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UE1 STRUTZ > Biomoleculaire p2 > Flashcards

Biomoleculaire p2 Flashcards

1
Q

L’ADN Bicatenaire peut se denaturer que si l’on parvient a rombre toutes les liaisons H en le chauffant a 98 °C

A

FAUX:
L’ADN Bicatenaire peut se denaturer que si l’on parvient a rombre toutes les liaisons H EN MEME TEMPS en le chauffant a 98 °C

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Q

La rehybridation de l’ADN monocatenaire est possible, mais elle prend plus de temps.
Les variations de temperatures ont une influence sur le temps de renaturation de d’ADN, expliquez

A

Vrai,
Si on passe de 98 °C a 4 °C en quelques secondes, la renaturation peut prendre plusieurs siecles!

En revanche, si on passe de 98°C a 20°C en plusieurs heures, la renaturation de l’ADN peut etre quasi-complete (cela depend de la longueur des fragments et de leur complexite)

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3
Q

Donner la formule de Tm, temperature de fusion

A

Tm= 69,4°C + 41°C x (nbre G+C - 16,4)/ N

N= Nbre de bases dans le segment (AGCT)
Nb: les regions riches en C-G sont plus stables que les regions riches en AT (car entre C-G il y a 3 liaisons H)

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4
Q

Donner les caracteristiques de l’ADN des procaryotes (sans noyau)

A
  • Chromosome bacterien=circulaire
  • peut etre super enroulé
  • mesure entre 10kb-qq centaines de kb
  • Plasmide; petits segments d’ADN utiles pour le genie genetique + peut conferer de nombreuses resistances aux antibiotiques (1-20kb)
  • peut passer a une autre forme grace aux topoisomerases qui peuvent couper,detorsader et relarguer l’ADN
  • On le retrouve dans les mitochondries et dans certains virus
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5
Q

Que peuvent faire les topoisomerases

A

Elles peuvent couper, detorsader et relarguer l’ADN

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6
Q

L’ADN des eucaryotes est compacte et lineaire.

Comment se fait la compaction de l’ADN

A

La compaction de l’ADN se fait autour de proteines appelees histones (=les proteines nucleaires les plus abondantes) : H1, H2A, H2B, H3, H4

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7
Q

Le nucleosome est l’unite de base de la compaction de l’ADN :
2H1 + 2H2A + 2H2B + 2H3 + 2H4

A

Faux:
Lhistone H1 stabilise le nucleosome mais n’en fait pas partie !!
On a donc nucleosome= 2H2A + 2H2B + 2H3 + 2H4
=complexe de 8 histones

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8
Q

Un histone mesure environ 110 Å

A

Vrai

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9
Q

Donner 4 methodes pouvant modifier les histones.

Laquelle permet une repression genique? Laquelle permet une expression genique?

La modification des histones a elle des consequences sur l’ADN?

A
  • Methyation (qui permet une repression de l’expression genique)
  • Acetylation (qui permet une expression genique)
  • Phosphorylation (variable)
  • Ubiquitination (variable)

La modification des histones influence grandement les capacites de l’ADN a se compacter

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10
Q

Que se passe -t-il apres l’enroulement de l’ADN eucaryote autour des nucleosomes ?

A

Apres l’enroulement de l’ADN eucaryote autour des nucleosomes, la compaction de l’ADN se poursuit par paquets de 6 nucleosomes en fibres chromatiniennes (slenoides) de 300 Å puis en chromosomes plus ou mois condensés ❤️

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11
Q

Les mecanismes de compaction et de decompaction de l’ADN sont tres importants pour les phenomenes de replication d’ADN ou de transcription en ARN ❤️

A

Vrai

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12
Q

Les filaments (mitos) sont appeles chromosomes car ils se colorent facilement

A

Vrai

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13
Q

Comment peut-on analyser les acides nucleiques. Expliquer

A

On peut se servir de l’électrophorèse, technique aui repose sur la propriete des molecules de migrer dans un champs electrique (selon la nature de la charge de ces molecules) et ce, le plus souvent, sur une substance reticulee (hydrogel) qui permet la migration de ces molecules tout en les retenant plus ou moins (en les ralentissants)
Lhydrogel peut etre de l’agarose ou encore du polyacrilamide

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14
Q

Plusieurs molecules biologiques sont chargees et peuvent modifier leur charge selon le pH ambiant

A

Vrai

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15
Q

ARN et ADN sont des molecules chargees negativement (a cause des groupements phosphates).Lorsque les acides nucleiques migrent dans le gel d’agarose/polyacylamide, on peut les visualiser par l’usage d’agents fluorescents en lumiere UV (Transillumination des gels + photographie UV)

A

Vrai

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16
Q

Au cours de quelle phase se fait la replication de l’ADN?

