Bioinformática Flashcards
1
Q
Por qué es GNU/Linux el fav de la bioinformática
A
Multiusuario
Multiplataforma
Multitarea
2
Q
Dif GNU y Linux
A
GNU es con lo que lidiamos como usuario
Linux es lo que procesa la info
3
Q
Dif logout y exit
A
Logout = cierra la sesión del usuario
Exit = cierra la sesión y también la terminal
4
Q
1 byte equals
A
8 bits
5
Q
1 kilobyte equals
A
1024 (2^10) bytes
6
Q
Archivo definición
A
Conjunto ordenado de bytes
7
Q
Filesystem se compone de
A
Archivos organizados en directorios
8
Q
Diferencia path absoluto con path relativo
A
Absoluto empieza de la raíz, siempre comienza con /
Relativo comienza desde otra ubicación según los caracteres
9
Q
Caracteres especiales par path relativos
A
“.” El directorio actual
“..” el directorio directamente superior
“~” $HOME
“~user” $HOME del usuario user
“—” último directorio en el que estuve
10
Q
Cuál es el prompt
A
Enunciado es “yo@mitarro:~$”
11
Q
Si no pongo argumento a LS
A
Me lista los archivos y directorios del directorio actual
12
Q
LS -l
A
(LiSt long listing) proporciona listado extenso (permisos, fecha, tamaño, usuario, etc)
13
Q
Opción -h para LS
A
Human readable (tamaño legible)
14
Q
LS -a
A
(List all) no ignora los archivos ocultos
15
Q
Archivos ocultos
A
Comienzan con “.”
16
Q
LS -R
A
(Recursive) Muestra recursivamente todos los subdirectorios de c/directorio
17
Q
LS -S
A
(Sorted) ordena la lista x tamaño (bigger primero)
18
Q
LS -t
A
(Time) ordena lista x fecha de MODIFICACIÓN, latest primero
19
Q
LS -r
A
(Reverse) invierte el sentido de los ordenamientos (onda de Z-A)
20
Q
Comodín *
A
“*” reemplaza cualquier conjunto de caracteres
21
Q
Comodín “?”
A
? Reemplaza any caracter individual
22
Q
pwd
A
Print working directory = nombra el directorio actual
23
Q
cd
A
Change Directory = permite moverse a otro directorio
24
Q
“cd” sin arg
A
Lleva a $HOME
25
cd —
Vuelve al último directorio visitado
26
“rm”
“Remove” vacía la carpeta
27
rm -r ó rm -R
Remueve recursivamente todo lo que la carpeta del arg y luego la borra
28
Rmdir
Elimina directorio con el nombre del arg
29
Cat
(concatenate) vuelca la info de dos o más archivos concatenada%, en el orden que yo proporcioné en arg
30
cat —A
Muestra los caracteres que por defecto oculta, como tab (^|)
31
“more”
Muestra pagina x página el archivo del arg
32
“Less”
Muestra la info del arg pero permite moverse para atrás y adelante
33
Cp
CoPy = copia un archivo con otro nombre y/o a otro directorio “cp origen destino”
34
cp —i
(Interactive) impide que a copia provoque la pérdida del archivo destino si ya esixte
35
Cp -R ó cp -r
Copia un directorio y toda la filesystem que cuelga de él
36
Mv
(MoVe) = mueve un archivo a otro nombre y/o a otro directorio
37
Rm —R ó rm -r
Borrar el directorio o todo su contenido
38
Comandos que disponen de opción “—i”
Cp, mv, rm :) evita borrar el archivo destino si exise
39
Touch
Crear archivos vacíos o reiniciar la fecha del archivo si ya existe
40
Permiso r en archivo y directorio
En archivo es examinar el permiso del mismo
En directorio es listar los contenidos del mismo
41
Permiso w en archivos y directorios
En archivo permite modificar el contenido
En directorio crear nuevos archivos o directorios en su interior
42
Permiso x en archivos y directorios
En archivos permite ejecutarlo
En directorios permite cambiarse a él
43
Tipos de objetos
“l” link
“—” archivo
“c” dispositivo de caracteres (puerto serial)
