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Fisicoquímica Macromolecular > Bioinformática > Flashcards

Bioinformática Flashcards

1
Q

Por qué es GNU/Linux el fav de la bioinformática

A

Multiusuario
Multiplataforma
Multitarea

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Q

Dif GNU y Linux

A

GNU es con lo que lidiamos como usuario
Linux es lo que procesa la info

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3
Q

Dif logout y exit

A

Logout = cierra la sesión del usuario
Exit = cierra la sesión y también la terminal

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4
Q

1 byte equals

A

8 bits

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5
Q

1 kilobyte equals

A

1024 (2^10) bytes

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6
Q

Archivo definición

A

Conjunto ordenado de bytes

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7
Q

Filesystem se compone de

A

Archivos organizados en directorios

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8
Q

Diferencia path absoluto con path relativo

A

Absoluto empieza de la raíz, siempre comienza con /
Relativo comienza desde otra ubicación según los caracteres

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9
Q

Caracteres especiales par path relativos

A

“.” El directorio actual
“..” el directorio directamente superior
“~” $HOME
“~user” $HOME del usuario user
“—” último directorio en el que estuve

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10
Q

Cuál es el prompt

A

Enunciado es “yo@mitarro:~$”

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11
Q

Si no pongo argumento a LS

A

Me lista los archivos y directorios del directorio actual

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12
Q

LS -l

A

(LiSt long listing) proporciona listado extenso (permisos, fecha, tamaño, usuario, etc)

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13
Q

Opción -h para LS

A

Human readable (tamaño legible)

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14
Q

LS -a

A

(List all) no ignora los archivos ocultos

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15
Q

Archivos ocultos

A

Comienzan con “.”

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16
Q

LS -R

A

(Recursive) Muestra recursivamente todos los subdirectorios de c/directorio

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17
Q

LS -S

A

(Sorted) ordena la lista x tamaño (bigger primero)

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18
Q

LS -t

A

(Time) ordena lista x fecha de MODIFICACIÓN, latest primero

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19
Q

LS -r

A

(Reverse) invierte el sentido de los ordenamientos (onda de Z-A)

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20
Q

Comodín *

A

“*” reemplaza cualquier conjunto de caracteres

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21
Q

Comodín “?”

A

? Reemplaza any caracter individual

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22
Q

pwd

A

Print working directory = nombra el directorio actual

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23
Q

cd

A

Change Directory = permite moverse a otro directorio

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24
Q

“cd” sin arg

A

Lleva a $HOME

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25
Q

cd —

A

Vuelve al último directorio visitado

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26
Q

“rm”

A

“Remove” vacía la carpeta

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27
Q

rm -r ó rm -R

A

Remueve recursivamente todo lo que la carpeta del arg y luego la borra

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28
Q

Rmdir

A

Elimina directorio con el nombre del arg

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29
Q

Cat

A

(concatenate) vuelca la info de dos o más archivos concatenada%, en el orden que yo proporcioné en arg

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30
Q

cat —A

A

Muestra los caracteres que por defecto oculta, como tab (^|)

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31
Q

“more”

A

Muestra pagina x página el archivo del arg

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32
Q

“Less”

A

Muestra la info del arg pero permite moverse para atrás y adelante

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33
Q

Cp

A

CoPy = copia un archivo con otro nombre y/o a otro directorio “cp origen destino”

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34
Q

cp —i

A

(Interactive) impide que a copia provoque la pérdida del archivo destino si ya esixte

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35
Q

Cp -R ó cp -r

A

Copia un directorio y toda la filesystem que cuelga de él

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36
Q

Mv

A

(MoVe) = mueve un archivo a otro nombre y/o a otro directorio

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37
Q

Rm —R ó rm -r

A

Borrar el directorio o todo su contenido

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38
Q

Comandos que disponen de opción “—i”

A

Cp, mv, rm :) evita borrar el archivo destino si exise

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39
Q

Touch

A

Crear archivos vacíos o reiniciar la fecha del archivo si ya existe

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40
Q

Permiso r en archivo y directorio

A

En archivo es examinar el permiso del mismo
En directorio es listar los contenidos del mismo

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41
Q

Permiso w en archivos y directorios

A

En archivo permite modificar el contenido
En directorio crear nuevos archivos o directorios en su interior

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42
Q

Permiso x en archivos y directorios

A

En archivos permite ejecutarlo
En directorios permite cambiarse a él

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43
Q

Tipos de objetos

A

“l” link
“—” archivo
“c” dispositivo de caracteres (puerto serial)
“d” directorio
“b” dispositivo de bloques (disco duro)

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44
Q

Orden de los permisos

A

Usuario (propietario) — grupo — otros

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45
Q

Qué permiso ningún programa UNIX tiene x defecto

A

X

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46
Q

chmod

A

Modificar los permisos de un (o grupo de) archivos o directorios

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47
Q

Modo numérico de permisos

A

0 nada
1 solo x
2 solo w
3 w x
4 solo r
5 r x
6 r w
7 r w x

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48
Q

Modo simbólico o literal de permisos “quién”

