biochimie UE1 Flashcards

Question

usage électrophorèse dans étude protéine

Answer 1

- vérifier état de pureté - connaître son poids moléculaire - connaître le nombre de sous-unités composant la protéine

Answer 2

électrophorèse monodimensionnelle en SDS-PAGE => migration d’une molécule chargée dans un champ électrique du pôle (-) cathode vers le pôle (+) anode - pour les protéines il y a présence de SDS = agent dénaturant qui entoure la protéine de charges négatives qui deviennent globalement chargées négativement - β-mercapto-éthanol réduit les ponts disulfures intracarténaires + intercarténaires entre 2 cystéines = agent réducteur - après dénaturation on introduit échantillon niveau cathode (-) => protéines négatives migrent vers l’anode (+) selon leurs poids moléculaires (plus légères, plus elles vont loin) => déduction poids moléculaire

Answer 3

- protéine monomérique - structure globulaire compacte - riche en hélices α - composée d’un hème (groupement prosthétique) - stocke l’O2 dans les muscles

Answer 4

- sert à lier l'O2 + surtout à son transport dans le sang - tétramère (4 monomères) - constituée de => 2 sous-unités α et 2 sous-unités β liées par liaisons faibles => elle peuvent toute lier une molécule d’O2 (4 au total) - phénomène de coopérativité; protéine allostérique

Answer 5

- la PO2 (pression artérielle en O2) pour laquelle on a 50% de saturation = 50% des sites actifs sont occupés par une molécule d’O2 (saturation de myoglobine et hémoglobine) - plus la P50 augmente plus l’affinité diminue => car il faut plus “forcer” l’O2 à se fixer sur la molécule

Answer 6

- affinité pour l’O2 est très forte grâce à l’allure hyperbolique de la courbe saturation = saturation myoglobine en fonction de la pression artérielle en O2 (P50 basse) - rôle important de stockage dans muscles

Answer 7

- courbe sigmoïde => affinité augmente exponentiellement avant d’atteindre plateau - plus O2 fixé sur l’hémoglobine plus l’affinité pour l’O2 augmente => phénomène de coopérativité - niveau tissus => faible affinité O2 => transport (faible affinité = peut se défaire facilement de ce qu’elle transporte) - affinité diminue encore plus avec augmentation de PCO2 + diminution pH - effet bohr => affinité hémoglobine pour l’O2 diminue avec augmentation de PCO2 et/ ou diminution pH; courbe sigmoïde déplacée vers la droite + plus O2 disponible à l’effort

Answer 8

- courbe sigmoïde => affinité augmente exponentiellement avant d’atteindre plateau - plus O2 fixé sur l’hémoglobine plus l’affinité pour l’O2 augmente => phénomène de coopérativité - niveau tissus => faible affinité O2 => transport (faible affinité = peut se défaire facilement de ce qu’elle transporte) - affinité diminue encore plus avec augmentation de PCO2 + diminution pH - effet bohr => affinité hémoglobine pour l’O2 diminue avec augmentation de PCO2 et/ ou diminution pH; courbe sigmoïde déplacée vers la droite + plus O2 disponible à l’effort

Answer 9

- rôle structural en tant qu’éléments de soutien (cartilage) - rôle de reconnaissance (groupes sanguins) - constituants de molécules indispensables comme les vitamine (vitamine C) et les acides nucléiques (ADN, ARN) - molécules polyhydroxylées => extrêmement hydrophiles

Answer 10

- aussi appelés monosaccharides => sucres les plus simples - possède une chaîne carbonée (3,4,5,6 carbones) avec des carbones asymétriques, chacun portant un groupe hydroxyle (OH) + possédant une fonction carbonylée (doublet avec O) (cétone= lié à deux groupes alkyle ou aldéhyde= lié à au moins un atome d’hydrogène ) - formule = (CH2O)n n>2

Answer 11

- nombre de carbones de la chaîne carbonée (3=triose, 4=tétrose, 5=pentose, 6=hexose) - groupe carbonylé qu’il porte (aldéhyde= aldose, cétone= cétose) - position de l’avant dernière fonction alcool par rapport à la chaîne carbonée (OH gauche = L, OH droite = D)

Answer 12

- forme pyranose (cycle pyrane) - forme furanose (cycle furane)

Answer 13

- principalement observée chez les aldohexoses (glucose) - liaison covalente entre les carbones 1 et 5 => cycle à 6 atomes de carbone et un atome d’oxygène

Answer 14

- présente chez des oses comme le D-ribose ou le D-fructose - cycle à cinq atomes => 4 atomes de carbone + 1 atome d’oxygène - structures cycliques cruciales pour stabilité + fonction biologique des oses

