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génétique > bloc 2 > Flashcards

bloc 2 Flashcards

1
Q

Lk =

A

nbre d’enlacements

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Q

T =

A

nbre de torsions

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Q

W =

A

nbre de supertorsions ou supertours

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4
Q

pk dit on que Le nombre d’enlacements Lk est invariable pour une molécule donnée.

A

car : Si on augmente le nombre de torsions T dans un sens il y aura induction de superenroulements W dans le sens opposé
∆T = - ∆ W

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5
Q

Si W= 0, alors Lk = T : c’est le cas de?

A

d’un ccc DNA sous forme relaxée

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6
Q

Par définition T est positif pour un pas de

A

droite

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7
Q

cassure dans l’un ou l’autre des brins de l’ADN élimine les

A

superenroulements

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8
Q

Les topoisomérases fait quoi ?

A

modifient le nombre d’enlacements dans une cellule en brisant un ou deux brins d’ADN

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9
Q

le nombre de superenroulements est mesuré par

A

la différence entre Lk et Lko (i.e. ΔLk)

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10
Q

Dans les cellules l’ADN est presque toujours superenroulé :

A

négativement

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11
Q

La densité de superenroulement (σ) est définie par l’équation:

A

σ = ΔLk / Lko (typiquement cette valeur est de - 0,06!)

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12
Q

Pour changer le nombre d’enlacements il existe deux types de

A

topoisomérases

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13
Q

il existe deux types de topoisomérases:

A

Topoisomérase de type I:
• Coupe un seul brin d’ADN et modifie Lk d’un tour à la fois
Topoisomérase de type II:
• Coupe les deux brins d’ADN, requiert de l’ATP, et modifie Lk de deux tours à la fois

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14
Q

Les procaryotes ont aussi une topoisomérase de type II qui catalyse la formation des superenroulements négatifs et c’Est :

A

(gyrase)

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15
Q

Le mécanisme général par lequel la topoisomérase I modifie Lk d’un tour
implique:

A
  1. Coupure d’un brin d’ADN
  2. Changement de conformation de la topoisomérase
  3. Passage du brin non coupé par la cassure
  4. Changement de conformation de la topoisomérase
  5. Ligature de l’ADN
  6. Changement de conformation de la topoisomérase
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16
Q

_________ est essentiel pour catalyser la réaction des topoisomérases

A

le groupement OH d’une (ou deux) tyrosine

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17
Q

Après réplication de l’ADN, les chromosomes bactériens circulaires ont besoin de _____ pour séparer les brins néo-synthétisés qui, sinon, demeureraient concaténés

A

l’action d’une topoisomérase

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18
Q

Chez les bactéries on retrouve habituellement le(s) chromosome(s) en _____ dans une structure appelée le ___ , avec un ou plusieurs ______.

A
  1. une
    seule copie
  2. nucléoïde
  3. plasmides (présents en plusieurs copies) 10 à 100 copies
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19
Q

La complexité d’un organisme se mesure par _____ et, plus exactement,_____

A
  • la taille de son génome

- par la densité de gènes

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20
Q

PLUS ON ÉVOLUE , PLUS LA DENSITÉ DES GENES EST GRANDE.

A

FAUX . MOINS LA DENSITÉ EST GRANDE.

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21
Q

Plus on avance dans la complexité d’un organisme, plus la densité de séquences codantes est ____

A

faible

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22
Q

Deux facteurs contribuent à diminuer la densité génique chez les cellules eucaryotes :

A
  • Augmentation de la quantité des séquences inter-géniques
  • Les séquences codantes (exons) sont morcelées par des séquences ‘non-codantes’ (introns). La grosseur des protéines reste pourtant très similaire.
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23
Q

_____ du génome humain est composé d’ADN intergénique.

A

Plus de 60 %

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24
Q

25 % de l’ADN intergénique est composé de séquences uniques :

A
  • Régions régulatrices (transcription, réplication)

* miARNs (régulation de l’expression génique)

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25
Q

plus de 70 % de l’ADN intergénique est composé de séquences répétées :

A

• ADN microsatellite (motifs < 13 pb) (~ 3 % du
génome) ex : CACACACACACACA
• Séquences répétées de 100 à plus de 1000 pb (en groupe ou non) composées d’éléments transposables qui favorisent leur duplication (45 % du génome)

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26
Q

À peine___ du génome humain est occupé par des gènes.

