Alineamiento de secuencias Flashcards
El alineamiento de secuencias pares permite:
- Comparar 2 secuencias biológicas (ADN, ARN o proteína)
- Inferir relaciones evolutivas
¿Qué herramientas permiten analizar la alineación de secuencias pares?
- Diagramas de puntos para análisis gráfico > DOTPLOT
- Alineaciones locales o globales
El procedimiento de alineación que compara tres o más secuencias biológicas se denomina:
Alineación de secuencias múltiples.
Bases de datos de secuencias de referencia que permiten identificar regiones conservadas entre 2 secuencias:
- BLAST
- LAIGN
- EMBOSS needle
- EMBOS water
Diferencias entre
1. Alineamiento global
2. Alineamiento local
- se buscan similitudes entre todo el genomas
- no busca similitudes entre todo el genoma, sino simplemente de ciertas regiones
Tipo de alineamiento que utiliza GAPs y para que
El alineamiento global busca hacer “caber” todos los nucleotidos dentro de los del otro genoma, por lo que este utilizara obligatoriamente GAPs (son como rellenos)
Los algoritmos Needleman-Wutch y Smith and waterman son utilizados para:
Para realizar alineamientos por pares
El alineamiento de secuencias múltiples se realiza en secuencias de
Generalmente alineaciones globales de Aminoácidos de proteinas
El alineamiento de secuencias múltiples es capaz de: (3 cosas)
- detectar regiones de variabilidad/ conservación en una familia de proteinas
- Detectar homología entre un gen recién secuenciado
- Predecir la estructura de proteinas
Programas que realizan alineamiento de secuencias múltiples:
CLUSTAL, T-COFFEE, 3D-COFFEE Y MUSCLE
