prpmoteur . vrai ou faux

A

vrai .

66
Q

Tout comme chez les bactéries, les activateurs sont constitués de deux domaines; ____,

A

le domaine de liaison à l’ADN et le domaine d’activation qui lui, interagit avec d’autres complexes protéiques (ex. Médiateur)

67
Q

Les répresseurs de la transcription chez les eucaryotes fonctionnent de multiples façons, l’un des mécanismes unique aux eucaryotes est le ‘____’ qui implique le recrutement de _____

A

gene silencing

complexes de modification des nucléosomes

68
Q

Parmi les motifs structuraux rencontrés chez les activateurs eucaryotes (domaine de liaison à l’ADN) on retrouve:

A
  • Le motif hélice-coude-hélice déjà vu chez les bactéries (ex. Homéodomaines)
  • Le motif à doigt de zinc (ex. Récepteurs aux glucocorticoides) ( cis et his placé de maniere tres précise pour former dequoi avec le zinc)
  • Le motif de fermeture éclair à leucine (homo- ou hétérodimères)
  • Le motif hélice-boucle-hélice (homo- ou hétérodimères)
69
Q

• Rarement les activateurs vont se lier directement à l’ARN polymérase comme chez les bactéries (le plus souvent : contacts avec médiateur ou TFIID)

A

SAVOIR VRM.

70
Q

Deux types de complexes de modification de la chromatine :

A
  • Ceux qui ajoutent ou enlèvent des groupements chimiques (ex = histone acetyltransférase)
  • Ceux qui déplacent ou remodèlent les nucléosomes
71
Q

Certains ‘activateurs’ eucaryotes lient des unités régulatrices (enhancers; amplificateurs) qui sont localisées très loin du promoteur (10 à 100 kpb ou plus), en amont ou en aval
• Dans ce cas, pour recruter les complexes protéiques au promoteur, il peut y avoir une courbure dans l’ADN via l’aide de protéines architecturales
• Lefaitquel’ADNsoitcompactédanslesnucléosomespeutrapprocher physiquement, dans la chromatine, des séquences éloignées dans la séquence de l’ADN
• Action spécifique grâce aux _________

A

« isolateurs »

72
Q

• L’un des exemples de synergie entre activateurs est l’expression du gène

A

HO de

levure

73
Q

Contrôle du gène HO chez la levure

• ___ est un activateur qui n’est actif que chez la cellule mère
• ___, présent chez les cellules mère et fille, est actif seulement à un stade précis du cycle cellulaire


A

SWI5

SBF

74
Q

chaque gene a au moins 10 activateur .
BCP DACTIVATEUR
DONC ACTIVATEUR UTILISER POUR PLUSIEURS GENE.

A

savoir

75
Q

Chez les bactéries, on a vu que certains répresseurs (ex. LacI) se lient à un site opérateur qui chevauche le promoteur. Ce mode de répression n’est aussi présent chez les eucaryotes.
VRAI FAUX ?

A

FAAUX, JAMAIS

76
Q

On distingue quatre modes de répression chez les eucaryotes:

A

– Compétition, Inhibition, Répression directe, Répression indirecte (la plus commune)


77
Q

RÉPRESSION DIRECT :

A

rect = on passe pas par la chromatine .
direct repression de
la machinerie de la transcritption

78
Q

RÉPRESSION INDIRECT : EUCARYOTE :

A

Via des enzymes de modification des nucléosomes

79
Q

‘transduction’ des signaux et le contrôle des régulateurs transcriptionnels :

A

TOUT UN CHEMIN CHEZ EUCARYOTE.

À COMPARER AU PROCARYOTES. QUE CEST JUSTE UNE MOLÉCULE QUI SCOLLE ET CA FINI .

80
Q

Le ‘silencing’ (extinction) des gènes résulte des modifications des histones et de l’ADN
Le silencing est associé à l’hétérochromatine (ex : centromères et télomères)
-Effet de position ( 50% DE LHETEROCHROMATINE )
-Méthylation des histones
-Méthylation de l’ADN

A

Un gene peut ne pas sexprimer juste pcq se trouve dans hétérochromatine !!!
PPAS BESOIN DE RÉPRESSEUR LUI LALA.

81
Q

Autre fonction des isolateurs:

A

stopper la propagation de l’hétérochromatine

82
Q

Savoir que la méthylation de l’ADN est un processus qui est transmis par l’hérédité (hérédité épigénétique) par la présence de “méthylases de maintenance”

A

SAVOIR.

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