A

40 %

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27
Q

Les séquences codantes ne représentent qu’environ___ du génome

A

1,5%

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28
Q

95 % de l’ADN génique est composé soit:

A
  • Introns
  • Séquences régulatrices
  • Fragments géniques
  • Pseudogènes
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29
Q

EXONS CEST QUOI ?

A

traduit en protéine

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30
Q

pseudogene cest quoi ?

A

genes qui était mais qui existe pu
• Pseudogènes:
– La transcriptase inverse des rétrovirus fait une copie d’ADN des ARNm cellulaires
– L’ADNc peut être intégré au génome
– L’absence de séquences régulatrices en amont du ‘pseudogène’ fait que le gène n’est pas exprimé

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31
Q

Les chromosomes des eucaryotes sont formés d’ADN, d’ARN et de protéines; un complexe appelé

A

chromatine

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32
Q

Les chromosomes sont visibles seulement au cours de l’étape ____ ; en interphase l’ADN est transcrit et
dupliqué et à ce stade les chromosomes sont diffus et non visibles

A

de ségrégation des chromosomes (mitose et méiose)

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33
Q

L’ADN-B s’enroule autour d’un ___ sur __ tour d’une superhélice aplatie de pas de __.

A

octamère d’histones
1,65
gauche

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34
Q

L’ADN de liaison, qui relie chacun des nucléosomes, est de longueur variable____ selon les espèces

A

(20 à 60 pb

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35
Q

Relativement à l’ADN nu, l’ADN nucléosomal est compacté par un facteur ___
(premier niveau d’organisation)

A

6

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36
Q

____ sont parmi les protéines les plus conservées au cours de l’évolution

A

Les histones

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37
Q

Protéines les plus abondantes de la chromatine

A

histones

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38
Q

Chaque nucléosome contient

A 
2 X (H2A, H2B, H3 et H4; i.e. histones du coeur) 
et 1 X H1 (histone de liaison)
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39
Q

Les histones sont de petites protéines à haut contenu en acides aminés acide / basiques (donc fortement chargées ______ )

A

basiques

positivement

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40
Q

Les histones subissent plusieurs modifications post- traductionnelles pour la plupart réversibles

A

• Méthylation, acétylation et phosphorylation de résidus spécifiques

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41
Q

Les histones subissent plusieurs modifications post- traductionnelles pour la plupart réversibles
Ceci modifie _______

A

les charges et donc l’interaction avec l’ADN
• Les enzymes responsables de ces modulations (ex. Rpd3) ont donc une grande influence sur l’expression génique et la différenciation cellulaire

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42
Q

conservé chez toutes les histones du coeur permet l’assemblage des
hétérodimères (tête-queue des monomères) :

A

domaine structurale de 3 hélices alpha

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43
Q

L’assemblage du nucléosome suit un ordre précis

A
  • Les histones H3 et H4 s’associent pour former un tétramère (H3)2(H4)2
  • Deux dimères de H2A-H2B s’ajoutent à ce tétramère pour constituer l’octamère qui compose le nucléosome
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44
Q

Les queues N-terminales des histones du coeur peuvent être digérées par _____ sans modifier l’association de _____.

A 
des peptidases (trypsine)
l’ADN avec le coeur du nucléosome
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45
Q

nucléosome présente une symétrie dordre :

A

2

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46
Q

Le domaine structural (histone-fold) du tétramère ___ interagit avec les 60 pb situées au centre de l’ADN de 147 pb

A

H3/H4

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47
Q

L’extrémité N-terminale de H3 interagit ____

A

avec 13 pb de chacune des extrémités de l’ADN à (i.e. entrée et sortie)

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48
Q

tétramère H3-H4 occupe donc une position clée en liant ___

A

le centre et les deux extrémités de l’ADN nucléosomal

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49
Q

Chacun des dimères H2A- H2B lie

A

30 pb de part et

d’autre des 60 pb associées au tétramère H3-H4

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50
Q

14 points de contact entre l’ADN nucléosomal (147 pb) et l’octomère d’histones impliquant le domaine structural (histone-fold) (147 pb/ 10,5pb-tr = 14)

A

savoir…

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51
Q

les points de contct entre ladn nucléosomal et loctamere se font dans le sillon majeur .