“d” directorio
“b” dispositivo de bloques (disco duro)
44
Orden de los permisos
Usuario (propietario) — grupo — otros
45
Qué permiso ningún programa UNIX tiene x defecto
X
46
chmod
Modificar los permisos de un (o grupo de) archivos o directorios
47
Modo numérico de permisos
0 nada
1 solo x
2 solo w
3 w x
4 solo r
5 r x
6 r w
7 r w x
48
Modo simbólico o literal de permisos “quién”
U usuario
G grupo
O other
A all = “ugo”
49
Modo simbólico o literal “operación”
+ añadir permiso
— eliminar permiso
= asignar permiso
50
Diferencia entre + ó = un permiso
Agregar (+) es añadir a los que ya tenía, reasignar (=) cambia de novo todo
51
Chgrp
(Change group) cambia el grupo propietario de uno o mas archivos y/o directorios
52
Requisito para ser usuario que usa chgrp ó chown
Pertenecer al grupo al que adscribe los nuevos archivos
53
Chown
(Change owner) cambia el usuario propietario de uno o mas archivos y/o directorios
54
Argumento de chgrp ó chown
“Grupo” “archivos”
“Usuario” “archivos”
55
File
Imprime el tipo de un archivo, examinando su contenido
56
File —i
Incluye el valor de la propiedad charset (indica codificación del archivo)
57
Descriptores numéricos de c/ dispositivo/flujo de datos
0 STDIN
1 STDOUT
2 STDERR
58
Redirección de entrada
“Menor que”
Conecta el STDIN a un archivo
59
Redireccion de salida
“Mayor que” >
Conectar STDOUT a un archivo
60
Redirección de salida y entrada
“|” permite conectar el STDOUT de un proceso con el STDIN del sgte
61
Modo append
“Escribir abajo” de la info que ya tiene el archivo
62
Redireccionador 2>
Redirecciona el STDERR
63
Redireccionador &>
Redirecciona tanto STDOUT como STDERR
64
Redireccionador >>
Añade el STDOUT en modo append al final del archivo indicado
65
Redireccionador 2>>
Redirecciona solo STDERR pero modo append
66
&>>
Redireccionador de STDOUT y SDERR en modo append
67
Qué son los filtros
Comandos que permiten el procesamiento de archivos de texto desde la línea de comandos. Reciben datos del STDIN y los retornan modificados al STDOUT
68
“paste”
Pega los archivos del argumento línea por línea, separado x tab (quedan como columnas de cada weá)
69
“tee”
Desde el STDIN y escribe en STDOUT en uno o más archivos simultáneamente (se aplica con | entonces)
70
Tee —a
Agrega al archivo en modo append lo que se escribe
71
Editor de flujos
Sed
72
Sed =
Numera las lineas del archivo que muestra
73
Sed -n ‘?p’
-n suprime la impresión de todas las líneas salvo las especificadas por ‘p’
74
Sed ‘?q’
Mostrar hasta la línea ? Solamente
75
Sed ‘?d’
Remover linea ? Del archivo
76
Para que sed solo muestre las lineas X e Y de un archivo
Sed —n ‘Xp;Yp’
77
Sed para buscar y reemplazar
Sed ‘s/algo/reemplazo/cuando’
78
Expresiones regulares sed
^ matches al inicio de una linea (se pone antes de lo que busco)
$ matches al final de una linea (se pone después de lo que busco)
. matches cualquier caracter
[ ] matches con todos los caracteres dentro de los paréntesis
79
Backlash indica
Que lo sgte (caracter) lo tome literal
80
Diff
Permite comparar el contenido de dos archivos o directorios
81
STDOUT de diff
“Línea en archivo 1 letra linea en archivo 2”
> el archivo 2 y “menor que” el 1
82
Letras que usa diff para expresar diferencias
A agregar
C cambiar
D borrar
83
sort
Permite ordenar por defecto numéricamente, o alfabética si asi lo explicito
84
Sort -r
Revierte el orden
85
Sort -n
Considera los numeros como tal, de menor a mayor
86
Sort -k ?