A

U usuario
G grupo
O other
A all = “ugo”

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49
Q

Modo simbólico o literal “operación”

A

+ añadir permiso
— eliminar permiso
= asignar permiso

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50
Q

Diferencia entre + ó = un permiso

A

Agregar (+) es añadir a los que ya tenía, reasignar (=) cambia de novo todo

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51
Q

Chgrp

A

(Change group) cambia el grupo propietario de uno o mas archivos y/o directorios

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52
Q

Requisito para ser usuario que usa chgrp ó chown

A

Pertenecer al grupo al que adscribe los nuevos archivos

53
Q

Chown

A

(Change owner) cambia el usuario propietario de uno o mas archivos y/o directorios

54
Q

Argumento de chgrp ó chown

A

“Grupo” “archivos”
“Usuario” “archivos”

55
Q

File

A

Imprime el tipo de un archivo, examinando su contenido

56
Q

File —i

A

Incluye el valor de la propiedad charset (indica codificación del archivo)

57
Q

Descriptores numéricos de c/ dispositivo/flujo de datos

A

0 STDIN
1 STDOUT
2 STDERR

58
Q

Redirección de entrada

A

“Menor que”
Conecta el STDIN a un archivo

59
Q

Redireccion de salida

A

“Mayor que” >
Conectar STDOUT a un archivo

60
Q

Redirección de salida y entrada

A

“|” permite conectar el STDOUT de un proceso con el STDIN del sgte

61
Q

Modo append

A

“Escribir abajo” de la info que ya tiene el archivo

62
Q

Redireccionador 2>

A

Redirecciona el STDERR

63
Q

Redireccionador &>

A

Redirecciona tanto STDOUT como STDERR

64
Q

Redireccionador&raquo_space;

A

Añade el STDOUT en modo append al final del archivo indicado

65
Q

Redireccionador 2»

A

Redirecciona solo STDERR pero modo append

66
Q

&»

A

Redireccionador de STDOUT y SDERR en modo append

67
Q

Qué son los filtros

A

Comandos que permiten el procesamiento de archivos de texto desde la línea de comandos. Reciben datos del STDIN y los retornan modificados al STDOUT

68
Q

“paste”

A

Pega los archivos del argumento línea por línea, separado x tab (quedan como columnas de cada weá)

69
Q

“tee”

A

Desde el STDIN y escribe en STDOUT en uno o más archivos simultáneamente (se aplica con | entonces)

70
Q

Tee —a

A

Agrega al archivo en modo append lo que se escribe

71
Q

Editor de flujos

A

Sed

72
Q

Sed =

A

Numera las lineas del archivo que muestra

73
Q

Sed -n ‘?p’

A

-n suprime la impresión de todas las líneas salvo las especificadas por ‘p’

74
Q

Sed ‘?q’

A

Mostrar hasta la línea ? Solamente

75
Q

Sed ‘?d’

A

Remover linea ? Del archivo

76
Q

Para que sed solo muestre las lineas X e Y de un archivo

A

Sed —n ‘Xp;Yp’

77
Q

Sed para buscar y reemplazar

A

Sed ‘s/algo/reemplazo/cuando’

78
Q

Expresiones regulares sed

A

^ matches al inicio de una linea (se pone antes de lo que busco)
$ matches al final de una linea (se pone después de lo que busco)
. matches cualquier caracter
[ ] matches con todos los caracteres dentro de los paréntesis

79
Q

Backlash indica

A

Que lo sgte (caracter) lo tome literal

80
Q

Diff

A

Permite comparar el contenido de dos archivos o directorios

81
Q

STDOUT de diff

A

“Línea en archivo 1 letra linea en archivo 2”
> el archivo 2 y “menor que” el 1

82
Q

Letras que usa diff para expresar diferencias

A

A agregar
C cambiar
D borrar

83
Q

sort

A

Permite ordenar por defecto numéricamente, o alfabética si asi lo explicito

84
Q

Sort -r

A

Revierte el orden

85
Q

Sort -n

A

Considera los numeros como tal, de menor a mayor

86
Q

Sort -k ?

