Bases de datos

Question 1

¿En que formato se deben ingresar los datos en los programas de análisis de secuencias?

Answer 1

Formato FASTA

Question 2

¿Cuál es el formato fasta?

Answer 2

estandariza la info. de manera muy simple facilitando la comunicación entre bases de datos:

• signo >
• a continuación, va una definición (identificador) de secuencia. no debe haber espacio entre el signo > y la primera letra de la definición.

Question 3

¿Qué son las bases de datos primarias?

Answer 3

Contienen datos de secuencias en bruto con alguna interpretación y explicación, pero sin verificación posterior.

Question 4

Hay 3 bases de datos principales que contienen todos los datos de secuencia generados hasta el momento e intercambian las secuencias diariamente:

Answer 4

• GenBank (eeuu)
• ENA (europa)
• DDBJ (Japón)

Question 5

¿Que incluyen las 3 bases de datos principales?

Answer 5

• Descripción de la secuencia
• Nombre científico
• Taxonomía del organismo
• Tabla que identifica regiones codificantes
• Referencias para las secuencias publicadas

Question 6

¿Qué son las bases de datos secundarias?

Answer 6

Son bases de datos verificadas y no redundantes que se derivan de las bases de datos primarias.

Question 7

¿Qué información proporcionan las bases de datos secundarias?

Answer 7

• Caracterización de las secuencias
• Mutaciones
• análisis de polimorfismos
• Estudios de expresión y análisis comparativos

Question 8

¿Qué tipo de base de datos es RefSeq?

Answer 8

Base de datos secundaria

Question 9

¿Cuál es una de las mejores bases de datos secundarias respecto a proteínas?

Answer 9

Swiss-Prot, que forma parte de un sistema de base de datos más grande llamado UniProtKB.

Question 10

¿Cuáles son las fuentes de la base de datos UniProtKB?

Answer 10

• Secuencias codificantes traducidas en la base de datos de secuencias de nucleótidos
• Datos procedentes de PDB (Protein Data Bank)
• PIR (Protein Information Resource)
• Secuencias enviadas directamente

Question 11

BD secundaria

Base de datos de expresión génica de microarrays

Answer 11

ARRAYEXPRESS

Question 12

BD secundaria

Repositorio que archiva y distribuye datos de microarrays

Answer 12

GEO

Question 13

Bases de datos secundarias de ADN-ARN:

Answer 13

• OMIM
• ARRAYEXPRESS
• GEO

Question 14

Bases de datos secundarias de proteínas

Answer 14

• PRINTS
• PFAM
• INTERPRO
• BIOGRID

Question 15

BD 2°

Colección de motivos conservados característicos de familias de proteínas

Answer 15

PRINTS

Question 16

BD 2°

Base de datos de familias de proteínas

Answer 16

PFAM

Question 17

BD 2°

Colección de proteínas clasificadas mediante la predicción de dominios funcionales

Answer 17

INTERPRO

Question 18

BD 2°

Repositorio de interacciones entre proteínas

Answer 18

BIOGRID

Question 19

¿Para que sirve el alineamiento de secuencias?

Answer 19

Al alinear dos secuencias se pueden encontrar regiones similares y esta similitud puede tener implicaciones evolutivas y funcionales

Question 20

Tipos de alineamientos

Answer 20

Globales y locales

Question 21

Alineamientos globales

Answer 21

Abarcan toda la longitud de las seuencias estudiadas

Question 22

Alineamientos locales

Answer 22

Identifican regiones de similitud dentro de secuencias largas, que a menudo son divergentes en el resto de su longitud.

Question 23

Los programas de comparación de secuencias y alineamiento más empleados por los científicos son herramientas de:

Answer 23

Alineamiento local

Question 24

Programa de comparación de secuencias y alineamiento más conocido

Answer 24

BLAST

Question 25

¿Para qué sirve BLAST?

Answer 25

Permite comparar una secuencia de consulta con una biblioteca o base de datos de secuencias e identificar secuencias de esa base que se asemeja a la secuencia de consulta por encima de un cierto umbral.

Question 26

2

Question 27

Base de datos secundaria

Compendio de genes humanos y fenotipos genéticos asociados a enfermedades.

Answer 27

OMIM