Bio Flashcards

0
Q
  • qu’est-ce que la transduction ?
  • la conjugaison ?
  • que s’échangent les bactéries lors d’une conjugaison ?
A
  • transduction = le transfert de l’ADN de l’hôte par des virus (bactériophages ou rétrovirus) -> il s’agit d’une “erreur”.
  • conjugaison = le transfert de l’ADN de bactérie en bactérie.
  • lors d’une conjugaison, les bactéries s’échangent un facteur de fertilité, sous forme de plasmide
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1
Q
  • en microbiologie qu’est ce qu’une transformation ?

- une bactérie peut-elle prendre spontanément de l’ADN ?

A
  • Transformation = l’introduction d’un ADN nu ds une bactérie
  • oui, si elle est compétente pour la transformation.
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2
Q
  • quelles sont les briques de base de l’ADN ?

- et qu’elles sont les bases complémentaires ?

A
  • briques de base= sucre (désoxyribose), phosphate, bases (adénine’ thymine, guanine, cytosine).
  • bases complémentaires: AT ou AU, GC.
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3
Q
  • quelle est la différence entre une purine et une pyrimidine ?
  • combien y a-t-il de ponts hydrogène entre 2 bases ?
A
  • Une purine = bicyclique, alors qu’une pyrimidine = monocyclique
  • > purines: AG
  • > pyrimidines: CTU
  • AT: 2 ponts; GC: 3 ponts
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4
Q
  • qu’est-ce qu’un nucléoside ?

- un nucléotide ?

A
  • nucléoside = la base (C1 de désoxyribose), le sucre

- nucléotide = la base (C1 de désoxyribose), un sucre, un ou plusieurs phosphates (C5)

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5
Q
  • ds quel sens écrit-on l’ADN?
  • et qu’est-ce qui est particulièrement important ds l’appariement des 2 brins d’ADN ?
  • qu’est-ce qui peut dénaturer l’ADN ?
  • après une dénaturation, les brins peuvent-ils se réassocier ?
A
  • simple brin : 5’ -> 3’; double brin : 5’ -> 3’ en haut.
  • les 2 brins sont complémentaires et antiparallèles.
  • Ce qui peut dénaturer l’ADN sont des agents chimiques (par ex: NaOH) ou la chaleur.
  • oui, ils peuvent se réassocier.
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6
Q
  • Quel est le principe de base de l’hybridation ?
A
  • On met un ADN simple brin en présence d’un oligonucléotide. Ensuite, on dénature : delta T de dénaturation dépend de la complémentarité des séquences.
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7
Q
  • Qu’est-ce qu’une enzyme de restriction ?
  • Pourquoi des bactéries synthétisent-elles ?
  • Et comment un phage peut-il être rendu résistant aux enzymes de restriction ?
A
  • Une enzyme de restriction est une protéine qui coupe une séquence spécifique d’ADN sur les 2 brins.
  • Les bactéries synthétisent les enzymes de restriction car c’est une immunité. Les enzymes de restriction détruisent l’ADN viral, mais pas l’ADN bactérien, car celui-ci est méthylé ds les séquences reconnues par les enzymes de restriction.
  • Si l’ADN du phage est méthylé par erreur, il ne peut plus être découpé. C’est une modification non héréditaire.
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8
Q
  • En biologie moléculaire, qu’est-ce que le clonage ?

- De quoi a-t-on besoin pour se faire?

A
  • L’introduction d’un fragment d’ADN ds un plasmide, puis du plasmide ds une bactérie, qui va ensuite donner une colonie de bactéries contenant ce plasmide.
  • Besoin de: un plasmide (ou vecteur), une enzyme de restriction, un fragment d’ADN à cloner, une ADN ligase.
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9
Q
  • Quand la régulation de la réplication de l’ADN se fait-elle ?
  • Qu’est-ce qu’une origine de réplication et qu’elles sont ses propriétés ?
  • Qu’est-ce que l’ORC ?
A
  • Lors de l’initiation, par sauvegarde d’énergie.
  • La région d’ADN qui va se dénaturer par torsion, afin que les protéines puissent s’y fixer. -> Cette zone est riche en AT.
  • ORC = origin recognition complex. En se fixant sur l’origine de réplication, il induit la torsion déclenchant la dénaturation. Il peut être activé ou désactivé.
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10
Q
  • A quoi servent les helicases ?

- Et pourquoi l’ADN ne se renature-t-il pas après le passage de l’helicase ?

A
  • Elles utilisent de l’énergie pour dérouler la double hélice.
  • Des protéines s’y fixent spécifiquement pour protéger l’ADN.
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11
Q
  • Qu’est-ce qu’une amorce ?

- Par quoi est-ce synthétisé ?

A
  • Les polymérases à ADN ont besoin d’une amorce avec une extrémité 3’ OH libre.
  • Ces amorces, faites d’ARN sont synthétisées par les primases. Plus tard, l’ARN sera éliminé, et remplacé par de l’ADN.
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12
Q
  • Ds quel sens va la réplication ?

- Et qu’est-ce qui fournit l’énergie pour l’assemblage des nucléotides ?

A
  • Le sens de la réplication est tjr de 5’ à 3’.