Combien de temps dure -t-elle?

A

replication de l’ADN=Phase S du cycle cellulaire eucaryote, entre 6-8h
On passe de l’ADN 2n a 4n

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17
Q

Connaitre cycle cellulaire p42

A

go queen

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18
Q

Comment appelle-t-on les cellules qui ne se divisent pas?

Quelles cellules se divisent peu?

A

Cellules ne se divisant pas=quiescentes (cependant elle peuvent etre mutees avec des deletions)
NB: Les cellules quiescentes sortent du cycle cellulaire normal (état de prolifération) et entrent dans un état alternatif (dormant) appelé quiescence. Les cellules entrent en quiescence lorsqu’elles manquent d’une ou plusieurs substances nutritives. Durant cet état fascinant, elles ont la capacité intrigante d’assurer leur viabilité pendant une longue période (parfois plusieurs mois ou plusieurs années) et de reprendre leur développement après s’être nourries des substances nutritives manquantes.

Les neurones se divisent peu, contrairement aux cellules hématologiques ou encore les cellules du tube digestif

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19
Q

La replication de l’ADN est plus connue chez les eucaryotes que chez les procaryotes

A

FAUX: La replication de l’ADN est plus connue chez les PROCARYOTES que chez les eucaryotes

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20
Q

Donner en resume les etapes de replication de l’ADN

A

o INITIATION:

  • Reconnaissance de la zone de debut de replication (origine = OriC chez E.Coli)
  • Fixation d’une helicase (proteine DnaB)
  • Ouverture des 2 brins d’ADN et fixation de proteines stabilisatrices
  • fixation d’une primase et synthese d’amorces ARN

o Elongation (synthese d’ADN)

  • fixation d’une ADN Polymerase
  • Synthese du brin direct
  • Synthese du brin retarde

o Terminaison

  • Detachement des differentes enzymes
  • Finitions
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21
Q

A partir de quel site se fait l’initiation de la réplication de l’ADN chez les procaryotes ? Combien mesure ce site ?
Que necessite l’initiation?

A

Initiation procaryote a partir du site OriC chez la baterie tres étudiée Escherichia Coli (e.coli) que l’on trouve dans le tube digestif.
Ce site est une séquence de 245 pb qui comprend des zones répétées.
L’initiation necessite des proteines et des enzymes dont les proteines DnA et DnB (helicase)

22
Q

Comment est constituée le site OriC?

A

Le site OriC est long de 245 pb comprenant 3 repetitions de 13 pb (sur lesquelles se fixent les proteines DnaB?) et 4 repetitions de 9 pb

23
Q

Quel role a la proteine DnaB? (Initiation procaryotes)

A

La DnaB fait partie d’un complexe enzymatique appelé hélicase. Cette helicase se fixe sur les 2 brins jointifs de l’ADN et les separe en deux brins independants, elle progresse le lond de l’ADN en le detorsadant, ce qui cree une fourche de replication.

24
Q

L’activite de l’helicase necessite des quantites ntables d’ATP.

A

Vrai, en effet il faut 1-2 ATP pour 1 pare de bases detorsadees

25
Q

A quoi sert la topoisomerase II (Initiation procaryotes)

A

La Topoisomerase II gere, en amont de l’helicase, les contraintes de torsion de l’ADN

26
Q

Qu’est ce que les proteines SSB? (Initiation procaryotes)

A

Proteines SSB= Single strand binding proteins=proteines stabilisatrices qui se fixent sur l’ADN monobrin apres le passage de l’Helicase.

Apres la separation des 2 brins d’ADN et apres leur stabilisation, on va distinguer deux brins: le brin ‘‘direct’’ et le brin ‘‘retardé’’

27
Q

La polymerase intervient dans l’etape de l’elongation procaryote et permet la synthese d’une amorce ARN sur le brin qui va servir de base de depart (brin direct), long de 10-60 pb.

A 
FAUX,
La PRIMASE (ou Primosome) intervient dans l'etape de l'INITIATION procaryot, elle se fixe sur le brin d'ADN qui va servir de matrice et permet la synthese d'une amorce ARN sur le brin qui va servir de base de depart (brin direct), long de 10-60 pb ainsi que la synthese d'une amorce ARN.
28
Q

Quelle autre enzyme continue la synthese du fragment d’ARN par la prymase? Et pour la synthese du brin direct ?

