AMK, proteiny Flashcards
1
Q
Vzácně kódované AMK
A
- někdy se místo STOP kodonu zařazuje SELENOCYSTEIN - tRNA váže serin -> pak je vyměněn za selenocystein
- PYRROLYSIN
- N-FORMYLMETHIONIN - na první pozici bakteriálních proteinů
2
Q
Izoelektrický bod, glycin
A
- určuje, v jakém pH nese polární AMK nulový náboj
GLYCIN - nízké pH - (+) náboj, protože NH2 asociuje proton
- v nějakém pH nastupuje rovnováha = Izoelektrický bod
- Vyšší pH - (-) náboj
3
Q
Hydrofobicita AMK
A
- kladná hodnota pro hydrofóbní postranní řetězce - isoleucin, valin, leucin
- záporná hodnota pro hydrofilní postranní řetězce - arginin, lysin, asparagin
4
Q
Chiralita AMK - L/D forma, R/S sytém
A
- v proteinech pouze L izomery, L-alfa-AMK
- OLIGOPEPTIDY, POLYPEPTIDY které nejsou syntetizované na ribozomech můžou mít L i D formu
- L/D forma - stereoizomery, chemicky totožné
- R/S systém - konfigurace všech chirálních atomů v AMK, např. threonin je 2S, 3R
5
Q
Peptidová vazba
A
- mezi karboxyskupinou vázanou na C alpha a aminoskupinu vázanou na C alpha druhé AMK
- nechová se ani jako jednoduchá, ani jako dvojná vazba
- okolo vazby není možná rotace
- Cis a Trans konformace - trans je stabilnější
6
Q
Torzní úhly, Ramachandranův graf
A
- Úhel φ (phí) - rotace kolem vazby atomů N a C alpha
- Úhel ψ (psi) - rotace kolem vazby C a C alpha
RAMACHANDRANŮV GRAF - znázorňuje torzní úhly jednotlivých AMK v proteinu
- získáme přehled o tom, jestli je struktura proteinu helikální, listová nebo úplně atypická
