BIAŁKA Flashcards
L-aminokwasy
Która forma aminokwasów występuje częściej U człowieka?
L-aminokwasy
Aminokwasy alifatyczne
Glicyna, Alanina, Walina, Leucyna, Izoleucyna
Aminokwasy zawierające grupę OH
Tyrozyna, Seryna, Treonina
Aminokwasy zawierające siarkę
Cysteina, Metionina
Iminokwasy
Prolina
Aminokwasy zasadowe
Lizyna, Arginina, Histydyna
Aminokwasy kwasowe
Glu, Gln, Asp, Asn
Aminokwasy aromatyczne
Phe, Tyr, Trp
Aminokwasy egzogenne
Nie są syntezowane w organizmie ludzkim.
Walina, Leucyna, Ile, Met, Phe, Trp, Treonina, Lys, Arg, His
Aminokwasy endogenne
Aminokwasy, które są syntezowane w organizmie ludzkim.
Gly, Ala, Tyr, Pro, Ser, Cys, Glu, Gln, Asp, Asn.
Aminokwasy ketogenne
aminokwasy, których metabolizm prowadzi do wytwarzania związków ketonowych. Liz, Leu.
Aminokwasy ketogenne i glukogenne
Izoleucyna, Tryptofan, Fenyloalanina, Tyrozyna.
Struktura pierwszorzędowa białek
rozwinięta, kolejno po sobie występujące aminokwasy połączone w-w peptydowymi.
Struktura drugorzedowa białek
O jej strukturze decyduje struktura pierwszorzędowa. Może mieć formy
a-helisy
b-plyty
b-zwrotu.
Zdefiniowana jest za pomocą kątów torksyjnych.
a-helisa
Wystepuje w 97% przypadków.
Ilość reszt na skok: 3,6.
Skok: 5,4.
Skok na 1 resztę: 0,15
3(10) helisa
Występuje w 3% przypadków.
Ilość reszt na skok: 3.
Skok: 6.
Skok na 1 resztę: 0,2
Aminokwasy stabilizujace helise
Ala, Val, Leu, Phe, Trp, Met, His, Gln
Aminokwasy destablizujace helise
Gly, Ile, Tyr, Ser, Thr, Asp, Asn, Glu, Lys, Arg
Jaki aminokwas nazywamy łamaczem helisy?
Prolina
Jakie wiązania stablizują helise?
Wiązania wodorowe wewnątrzłańcuchowe
B-harmonijka/ B-płyta
Najbardziej rozwinięty łańcuch.
Periodyczność co 0,7nm.
Łańcuchy mogą być ułożone równolegle lub antyrownolegle.
Jakie wiązania stabilizuja strukturę B-płyty?
Wiązania wodorowe tworzące się między grupami sąsiadujących łańcuchów polipeptydowych.
B-zwroty
Tworzą się głównie na powierzchni białek globularnych. Utworzenie wymaga 4 aminokwasów i najczęściej występuje wśród nich Prolina i Glicyna
Oddziaływania niekowalencyjne stabilizujace konformację białka.
- oddziaływania elektrostatyczne
- wiązania wodorowe
- oddziaływania hydrofobowe- siły van der Waalsa *mostki disiarczkowe
Energia wiązania wodorowego
4-13 kJ/mol
Energia wiązania kowalencyjnego
418 kJ/mol
Jak dzielimy białka?
1) Globularne: Albuminy, Globuliny, histony, prolaminy, protaminy
2) Fibrylarne: kolageny, keratyny, elastyny
Jakie są funkcje białek?
Enzymy, Strukturalne, Transportowe, Motoryczne, Zapasowe, Sygnałowe, Receptorowe, Kontroli ekspansji genów,
Specjalnej funkcji: immunoglobuliny, priony, białka szoku termicznego
Kolejność organizacji kolagenu w ścięgno
potrójna helisa tropokolagenu> mikrofibryl > makrofibryl> włókno kolagenowe> ścięgno
włókna kolagenu stabilizowane wiązaniami kowalencyjnymi
Jakie wiązania stabilizuja strukturę keratyny?
Mostki disiarczkowe dzieki duzej zawartosci Cysteiny i w-w kowalencyje
Jakich aminokwasów jest najwięcej w kolagenie?
