Bases de Datos Flashcards
Formato estandarizado que facilita comunicación entre bases de datos
FASTA
¿Cómo se busca en FASTA?
Signo mayor que con definición sin espacio entre la primera palabra y el signo
Bases de datos primarias características:
TODOS los datos secuencia hasta el momento
* Descripción
* Nombre científico
* Organismo de procedencia
* Tabla de regiones codificantes
* Refencias
Tres bases de datos primarias y su país:
- GenBank (EU)
- ENA (Europa)
- DBJ (Japón)
Bases de datos secundarias, características:
Derivan de primarias, ofrecen:
* Caracterización
* Mutaciones y polimorfismos
Swiss-Prot pertenece a
UniProKb
¿De dónde obtiene información UniProKb?
- Protein Data Bank (DTB)
- Protein Information Resource (RIR)
- Directamente
Secundaria
Fenotipos asociados a enfermedades:
OMIM
ADN-ARN
Expresión génica de microrrays:
ARRAYEXPRESS
ADN-ARN
Archiva y distribuye datos de microrrays:
GEO
ADN-ARN
Motivos de conservación de características de familias de proteínas
PRINTS
Base de datos de familias de proteínas:
PFAM
Colección de proteínas clasificadas por predicción de función
INTERPRO
Interacciones entre proteínas:
BIOGRID