bio info Flashcards

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1
Q

Gène homologue

A

gène avec le même gène ancestral commun
histoire evolutive commune

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Q

gène paralogue

A

2 gènes issus d’une duplication dans un génome d’un gène ancestral en 2 gènes qui évoluent en parallèle

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Q

Gène orthologue

A

2 version du même gène après un évènnement de spéciation

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4
Q

Alignement Local

A

identification de motifs communs / conservées

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5
Q

Alignements Global

A

mesure la distance génétique/évolutive entre 2 gènes homologue

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6
Q

Alignement Glocal

A

comparer des génomes similaires qui ont subis des réarrangement important

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7
Q

Arbres phylogénétiques

A

représentation graphique des distance entre les séquences homologues

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8
Q

Méthodes de construction d’arbres phylogénétique

A

1 : Neighbour Joining (NJ)
–> minimiser la longueur totale des branche de l’arbre

2 : Maximum de parcimonie (MP)
–> minimiser le nombre d’évènements évolutifs

3 : Maximum de vraisemblance (ML)
–> maximiser la probabilité d’un arbre

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9
Q

comment peut-on évaluer la stabilité de la topologie d’un arbre ?

A

En comparant les arbres reconstruits par plusieurs méthodes de reconstruction d’arbre (ML, MP, NJ)

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10
Q

Comment évaluer la robustesse de chacune de ses branches d’un arbres ?

A

avec les scores de bootstrap aussi appelé scores de biffurcation

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11
Q

Décompositions en K-mer

A

Approche efficace pour indexer stocker et aligner des séquences.
Découpe d’une séquences en mots élémentaires qui sont trier et aligner dans un tableau dans l’ordre alphabétique. svp 4-mer

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12
Q

BLAST définition

A

programme d’alignement local de séquence qui permet de trouver des séquences similaires a une requête courte.

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13
Q

Blast fonctionnement :

A

1 : Décompose la séquence raquette en mots élémentaires (K-mer)

2 : Compare ces mots a ceux d’une BDD qui est elle aussi indexée en mots élémentaires

3 : Alligne les mots en calculant le score d’alignement, continue l’élongation des séquences autour des mots tant que le score d’alignement augmente.

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14
Q

Blast paramètre Bit-score

A

reflette la pertinence de la requête, la validité de l’alignement. 2^S alignement nécéssaire avant de trouver 1 avec un aussi bon alignement. Bit-Score augmente avec la taille de la séquence. ne varie pas avec la BDD. + le bit_score est élevée plus il y a d’homologie entre req et résultat.

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15
Q

Blast paramètre E-value = valeur d’espérence

A

Nbr d’allignement avec un score d’aliment aussi bon que l’on pourrait trouver par chance. E-value diminue avec la longueur de la séquence mais augment avec la taille de la BDD.
Plus la E-value est basse plus le score est significatif.

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16
Q

paramètre d’algorithme K dans Blast
effet si K augmente

A

la spécificité augmente mais la sensibilité diminue.

17
Q

Blast X

A

Réquette ADN avec BDD protéique
la requête est traduit par blast en sequence protéique (6 pistes de lectures)

18
Q

Blast P

A

requête protéine avec BDD protéique

19
Q

tBlastN

A

requête protéine avec BDD nucléique. BDD traduit en séquence AA. (6 pistes de lectures)

20
Q

Blast N ou tBlastX

Si recherche dans BDD une séquence qui code la même prot que la requête?

A

requête ADN et BDD nucléique (ADN)

alors requête et BDD trad en AA –> 6 pistes de lecture

21
Q

BDD primaires

A

Tes les séquences sont soumisses et annotés par les utilisateurs et les organisent de manière a être accessible rapidement.
NCBI, EBI, NIH

22
Q

BDD secondaires

A

Utilisent certaines données primaires et son réanotté de façon manuelles ou automatique. BDD de référence.
on peut pas les annoter, elles sont plus spécifiques et ce sont des BDD thématiquement ciblée.
- de séquences mais mieux annoter.

23
Q

RefSeq

A

BDD secondaire. fait le lien entre le gène, la transcription et la protéine.

24
Q

BDD SNPs

A

BDD secondaire qui recense des SNPs

25
Q

Evaluation d’un alignement

A

Score attribué a chaque alignement:
- Match : + a
- Mismatch : + b
- Gap :
> Gap opening c (plus chère)
> Gap extension d (mon chère)

26
Q

Génomique

A

permet d’étudier un organisme a partir de la sequence de son génome

27
Q

Transcriptomique

A

permet d’étudié l’expression des gènes dans 1 génome
–> séquence d’ARN : différence d’expression du génome en fonction des conditions environnementales ou physiologique

28
Q

Épigénétique

A

étudie la transformation acquise et transmissible de l’ADN

29
Q

Métagénomique

A

séquence d’ADN total extrait d’un environnement

30
Q

Métatranscriptomique

A

étudié l’expression des gènes dans plusieurs génomes présent dans 1 échantillon