Gly: 32,7
Pro: 22,1
Ala: 12,00
Nie występuje cysteina!!
Tropokolagen
Podstawowa jednostka strukturalna kolagenu. Składa się z 3 łańcuchów polipeptydowych z których każdy składa się z 1050 aminokwasów.
Ile % masy białek organizmu stanowi kolagen?
25% u człowieka 75kg- 6,5-7,5kg
Dlaczego obecność Ser, Tre i Tyr zwiększa stabilność struktur białkowych?
Obecność grup OH zwiększa możliwość powstawania wiązań wodorowych co wspomaga utrzymaniu struktury przestrzennej.
Jakie znaczenie dla struktury białka globularnego ma obecność Pro?
Pro jako łamacz helisy powoduje zalamywanie regularnej struktury co umożliwia fałszowanie białka (tworzenie B-zwrotow)
Struktura helisy kolagenowej
Ma strukture trimeryczna. 3 lewoskretne helisy skladajace sie na 1 prawoskretna helise. Co 3 aminokwas do Gly.
Dlaczego obecność Gly w cząsteczce tropokolagenu jest ważna dla stabilizacji struktury cząsteczki?
Ponieważ Gly stanowi co 3 aminokwas każdej z 3 lewoskretnych helis w miejscach gdzie schodzą się z 3 łańcuchów zazębiają się między sobą i tworzą się tam w-w wodorowe (prostopadle do osi długiej) między wiązaniami peptydowymi.
Kolejność powstawania kolagenu.
W ER:
1. Synteza preprokolagenowych łacuchów na ER
2. Hydroksylacja Pro i Lys
W CYTOSOLU:
3. Glikozylacja 5-OH-Lys (wiązania O-glikozylowe)
4. Tworzenie potrójnej helisy prokolagenowej.
(dzięki wiązaniom disiarczkowym przy końcu C
5. Sekrecja
W PRZESTRZENI ZEWNĄTRZKOMÓRKOWEJ:
6. Usuwanie C- i N-końcowych domen- tworzenie tropokolagenu.
7. Tworzenie wiązań krzyżowych (wiązania aldolowe)
W jakim celu następuje post- translacyjna modyfikacja; hydroksylacja Pro i Lys?
Zachodzi w ER przed utworzeniem potrójnej helisy.
Do hydroksylacji niezbędne jony F2+ utrzymujące się w postaci zredukowanej dzięki wit. C
Hydroksylacja Pro: stabilizacja struktury, podnosi Tm o 2 stopnie. Następuje dzięki hydroksylazie prolilowej
Hydroksylacja Lys: Następuje aby zapobiec glikozylacji Lys, tworzenie wiązań krzyżowych, Hydroksylaza lizylowa.
Jakie enzymy katalizuje glikozylację Lys-OH
glikozylo- i galaktozylo- transferazy
Jak nazywają się enzymy odcinające wolne końce od cząsteczki prokolagenu i jak nazywa się produkt?
Enzymy: C-końcowa proteaza, N-końcowa proteaza
Produkt: tropokolagen
Jaki proces zachodzi z upływem wieku w wolnych przestrzeniach pomiędzy cząsteczkami kolagenu?
Mineralizacja
Na czym polega dojrzewanie włókna kolagenu?
Tworzenie wiązań poprzecznych pomiędzy fibrylami.
Allizyna utworzona przed utlenienie lizyny lub hydroksylizyna przed OKSYDAZĘ lizylową.
Potrzebne jony Cu2+ i O2
Między jakimi cząsteczkami występują wiązania krzyżowe i jaki jest cel ich powstania?
Między cząsteczkami tropokolagenu. Prowadzi to do wytworzenia i wzmocnienia wyższego szczebla ich organizacji oraz umożliwia powstawanie różnych jego wersji (np. kolagen rogówki, kolagen kości, kolagen ściegien)
Im więcej wiązań krzyżowych tym włókno jest bardziej sztywne. Z wiekiem przybywa wiązań krzyżowych.
Hydroksylaza lizylowa
dodaje grupę OH do niektórych lizyn. Wymaga Fe2+ i wt.C