Biodatenbanken Flashcards

1
Q

Welche Art von Daten können in Biodatenbanken gespeichert werden?

A

Rohdaten

Aufbereitete Daten

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Wie gelangen Daten in Biodatenbanken?

A

Submission oder Collection/Crawling

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Grade an Strukturiertheit von Biodatenbanken

A

Reiner Text
Entry-Basiert: Liste v. Zeilen mit bestimmtem Syntax
Relationale: SQL-Datenbank
Objektorientiert
XML: Baumförmige Struktur, schematisch verwaltet

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Zugang zu öffentlichen Datenbanken: Wie?

A

Über Web-Interface

ggf. direkten Zugriff auf SQL-Server

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Was ist Flat-File?

A

Textdatei: jede Zeile ist eigener Datensatz
kein Standard für Formate
je nach Biodatenbank unterschiedlich

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Was ist XML (Extensible Marker Language)

A

Standard zum strukturierten Aufschreiben von Daten
Über Document Type Definition welche Tags in Datei vorkommen & was Bedeutung ist
Dateien recht groß

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Protein-Database: Was gespeichert? Wie Zugriff?

A

Molekülstrukturdaten aus NMR/Kristallo/etc.
Zugriff: ID des Proteins über Web-Interface
Herunterladen der Flat-File/XML d. Struktur über ID
Betrachten d. Moleküls über Browser

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Struktur der PDB-Flat-Files

A

Zeile: max. 80 Zeichen, keine Sonderzeichen/Umlaute

erste 6 Zeichen: spezifizieren Typ d. Zeile

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Ensembl: Was gespeichert? Wie Zugriff?

A

Genomdaten und deren Transkription, Exons, etc.

Zugriff: Web-Interface mit Analyse-Tools, anonymer SQL-Zugang

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Hauptschemata in Ensembl

A

Kern: Genomdaten
Vergelichende Genomik: Homologe, Paraloge, Proteinfamilien
Variationen: SNPs, Mutationen, Strukturvarianten
Regulation: regulatorische Motive

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

KEGG-Database: Was gespeichert? Wie Zugriff?

A

Gene und Pathways
Zugriff: Web-Interface für Navigierden d. Pathways
Herunterladen d. Pathways als XML-Files oder KGML-Files (KEGG Markup Language)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly