Bakteriegenetik och mobila element Flashcards
Vad är nukleoiden?
Där arvsmassan återfinns hos bakterier. Är en ej membranomsluten region
Hur skiljer sig transkription i bakterier från eukaryot transkription?
- I bakterier sker det ingen processing av mRNA –> inga intron
- Polycistroniska mRNA = samma RNA kan koda för flera proteiner efter varandra
- Kopplas transkription-translation - kan ske då transkription inte sker i cellkärna, och innebär att translation kan påbörjas innan transkription är färdig
Hur kan man använda sig av 16S rRNA från 30S subeneheten i bakteriens ribosom för att differentiera den?
Genen har regioner som är väldigt konserverad mellan arter (=väldigt lik mellan arter), men även regioner som har stor variation som kännetecknar olika bakterier.
Man kopierar upp hela eller delar av bakterien. Primers binder in vid de konserverade delarna (som eftersom det nästan alltid finns kommer återfinnas) och kopierar upp dem. Därefter kan man jämföra variationsregioner med bakterier man redan vet
Vad är pangenom och core-genom?
Pangenom - alla gener som hittas hos någon av alla stammar som finns av en bakterie
Core-genom - de gener som återfinns hos alla stammar av bakterien
Vad är ett operon?
Flera gener som ofta hänger ihop (dvs har och göra med en och samma funktion) sitter tillsammans och reguleras tillsammans. När transkription startar kopieras alla gener. Smart då det inte är någon idé att bara uttrycka en av dem, då alla behövs i samma mängd
Vad är transposoner? Hur är de uppbyggda?
Kallas för “hoppande gener”, och är DNA-element/bitar som kan hoppa omkring i ett genom.
Innehåller transposonasgen centralt, och på båda sidor återfinns IR - inverted repeats, vilka komplementära till varandra.
Innanför de båda IR återfinns även gener som, vid transposonering, följer med. Vissa transposoner innehåller t.ex. promotor, vilket innebär att det kan få gener att kopieras oftare eller mer sällan
Vad är skillnanden på simple transposon och composite transposon?
Vid en simple transposon är det IR i 5’, gener och IR i 3’ som ingår i transposonering
Vid composite transposon är det egentligen två simple transposoner som ingår, och det kan även innebära att även gener som bara råkar finnas mellan dessa två på kromosomen följer med
Vilka tre mekanismer finns för horisontell genöverföring, och vad är det?
Konjugation, transduktion och transformation
Horisontell genöverföring är delande av DNA mellan bakterier
Vad innebär transduktion och hur fungerar det?
Förklara även generell transduktion och specialiserad transduktion
Medieras via bakteriofager
Temperata fager har förmåga att inte enbart genomgå lytisk cykel (infekterande av cell -> lysering av cell), de kan istället inkorporera sin arvsmassa sin arvsmassa i bakteriens, vilket då blir en del av arvsmassan (=profag). profagen följer med, och delas med bakteriecellen. Plötsligt (t.ex. pga stressignal rekombineras profagen ut och kan genomgå lytisk cykel.
Vid generell transduktion går fagen in, och bryter upp bakteriens DNA. Ibland går det fel, och bakteriens DNA hamnar i bakteriofagen. Denna bakteriefag kan sedan infektera ny bakteriecell, som då får den gamla bakteriecellens DNA. Om detta kan inkorporeras i den nya cellen = transduktion
Vid specialiserad transduktion är man beroende av den lysogena cykeln, där profagen bildas (kan alltså endast ske mha temperata fager). När profagen ska klippas ut ska egentligen enbart profagen klippas ut. Ibland går det fel, och en del bakterieDNA följer med vid utklippning. Detta kommer packas in i fagpartiklar och föras vidare. När de sedan infekterar nya bakterier finns även den gamla bakteriens DNA med
Vad innebär transformation? Vad innebär det att vissa bakterier är naturligt kompetenta?
Upptag av DNA från omgivningen. Kan vara där pga bakterie har dött i närheten.
Bakterier som är naturligt kompetenta är bakterier som har förmågan att plocka upp det lösa DNA’t.
När DNA tas upp måste det sättas direkt in i kromosomen eller plasmiden. Det krävs vissa likheter med det befintliga DNA’t för att det inte bara ska brytas ner. DNA som det tar platsen för bryts ned.
Vad är genomiska öar?
Är kluster med gener i ett bakteriellt kromosom som kommit dit via horisontell överföring
Viktiga förkortningar inom konjugation, och vad de står för:
oriV
Origin och replication - där replikationen startar
Viktiga förkortningar inom konjugation, och vad de står för:
oriT