A

faux : mineur

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52
Q

lassociation des histones avec l’ADN implique des liaisons hydrogène (~40), la plupart avec les groupes PO4-2 (seulement 7 impliquent les bases dans le petit sillon). DONC :

A

il ny a pas de liaison spécifique de séquences

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53
Q

les queues N-terminales des histones font quoi

A

stabilisent le nucléosome

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54
Q

L’initiation DE LA TRANSCRIPTION s’effectue à des sites très spécifiques :

A

sites d’initiation de la

transcription

55
Q

pk les erreurs de transcription de larn ont moins de conséquences

A

Puisque plusieurs centaines ou milliers de copies d’ARN sont produites par gène, les erreurs à ce niveau ont moins de conséquences

56
Q

• La synthèse de l’ARN se fait dans le sens

A

5’ vers 3’ (comme la synthèse de l’ADN)

57
Q

Les ARN polymérases existent chez tous les organismes, elles sont composées de plusieurs sous-unités. _____
ont été conservées, du point de vue séquence et structure, au cours de l’évolution

A

Les sous-unités directement impliquées dans la synthèse d’ARN

58
Q

Alors que les procaryotes ne possèdent qu’une seule ARN polymérase, chez les eucaryotes on distingue trois ARN polymérases:

A
  • ARN pol I (ARNr; sauf petit ARN5s, dans le nucléole) • _ - ARN pol II (ARNm; dans le nucléoplasme)
  • ARN pol III (ARNt, ARN5s et petits ARN nucléaires; dans le nucléoplasme)
59
Q

Trois principales étapes dans la transcription :

A
  1. Initiation
  2. Élongation
  3. Terminaison de la transcription
60
Q

étape de linitiation :

A

a. Liaison au promoteur et formation du complexe fermé
b. Fusion (‘melting’) du promoteur et formation du complexe ouvert
c. Formation du complexe initial de transcription

61
Q

L’étape ____ est déterminante et est donc hautement régulée

A

d’initiation

62
Q

Le ‘coeur’ de l’ARN pol bactérienne (‘core’) est constitué des sous-unités
α2ββ’ω
Une autre sous-unité est essentielle pour l’étape d’initiation;____

A

la sous-unité σ qui

reconnaît spécifiquement des promoteurs bactériens

63
Q

L’ARN pol bactérienne contenant une sous-unité σ (plusieurs variantes selon lenvironnement) est appelée

A

“holoenzyme”

64
Q

tous les promoteurs bactériens sont composés :

A
  • d’une région -10 (boîte de Pribnow)
  • d’une région -35 (cas le plus commun)
    Par rapport au site d’initiation de la transcription +1
65
Q

le

promoteur est dit « fort » quand ?

A

Plus la séquence d’un promoteur se rapproche de la séquence consensus, plus le
promoteur est dit « fort »

66
Q

autre nom que boîte de Pribnow

A

boite TATA

67
Q

certaines variantes de promoteurs existent

A
  1. element UP
  2. element -10 étendu
  3. discriminateur influence stabilité du complexe arn pol-promoteur
68
Q

Différentes régions ou domaines de la sous-unité σ lient les différents éléments promoteurs, sauf l’élément UP

A

σ région 2 = hélice-α liant la boîte -10
σ 2.3 est essentielle pour fusion du promoteur
σ région 4 = motif hélice-coude-hélice (région -35) σ région 3 = élément -10 étendu
σ région 1 = liaison à l’élément ‘discriminateur

69
Q

Certains gènes très fortement exprimés (ex. gènes rrn codant les ARN ribosomaux) contiennent un élément UP (upstream promoter element : une région riche en A-T
entre -40 et -60) qui se lie à l’extrémité C-terminale de la sous-unité α (αCTD)

A

a savoir

70
Q

Cinq canaux spécifiques existent :

A

pour l’entrée de l’ADN,
pour la sortie de l’ARN,
pour l’apport des nucléotides (non visible sur le schéma). À l’intérieur de l’ARN pol, les canaux ‘matrice’ et
‘non-matrice’ maintiennent les brins séparés de l’ADN.

71
Q

3 modèles ont été proposés pour expliquer la synthèse avortée de l’ARN au cours de l’initiation :

A
  1. transient excursion
  2. inchworming
  3. scrunching
72
Q

Au cours de l’élongation seulement___ de l’ARN demeurent associés au brin matrice, l’addition de chaque nouveau nucléotide à l’avant force le bris de l’appariement à l’arrière, et la sortie de l’ARN par son canal spécifique.

A

8 à 9 nucléotides

73
Q

• La taille de la bulle de transcription est constante tout au long de l’élongation (i.e. ADN simple brin____).