- La rupture d’une liaison P-P à haute énergie!

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13
Q
  • La synthèse d’ADN est-elle continue ou discontinue ?

- Qu’est-ce qu’un fragment d’Okazaki ?

A
  • Elle est discontinue sur le brin tardif, continue sur le brin précoce.
  • Un “morceau” d’ADN nouvellement synthétisé sur le brin tardif à partir d’une amorce qui n’a pas encore été remplacée par de l’ADN.
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14
Q
  • Quelle est la différence entre exo- et endonucléase ?

- Qu’est-ce que le réplisome complex?

A
  • Les exonucléases dégradent les acides nucléiques par les bouts, alors que les endonucléases coupent à l’intérieur d’une molécule.
  • Le réplisome complex est un complexe protéique qui coordonne la réplication des 2 brins, bien que le brin tardif soit lu plus lentement.
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15
Q
  • Quelles sont les différences entre l’ADN des procaryotes et celui des eucaryotes ?
A

L’ADN des procaryotes est libre ds le cytoplasme. Il est souvent composé d’un chromosome circulaire, avec une origine de réplication et une réplication rapide.
L’ADN des eucaryotes est entouré d’une membrane (noyau, mitochondrie ou chloroplaste). Il est souvent composé de plusieurs chromosomes linéaires, avec plusieurs origines de réplication et une réplication lente.

16
Q

Ds qu’elle phase du cycle cellulaire a lieu la réplication? Est-elle conservative, semi conservative ou distributive ?

A

La réplication a lieu pdt la phase S, qui est semi conservative.

17
Q

Quelles protéines permettent d’éviter un “super-coil” et comment agissent-elles ?

A

Les topoisomères !
Topoisomère I: En coupant un brin, ce qui permet à l’autre de faire des rotations.
Topoisomère II: En coupant les 2 brins et en faisant passer une hélice “à travers” l’autre.

18
Q
  • Qu’est-ce qu’une télomérase?
  • Et ds quel type de cellules les télomérases sont-elles très actives ?
  • Sous quelle forme se présentent les télomères ?
A
  • Un télomérase est une ADN polymérase à matrice ARN qui ajoute des bases (la même séquence répétée) aux télomères (extrémités 3’), afin d’éviter qu’ils ne raccourcissent.
  • les télomérases sont très actives ds les cellules germinales et les cellules cancéreuses.
  • Le télomère est une boucle d’hétérochromatine terminée par une T-loop.
19
Q

Comment se fait le séquençage de l’ADN ?

A

La réplication ne peut pas continuer si l’ADN polymérase ajoute un didésoxyribonucléotide.
-> On met à disposition de la polymérase des dATP, dGTP, dTTP et des dCTP, plus qqes ddATP, ou ddCTP, …
Ensuite, on classe les fragments selon leur taille et on lit le résultat.

20
Q

Qu’est-ce qu’un analogue de nucléotide ?

A

Une molécule qui ressemble à un nucléotide et qui peut être incorporée ds l’ADN ou l’ARN, risquant alors de choisir les mauvais partenaires ou de bloquer l’élongation.

21
Q
  • Qu’est-ce qu’une substitution de transition ?

- Et une substitution de transversion ?

A
  • Substitution de transition = Une purine est substituée à une purine, une pyrimidine à une pyrimidine.
  • Subsitution de transversion = Une purine est substituée à une pyrimidine et vice-versa.
22
Q

Quel mécanisme permet d’éviter de nombreuses erreurs de réplication et comment cela fonctionne-t-il?

A

Le proofreading, ou correction sur épreuve.
Le polymérase détecte qu’une base n’est pas appariée. Elle a alors une activité d’exonucléase et enlève les derniers nucléotides. L’activité d’exonucléase ne peut se faire que ds le sens 3’-5’, ce qui explique pourquoi la réplication doit tjr se faire ds le sens inverse.

23
Q

Qu’est-ce qu’une modification de base ?

A

Une réaction organique peut transformer une base en une autres

-> ex: cytosine -> uracile, 5-méthylcytosine -> thymine
… Ou en molécule agissant comme une autre base
-> ex: adénine -> hypoxantine

24
Q

En combien d’étapes la traduction est-elle divisée? Et quelles sont-elles ?

A

La traduction est divisée en 4 étapes:

  1. Liaison entre ribosomes et ARNm
  2. Initiation de la traduction
  3. Élongation ( synthèse de la chaine peptidique)
  4. Terminaison ( relâchement de ma chaine peptidique)
25
Q

Quels sont les acteurs de la traduction ?

A
  1. Le ribosome
  2. L’ARNm
  3. L’ARNt et les synthétases
  4. Les facteurs d’initiation
  5. Les facteurs d’élongation
  6. Les facteurs de terminaison

(Les facteurs = des protéines qui aident au processus)

26
Q

Le code génétique: quels sont les différents types de chgmt de base ?

A
  • une substitution silencieuse, les 2 codons codent pour le même acide aminé : AAC-> AAU
  • une substitution conservative (remplace un acide aminé par un autre du même genre) : AUA-> UUA
  • une substitution plus sévère: GAG-> AAG
  • une substitution drastique : UAC-> UAG