Aula 2

Question 1

Classificação estrutural

Answer 1

Foca-se no folding da estrutura secundária

Question 2

Hierarquia SCOP

Answer 2

Classe
Folding
Superfamilia
Familia
Dominio
Especie

Question 3

Ortologia

Answer 3

genes homologos duplicados com funções parecidas

semelhança de sequencias e função semelhante

Question 4

Paralogia

Answer 4

Genes homologos duplicados com funções diferentes

Sequencia parecida função diferente

Question 5

Previsoes a partir da seq.base

Answer 5

Prever caracteristicas

Prever inclusão numa familia

Question 6

Assiatura de sequencias

Answer 6

Elevado grau de conservação

Regiões úteis para classificar novas proteínas

Question 7

Alinhamento múltiplo

Answer 7

Semelhanças entre elementos da mesma família

Question 8

3 métodos para verificar a família

Answer 8

• Padrão determinístico
• Perfil de probabilidades
• Hidden Markov Model

Question 9

Classificação sequencial

Answer 9

Baseado no reconhecimento de domínios

Question 10

SCOP

Answer 10

Relaciona espécies através da hereditariedade

Question 11

Sequencia excepcional

Answer 11

Maioria dos aminoacidos fazem parte dos menos abundantes

Question 12

Sequencia de consenso

Answer 12

Maioria dos aminoacidos fazem parte dos mais abundantes

Question 13

Sequencia de quase consenso

Answer 13

Maioria dos aminoacidos fazem parte dos mais abundantes contudo falha 1 dos aminoacidos

Question 14

Tecnicas de obtenção de estrutura

Answer 14

Raio-x

Ressonancia magnetica

Question 15

Lei de Bragg

Answer 15

Difração de cirstais atraves de radiação eletromagnética

Question 16

Fatores de cristalização

Answer 16

• Solubilidade
• Locais Nucleação
• Disturbios Mecânicos
• pH
• Concentração da Proteina
• Temperatura

Question 17

Processamento de dados

Answer 17

Passa de estrutura geomética para estrutura com coordenadas

Question 18

CATH

Answer 18

• Class
• Arquitetura
• Topologia
• Homologia

Question 19

Gráfico de Ramachandran

Answer 19

Demonstra todas as combinações possíveis de ângulos: C alfa-N e C alfa-C
Cadeia polipeptídica: hélice-alfa, folha-beta e hélice de colagénio

Question 20

Para que servem as Técnicas de computador para prever estrutura

Answer 20

Estas tecnicas permientem verificar melhor os dominios, os angulos formados e até a superficie da proteina na sua estrutura secundáruia, tendo uma previsão para a estrutura secundária

Question 21

Prosite

Answer 21

Perfil probabilidadee padão deterministico

Question 22

PFam

Answer 22

Hidden Markov Model
Alinhamento Multiplo em regiões conservadas - seed
Identificação de familia e dominios

Question 23

InterPro

Answer 23

Uniforma resultados
Identificação de familia
Previsão de dominios

Question 24

Hidden Markov model

Answer 24

Match
Insert
Delete

Question 25

CASP

Answer 25

Identificação da estrutura

Comparas estruturas.

Question 26

Swiss Model

Answer 26

Modelado por homologia de estruturas

Question 27

Etapas de Swiss Model

Answer 27

• Identificação do modelo
• Alinhamento das sequencias
• Construção do modelo
• Avaliação da qualidade

Question 28

3 tipos de modelagem

Answer 28

• Modo automático
• Modo de alinhamento
• Modo de projeto

Question 29

QMEAN

Answer 29

Função de pontação que estima a qualidade do modelo

Question 30

Composição QMEAN4

Answer 30

• Interação dos carbonos beta
• Interação entre átomos
• Solvatação
• Torção