A

sur ~14 nt

74
Q

L’ARN pol corrige les erreurs de transcription (‘proofreading’) selon deux mécanismes :

A
  • Édition pyrophosphorolitique : réaction inversée de l’ARN pol ( reincorporation de ppi –pyrophosphate )
  • Édition hydrolytique : recul de l’ARN pol sur un ou plusieurs nt, association du facteur GRE (facteur d’élongation) et hydrolyse d’un lien phosphodiester, puis re-synthèse
75
Q

La protéine ___ , qui possède une activité ATPase, coulisse le long de l’ADN jusqu’à ce qu’elle rencontre une _____ . La collision ⇒______ .

A

TRCF
polymérase bloquée
reprise de l’élongation ou dissociation de la polymerase de l’ADN et de l’ARN

76
Q

TRCF aide aussi au recrutement des endonucléase Uvr(A)BC) qui réalisent la « ______ »

A

réparation couplée à la transcription

77
Q

La terminaison de la transcription chez les bactéries peut se faire selon deux mécanismes différents :

A
  • -Rho-indépendant -

Rho-dépendant.

78
Q

rho independant ??

A

régiom qui fini en tige boucle et suivit de région riche en AT donc riche en U. liaison faible donc arn polymérase se décroche.

79
Q

La terminaison Rho-dépendante : intervention d’une protéine appelée

A

facteur rho

80
Q

Rho est :

A

une protéine en forme d’anneau (6 s.u identiques) qui lie l’ARN à sa sortie de la polymérase.
Elle possède une activité ATPase, nécessaire pour induire la terminaison.
Rho se lie spécifiquement à des sites
« rut » présents sur l’ARN : environ 40 nucléotides, riche en C, sans conformation particulière

81
Q

Différentes hypothèses sur la manière dont Rho induit la terminaison :

A

• en poussant la polymérase vers l’avant par rapport à l’ADN et à l’ARN,
déclenchant la terminaison de manière analogue à TRCF
• en retirant l’ARN de la polymérase
• en induisant un changement conformationnel dans la polymérase causant sa
dissociation de l’ADN

82
Q

Rho ne peut pas s’associer à un ARN en cours de traduction, donc doit agir aux extémités 3’ des opérons ou gènes.

A

vrai.

83
Q

Le filament de 30 nm est un solénoïde d’environ ____ avec un pas de ~110 Å (~diamètre du nuclésosome), stabilisé par _____
Son rapport de compactage atteint ~___ (____ niveau d’organisation)
Une autre forme possible, qui dépend de la taille de l’ADN de liaison, est celle ____

A 
6 nucléosomes / tour
l’histone H1
40
deuxième 
du zigzag
84
Q

forme possible de l’adn qui est zig zag est favorisée quand

A

adn de liaison est plus long

85
Q

Les ______ des histones sont essentielles pour la formation du filament de 30 nm

A

extrémités N-terminales

86
Q

L’analyse structurale suggère que l’interaction entre l’extrémité N-terminale de __ (chargée positivement) et un domaine chargé négativement (‘histone-fold’) d’une _____ est importante

A

H4

H2A adjacente

87
Q

(troisième niveau d’organisation)

A

Chromosome humain en métaphase, dépourvu d’histones : l’ADN est associé à une matrice
centrale protéique (échafaudage nucléaire) sous forme de boucles de 15 à 30 μm

88
Q

la matrice nucléaire contient plusieurs protéines, dont :

A
  • Topoisomérase de type II

- Protéines SMC (Structural maintenance of chromosome)

89
Q

Il existe plusieurs variantes des histones
• Ex : ____ remplace l’histone H3 au niveau de l’ADN centromérique. Cette modification locale permet l’association avec le cinétochore (essentiel pour _______).

A

CENP-A

essentiel pour la ségrégation des chromosomes lors de la division cellulaire

90
Q

H2A.X fait quoi :

A

remplace H2A et réparation de l’ADN

91
Q

plusieurs complexes protéiques appelés “complexes de remodelage du nucléosome” influencent la stabilité de cette structure selon trois modes:

A
  1. Le mode coulissant (‘sliding’) : Tous les complexes de remodelage peuvent faire glisser l’ADN sur le nucléosome pour modifier sa position
  2. – Le mode « éjection »
    Certains complexes de remodolage peuvent éjecter un nucléosome, ou même le transférer d’un segment d’ADN à un autre
  3. – Le mode “échange d’histones”
    Certains complexes de remodolages peuvent faciliter l’échange, par exemple H2A/H2B avec H2A.X/H2B
92
Q

dans le mode coulissant : quest-ce qui change de conformation et qui fait coulisser le tout avec une boucle qui se forme . Et combien y a til de point de contacts qui se brisent lors de ce phenomene ?