A

Le fragment d’ARN va etre continue par une synthese d’ADN par l’ADN polymerase III et il y a continuation de la synthese du brin direct par extension de l’amorce ARN (ceci se fait vers la fin de l’INITIATION et le debut de l’ELONGATION)

29
Q

Quelle enzyme fait la synthese du brin retardé/indirect? Quand? Quelle est la difference avec celle du brin direct ?

A

La synthese du brin retardé se fait PAR SEGMENTS (synthese discontinue, frangments d’Okasaki) au cours de l’elongation par l’ADN polymerase III et ce a partir d’amorces ARN synthetisees par la Primase.
NB: lors de la synthese de ce brin, la polymerase va vers le sens 3’-5’ (sens inverse de la progression de l’helicase)

30
Q

Donner en gros ce qui se passe dans l’elongation (5 points)

A
  • L’Helicase (DnaB) poursuit l’ouverture des deux brins
  • Les proteines SSB se deplacent vers les zones de l’ADN monocatenaire non encore répliqué
  • L’ADN polymerase III poursuit de facon continue la synthese du brin direct
  • Une nouvelle amorce ARN est synthétisée sur le brin ‘‘retarde’’, près de la zone d’ouverture de l’helicase
  • L’ADN polymerase III poursuit de facon discontinue la synthèse du brin retarde vers le brin qu’elle avait deja synthétisé
31
Q

Quand s’arrete l’helicase ?

A

L’helicase s’arrete a un signal de terminaison (‘‘ter’’) et se detache

32
Q

Les amorces ARN sont digerees, au cours de la terminaison, par une enzyme; la DNAse H, specifique des heteroduplexes ADN/ARN

A

FAUX:
Les amorces ARN sont digerees, au cours de la terminaison, par une enzyme; la RNAse H, specifique des heteroduplexes ADN/ARN

33
Q

Que permet l’ADN polymerase I? Quand intervient-elle?
(procaryotes)
Quelle enzyme prend le relai ensuite?

A

Les lacunes dues a la digestion des amorces d’ARN par la RNAse H sont comblees par l’ADN polymerase I. Cette derniere a une activite de degradation 5’-3’ et de resynthese 5’-3’.
Ensuite, une ligase finit la ligation de tous les fragments qui ne sont plus QUE de l’ADN et les 2 copies se separeront ensuite (on peut rencontrer a ce stade des problemes de topologie mais qui sont relativement bien gérés)

34
Q

Quelle est la particularite de la RNAse H?

A

Lors de la degradation de l’armoce ARN, la RNAse H ne va pas s’arreter avant l’ADN suivant, elle va plutot degrader une partie puis elle va la resynthetiser, pour etre sur qu’elle a bien dégradé toute l’amorce

35
Q

Les fragments okasaki ont une taille de 1000-2000 bases, ce qui donne la frequence avec laquelle les amorces ARN du brin retarde sont synthetisees

A

Vrai (attention, 1000-2000 BASES)

36
Q

REVOIR P51 (Schema=mode d’action de la ligase)

A

I love you, future meredith grey. Trust allah, and keep sabr. You are more than enough. You can overcome anything. Be strong. Things are not going to fall into place alone. <3

37
Q

Quel est le role de l’ADN polymerase III d’un point de vue moleculaire. Quelle est sa caracteristique? Quand est-ce qu’agit-elle ? ❤️

A

L’ADN polymerase III catalyse, favorise l’attaque nucleophile de l’oxygene (situe sur le carbone 3’) sur le phosophore α du dNTP ce qui permet la mise en place d’une liaison covalente tres solide (etablissement d’un pont phosphoESTER) et depart du diphosphate. ❤️❤️

L’ADN polymerase III se trompe tres peu, car elle a une activite de verification (Proof Reading) et donc de retour en arriere (3’-5’) = activite exonucleasique.
Cette derniere se trouve dans la deuxieme partie de l’enzyme qui se bloque lorsque l’appariement entre les bases des deux brins n’est pas parfait ❤️

38
Q

Qu’est ce qui rend la replication tres fidele chez les eucaryotes et chez les procaryotes

A

Grace a l’activite exonucleasique de l’ADN polymerase III (relecture), le taux d’erreur est de 10-9 : moins d’une erreur par milliards de bases ❤️❤️

39
Q

L’ADN des procaryote est plus long que celui des eucaryotes

A

Faux; l’ADN des EUCARYOTES est plus long que celui des procaryotes

40
Q

Combien d’origines de replications existent-ils chez les humains? Combien mesurent-ils ?

