Bio 3 - Examen final Flashcards

1
Q

TRANSFORMATION
Pourquoi on a mis le tube de bactéries sur la glace la 1ère fois?

A

Pour diminuer la fluidité de la membrane pendant que les phospholipides (charge -) et l’ADN plasmidique (charge +) s’attirent (pour que plasmide soit déjà proche qd va vouloir le faire entrer)

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Q

TRANSFORMATION
Pourquoi on a chauffé le tube dans le bain chauffant?

A

Pour que la membrane devienne plus dynamique et que les trous (pores) se forment pour laisser entrer le plasmide

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3
Q

TRANSFORMATION
Pourquoi on met le tube de bactéries sur la glace la 2e fois?

A

Pour que le plasmide soit emprisonné dans la bactérie (membrane - fluide)

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4
Q

TRANSFORMATION
Pourquoi on met du milieu de culture SANS ampicilline?

A

Pour que les bactéries puissent faire la transcription/traduction du gène (elles ne sont pas encore résistantes à l’ampicilline avant transcription/traduction)

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5
Q

TRANSFORMATION
Pourquoi on met les bactéries sur une gelose AVEC ampicilline?

A

Pour que juste les bactéries ayant incorporé le plasmide survivent et puissent se diviser

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6
Q

TRANSFORMATION
Pourquoi on prélève une colonie ISOLÉE?

A

Pour s’assurer que les bactéries aient juste un type de plasmide

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7
Q

TRANSFORMATION
Pourquoi on a mis de l’ampicilline dans le milieu LB (milieu liquide)?

A

Pour que les bactéries gardent leur plasmide puisque c’est utile au lieu de s’en débarrasser pcq ils ne s’en servent pas

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8
Q

TRANSFORMATION
Quel était notre marqueur de sélection et à quoi ça sert?

A

L’ampicilline et ça permet de sélectionner les bactéries qui ont accepté le plasmide puisque c’est eux qui ont le gène contre l’ampicilline

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9
Q

MINIPREP
Pourquoi on a fait resuspendre les bactéries avec le buffer P1?

A

Pour qu’elles soient en contact avec les réactifs

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10
Q

MINIPREP
À quoi servait le buffer P2 (NAOH)?

A

Pour faire la lyse alcaline, qui
- dénature les protéines
- déstabilise la membrane pour libérer l’ADNg et l’ADNp

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11
Q

MINIPREP
À quoi servait le buffer N3 (acide)?

A

À précipiter l’ADNg et les protéines (pas l’ADNp)

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12
Q

MINIPREP
Où était l’ADNp avant/après le tampon d’élution?

A

Avant: Dans le liquide clair
Après: Dans le fond du microtube

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13
Q

À quoi sert la Miniprep?

A

À obtenir une petite quantité d’ADNp purifié

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14
Q

Qu’est-ce que la transformation?

A

C’est lorsqu’on introduit de l’ADN étranger dans une bactérie compétente

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15
Q

ANALYSE SUR GEL D’AGAROSE
Pk les échantillons migrent?

A

ADN chargé - donc va vers borne +

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16
Q

ANALYSE SUR GEL D’AGAROSE
Quel est le rôle du glycérol dans le tampon de chargement?

A

Il est plus dense que le tampon de migration, donc l’échantillon descend au fond du puits sans se mélanger au tampon (et perdre une partie de l’échantillon)

17
Q

ANALYSE SUR GEL D’AGAROSE
À quoi servent les colorants dans le tampon de chargement?

A

À suivre la migration et l’arrêter au moment voulu (colorants ont PM connu)

18
Q

ANALYSE SUR GEL D’AGAROSE
À quoi sert le colorant utilisé à la fin de la migration?

A
  • Visualiser les bandes (longueur fragments)
  • Quantifier qté de matériel ayant été déposé sur le gel
19
Q

ANALYSE SUR GEL D’AGAROSE
À quoi sert le marqueur de poids moléculaire?

A

À estimer la taille des fragments linéaires

20
Q

ANALYSE SUR GEL D’AGAROSE
À quoi sert le contrôle négatif?

A

À évaluer si le matériel de départ était intact

21
Q

Quel est le nom de la protéine produite par les plasmides de la famille PGEX?

A

GST

22
Q

Pourquoi les techniciens ont induit les protéines et comment ils ont fait ça?

A

Pour exprimer protéines, besoin de promoteur. Le GST a un promoteur inductible, donc il doit être activé. Quand le répresseur (LACI) va sur le promoteur, il empêche la transcription. Donc met de l’IPTG, qui inactive le répresseur, donc promoteur activé et GST peut être exprimé.

23
Q

LYSAT CELL. / EXTRACTION PROTÉINES
À quoi sert le lysozyme?

A

C’est une enzyme qui dégrade la paroi de peptidoglicane et commence la lyse

24
Q

LYSAT CELL. / EXTRACTION PROTÉINES
À quoi sert le Trixon X-100?

A

C’est un détergeant qui solubilise les protéines pour les extraire de la membrane

25
Q

LYSAT CELL. / EXTRACTION PROTÉINES
À quoi sert la DNAse?

A

Diminuer la viscosité pour augmenter le rendement.

26
Q

LYSAT CELL. / EXTRACTION PROTÉINES
À quoi sert la sonication?

A

Fragmente l’ADN pour diminuer la viscosité (détruit ADN, reste protéines)

27
Q

LYSAT CELL. / EXTRACTION PROTÉINES
Pourquoi on mettait le tube de protéines dans de la glace entre les sonications?

A

Pcq son = + de mouvement = + chaud = dénaturation protéines et on ne veut pas ça

28
Q

PURIFICATION DE LA PROTÉINE
Comment a été fait la purification?

A

Le lysat cellulaire contenait plein de protéines, pas juste celle qu’on veut. Sur les billes, il y a du glutation, qui a une forte affinité pour le GST. Donc la protéine contenant le GST va aller sur les billes. Ensuite, on a mis des tampons pour que les trucs qu’on veut pas sur nos billes s’en aillent. Finalement, on a ajouté du tampon d’élution contenant du glutation libre en excès pour que le GST se décroche des billes et aille dans le tampon d’élution.

29
Q

DOSAGE DES PROTÉINES
À quoi sert le dosage?

A

À mesurer la qté de protéines qu’on a été capable de purifier et savoir quelle qté on doit mettre sur le gel

30
Q

DOSAGE DES PROTÉINES
Pourquoi on dose des protéines dans la vraie vie?

A

Pour s’assurer que si il y a une variation (augmentation/diminution), c’est causé par la variable et non pcq on en a mis + ou -

31
Q

DOSAGE DES PROTÉINES
À quoi sert la courbe de standard?

A

C’est un étalon pour comparer les valeurs d’absorbance pour connaître la concentration de protéines.

32
Q

DOSAGE DES PROTÉINES
Pourquoi NOUS on dose des protéines?

A

Pour bien voir

33
Q

ANALYSE PROTÉINES (GEL SDS-PAGE)
Pourquoi on a fait bouillir les échantillons avant de les mettre sur le gel?

A

Pour que les protéines soient dénaturées et aient leur forme primaire pour que ce soit juste leur grosseur qui influence la migration