biochimie cahier jaune (protéines) Flashcards
ethymologie grecque du mot protéine
Protos=premier en grecque
les protéines jouent un rôle dominant
Rôle des protéines (8)
-enzymes
-transporteurs d’autres molécules (O2/CO2: Hb)
-réservoir d’autres molécules (myoglobine; O2)
-structures intra ou extracellulaires
-moteur mécanique: flagelle, migration des chromosomes, contraction musculaires
-Transmission de l’information génétique: protéines ribosomiques
-hormones/récepteurs hormonaux
-protection virale ou bactérienne (Ig)
Les protéines sont composés de combiens de types d’acides aminés
20 a.a
aa1-aa2-aa3…=infinités de protéines
combien de protéines est-il possible de faire avec des acides aminés
aa1-aa2-aa3…=infinités de protéines
Quel est la structure primaire d’une protéine et quel liaison y participe?
C’est l’ordre dans laquelle les acides aminés sont soudés par covalence en chaine peptidique
c’est quoi un acide aminé libre?
un ion amphotère car ils ont deux comportements possibles (basique ou acide)
Quels sont les deux classes d’acides aminés
- A.A HYDROPHILES:
a.a polaires ou ionisé ( R. basique et R. acides)
a.a non polaires (R. neutres)
-A.A HYDROPHOBES
Dans une chaine polypeptidique, à quel partie (de la chaine) est donné le caractère polaire ou non polaire?
À la chaine latérale
Le caractère hydrophile ou hydrophobe de R détermine….?
la structure tridimensionnelle ou conformation de la proteine
Si une protéine à des a.a hydrophobes à l’intérieur et des a.a hydrophiles à l’extérieur, elle doit être dans quel sorte de milieu?
Un milieu aqueux
Quel est la particularité des a.a F, W et Y
Ce sont des R aromatiques qui absorbent la lumière ultraviolette à 280 nm (puisque les protéines contiennent au moins un Y ou W)
À quoi la densité optique (des aromatiques F, W et Y) est elle proportionnelle?
à la concentration de la protéine en solution
comment se forme une cystine?
Par oxydation des groupes SH de deux cystéines
Quel est le rôle du pont disulfure dans une cystine?
Il stabilise les protéines par une liaison covalente (ex: protéines sécrétoires)
La saveur des aliments est accentué par..?
le glutamate
combien de formes ioniques possède un acide aminé?
3 formes ioniques
Par quoi sont influencées les Propriétés acido-basiques des acide aminés
Le degré d’ionisation:
-du groupe carbonyle
-du groupe aminé
-ou de la chaine latérale
(Propriétés acido-basiques des acide aminés) La _______________ permet de séparer et de purifier les acides aminés
La différence de charge
(Propriétés acido-basiques des acide aminés)
Vrai ou faux: Une chaine latérale (résidu) ionisée influence fortement la structure 3D et les fonctions biologiques des protéines (surtout les enzymes)
vrai
Propriétés acido-basiques des acide aminés: De quoi dépend l’état d’ionisation acides aminés
Le pH de la solution
La courbe de titration permet: (4)
1) de déterminer la valeur du PK pour chaque fonctions ionisables
2) d’identifier les régions de pH ou l’acide aminé a un pouvoir tampon
3) de déterminer la structure de l’espèce prédominante en solution à différentes valeurs de pH
4) de déterminer la charge moyenne de l’acide aminé pour différentes valeurs de pH
Propriétés acido-basiques des acide aminés: quel sont les valeurs (en général) du:
-PKa:
-PKb:
-PKr:
-PKa: 2-3 NH3+ (souvent #1 ionisé)
-PKb:9-10 COOH (souvent #3 ionisé)
-PKr:4-12 R (souvent #3 ionisé)
Propriétés acido-basiques des acide aminés: Les causes de la modification des constantes d’ionisation sont (2)
1)Les groupements alpha-aminés et alpha-carbonyles disparaissent dans la chaine peptidique (plus d’effet inducteur sur la chaine latérale)
2) La position de la chaine latérale au sein de la structure spatiale de la protéine fait changer le PKr
(Propriétés acido-basiques des acide aminés )
