Biomoleculaire p1 Flashcards
La vie biologique repose sur des molecules extraordinairement complexes qui vont a l’encontre du deuxieme principe de thermodynamique
Vrai, en effet, bien que les molecules sont complexes, elles vont evoluer vers MOINS de desordre
A quand remonte la fromation de la terre et de la lune
A 4,5 Milliards d’annees avec lune=role sur la stabilisation de la rotation de la terre
Quand a lieu la grande oxygenation et la foration de la couche d’ozone
Elle a lieu il y a 2,4 milliards d’annees, formation d’O2 (oxydation) par les cyanobacteries des oceans et formation de couche d’ozone
200 annees plus tard, apparition des premieres especes eucaryotes unicellulaires (il y a 2,2 MA)
Quand est-ce que la vie sort de l’eau
De base, les etres vivants vivaient dans l’hydrosphere seulement (meme si T=40-80 degres C) , puis la vie sort de l’eau donc en dehors de l’hydrosphere il y a 430 MA
Lister les 5 grandes extinctions (GE)
445 MA: 1ere GE = 85% des especes disparaissent, liee a une grande glaciation ‘‘Ordovicien-Silurien’’
370 MA: 2eme GE=Devonien= 75% des especes disparaissent, liee a des variations climatiques rapides mal connues
252 MA : Permien-Trias= 95% des especes sous marines et 70% des especes terrestres disparaissent, LA PLUS GRANDE DES EXTINCTIONS, liee a une forte augmentation de la temperature terrestre (50-60 degres C) liee a un super volcan siberien ‘‘Traps de Siberie’’ (2 millions de km2, 4xFRance) ❤️❤️
(entre 3eme et 4eme GE, appartition des dinosaures il y a 230 MA)
200 MA: 4eme GE=Trias Jurassique, liee a des chutes asteroides dont celui de Chassenon Rocheouart
65 MA: 5eme GE= Cretace tertiaire= 70% especes disparaissent dont les dinosaures, liee a l’asteroide du Yucatan Mexique
Quand est-ce qu’ont apparus les premiers hominides ? et les homo-sapiens?
7 MA= Premiers Hominidés (toumai)
2,4 MA=Apparition du genre homo
0,2-0,3 MA= Apparition homo sapiens
Definir une espece
Espece= ensemble d’individus formant une population ayant certaines caracteristiques et pouvant se reproduire en donnant naissance a une descendance viable et feconde
Parmi les procaryotes (avec noyau): organismes monocellulaires (levures, algues, parasites not parasites responsables du paludisme) et organismes multicellulaires (plantes, poissons, insectes, certaines algues etc)
eucaryotes (sans noyau): archees (archeobacteries) et Bacteries (dont les cyanobacteries)
FAUX:
Parmi les procaryotes (SANS noyau): organismes monocellulaires (levures, algues, parasites not parasites responsables du paludisme) et organismes multicellulaires (plantes, poissons, insectes, certaines algues etc)
eucaryotes (AVEC noyau): archees (archeobacteries) et Bacteries (dont les cyanobacteries)
Quelles molecules sont chargees d’information
Ce sont les acides nucleiques = polymeres constitues d’elements de base = nucleotides
Nucleoside= base + sucre + acide phosphorique
Faux,
NucleoTide= base + sucre + acide phosphorique
(T->trois)
NucleoSide= baSe + Sucre
Comment peut on decrire les bases des nucleotides? Parmi les bases, lesquelles sont des purines et lesquelles sont des pyrimidines?
Bases= heterocycles aromatiques (comprenant dans le cycle des atomes qui ne sont pas du carbone)
Ce sont des molecules planes, avec de nombreuses doubles liaisosn ou des liaisons conjuguees, ce qui leur donne des proprietes d’absorber les rayons a certaines longueurs d’onde ❤️
Purines=AG
Pyrimidines=CTU
Dessiner les bases ❤️
Cf cours p11-14
Quelle sont les diiferences ente G-A, T-C ET C-U ❤️
G: fonction amine de A remplacee par une fonction cetone
T: fonction amine sur carbone 4 de C remplacee par une fonction cetone + ajour d’un groupement methyl en sur le carbone 5
U: comme T, sauf qu’il n’y a pas de groupement methyls sur le carbone 5 (seulement un H)
Qu’est-ce qui rend l’ADN une molecule extremement stable contrairement a l’ARN?