Answer 15

- C6H12O6 - aldohexose - carbone réducteur en 1 - fonction alcool secondaire en 2,3,4 et 5 - fonction alcool primaire en 6 - ressource énergétique pour le cerveau, les globules rouges + le fœtus - cycle pyrane - D-glucose => seul enantiomère du glucose reconnu par enzymes du métabolisme

Answer 16

- contact avec l’eau - fonction carbonyle remplacée par un hydroxyle (OH) => hémiacetal - ajout d’un carbone asymétrique supplémentaire au niveau de C1 - rotations possibles => groupement OH du C1 est soit: -> en-dessous (37%) => anomère α: α-D-glucopyranose -> au-dessus (63%) => anomère β: β-D-glucopyranose - glucose sous forme isolée peut librement passer d’un anomère α à β => SAUF quand il est lié à un autre ose

Answer 17

- inversion de la configuration d’un seul carbone asymétrique - le galactose à une configuration absolue du carbone C4 inversée par rapport au glucose

Answer 18

- à partir de deux oses simples réunis par une liaison osidique (on peut former des ocides = glucides avec au moins une liaison glucidique) - lactose - maltose - saccharose

Answer 19

- liaison osidique => galactose + glucose => entre C1 du β-D-galactose et l’hydroxyle du C4 du D-glucose (forme ou α ou β) - propriétés => réducteur car C1 glucose est libre - clivage => lactase: donne un glucose + un galactose

Answer 20

- liaison osidique => glucose + glucose => C1 d’un α-D-glucose + l’hydroxyle du C4 d’un autre D-glucose (forme α ou β) - propriétés => réducteur car C1 du 2ème glucose est libre + dans le tube digestif - clivage => maltase: se clive en 2 glucoses

Answer 21

- liaison osidique => glucose + fructose => entre le C1 du α-D-glucose et l’hydroxyle du C2 du β-D-fructose - propriétés => sucre de table + non réducteur car 2 carbones anomériques sont pris - clivage => saccharase: composé d’un fructose + un glucose

Answer 22

- moyen de stocker le glucose et maintenir la glycémie - polyoside (composé de plusieurs oses) - synthétisé dans le foie + les muscles lors de glycogénogénèse - glycogène synthase (enzyme) => permet d’ajouter une molécule de glucose dans la chaîne de glycogène - UTP (source d’énergie) => permet de transformer glucose en UDP-glucose

Answer 23

- polymère ramifié de glucoses liés entre eux par liaisons dites osidiques (ou acétaliques) - liaison α1-4 et liaison α1-6 - ces liaisons => aspect spiralé + compact -> stockage

Answer 24

- chaîne principale où glucoses sont reliés entre eux: -> anomère α du carbone réducteur C1 -> fonction OH du carbone C4 de l’autre glucose => c’est donc une liaison α1-4

Answer 25

- ramifications où les liaisons sont entre: -> l’anomère α du carbone réducteur C1 -> la fonction OH du carbone C6 de l’autre glucose => c’est donc une liaison α1-6

Answer 26

- mécanisme de dégradation de glycogène en molécules de glucose pouvant être utilisées - glycogène phosphorylase (=enzyme) => sert à couper le glycogène en morceaux au niveau des liaisons α1-4 de la chaîne principale - enzyme débranchante coupe ensuite ramifications au niveau des liaisons α1-6

Answer 27

- mécanisme de dégradation de glycogène en molécules de glucose pouvant être utilisées - glycogène phosphorylase (=enzyme) => sert à couper le glycogène en morceaux au niveau des liaisons α1-4 de la chaîne principale - enzyme débranchante coupe ensuite ramifications au niveau des liaisons α1-6

Answer 28

- molécules hydrophobes - composés de chaînes d’acides gras (plupart) - très peu solubles mais peuvent être solubles dans solvants organiques apolaires

Answer 29

- lipides à base d’acides gras - à base de stérols - à base de terpènes

Answer 30

- réserves énergétiques et dans le métabolisme - structure et dynamique cellulaire (membranes avec bicouches lipidiques) - signalisation et contrôle de l’activité cellulaire (vitamine, hormone…)

Answer 31

- acide carboxylique - molécule amphiphile (partie hydrophobe + autre hydrophile) - nombre pair de carbones (sauf cas rares)

Answer 32

- taille de chaîne carbonée: chaîne courte (4-8C); moyenne (10-14C); longue (16-20C); très longue (22-26C) - présence et position des insaturations