Especifica la columna ? que quiero que use para ordenar
87
Grep
Permite la búsqueda de una cadena de caracteres en uno o varios archivos, imprimiendo el nombre del archivo y la linea en que se encuentra la cadena
88
Opciones de grep
—c elimina la salida normal y solo cuenta el nro de lineas en las cuales aparece la cadena en cada archivo
—i ignora si los caracteres de búsqueda están en
—n incluye el nro de líneas en que aparece la cadena
—r búsqueda recursiva
—v invierte la búsqueda, salen todas las lineas sin la cadena
89
Head con y sin -N
Con muestra las primeras N lineas
Sin muestra las primeras 10
90
Tail con y sin —f
Con permite que se actualice la salida a medida que el archivo crece
Sin muestra las últimas 10 lineas
91
Awk
Es un procesador de archivos de texto que remite la manipulación de las lineas de forma tal que tome decisiones en función del contenido de la misma. Por defecto funciona como el comando cat
92
Wc
Contabiliza el nro de lineas, palabras y caracteres de un archivo (en ese orden)
93
Wc sólo muestra lineas, palabras o caracteres con
—l
—w
—c
94
Uniq
Reporta, omite o cuenta lineas repetidas adyacentes. Así solito pone las lineas solo una vez, quita las repeticiones
95
Uniq —d
Solo imprime las lineas que va a eliminar porque son repetidas
96
Uniq —c
Reporta con la primera columna cuantas veces esta una linea
97
Pid
Process ID. Único para cada proceso
98
IP-number
Conjunto de 4 nros separados x puntos que se asocia a cada maquina, no pueden repetirse en una misma red
99
&
Ejecución de un comando en bg
100
Ctrl-Z
Detiene el proceso del fg y lo coloca en bg
101
Ctrl-baklash
Termina def% un proceso del fg
102
Ps x
Lista todos los procesos del usuario, incluyendo los no asociados a la terminal
103
Kill (Pid)
Señal de termino a un proceso unix
104
Jobs
Lista los procesos que se hayan ejecutado en el shell actual, mostrando el job number
105
Fg (job number)
Pasa a fg un proceso en bg
106
Bg (job number)
Pasa a bg un proceso en fg
107
Dif entre kill y ctrl-c
Kill puede terminar un proceso en bg también
108
Ping
Verifica si una maquina esta conectada a la red y si el camino de internet hasta la misma funciona correcta%
109
ssh
Permite conexión operativa con otro compu a través de la red
110
PDB-ID
Código de 4 letras y/o nros que se asocia a una estructura del Protein data bank
111
formato PDB
Archivo de texto que contiene coordenadas cartesianas de los atomos de la proteina mas la info de enlaces, est 2ria y 3ria
112
Resolución
Medición de la calidad de los datos, qué tan seguros podemos estar de la posición de un átomo en particular, depende del volumen sobre el que se construye.
113
Baja resolución
8 a 3,5 A°
Se puede ver la forma gral de las moleculas y las helices se ven como barras de alta densidad de e-s
114
Resolución media
3,5 a 2,5 A°
Se identifican las cadenas lat de aás y rastrear las cadenas de polipéptidos
115
Alta resolución
2,5 a 1 A°
Se pueden localizar atomos individuales y observar solvente ordenado al rededor de prot
116
B-value
Medida del movimiento que puede tomar el átomo que se representa dentro de tal densidad electrónica. Mientras menos mejor e indica que el átomo esta en misma posición en all estructuras del cristal
117
Fórmula B-value
Pi^2 * q^2
Q = cuanto se mueve el átomo en el volumen resuelto
118
Occupancy
Estimación de al cantidad de cada conformacion posible esta presente en el cristal, del 0,1.
119
Diferencia FASTA y FASTQ
Fasta tiene toda la secuencia seguida desde el primer salto de línea post >
FASTQ cada linea se asocia a una linea inferior (4ta) con info de la calidad asociada
120
Base calling
Es el proceso por el cual un orden de nts en templado es inferido durante una reacción de secuenciación
121
Phred score
Q= -10 * log 10(p)
Q es base quality
P es probabilidad de que la base sea incorrecta
122
Valores normales de Q
Entre 30-50, bajo eso es malo
123
Qué es anotar un genoma
- clasificar y describir parts de la secuencia genómica
- características biológicas de una secuencia
- identificar tipo y posición de secuencias
- hipotétizar sobre funciones de secuencias
124
Tipos de anotación del genoma
Estructuras: ubicacion de c/tipo de estructura
Funcional: rol de cada estructura
125
CDS
Coding secuence
126
Estrategias de Identificación de CDS
Alineamiento de secuencias e identificación de genes ab initio
127
Desventajas alineamiento de secuencias pa identificar CDs
- no se anotan prots que no estan en la base de datos
- no se pueden identificar fragmentos
128
Desventajas identificación genes ab initio
Algoritmo puede equivocarse en el sitio de inicio
Se pueden perder genes atípicos
Sobrerrepresentación de genes pequeños ¿?