Vrai ou faux : une fois enchainés dans la chaine polypeptidique, les pk des chaines latérales ionisables ne changent plus
faux, une fois enchainés dans la chaine polypeptidique, les pk des chaines latérales ionisables CHANGENT
Protéine ou peptide? si PM inférieur à 6000
peptide
Protéine ou peptide? si PM est supérieur à 6000
proteine
Dipeptide
deux résidus d’acide-aminé (une liaison peptidique)
Tripeptide
Trois résidus d’acide aminé (deux liaisons peptidiques)
polypeptide
plusieurs résidus d’acides aminés (plus que 20)
Nombre de possibilités de combinaisons des résidus d’acides aminés:
2aa:
3aa:
n aa:
20aa:
2aa: 2 possibilités de peptides
3aa: 6 possibilités de peptides
n aa: n! possibilités de peptide
20aa: 20! possibilités de peptide
Propriétés acido-basiques des acide aminés: Caractéristiques de la liaison peptidique (3)
plane, polaire (électronégativité), trans
Propriétés acido-basiques des acide aminés: écriture de la structure primaire des proteines
N-term-ALIKPRQ-C-term
Stéréoisomérie des acides aminés: Un changement de configuration exige au moins la rupture d’une liaison
Vrai
Stéréoisomérie des acides aminés: La configuration majoritaire est L ou D dans les protéines
L mais D existe également dans la nature
Stéréoisomérie des acides aminés:
Vrai ou faux : L ou D influence le sens de rotation de la lumière polarisé
Faux, les lettres Lou D n’ont rien à voir avec le sens de la rotation de la lumière polarisé, ca indique seulement l’emplacement du groupement horizontale vis à vis le H dans la projection de fisher
Quesque la stéréoisomérie des acides aminés
-Projection de Fisher d’un a.a (carbonne asymétrique ou chiral sauf pour la glycine)
-plusieurs stéréoisomères: un carbonne asymétrique= 2 configuration (2énantiomères)
Quel molécule est la référence de la stéréoisomérie des acides aminés
La référence est la L ou la D glycéraldéhyde: deux molécules différentes car non superposables
-propriétés chimiques identiques
-propriétés physiques différentes
classification des protéines (2 classes)
-holoproteines: juste des a.a
-hétéroprotéines: a.a plus une autre molécule fixée (groupement prosthétique)
exemples de groupements prosthétiques
(protéines +_____)
-Phosphoproteines: Pi
-lipoproteines: lipide
-flavoproteines: flavine (FAD)
-métalloproteines: metal (ferroprotéines, cuproprotéine, iodoprotéine)
-ribonucléoproteines: ARN
Structure des protéines:
I:
II:
III:
IV:
I:composition en acide aminé et leur enchainement
II: interactions entre les chaines latérales proches l’une de l’autre
III: interactions entre chaines latérales des résidus éloignés
IV: assemblage de protéines III entre elles
Par quoi sont déterminés les séquences spécifiques d’acides aminés des protéines
Par les gènes
Parenté phylogénétique des proteines: usage
Comparaison des structures primaires d’un même type de protéine entre des espèces proches (observation des séquences plus ou moins identiques
Parenté phylogénétique des protéines:
Plus le nombre d’a.a différents augmente, et plus le degré de divergence entre les protéines __________
augmente
Parenté phylogénétique des proteines: Résidus invariants
résidus qui sont indispensables à la fonction des protéines et donc à la survie de l’organisme
L’arbre phylogénétique des protéines est _________ à celui des organismes
parralèle
Structure secondaire et tertiaire des protéines: la structure d’une protéine détermine sa _________
Fonction
Structure secondaire et tertiaire des protéines: 2 groupes de protéines
les proteines fibreuses
les proteines globulaires
Structure secondaire et tertiaire des protéines: Les protéines fibreuses
-ont une fonction STATIQUE de structure
-sont INSOLUBLE dans l’eau
- ont des répétitions d’un motif simple (ex: kératine alpha: cheuveux et ongles/collagène:tendon, peau, os, dents)