A

Especifica la columna ? que quiero que use para ordenar

87
Q

Grep

A

Permite la búsqueda de una cadena de caracteres en uno o varios archivos, imprimiendo el nombre del archivo y la linea en que se encuentra la cadena

88
Q

Opciones de grep

A

—c elimina la salida normal y solo cuenta el nro de lineas en las cuales aparece la cadena en cada archivo
—i ignora si los caracteres de búsqueda están en
—n incluye el nro de líneas en que aparece la cadena
—r búsqueda recursiva
—v invierte la búsqueda, salen todas las lineas sin la cadena

89
Q

Head con y sin -N

A

Con muestra las primeras N lineas
Sin muestra las primeras 10

90
Q

Tail con y sin —f

A

Con permite que se actualice la salida a medida que el archivo crece
Sin muestra las últimas 10 lineas

91
Q

Awk

A

Es un procesador de archivos de texto que remite la manipulación de las lineas de forma tal que tome decisiones en función del contenido de la misma. Por defecto funciona como el comando cat

92
Q

Wc

A

Contabiliza el nro de lineas, palabras y caracteres de un archivo (en ese orden)

93
Q

Wc sólo muestra lineas, palabras o caracteres con

A

—l
—w
—c

94
Q

Uniq

A

Reporta, omite o cuenta lineas repetidas adyacentes. Así solito pone las lineas solo una vez, quita las repeticiones

95
Q

Uniq —d

A

Solo imprime las lineas que va a eliminar porque son repetidas

96
Q

Uniq —c

A

Reporta con la primera columna cuantas veces esta una linea

97
Q

Pid

A

Process ID. Único para cada proceso

98
Q

IP-number

A

Conjunto de 4 nros separados x puntos que se asocia a cada maquina, no pueden repetirse en una misma red

99
Q

&

A

Ejecución de un comando en bg

100
Q

Ctrl-Z

A

Detiene el proceso del fg y lo coloca en bg

101
Q

Ctrl-baklash

A

Termina def% un proceso del fg

102
Q

Ps x

A

Lista todos los procesos del usuario, incluyendo los no asociados a la terminal

103
Q

Kill (Pid)

A

Señal de termino a un proceso unix

104
Q

Jobs

A

Lista los procesos que se hayan ejecutado en el shell actual, mostrando el job number

105
Q

Fg (job number)

A

Pasa a fg un proceso en bg

106
Q

Bg (job number)

A

Pasa a bg un proceso en fg

107
Q

Dif entre kill y ctrl-c

A

Kill puede terminar un proceso en bg también

108
Q

Ping

A

Verifica si una maquina esta conectada a la red y si el camino de internet hasta la misma funciona correcta%

109
Q

ssh

A

Permite conexión operativa con otro compu a través de la red

110
Q

PDB-ID

A

Código de 4 letras y/o nros que se asocia a una estructura del Protein data bank

111
Q

formato PDB

A

Archivo de texto que contiene coordenadas cartesianas de los atomos de la proteina mas la info de enlaces, est 2ria y 3ria

112
Q

Resolución

A

Medición de la calidad de los datos, qué tan seguros podemos estar de la posición de un átomo en particular, depende del volumen sobre el que se construye.

113
Q

Baja resolución

A

8 a 3,5 A°
Se puede ver la forma gral de las moleculas y las helices se ven como barras de alta densidad de e-s

114
Q

Resolución media

A

3,5 a 2,5 A°
Se identifican las cadenas lat de aás y rastrear las cadenas de polipéptidos

115
Q

Alta resolución

A

2,5 a 1 A°
Se pueden localizar atomos individuales y observar solvente ordenado al rededor de prot

116
Q

B-value

A

Medida del movimiento que puede tomar el átomo que se representa dentro de tal densidad electrónica. Mientras menos mejor e indica que el átomo esta en misma posición en all estructuras del cristal

117
Q

Fórmula B-value

A

Pi^2 * q^2
Q = cuanto se mueve el átomo en el volumen resuelto

118
Q

Occupancy

A

Estimación de al cantidad de cada conformacion posible esta presente en el cristal, del 0,1.

119
Q

Diferencia FASTA y FASTQ

A

Fasta tiene toda la secuencia seguida desde el primer salto de línea post >
FASTQ cada linea se asocia a una linea inferior (4ta) con info de la calidad asociada

120
Q

Base calling

A

Es el proceso por el cual un orden de nts en templado es inferido durante una reacción de secuenciación

121
Q

Phred score

A

Q= -10 * log 10(p)
Q es base quality
P es probabilidad de que la base sea incorrecta

122
Q

Valores normales de Q

A

Entre 30-50, bajo eso es malo

123
Q

Qué es anotar un genoma

A
  • clasificar y describir parts de la secuencia genómica
  • características biológicas de una secuencia
  • identificar tipo y posición de secuencias
  • hipotétizar sobre funciones de secuencias
124
Q

Tipos de anotación del genoma

A

Estructuras: ubicacion de c/tipo de estructura
Funcional: rol de cada estructura

125
Q

CDS

A

Coding secuence

126
Q

Estrategias de Identificación de CDS

A

Alineamiento de secuencias e identificación de genes ab initio

127
Q

Desventajas alineamiento de secuencias pa identificar CDs

A
  • no se anotan prots que no estan en la base de datos
  • no se pueden identificar fragmentos
128
Q

Desventajas identificación genes ab initio

A

Algoritmo puede equivocarse en el sitio de inicio
Se pueden perder genes atípicos
Sobrerrepresentación de genes pequeños ¿?

Fisicoquímica Macromolecular (3 decks)

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