Aula 1 (T + TP):

Question 1

O que é evolução biológica:

Answer 1

Processo pelo qual características de organismos vivos mudam ao longo do tempo após gerações sucessivas como resultado de mudanças genéticas (mutação, recombinação, seleção natural), levando à criação de novas espécies

Question 2

O que é fitness?

Answer 2

Maior ou menor probabilidade de sobreviverem e transmitirem genes às gerações seguintes.

Question 3

Mecanismos de evolução:

Answer 3

• Mutação
• Migração
• Deriva genética

Question 4

O que é a deriva genética?

Answer 4

Retrata como a frequência de alelos pode aumentar ou diminuir devido a variações aleatórias no sucesso de sobreviver e reproduzir-se. Por exemplo, quando uma população é sujeita a uma catástrofe natural e os seus indivíduos morrem aleatoriamente.

Question 5

O que é o efeito bottleneck:

Answer 5

Diminuição do tamanho de uma população devido a uma catástrofe ou migração.

Question 6

Em populações pequenas tem mais efeito a ___________ e em populações maiores tem mais efeito a ___________.

Answer 6

• Deriva genética
• Seleção natural

Question 7

Taxa de fixação:

Answer 7

Taxa com que um gene aumenta a sua frequência na população

Question 8

Taxa de mutação:

Answer 8

Taxa com que mutações aparecem ao nível do DNA, normalmente expresso como o número de mudança de nucleotídeos por local por ciclo de replicação

Question 9

Em que casos ocorre seleção balanceadora?

Answer 9

Quando um alelo em homozigotia diminui o fitness de um indivíduo mas em heterozigotia pode ser vantajoso. Nesse caso, o polimorfismo mantém-se,

Question 10

Tamanho efetivo de uma população:

Answer 10

Tamanho de uma população idealizada que se reproduz aleatoriamente e que tem a mesma frequência de mudança de genes da população a ser estudada

Question 11

O que é um evento de coalescência?

Answer 11

Quando duas linhagens têm um único ancestor comum

Question 12

O que é especiação?

Answer 12

Processo evolutivo pelo qual as populações de uma espécie evoluem para se tornarem espécies distintas

Question 13

Fatores que promovem/previnem a especiação:

Answer 13

Fatores que promovem → diminuem a variabilidade dentro de uma população e aumentam a variação entre populações
* Migração previne a especiação → troca de mutações entre duas populações
* Inversamente, isolamento favorece a especiação
* Seleção positiva leva a que as populações se afastem e favorece a especiação
* Seleção negativa favorece a conservação do fenótipo dos pais, mantendo duas populações mais semelhantes

Question 14

Especiação alopátrica e simpátrica:

Answer 14

• Especiação alopátrica - quando o isolamento reprodutivo entre populações é causado por isolamento geográfico
• Especiação simpátrica - seleção disruptiva resulta na adaptação a diferentes nichos ecológicos em duas populações com distância reprodutiva

Question 15

Genes homólogos:

Answer 15

Partilham de um ancestor comum - mesmo gene em espécies diferentes.

Question 16

Genes ortólogos e parálogos:

Answer 16

• Genes paralógos - genes que se originaram de um evento de duplicação após especiação (dentro da mesma espécie) recente o suficiente para revelar o seu ancestor comum a nível nucleotídico ou nos aminoácidos (uma das cópias pode sofrer variação e originar uma nova proteína com uma nova função, ex: hox genes)
• Genes ortólogos - genes homólogos em espécies diferentes que começaram a evoluir independentemente devido à especiação (descendem de um ancestor comum)

Question 17

Bases de dados primárias vs bases de dados secundárias:

Answer 17

• Primária: depósito de sequências (pode estar ou não publicada) de novas experiências; o investigador é que decide o que publica; informação pode não estar correta e ser redundante
• Secundária: compilação e interpretação dos dados submetidos na primária, informação validada por curadores (pessoas responsáveis)

Question 18

Exemplos de bases de dados primárias:

Answer 18

INSDC:
* NCBI GenBank
* ENA
* DDBJ

Question 19

Base de dados secundárias:

Answer 19

Uniprot

Question 20

O que é blast?

Answer 20

Ferramenta dentro das bases de dados para procurar uma sequência → compara sequências, em regiões de alta homologia, fazendo um alinhamento local

Question 21

Tipos de blast?

Answer 21

• tblast: temos proteína e dá-nos proteína
• blastn: temos nucleótido e dá-nos nucleótido
• blastx: temos nucleótido mas dá-nos proteína
• tblastn: temos proteína e dá-nos em nucleótido

Question 22

O que é o query coverage?

Answer 22

Quanto da nossa sequência está na sequência pesquisada

Question 23

O que é o E value?

Answer 23

Probabilidade de o alinhamento ter sido ao acaso
* baixa ou próximo de zero: alinhamento não foi ao acaso e temos confiança na semelhança entre as sequências
* alta: alinhamento foi ao acaso

Question 24

O que fornece JGI?

Answer 24

Informação do genoma de uma espécie
* tendo o código de uma proteína, podemos obter a sua sequência no genoma inteiro de uma espécie

Question 25

Para que serve Expasy translate?

Answer 25

Traduz sequências de nucleótidos para a sua sequência de proteína correspondente.

Question 26

Uso de Augustus Bioinformatics:

Answer 26

• O principal uso do Augustus é prever estruturas de genes em genomas recém-sequenciados ou mal anotados, prever onde começa e acaba um gene no fragmento de DNA que damos a prever
• Não diz a função da proteína

Question 27

Tipos de seleção natural:

Answer 27

• Estabilizadora: não se observa uma alteração grande na população, apenas se perdem variações
• Direcional: há uma alteração na frequência alélica ao longo do tempo
• Disruptiva: são selecionados alelos que antes possuíam uma frequência alélica baixa

Question 28

Como pesquisar numa base de dados?

Answer 28

• keyword
• acession number (igual em todas as bases de dados)