Aislamiento de proteínas de un proteoma

Question 1

¿Qué se necesita en primer lugar para caracterizar un proteoma?

Answer 1

preparar muestras puras de sus proteínas constituyentes

Question 2

Medios generales que se usan para caracterizar un proteoma (2)

Answer 2

• tecnologías tradicionales
• métodos cromatográficos

Question 3

¿En que se basa la separación de proteínas de un proteoma? combinación de dos técnicas:

Answer 3

• electroforesis bidimensional en geles de poliacrilamida
• espectometría de masas

Question 4

Para caracterisar un proteoma es necesario separar las ____ unas de otras y luego determinar la ____ y ____ de cada una de ellas

Answer 4

proteínas
identidad
cantidad relativa

Question 5

¿Cómo se realiza la separación de proteínas?
TÉCNICA

Answer 5

por electroforesis bidimensional en gel de poliacrilamida o 2D-PAGE

Question 6

La separación según la carga es seguida por:

Answer 6

la separación según la masa

Question 7

detergente usado en la técnica de electroforesis en gel

Answer 7

dodecilsulfato de sodio (SDS)

Question 8

¿Qué hace el dodecilsulfato de sodio (SDS)?

Answer 8

desnaturaliza las proteínas y confiere carga negativa

es proporcional al tamaño del polipéptido desplegado

Question 9

¿Cómo se separan las proteínas?

de acuerdo a susa masas moleculares

Answer 9

migran las proteínas mas pequeñas más rápido hacia el electrodo positivo

Question 10

¿Qué resultado arroja la electroforesis bidimensional?

Answer 10

revela un patrón complejo de manchas; donde cada una es una proteína diferente

Question 11

limitaciones de la electroforesis en gel

V/F
no todas las proteínas de un proteoma será visible en el gel debido a que una gran parte de ellas no son solubles en un tampón acuoso

Answer 11

verdadero

Question 12

Limitaciones de la electroforesis en gel

Hay problemas con la ____ y existe dificultad para diseñar procedimiento para ____ distintos

Answer 12

reproducibilidad
proteomas

Question 13

Limitaciones de la electroforesis en gel

V/F
puede ser cuantitativa pues puede abarcar el rango completo de concentraciones de proteínas presentes en la célula

Answer 13

Falso
no puede ser cuantitativa pues no puede abarcar el rango completo de concentraciones de proteínas presentes en la célula

Question 14

¿Qué han hecho los avances en espectometría de masas?

Answer 14

han proporcionado un procedimiento de identificación rápido y preciso

Question 15

¿Cuáles son los sistemas de ionización?

Answer 15

1. mediante desorción por láser (MALDI)
2. por electrospray asistido por radioactividad (ESI)

Question 16

Resultado de la electroforesis en gel bidimensional

Answer 16

un patrón complejo de manchas y cada una representa al menos una proteína diferente

el reto es identificar las proteínas de interés entre tantas

Question 17

en lugar de determinar la secuencia de aminoácidos, las proteínas o fragmentos peptídicos se separan según su…

Answer 17

relación masa-carga

Question 18

Primera unidad de un espectrofotómetro de masas

Answer 18

Presenta un dispositivo de ionización que transforma los fragmentos peptídicos individuales de la fase sólida en una gaseosa

Question 19

Segunda unidad de un espectrofotómetro de masas

Answer 19

Es una cámara de separación en la que los iones se mueven a través de un vacío de acuerdo a su carga y masa y se separan sobre la basde del tiempo de vuelo

Question 20

Tercera unidad de un espectrofotómetro de masas

Answer 20

Es un detector con enorme sensibilidad y poder de resolución que pueda seprar los picos de miles de especies moleculares diferentes

Question 21

¿Qué se le hace a las proteínas antes de ser analizadas mediante MALDI-TOF?

Answer 21

Se rompen en fragmentos

Question 22

¿Cuál es el enfoque estándar?

Answer 22

1. purificar la proteína de una mancha de gel
2. digerirla con proteasa específica de secuencia (tripsina)
3. tripsina escinde la proteín inmediato después de residuos de arginina y lisina

Question 23

número aproximado de péptidos resultantes

Answer 23

con la mayoría de proteínas = 75 aminoácidos de longitud

Question 24

Una vez ionizados, la relación masa-carga de los péptidos se determina por:

Answer 24

Su tiempo de vuelo (TOF) dentro del espectómetro de masas a medida que salta desde la fuente de ionización al detector

Question 25

¿Qué nos permite la relación masa-carga?

Answer 25

Determinar la masa molecular que a su vez permite saber la composición del péptido

Question 26

Si se analizan los péptidos de una única mancha de proteína en el gel bidimensional entonces la información de composición…

Answer 26

Puede relacionarse con la secuencia completa del aminoácido para la proteína y por lo tanto, con el gel que codifica esa proteína

Question 27

¿Qué representa el pico observado por espectometría de masas?

Answer 27

Corresponde a un péptido

Question 28

Protocolo para identificar una proteína de interés en un gel y espectometría de masas

Answer 28

1. Selección de una mancha
2. Digestión con proteasa
3. Espectometría de masas
4. Comparación en base de datos

Question 29

¿Cómo se estiman las identidades proteicas?

Answer 29

A partir de los perfiles de péptidos obtenidos en el análisis de espctometría de masas

Question 30

En las bases de datos se generan ____ los perfiles de péptidos que se obtendrían mediante digestión con ____ para cada uno de los genes conocidos de una especie

Answer 30

In silico
Tripsina