Sur le β-Ribose (ARN), il y a deux fonctions OH (fonctions alcool, groupement hydroxyle), une sur le carbone 2’ et l’autre sur le carbone 3’
En revanche, sur le β-2’-Desoxyribose (ADN), OH est presente que sur le C3’, Il n’y a pas de OH sur le C2’ e qui rend les molecules tres stables ❤️
Quelle type de liaison lie la base et le sucre
Liaison β-N-osidique (que ce soit pour l’ADN ou l’ARN)
base–>nucloside–>nucleotide
adenine-adenosine-AdenosineMP (ou dAMP d pour desoxy donc adn) Guanine--guanosine--GMP Citosine--cytidine--CitydineMP Thymidie--thymidine-dTMP Uracile-Uridine-dUidineMP (dUMP)
Faux, on retrouve la thymidine seulement dans l’ADN donc
Thymidine—DESOXY-thymidine–dThymidineMP (dTMP)
Uracile seulement dans l’ARN donc:
Uracile–Uridine–uridine MP (UMP)
Les nucleotides (NTP ou dNTP..) sont presents en quantite equimolaires
Vrai
Citer deux nucleotides particuliers et expliquer leur role
- l’AMPc= 3’-5’ phosphodiester adenosine monophosphate (AMP) = second messager etremement important pour de nombreuses fonctions cellulaires
- L’ATP=sert a transporter sous forme moleculaire de l’energie ❤️= molecule riche en energie car les oxygenes des triphosphates ont une tres grande tendance a se repulser mais comme ils sont prisonniers par des liaisons covalentes, ils ne peuvent pas le faire. Cependant, des qu’une liaison covalente est rompue il y a liberation d’energie avec une transformation d’ATP en ADP
L’ADN est une molecule particulierement resistante aux phenomenes de degradation ❤️
Vrai
Le genome humain est diploide et est constitué d’un ensemble de molecules long de 3.2 x 10^9 pb
FAUX, Le genome humain est HAPLOIDE et est constitué d’un ensemble de molecules long de 3.2 x 10^9 pb
Donner les autres caracteristiques de l’ADN
- Molecule bicatenaire faite de 2 chaines monocatenaires antiparalleles enroulees comme un colimacon (double helice tres stable, James Waston, Francis Crick 1953)
- Pas de l’helicoide vers la droite
- L’ADN est lineaire
- sens 5’-3’
- Possede une charge negative
Comment sont les interactions entre les bases A-T et C-G?
Liaisons hydrogenes (donc faibles, non covalentes).
A-T: 2 liaisons H
C-G: 3liaisons H (donc plus stable et plus difficile a dissocier par rapport a A-T)
Le pas de vis de la double helice est de 3,4 nm (10pb) et vers la droite
Vrai
Donner les synonymes de la denaturation de l’ADN
Denaturation de l’ADN= Fusion de l’ADN=deshybridation de l’ADN
Comment peut on extraire l’ADN
Premierement; on peut obtenir facilement l’ADN des cellules eucaryotes (G blancs), des bacteries et des virus et ce:
- en les lysant
- et en les deproteinesant grace a des detergents, NaOH, enzyme:Proteinase K.
- Ensuite, on utilise des methodes de precipitation ou de chromatographie
Le covid est un virus a ARN
Vrai
Decrire la chromatographie d’affinite de l’ADN ❤️❤️
La phase solide de la colonne verticale est chargee positivement (DEAE) et va ralentir la progression de l’ADN qui est chargé negativement
Le melange a purifier d’ADN et de debris cellulaires est mis au dessus de la phase solide (stationnaire)
L’ADN, chargé negativement, se fixe sur la phase solide alors que les dechets (debris cellulaires) vont etre éliminés notamment grace a un solvant de rincage (phase mobile) qu’on rajoute au dessus du melange
Enfin, apres elimination des dechets, on rajoute un autre solvant de FORTE FORCE IONIQUE qui detache l’ADN de la phase solide stationnaire et permet donc sa recuperation ❤️❤️
La DEAE est une phase stationnaire chargee positivement permettant de ralentir l’ADN afin de le receuillir lors d’une chromatographie
Vrai
La defixation de l’ADN de la phase stationnaire se fait grace a un solant a tres forte force ionique. Que se passe -t-il au niveau moleculaire ? Quelle est la limite de la chromatographie
On casse les interactions ioniques entre l’ADN et la DEAE.
Limite: Ceci dit, cet ADN n’est pas toujours d’une très grande pureté, il peut en effet contenir encore quelques débris. C’est pour cette raison qu’on mesure son absorbance (par spectrophotometrie)
Les protéines ont une absorption maximale a 260 nm
Faux,
les protéines ont une absorption maximale a 280 nm,
c’est l’ADN bicatenaire et monocatenaire qui ont un spectre d’absorption UV maximal a 260 nm
Quelle est la difference entre ADN bi et monocatenaire?
A quoi est due cette difference ?
l’ADN monocatenaire a lui aussi un spectre d’absorption UV maximal a 260 nm mais qui est 1,4 fois plus fort que celui de l’ADN bicatenaire.
Ceci est du a une plus grande exposition aux rayons UV et a une modification de la repartition electronique au sein des bases car il n’y a plus de liaisons H
Que permet la mesure de l’absortion de l’ADN ?
Elle permet de :
-Detecter de l’ADN,
- Mesurer sa quantite dans un echantillon,
- Mesurer sa purete par rapport aux proteines
- Detecter une ou plusieurs sequences d’ADN lors de sa denaturation
Quelle rapport permet de determiner la purete de l’ADN
A260/A280
On a une bonne purete d’ADN si A260/A280>2,4
Faux, bonne purete d’ADN si A260/A280>1,8
Comment se fait-il que l’ADN soit dénaturé ?
Les liaisons H qui relient les bases des 2 brins peuvent etre soumises a un fort mvt brownien et peuvent donc se casser, et ce par une augmentation de la temperature OU par des solvants ayant une grande force ionique
Tm correspond a la temperature a laquelle 50% d’une quantite d’ADN a ete denaturee
Vrai