A

Comme l’ADN des EUCARYOTES est plus long que celui des procaryotes, il existe plusieurs origines de replications. ❤️
Chez l’Homme: 20 000-30 000 origines de replications ! = replicons; longs de 100-200 Kb

41
Q

Comme pour les plasmides ou les chromosomes bacteriens, la replication de l’ADN eucaryote est bidirectionnelle

A

Vrai

42
Q

Donner les grosses differences (5) entre replication eucaryote et replication procaryote ❤️

A

EUCARYOTES:
-au moment de l’entree en phase S, l’ADN est décompacté et déshistoné; ❤️

  • Les polymerases et les proteines auxiliaires ne sont pas les memes (les polymerases δ et ε sont les plus analogues a la polymerase III)
  • Il esxiste plusieurs origines de replication vu que l’ADN est beaucoup plus long par rapport a celui des procaryote. Ces origines de replications doivent etre activees UNE SEULE FOIS chacune !! ❤️
  • GRANDE DIFFERENCE= Facteurs d’autorisation (licensing factor) ❤️

-Processivite, vitesse de replication plus lente :
50 bases/sec contre 500 bases/sec pour les procaryotes

43
Q

La replication de l’ADN eucaryote dure 40 min, ce qui permet une forte croissance bacterienne dans les conditions optimales

A

Faux:
La replication de l’ADN PROCARYOTE dure 40 min, ce qui permet une forte croissance bacterienne dans les conditions optimales.

La replication d’une cellule EUCARYOTE= 1h (duree theorique)

nb: La duree de la phase S chez les eucaryotes dure rarement moins de 6h car tous les replicons de sont pas actives en meme temps chez les eucaryotes (role du degre de compaction: corps de Barr par ex)

44
Q

C’est quoi le facteur d’autorisation? Comment agit-il? ❤️

A

Les eucaryotes possedent un facteur d’autorisation (licensing factor) ; MCM2,3,5 ; fixe au niveau des orgines de replication de l’ADN et empeche sa replication. ❤️
Lorsque la cellule decide d’entrer dans un cycle mitotique, elle inactive ce facteur d’autorisation en lui fixant des molecules d’ubiquitine-> liberation de l’origine de replication (apparition de la zone OriC) ❤️

45
Q

Quelles sont les similitudes entre la replication eucaryote et procaryote ?

A

On peut dire que la replication eucaryote/procaryote est assez similaire
Les deux ont:
-Des topoisomerases I et II qui gerent les contraintes de torsion de l’ADN en coupant et en religant les brins de l’ADN
-Une helicase qui separe les deux brins jointifs
-Polymerases et proteines auxilliaires qui ne sont pas les memes mais qui jouent un role similaire

46
Q

A quoi servent les agents alkyllants ?

A

Les agents alkyllants (Cisplatine, CCNU…) endommagent l’ADN (points interbrints) et bloquent la fourche d’elongation; c-a-d qu’au lieu d’avoir des liaisons hydrogenes entre deux brins, on a a la place des liaisons convalentes qui rendent la separation des deux brins difficile. Ces agents alkyllants servent pour le traitement de nombreux cancers

47
Q

Quelle molecule permet de bloquer la synthese du dTTP ? A quoi sert-elle?

A

Il s’afit de la fluorouracile (tratement de cancer de colon)

48
Q

Que permet le gemcitabine?

A

La Gemcitabine bloque l’elongation en s’incorporant a l’ADN; elle est utilisee dans le traitement du cancer de poumon, du pancreas et du sein

49
Q

Quelle molecule bloque la topoisomerase I?

A

Il s’agit de la camptothecine (et de ses derivees); utile pour le traitement du cacer de poumon, de l’ovaire et du colon

50
Q

Quelle est la difference entre les cellules normales et les cellules tumorales?

A

La cellule se divise lorsque’elle recoit un signal de division (sauf les cellules tumorales qui se divisent sans signal de division)

51
Q

Certaines cellules vont avoir un taux tres eleve de replication de l’ADN (cellules hamatologiques ou digestives) et d’autres non (les neurones se divisent tres peu)

A

Vrai

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