Answer 33

- saturés => aucune double liaison dans sa chaîne carbonée -> formule brute générale => CH3 - (CH2)n - COOH - insaturés => une (monoinsaturé) ou plusieurs (polyinsaturé) double liaisons dans sa chaîne carbonée -> formule brute générale des monoinsaturés => CH3 - (CH2)x - CH=CH - (CH2)y - COOH

Answer 34

**carbones importants**: - carbone 1: α - 2ème: β - 3ème: γ - dernier: ω ou n **nombre de carbones et insaturations**: - ω + chiffre => carbone ou se positionne l’insaturation à partir du CH3 terminal (ou carbone ω) - Δ + chiffre => carbone ou se positionne l’insaturation à partir du COOH terminal (ou carbone α) - exemple: C 18:2, Δ9,12 (chaîne de 18 atomes de carbones comportant 2 insaturations, insaturations se trouvent au 9e et 12e carbone à partir du COOH)

Answer 35

- isomère cis trouvé à l’état naturel et pas le trans => le trans est issu de processus industriels + est associé à des pathologies cardiovasculaires : nickel

Answer 36

- isomère cis trouvé à l’état naturel et pas le trans => le trans est issu de processus industriels + est associé à des pathologies cardiovasculaires : nickel

Answer 37

- matière grasse => + elle est riche en acides gras insaturés + la matière est fluide (ex: + acides gras insaturés dans l’huile que dans le beurre; membrane + rigide avec + ag saturés et + fluide avec + ag insaturés) - + ag courts => + fluide - température de fusion diminue avec nombre d’insaturations + augmente avec la longueur de la chaîne aliphatique

Answer 38

- alcool peut être estérifié par un AG => forme une molécule de nature lipidique - glycérols + 1 AG => monoglycérides - glycérols + 2 AG => diglycérides - glycérol avec 3 groupements hydroxyles OH + 3 AG => triglycéride - stockage de lipides sous forme triglycéride - les 3 AG peuvent être identiques ou non + peuvent être saturés ou insaturés => affecté forme - mécanisme pour séparer les AG => utilise enzyme la lipase pancréatique

Answer 39

- plus vaste et diverse famille de biomolécules dans la nature => produits par plantes surtout - motif de base=> isoprène = 5 carbones + 2 double liaisons - assemblages selon le nombre d’isoprène assemblés: -> monoterpène= 2 -> sesquiterpène = 3 -> diterpène = 4 -> sesterterpène = 5 -> triterpène = 6

Answer 40

- dérive indirectement de ces terpènes - principal constituant des membranes - solide dans le corps (solubilité presque nulle dans l’eau + température de fusion très élevée)

Answer 41

-> hormones stéroïdes => hormones sexuelles comme l’oestradiol + testostérone -> acides biliaires => comme acide cholique sécrétés dans le tube digestif pour solubiliser les graisses grâce à leur amphiphilie -> molécules de la famille de vitamine D => rôle dans contrôle transcription + minéralisation osseuse

Answer 42

Acide nucléique égal assemblage de macro molécules dont l’unité de base est un nucléotide Deux types d’acide nucléiques : –acide désoxyribonucléique ou ADN –acide ribonucléique ou RN Acide nucléique composé de trois types de molécules simples : –Une base azotée –un os = sucre –un ou plusieurs phosphates

Answer 43

Deux grands types de base azotées : purique et pyrimidique –base pyrimidique: cytosine, thymine et uracile –Elle se fixe sur le sucre en C1’ via l’azote numéro 1 –base purique : adénine et guanine - elle se fixe sur le sucre en C1’ via l’azote numéro neuf Pour différencier ces deux bases, purique sont constituées de deux cycles, alors que pyrimidique n’ont contiennent qu’un seul - on observe deux liaisons entre A et T ou entre A et U. –on observe trois liaisons entre C et G

Answer 44

–Le bêta–D-Ribo qui participe à la structure de l’ARN. –le 2–desoxy–bêta–D–Ribose pour l’ADN qui est appelé ainsi car le carbone numéro deux ne possède pas d’oxygène contrairement aux ribose

Answer 45

Nucléotide = Formé d’une base azotée plus lié par une liaison N–osidique avec le carbone n1 du sucre. Ce sucre = lié par une liaison ester (phosphoester) avec un phosphate. On parle de liaison N–osidique car c’est l’atome d’azote de la base azotée, qui intervient dans la liaison.

