Blast

Question 1

propositos de blast

Answer 1

Comparar la secuencia asignada
contra las secuencias subidas en las
bases de datos
para determinar a qué especie de
microorganismos pertenece.

Question 2

Los adelantos en la biología molecular han permitido:

Answer 2

facilitacion de la
identificación genotípica de organismos (con una alta resolución) que
serían muy difícil lograr usando técnicas fenotípicas como las morfología
y las pruebas bioquímicas.
Existen secuencias específicas, funcionalmente consistentes que
permiten la identificación correcta de un microorganismo al nivel de
género, especie o cepa.

Question 3

Es importante destacar que estas metodologías permiten además
identificar____ fragmentos de ADN de organismos que
no han logrado ser cultivados pero sí obtenidos del ambiente y
fueron secuenciados.

Answer 3

genotipicamente

Question 4

3 pasos

Answer 4

1. secuenciacióndebun fragmento de ADN
2. compararlo con una base
   de datos que contenga
   secuencias conocidas de genes
   de microorganismos. Estas bases
   de datos poseen algoritmos que
   permiten la comparación de la
   secuencia indagada evaluando
   todas las secuencias
   depositadas en una base de
   datos.
3. Finalmente el programa
   presenta como resultado
   una secuencia que es similar
   a la analizada.

Question 5

un ejemplo de una base de datos de secuencias nucleótidos de acceso libre
que puede ser usada.

Answer 5

El GenBank del National Center for Biotechnology Information (NCBI)

Question 6

Una búsqueda BLAST siempre resulta en una identificación correcta. Cierto o falso. explica

Answer 6

Falso

Primera: hay secuencias en GenBank que están mal identificadas.
GenBank es como Wikipedia: cualquier persona puede subir
información, inclusiva información errónea.
Segunda: aunque hay billones de secuencias, hay muchos organismos
que no están representados. A veces una búsqueda BLAST no
encuentra ninguna secuencia parecida en un banco de datos, así que no
se le puede asignar un nombre.

Question 7

Query cover

Answer 7

Mide la proporción de la secuencia de ingresada que está alineada con una
secuencia coincidente en la base de datos.
Una cobertura de consulta alta significa que la mayor parte de la secuencia
de ingresada coincidió en la alineación.

Question 8

porcentaje de identidad

Answer 8

Calcula el porcentaje de nucleótidos o aminoácidos idénticos entre la
secuencia ingresada y las secuencias de la base de datos.
Un alto porcentaje de identidad indica un alto grado de similitud entre las
secuencias.