A

translocase

5 points de contacts se brisent.

93
Q

– La liaison des complexes de remodelage se fait soit :

A
  • Par l’intermédiaire de domaines reconnaissant les queues modifiées (ou non) des histones (Bromodomaine, Chromodomaine, Domaine SANT ou PHD)
  • Par le recrutement via une autre protéine de liaison à l’ADN
94
Q

Le positionnement des nucléosomes peut être est dicté par:

A

• La liaison de protéines à l’ADN sur un segment plus court que 147 pb, ce qui empêche la liaison des histones (compétition; schéma a)
• L’attachement d’une protéine de liaison à l’ADN, qui peut favoriser l’assemblage d’un nucléosome à un endroit précis (recrutement; schéma b)
- la torsion de l’ADN imposée par la liaison à l’octamère d’histones
- Les régions riches en A:T ont une tendance intrinsèque à se positionner dans le sillon mineur qui fait face au coeur du nucléosome parce que ces régions sont plus flexibles

95
Q

Le positionnement des nucléosomes a une influence directe sur ______

A

l’expression ou la répression des gènes

96
Q

quest-ce qun code dhistones ?

A

La nature de ET l’endroit précis de la modification sont importants et forment un “code des histones”

97
Q

Les histones subissent plusieurs modifications post- traductionnelles pour la plupart réversibles :

A

• Méthylation, acétylation et phosphorylation de résidus spécifiques

98
Q

Les histones subissent plusieurs modifications post- traductionnelles pour la plupart réversibles. Ceci modifie les charges et donc l’interaction avec l’ADN
• Les enzymes responsables de ces modulations (ex. ____) ont donc une grande influence sur _____

A

Rpd3

l’expression génique et la différenciation cellulaire

99
Q

laddiition de groupements acétyl sur les queue n-terminale fait quoi ?

A

enlève les charges positives des queues N- terminales des histones. Ceci a pour effet de réduire certaines interactions
histones-ADN et histones-histones. CHROMATINE MOINS CONDENSÉS.

100
Q

Les domaines associés aux complexes de remodelage ou de modification reconnaissent des motifs de manière TRES TRES SPÉCIFIQUE.
• Ex. La protéine HP1 possède un chromodomaine qui reconnaît spécifiquement la lysine méthylée à la position 9 de H3 et favorise la condensation de la chromatine en hétérochromatine

A

a savoir que cest trs spécifique

101
Q

L ’assemblage du nucléosome se fait dès

A

que l’ADN est répliqué

102
Q

L ’assemblage du nucléosome suit un ordre précis :

A

– Tétramère H3-H4
– Deux dimères H2A-H2B –
Histone H1

103
Q

L’assemblage du nucléosome requiert la présence de protéines ‘chaperonnes’ (entre autres pour _____)

A

masquer les répulsions entre les charges positives des histones

104
Q

2 protéines chaperonnes principales

A

CAF-1

NAP-1

105
Q

chaperonnes chargés :

A

négativement

106
Q

Assemblage du nucléosome
• Une protéine en forme de pince (PCNA) se lie à l’ADN nouvellement synthétisé • Ceci permet ____
• Puis, le recrutement _____

A

le recrutement d’un complexe CAF-1/tétramère H3-H4

des dimères H2A-H2B liés à NAP-1

107
Q

Le processus de transcription est similaire chez les procaryotes et eucaryotes.
Différences:

A

• Alors qu’une seule sous-unité (le facteur σ) est requise pour la liaison à l’ADN chez les procaryotes, plusieurs facteurs généraux de transcription (General Transcription Factors; GTFs) sont nécessaires pour initier la transcription chez les eucaryotes.

