bio info

Question 1

Gène homologue

Answer 1

gène avec le même gène ancestral commun
histoire evolutive commune

Question 2

gène paralogue

Answer 2

2 gènes issus d’une duplication dans un génome d’un gène ancestral en 2 gènes qui évoluent en parallèle

Question 3

Gène orthologue

Answer 3

2 version du même gène après un évènnement de spéciation

Question 4

Alignement Local

Answer 4

identification de motifs communs / conservées

Question 5

Alignements Global

Answer 5

mesure la distance génétique/évolutive entre 2 gènes homologue

Question 6

Alignement Glocal

Answer 6

comparer des génomes similaires qui ont subis des réarrangement important

Question 7

Arbres phylogénétiques

Answer 7

représentation graphique des distance entre les séquences homologues

Question 8

Méthodes de construction d’arbres phylogénétique

Answer 8

1 : Neighbour Joining (NJ)
–> minimiser la longueur totale des branche de l’arbre

2 : Maximum de parcimonie (MP)
–> minimiser le nombre d’évènements évolutifs

3 : Maximum de vraisemblance (ML)
–> maximiser la probabilité d’un arbre

Question 9

comment peut-on évaluer la stabilité de la topologie d’un arbre ?

Answer 9

En comparant les arbres reconstruits par plusieurs méthodes de reconstruction d’arbre (ML, MP, NJ)

Question 10

Comment évaluer la robustesse de chacune de ses branches d’un arbres ?

Answer 10

avec les scores de bootstrap aussi appelé scores de biffurcation

Question 11

Décompositions en K-mer

Answer 11

Approche efficace pour indexer stocker et aligner des séquences.
Découpe d’une séquences en mots élémentaires qui sont trier et aligner dans un tableau dans l’ordre alphabétique. svp 4-mer

Question 12

BLAST définition

Answer 12

programme d’alignement local de séquence qui permet de trouver des séquences similaires a une requête courte.

Question 13

Blast fonctionnement :

Answer 13

1 : Décompose la séquence raquette en mots élémentaires (K-mer)

2 : Compare ces mots a ceux d’une BDD qui est elle aussi indexée en mots élémentaires

3 : Alligne les mots en calculant le score d’alignement, continue l’élongation des séquences autour des mots tant que le score d’alignement augmente.

Question 14

Blast paramètre Bit-score

Answer 14

reflette la pertinence de la requête, la validité de l’alignement. 2^S alignement nécéssaire avant de trouver 1 avec un aussi bon alignement. Bit-Score augmente avec la taille de la séquence. ne varie pas avec la BDD. + le bit_score est élevée plus il y a d’homologie entre req et résultat.

Question 15

Blast paramètre E-value = valeur d’espérence

Answer 15

Nbr d’allignement avec un score d’aliment aussi bon que l’on pourrait trouver par chance. E-value diminue avec la longueur de la séquence mais augment avec la taille de la BDD.
Plus la E-value est basse plus le score est significatif.

Question 16

paramètre d’algorithme K dans Blast
effet si K augmente

Answer 16

la spécificité augmente mais la sensibilité diminue.

Question 17

Blast X

Answer 17

Réquette ADN avec BDD protéique
la requête est traduit par blast en sequence protéique (6 pistes de lectures)

Question 18

Blast P

Answer 18

requête protéine avec BDD protéique

Question 19

tBlastN

Answer 19

requête protéine avec BDD nucléique. BDD traduit en séquence AA. (6 pistes de lectures)

Question 20

Blast N ou tBlastX

Si recherche dans BDD une séquence qui code la même prot que la requête?

Answer 20

requête ADN et BDD nucléique (ADN)

alors requête et BDD trad en AA –> 6 pistes de lecture

Question 21

BDD primaires

Answer 21

Tes les séquences sont soumisses et annotés par les utilisateurs et les organisent de manière a être accessible rapidement.
NCBI, EBI, NIH

Question 22

BDD secondaires

Answer 22

Utilisent certaines données primaires et son réanotté de façon manuelles ou automatique. BDD de référence.
on peut pas les annoter, elles sont plus spécifiques et ce sont des BDD thématiquement ciblée.
- de séquences mais mieux annoter.

Question 23

RefSeq

Answer 23

BDD secondaire. fait le lien entre le gène, la transcription et la protéine.

Question 24

BDD SNPs

Answer 24

BDD secondaire qui recense des SNPs

Question 25

Evaluation d’un alignement

Answer 25

Score attribué a chaque alignement:
- Match : + a
- Mismatch : + b
- Gap :
> Gap opening c (plus chère)
> Gap extension d (mon chère)

Question 26

Génomique

Answer 26

permet d’étudier un organisme a partir de la sequence de son génome

Question 27

Transcriptomique

Answer 27

permet d’étudié l’expression des gènes dans 1 génome
–> séquence d’ARN : différence d’expression du génome en fonction des conditions environnementales ou physiologique

Question 28

Épigénétique

Answer 28

étudie la transformation acquise et transmissible de l’ADN

Question 29

Métagénomique

Answer 29

séquence d’ADN total extrait d’un environnement

Question 30

Métatranscriptomique

Answer 30

étudié l’expression des gènes dans plusieurs génomes présent dans 1 échantillon