Biosinteza RNA Flashcards
splošne informacije o sintezi RNA?
- poteka v procesu transkripcije
- smer 5’–>3’
- potrebna matrična DNA in encimi, ki so PROCESIVNI
- sintetizirana RNA
stopnje transkripcije?
- iniciacija
- elongacija
- terminacija
vrste RNA?
mRNA: sinteza proteinov
tRNA: sinteza proteinov
rRNA: sinteza proteinov
snoRNA (mala nukleolarna): nastanek funkcionalnih RNA
snRNA (mala jedrna): izrezovanje intronov
miRNA (mikro): uravnavanje izražanja genov
siRNA (mala interferenčna): uravnavanje izražanja genov
razlika med transkripcijo in replikacijo DNA? posledica?
T ne potrebuje začetnega oligonukleotida
na 1. nukleotidu na 5’ ostane trifosfat
kaj določa obseg transkripcije?
regulatorna področja, transkripcijski faktorji
kakšna je RNA polimeraza pri prokariontih?
- ena vrsta prepisuje vse RNA
- za delovanje potrebuje Mg2+ kot transkripcijske faktorje
- sestavljena iz 6 podenot
kako se napake popravljajo pri transkripciji prokariontov?
RNA poli nimajo eksonukleazne aktivnosti –> ni proofreading sposobnosti
- zato je več napak –> ni problem, ker se lahko napačna RNA razgradi
- RNA poli se lahko ustavijo, če prepoznajo mesto poškodbe ALI odstranijo napačno sintetizirano bazo tako, da obrnejo reakcijo polimerizacije
kaj so promotorji pri transkripciji prokariontov?
območje med 70bp in 30 bp pred mestom začetka transkripcije:
- 35bp prej –> 5’-TTGACA-3’
- 10 bp prej –> 5’-TATAAT-3’
ti dve mesti prepozna sigma70 podenta RNA polimeraze
kako poteka iniciacija pri prokariontih?
- holoencim RNA poli se veže na DNA
- ko doseže -35 in -10 se ustavi in tvori ZAPRT kompleks (RNA poli + intaktna DNA)
- zaprt kompleks se pretvori v ODPRT kompleks (RNA poli + delno razvita DNA)
- kompleks se pretvori v ELONGACIJSKO obliko –> steče transkripcija (oddisociira sigma podenota RNA poli)
kako poteče terminacija pri prokariontih?
s ro protein odvisno ali neodvisno terminacijo:
1) odvisna:
- ro protein se veže na RNA na terminacijsko območje (bogato z C in A)
- po RNA se pomika do RNA poli
- RNA poli destabilizira in disociira
2) neodvisna:
- signal za terminacijo je transkripcija palindromskega G-C bogatega zaporedja
- pred tem zaporedjem je 6-7 A
- ko RNA poli doseže to območje –> nastanek strukture lasnice –> prekinitev povezav med A–U (med RNA in DNA) –> olajšanje terminacije
katere so vrste RNA polimeraz pri evkariontih? opis
I –> v jedrcu, prepisuje preribosomalne RNA (5.8S, 18S, 25S)
II –> v nukleoplazmi, prepisuje mRNA in miRNA
III –> v nukleoplazmi, prepisuje tRNA, 5S preribosomalne RNA, male RNA
kakšen je promotor na RNA poli II?
- območje med 200bp in 100bp pred mestom začetka transkripcije –> vezava regulatornih proteinov
- 30bp pred mestom začetka transkripcije –> TATA box (zaporedje bogato s T in A) –> vezava transkripcijskih faktorjev
kateri so transkripcijski faktorji potrebni za RNA poli II?
- iniciacijski TF –> namestitev RNA poli II na promotor, nastanek aktivnega kompleksa, nadzor prehoda iniciacija-elongacija
- elongacijski TF –> povečana aktivnost RNA poli II, preprečitev ustavitve RNA poli II, koordinacija interakcije s proteini, ki sodelujejo v kotranskripcijskih modifikacijah pre-mRNA
kako poteče iniciacija pri evkariontih?
- TBP se veže na TATA box –> nastane zaprti kompleks
- TFIIB se veže na TBP (hkrati se veže tudi na DNA)
- TFIIA stabilizira TFIIB+TBP kompleks
- TFIIF+RNA poli II kompleks se veže na TFIIB+TBP kompleks –> to da se TFIIF veže na TFIIB pomaga najti promotor
- TFIIE in TFIIH se vežeta na kompleks –> nastane odprti kompleks
- TFIIH fosforilira RNA poli II –> elongacija
- TFIIE in TFIIH se odcepita po 60-70 nt
kaj omogoča prehod iz zaprtega v odprt kompleks?
TFIIH s helikazno aktivnost
kaj pospeši prepisovanje?
koaktivatorji (TAF)
kaj se dogaja med elongacijo transkripcije?
na RNA se vežejo elongacijski faktorji –> preprečujejo ustavitev in omogočajo kotranskripcijske modifikacije pre-mRNA
kako poteče terminacija transkripcije evkariontov?
RNA poli se odcepi in defosforilira ter reciklira
kaj so razlike med prokariontsko in evkariontsko sintezo RNA?
prokarionti:
- 1 RNA polimeraza
- RNA pol potrebuje sigma podenoto za prepoznavo promotorja
- za terminacijo je potreben ro protein
- RNA pol inhibirata rifampin in aktinomicin D
- transkripcija poteka v citosolu
- zreli prepisi so večinoma kolinearni z geni
- mRNA so policistronske
- transkripcija se zaključi takoj ob signalu
evkarionti:
- 3 RNA polimeraze
- RNA pol potrebuje TF
- terminacija poteče brez ro proteina
- RNA pol II inhibirata alfa-amanitin in aktinomicin D
- transkripcija poteka v jedru
- zreli prepisi večinoma niso kolinearni z geni
- mRNA so večinoma monocistronske
- transkripcija se zaključi nekaj nt po signalu
s čem se začne zorenje RNA?
adicija metilgvanozinske kape
kako poteče adicija metilgvanozinske kape?
- fosfohidrolaza odcepi P iz 5’ mRNA
- gvanililtransferaza veže GMP na difosfat –> nastane gvanozin vezan s 3P na mRNA
- gvanin-7-metiltransferaza doda metilno skupino (S-adenozinmetionin) na 7’ gvanina
- metilira se 2’-OH riboze ostalih nukleotidov na 5’ koncu
kaj je gvanozin?
gvanin + sladkor
kaj je 2. korak v zorenju RNA?
izrezovanje intronov
katere so skupine intronov?
skupina I - rRNA in prokariontska RNA
skupina II - mtRNA in kloroplastna RNA
jedrna mRNA
tRNA
