Biochimie Structurale: Cours 1 Flashcards
Qu’est-ce que le vitalisme?
Croyance selon laquelle une force vitale est nécessaire à la formation de molécule organiques
Anabolisme?
Réactions de synthèse des biomolécules à partir de composés plus simples.
Consomme énergie
Catabolisme?
Réactions de dégradation des nutriments pour produire des biomolécules simples (unités de construction)
Produit énergie
Constante d’équilibre (Keq) ?
Ratio entre concentration des produits et celle des réactifs lorsque la réaction est à l’équilibre.
Peut être lié au changement d’énergie libre (G)
Enthalpie (H) ?
Fonction utilisée en thermodynamique –> CHALEUR contenu dans système
Entropie (S) ?
Fonction utilisée en thermodynamique —> degré de DÉSORDRE
J/mole*K (K=Kelvin)
Endergonique?
Mécanisme qui ABSORBE énergie (**pas chaleur, important) (G positif)
Exergonique?
Mécanisme qui LIBÈRE énergie (G négatif)
Groupement fonctionnel?
Partie réactive de la molécule
Hydrolyse?
Bris d’une liaison covalente à l’intérieur d’une molécule en ajoutant une molécule d’eau.
Biochimie?
Science qui étudie les molécules et les réactions chimiques de la vie. Pont entre chimie et biologie –> utilise vocabulaire de la chimie pour expliquer la logique des phénomènes biologiques.
Qui: Fin du vitalisme –> synthèse de l’urée?
Friedrich Wöhler
Qui: Enzymes = catalyseurs ?
Eduard Buchner et Emil Fischer
Qui: Enzymes = catalyseurs –> fermentation du glucose?
Eduard Buchner
Qui: Enzymes = catalyseurs –> hydrolyse du sucrose?
Emil Fischer
Qui: Mécanisme clé-serrure –> spécificité enzymatique ?
Emil Fischer
Qui: ADN=matériel génétique –> conjugaison bactérienne?
Avery, MacLeod, McCarty
Qui: Structure des protéines?
Kendrew et Perutz
Qui: Structure de l’ADN?
Watson et Crick
Caractéristiques des enzymes?
- Catalyseurs (accélèrent réactions chimiques jusqu’à 10^20 fois)
- Différence principale entre réactions biochimiques et réactions de chimie organique
- Augmentent spécificité des réactions (complémentarité des surfaces entre enzyme et substrat –> mécanisme clé-serrure) explique petit nbre de produits intermédiaires + déchets
Information génétique est codée…
par l’ADN
ADN ____ en ARN
transcrit
ARN ____ en protéines
traduit
ADN —> ARN —> protéines est…
unidirectionnel + dogme central de la biologie moléculaire
Six éléments chimiques de la vie?
C, H, N, O, P et S (
- 97% des éléments retrouvés dans le vivant
- Capacité de former des liens covalents stables (plus légers à avoir cette propriété)
- Essentiels aux espèces vivantes
V ou F : Toutes biomolécules contiennent du carbone
V
Pourquoi le carbone est-il à la base de la vie?
- Capacité à former 4 liaisons covalentes (simples, doubles ou triples) –> propriété unique de former quasi une infinité de composés différents
- Grâce aux liaisons C-C –> capacité de former de looooongues chaînes
- Versatilité permet de former molécules linéaires, cycliques ou ramifiées
Chimie organique/biochimie=basée sur…
comportement des groupements fonctionnels
Membranes sont responsables de …
Force et forme de la cellule
Énergie ultime de la vie?
Soleil
Métabolisme?
Réactions chimiques permettant dégradation/synthèse des biomolécules
L’énergie est stockée et transportée dans la cellule principalement sous forme…
d’ATP
Constante de vitesse (k) ?
-Proportionnelle à la concentration des réactifs (chances d’entrer en collision)
V ou F? Les réactions chimiques sont réversibles et spontanées dans les deux directions.
F
réactions chimiques sont réversible, mais PAS spontanée dans les deux sens.
Une réaction est non spontanée lorsque…
-vitesse de transformation des produits en réactifs dépasse celle de la formation des produits
C+D–>A+B plus rapide que A+B–>C+D
-**tableau 1,4
V ou F? Lorsque une réaction n’est pas spontanée dans ne direction elle l’est dans l’autre.
V
Équation de Keq?
K eq = [Produits] / [Réactifs]
Changement d’enthalpie?
Changement d’énergie interne sous forme de chaleur (J/mole)
ΔH>0?
Réaction endothermique –> absorbe chaleur –> DÉFAVORABLE
ΔH<0?
Réaction exothermique –> produit chaleur –> FAVORABLE
ΔH=0?
Réaction isothermique –> aucune libération ou absorption de chaleur
ΔS<0?
DÉFAVORABLE
ΔS>0?
FAVORABLE
Organisation hiérarchique du vivant?
Atome –> Molécules inorganiques –> Biomolécules simples (acide aminé, monosccharide, acide gras, nucléotide) –> Macromolécules –> Complexes supramoléculaires –> Organites –> Cellule
Groupement fonctionnel: R-OH?
Hydroxyle: ALCOOL
Groupement fonctionnel: R-C-H
||
O
Carbonyle: ALDÉHYDE
Groupement fonctionnel:
O
||
R-C-R’
Carbonyle: CÉTONE
Groupement fonctionnel:
O
||
R-C-OH
Carboxyle: Acide carboxylique
Groupement fonctionnel:
R-N-H ou R-N-H
| |
H R’
Amine
acides aminés –> primaires=tous sauf Proline (secondaire)
Groupement fonctionnel: O || R-O-P-O | O
Phosphate (-PO4)
Phosphoryle (-PO3)
Groupement fonctionnel: R-SH
Sulfhydryle: Thiol
Quel aa contient un composé imidazole?
Histidine
Quel aa contient un composé indole?
Tryptophane
Quel acide nucléique contient une pyrimidine?
T,C,U
Quel acide nucléique contient une purine?
A,G
Biomolécule simple et structure générale: Protéines?
Acide aminé
Grpmnt amine (NH3+) et grpmnt carboxyle (COO-)
Biomolécule simple et structure générale: Glucides?
Monosaccharides
Grpmnt hydroxyle et grpmnt carbonyle (pas dans la forme circulaire)
Biomolécule simple et structure générale: Lipides?
Acides gras
Chaine hydrocarbonée et grpmnt carboxyle
Biomolécule simple et structure générale: Acides nucléiques?
Nucléotides
Monosaccharide, base azotée et grpmnt phosphate
Liens amides?
carbonyle et amine
Liens esters?
carboxyle et hydroxyle
Liens éthers?
Oxygène=pont entre 2 composés
Liens esters phosphoriques?
Phosphoester: phosphoryle et hydroxyle
Liens phosphodiester?
Phosphoryle forme pont entre 2 grpmnt R
Liens phosphoanhydrides?
2 phosphoryles liés par un O
Encombrement moléculaire?
Concentration très élevée de biomolécules dans la cellule –> favorise rencontre entre réactifs et enzymes
En quoi les cellules vivantes sont remarquablement similaires dans leur fonctionnement?
- Même biomolécules
- Même code génétique
- Mêmes sentiers métaboliques
Schéma Eucaryote vs Procaryote
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Quels organites contiennent leur propre génome? Pourquoi?
Mitochondrie et chloroplaste
Endosymbiose: descendants directs de symbiotes d’origine bactérienne
Encombrement moléculaire?
Concentration trèèès élevée des biomolécules favorise rencontre entre réactifs et enzymes.
V ou F? Le cytosol est un mélange aléatoire
F. Le cytosol est un mélange hautement organisé.