108
Q

chez les eucaryotes : In vitro, : ____ sont suffisant pour la transcription.
• In vivo, en plus des GTFs, plusieurs autres facteurs sont essentiels pour la transcription in vivo dans le contexte de la chromatine :

A

RNA pol + GTF + ADN sans histones
2. Ø des protéines régulatrices liant l’ADN
Ø lecomplexe‘Médiateur’
Ø descomplexesmodifiantlesnucléosomes

109
Q

Les ARN polymérases existent chez tous les organismes, elles sont composées de plusieurs sous-unités. Les sous-unités ______
ont été conservées, du point de vue _____, au cours de l’évolution

A

directement impliquées dans la synthèse d’ARN

séquence et structure

110
Q

De façon typique, les promoteurs centraux possèdent une ‘boîte’ TATA ET un élément DPE, toujours ensenble.

A

FAUX : UN OU LAUTRE.. JAMAIS ENSEMBLE

111
Q

Les promoteurs centraux possédant une ‘boîte’ TATA contiennent généralement aussi un élément

A

DCE

112
Q

L’élément Inr (‘Initiator’) est le plus commun des promoteurs, il est associé soit :

A
  • à l’élément DPE

* à la boite TATA

113
Q

Les différents éléments du promoteur central sont reconnus par les GTFs qui, selon l’ARN pol impliquée, se nomment:

A
  • TFI (ARN pol I)
  • TFII (ARN pol II)
  • TFIII (ARN pol III)
114
Q

La plupart des facteurs généraux de transcription sont composés de plusieurs sous-unités
tpb en est un exemple et elle se fix à :

A

BOITE TATA

115
Q

In vivo, d’autres éléments de séquence de l’ADN doivent être reconnus, généralement en amont du site d’initiation. Ces éléments sont appelés

A

‘séquences régulatrices’.

116
Q

Les GTFs remplacent collectivement _____ bactérienne pour___ de la
transcription

A

la sous-unité σ

l’initiation

117
Q

Lorsque l’assemblage des GTFs et de l’ARN pol II sur le ____ est complété on a formé le
_______
qui est analogue au ‘_____’ bactérien

A

promoteur central
‘complexe de pré-initiation; CPI’
complexe fermé

118
Q

Formation du CPI

A
  1. Liaison de TFIID, aux éléments Inr, DPE ou DCE
  2. Liaison des facteurs TFIIA et TFIIB ( participe a lorientation du demarage de la pol. )
    1. Recrutement de l’ARN pol II, déjà liée à TFIIF : stabilise le complexe,
  4. Liaison de TFIIE et TFIIH qui complète la formation du CPI
  5. TFIIH : 2 s.u avec activité ATPase (hélicase) nécessaires : à la fusion du promoteur (analogue au complexe ouvert bactérien) ET « promoter escape »
  6. s.u avec activité kinase de TFIIH phosphoryle le domaine C-terminal (CTD) de l’ARN pol II. Ceci permet sa dissociation du promoteur et l’entrée dans la phase d’élongation
119
Q

quel . 10 sous unités.. le plus gros des facteurs de transcription presque aussi gros que RNA pol.

A

TFIIH

120
Q

in vivo, dans le contexte de la chromatine, les ‘____’ qui lient les ‘séquences régulatrices’ recrutent les enzymes modifiant_____ et font contact avec un énorme complexe protéique appelé ‘___’ qui lui,
interagit avec l’ARN pol II (via le CTD) et aide à l’assemblage du ____

A

activateurs
les nucléosomes
Médiateur
CPI

121
Q

L’assemblage modulaire du ‘Médiateur’ permettrait l’interaction avec différents activateurs pour _____

A

contrôler la transcription de différents gènes

122
Q

chez les eucaryotes :

_________ joue un rôle important pour l’entrée
dans la phase d’élongation de plusieurs façons:

A

La phosphorylation du domaine CTD

  1. Libère l’ARN polymérase des GTFs et du complexe médiateur
  2. Permet au domaine CTD de recruter des ‘facteurs d’élongation’
  3. Permet au domaine CTD de recruter des complexes enzymatiques modifiant l’ARNm nouvellement transcrit :
    a) Addition d’une ‘coiffe’ à l’extrémité 5’ de l’ARNm b) Épissage des introns
    c) Addition d’une queue de poly-A et clivage de l’ARN
123
Q

Le domaine CTD contient un motif répété (YSPTSPS; 27 à 52 unités selon les espèces) qui est

A

phosphorylé différemment

au cours de la transcription

124
Q

quui est responsable de la phosphorylation du domaine CTD chez eucaryote .

A

TFIIH

125
Q

Parmi les nombreux facteurs d’élongation recrutés par le domaine CTD phosphorylé, le facteur TFIIS stimule l’élongation de même qu’une activité ARNase intrinsèque de l’ARN pol II. Ceci permet de corriger les erreurs de transcription
selon un mode d’édition hydrolytique similaire à celui impliquant le facteur Gre bactérien.