Answer 46

–Début d’un brin commence à l’extrémité 5’ phosphate libre + se termine par l’extrémité 3’ OH libre –Une liaison phosphoester se fait entre un phosphate et un groupement hydroxyle. –les bris d’ADN et d’ARN, sont constitué par un enchaînement de nucléotides reliés entre par des liaisons phosphodiesters

Answer 47

–Ils ont des structures différentes – localisation = l’ADN est dans le noyau ; l’ARN est dans toute la cellule –longueur = l’ADN est long; L’ARN est plus court –sucre = L’ADN a un sucre qu’on nomme désoxyribose qui n’a pas de fonction le C2 ne possède pas d’oxygène; l’ARN a un sucre nommé ribose, qui contient sur le C2’ une fonction OH - base azotée = l’ADN a le TACG alors que l’ARN a le UACG - Caractéristique = ADN = double brin stable, qui sont complémentaires hybrider entre eux sur toute la longueur; ces deux brins sont anti parallèles, c’est-à-dire que l’extrémité 5 d’un brin est collé à l’extrémité 3 de l’autre brin, ARN = simple brin et sert de vecteur pour la fabrication de protéines

Answer 48

Première étape : la transcription : –gêne sur l’ADN, lu par une enzyme ARN, polymérase qui crée un transcrit primaire nommé pré ARN, mais ce n’est pas encore l’ARN qui sort du noyau, soit l’ARN messager, car il doit subir des étapes de maturation Deuxième étape : la traduction : –consiste en la lecture de l’ARNm par des ribosome qui synthétise des protéines dans la structure primaire et déterminée par celle de l’ARNm

Answer 49

Définition : gêne est une séquence de nucléotides de l’ADN contenant l’information génétique pour synthétiser une protéine ou un ARN, Il comprend : –un promoteur –un site d’initiation à la transcription, au début de l’exon, un – des exons – des introns –les signaux de fin de transcription à la fin du dernier exon

Answer 50

Brin sens (codant): –Contient information génétique –ne sert pas de matrice à l’ARN polymérase –séquence identique au transcrit primaire, sauf T qui devient U –Reconnaissable entre autres, par ces deux l’émets du promoteur (boîte CAAT et TATA) Brin antisens (transcrit) = matrice = template: – complémentaire du brin sens –serre de modèle à l’ARN, polymérase lors de la transcription = matrice à ARN, polymérase

Answer 51

–Former de nucléotides qui constitue un promoteur, suivi d’une alternance d’exons et d’introns –les introns vont être éliminé du transcrit primaire pour former l’ARNm qui n’est composé que d’exons codant ou non qui vont être traduit en protéines - le transcrit primaire sera donc complémentaire de la séquence du brin anti-sens et identique au brin sens

Answer 52

La boîte TATA: - séquence, tatata –dans le promoteur de tous les gènes. –situé à environ 20 ou 30 nucléotides avant, l’exon 1 sur le brin sens –retrouver sur les deux brins de façon symétrique : identique sur les deux brins anti parallèles et complémentaires de la ADN La boîte CAAT: –Séquence GCCCATCCAT irrégulière –situé environ 80 nucléotides avant le site d’initiation de la transcription

Answer 53

Elle se déroule en trois étapes : –initiation : reconnaissance du début de l’unité de transcription Consiste en la formation du complexe d’initiation, de la transcription - élongation : polymérisation de la chaîne d’ARN L’ARN polymérase lit un brin d’ADN le brins sens dans le sens trois vers cinq, et synthétise dans le sens cinq vers 3 un transcrit primaire ARM, par complémentarité des bases azotées Le transcris primaire formé est complémentaire au brin antisens et identique au brin sens À l’ajout de chaque nucléotide, il y a la consommation de deux liaisons riches en énergie - terminaison : nécessite la reconnaissance de la région de terminaison de la transcription Le transcrit primaire est seulement la version ARN, du brin sens, du site d’initiation, de la transcription, c’est-à-dire exon 1 jusqu’au site de terminaison de la transcription. Il est composé d’exon et d’introns , mais pas de promoteur.

Answer 54

Exons: –Partie de la séquence d’un gène transcrit, et conserver dans la structure de l’ARNm, jusqu’à la traduction qui contiennent : - la séquence codante du gène qui est la séquence, traduit en protéine, située entre le coton, initiateur ATG ou AUG et le codon stop sur le brin sens – des séquences non codantes, et non traduite, avant le codon initiateur AUG et après le codon STOP Introns: – éliminés lors de la maturation donc non traduits (non codant)

Answer 55

Traduction représente l’étape de lecture d’un ARN messager de 5 vers 3 par codon qui synthétise des protéines dans le sens, NH2 vers COOH c’est-à-dire de son extrémité N-terminale à son extrémité C-terminale La lecture de l’ARNm débute du codon AUG qui aboutit à l’insertion d’une méthionine dans la protéines 5AUG3 => met jusqu’au codon STOP