A

a savoir .

126
Q

chez eucaryotes :
L’élongation de la synthèse d’ARN dans le contexte de la chromatine est facilitée par des protéines qui lient les histones _____. et aident au ____.

A

(Ssrp1=tétramère H3:H4; Spt16=dimère H2A:H2B)

désassemblage et à la reconstruction des nucléosomes derrière l’ARN polymérase

127
Q

Les facteurs d’élongation, en plus de faciliter la synthèse d’ARN, sont nécessaires pour recruter les complexes enzymatiques impliqués dans la maturation des ARNm

A
  • hSPT5 recrute l’enzyme impliquée dans l’addition de la coiffe en 5’ de l’ARNm
  • TAT-SF1 recrute les composantes de la machinerie impliqué dans l’épissage des ARNm
128
Q

Addition de la coiffe en 5’ de l’ARNm

  1. Le groupement phosphate en position γ de l’extrémité 5’ de l’ARNm nouvellement synthétisé est ______.
  2. Le nucléotide __ est ajouté en 5’ de l’ARN à l’aide d’une _____ formant un lien phosphodiester 5’-5’
  3. Un groupement ___ est ajouté par une méthyltransférase sur la G (7- mG) et également sur _______.
A

enlevé par une ARN- triphosphatase

GMP

guanylyltransférase

méthyl

le nucléotide suivant de l’ARNm si c’est une Adénine

129
Q

Chez les eucaryotes ______ est intimement liée à la terminaison de la transcription.

L’enzyme responsable de cette modification est la ____ (fonctionne comme une ARN polymérase, mais utilise seulement
____ comme substrat et n’a pas besoin de matrice

A

l’addition d’une queue de poly-A (~200 nt)

poly-A polymérase

l’ATP

130
Q

EUCARYOTES
1. Lorsque la séquence de reconnaissance ___ émerge de l’ARN, les facteurs ___ associés au CTD se lient à cette séquence

  1. Après clivage de l’ARN en 3’ de la séquence AAUAAA, le facteur CPSF recrute la___.
  2. Dès l’addition de la queue de poly-A, plusieurs copies de la protéine de liaison au poly-A viennent s’y fixer (essentiel pour assurer___)
A

AAUAAA

CstF ( clevage and polyadenylation specific fACTOR )
 et CPSF ( cleavage stimulation factor )

poly-A polymérase

la stabilité de l’ARNm et pour son transport hors du noyau

131
Q

apres la couupure en 3’ de la séquence AAUAAA, l’hypothèse favorisée pour expliquer la terminaison de la transcription chez les eucaryotes est le modèle ___
L’ARN synthétisé après la coupure n’a pas de coiffe et peut être ____
Lorsque l’ARNase rejoint la polymérase il y aurait arrêt de synthèse par un mécanisme similaire à celui impliquant la protéine Rho chez les bactéries

A

torpille

dégradé par une ARNase (Rat1/Xrn2)

132
Q

L’ARN polymérase I ne transcrit qu’un seul gène, celui codant pour ____ , présent en multiples copies dans le nucléole
Contrairement aux gènes de structure (codant des protéines), les éléments promoteurs du gène transcrit par l’ARN pol I sont ___ .

A

les ARN ribosomaux

beaucoup moins complexes

133
Q

eucaryotes

La transcription par l’ARN polymérase I
Le promoteur central (~65 pb) chevauche le site d’initiation de la transcription et, même s’il n’y a pas de boîte TATA, la protéine TBP
joue un rôle essentiel dans l’initiation
Chez l’humain, la liaison des facteurs UBF (Upstream binding factors) aux éléments de contrôle UCE localisés plus en amont
(-100 à -150) est essentielle pour la liaison de SL1/TBP

A

SAVOIR .

134
Q

La transcription par l’ARN polymérase III L’ARN polymérase III transcrit plusieurs gènes codant de petits ARNs
nucléaires (nucléoplasme), incluant les ARNt et l’ARNr 5S
Les éléments promoteurs des gènes transcrits par l’ARN pol III sont le plus souvent localisés en aval du site d’initiation de la transcription. Certains gènes ont une boîte TATA, pas tous, mais la protéine TBP est
toujours nécessaire pour l’initiation.

A

savoir .

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