גנומיקה ואבולוציה בחיידקים - הרצאה 9 ד"ר יונתן פרידמן

Question 1

מהי הדרך לגלות מהו התוכן של דנ”א חיידקי?

Answer 1

ריצוף DNA

Question 2

מהו טווח הגנום המיקרוביאלי?

Answer 2

בין כמה עשרות אלפי בסיסים

לכמה עשרות מיליוני בסיסים

Question 3

כמה בסיסים יש בגנום של לאי-קולי?

Answer 3

כ-5 מיליון בסיסים

Question 4

למי יש גנום יותר גדול-חיידקים או וירוסים?

Answer 4

חיידקים

Question 5

כמה בסיסים יש לוירוס הכי קטן?

Answer 5

כ-1700 בסיסים

Question 6

מה גודל ממוצע של וירוס עם גנום גדול?

Answer 6

כמה מיליונים בודדים של בסיסים

Question 7

מהו הגנום הכי קטן של חיידק הידוע לנו?

Answer 7

160 אלף בסיסים

לחיידק סימביונטי

Question 8

מהו הגנום הכי גדול הידוע אצל חיידק?

Answer 8

13 מיליון בסיסים

Question 9

במה תלוי גודל הגנום של החיידק?

Answer 9

בסביבה שלהם וסגנון החיים שלהם

Question 10

אילו חיידקים מאופיינים בגנום קטן יחסית?

Answer 10

אנדוסינמביונטים

Question 11

מדוע משערים שלאנדוסימביונטים יש את הגנום הכי קטן?

Answer 11

סביבה קבועה ופעולות מסוימות שתלויות במארח

Question 12

מה מכילים גנומים של חיידקים?

Answer 12

רצפים מקודדים

Question 13

מהו היחס הממוצע של גנים לבסיסים

Answer 13

כל גן שווה כאלף בסיסים

Question 14

האם הגנומים של חיידקים נחשבים לדחוסים?

Answer 14

כן

Question 15

למה גנומים של חיידקים כה דחוסים?

Answer 15

יש השערה שזו התאמה לאורך חיים שדורש שכפול מהיר בלי לבזבז זמן על חלקי גנום שלא מקודד

Question 16

מהם שלושת סוגי הגנים המיקרוביאליים אותם אנו מסווגים לפי הפעילות שלהם

Answer 16

1. גן שמשמש לבקרת שיעתוק
2. גן של מטבוליזם
3. גם שמקודד להכפלת גנום

Question 17

האם יש קורלציה בין גודל גנום לגנים מטאבוליים?

Answer 17

כן

Question 18

האם יש קורלציה בין גודל הגנום לגנים שקשורים לשכפול דנ”א?

Answer 18

יש, אבל באופן מתון

גם אם הגנום גדול אין בו הרבה יותר גנים של שכפול דנ”א

Question 19

האם יש קורלציה בין גודל הגנום לגנים שקשורים לבקרת שיעתוק?

Answer 19

כן, בהחלט. זו הקורלציה הכי חזקה מבין סוגי הגנים

Question 20

מהו גנום ליבה?

Answer 20

הגנים שנמצאים ברוב הזנים של מין מסוים

Question 21

מהו גנום עזר?

Answer 21

גנים שנמצאים רק בחלק מהמינים

Question 22

מהו הפאן גנום?

Answer 22

גנום ליבה+גנום עזר

Question 23

מדוע כשמסתכלים על יותר ויותר גנומים גנום הליבה קטן?

Answer 23

כי ככל שמחפשים יותר, מבינים שגנים שחשבנו שהם גנים של ליבה חסרים והופכים לגנים שהם אינם גנים ליבה

Question 24

מה קורה לפאן גנום ככל שמסתכלים על גנומים חדשים?

Answer 24

גדל

Question 25

האם גודל הפאן גנום זהה בין כל המינים?

Answer 25

לא, יש הבדלים משמעותיים

Question 26

מהם שני סוגי מוטציות המופיעות בחיידקים?

Answer 26

1. מוטציה ספונטנית שמתרחשת בשכפול

2. מוטציה מושרית, שגורמיה הם כימיים ופיזיקלים, קורה במעבר גנים אופקי

Question 27

מהי מוטציה נקודתית?

Answer 27

שינוי של בסיס אחד באחר, קראת גם “snip”

Question 28

כיצד נקראת מוטציה שאין לה השפעה ברמת החלבון?

Answer 28

מוטציה שקטה

Question 29

איך נקראת מוטציה שהופכת קודון לסטופ קודון?

Answer 29

מוטציית נונ-סנס

Question 30

איך נקראת מוטציה שמשנה את החלבון

Answer 30

מי-סנס

missense mutation

Question 31

איך נקראת מוטציה שבה יש שינוי בבסיס אבל ללא שינוי בחלבון

Answer 31

מוטציית סינונימוס

Question 32

מהו קצב של מוטציית התמרה?

Answer 32

10^(-10)

Question 33

כמה בסיסים יש בגנום חיידקי טיפוסי?

Answer 33

10^7 בסיסים

Question 34

כמה מוטציות בערך יהיו בכל חלוקה של הגנום?

Answer 34

10^-3

Question 35

עד הגילוי של לוריא-דלברוק מה סברו אודות מוטציה?

Answer 35

1. מוטציות נוצרות בצורה אקראית, ואז יש סלקציה שהורגת את התאים שלא עברו מוטציה ולא מותאמים לסביבה.
2. המוטציות מושרות ע”י הסלקציה, כשהסלקציה מופעלת (תנאי סביבה משתנים) זה גורם ליצירת מוטציות.

Question 36

על פי הניסוי של לוריא ודלבורק, מה צפו לראות במידה והמוטציות הן מושרות וקוראת אחרי הסלקציה?

Answer 36

מספר מושבות דומה אחרי סלקציה

Question 37

על פי הניסוי של לוריא דלבורק, מה צפו לראות במידה והמוטציות הן אקראיות

Answer 37

שונות גדולה במספר מושבות אחרי סלקציה

Question 38

איזו השערה הוכחה כנכונה בנוגע למוטציות?

Answer 38

המוטציות קורות לפני הסלקציה

Question 39

באיזה תהליך נוצרים לרוב גנים חדשים

ושונים ממה שהיו בתא האם?

Answer 39

בשכפול גנים

Question 40

מהם שלושת הדרכים למעבר גנים?

Answer 40

1. טרנספורמציה - הפרשה של דנ”א מחיידק לחיידק בצורה של מזון שהופך לחומר גנטי
2. קוניוגציה- על ידי פלסמיד
3. טרנסדקשן- על ידי בקטריופאג’ ווירוסים

Question 41

מהי טרנספורמציה?

Answer 41

תהליך בו דנ”א משתחרר לסביבה, ותאים אחרים יודעים לקחת אותו ולהכניס אליהם

Question 42

מהו תהליך הטרנסדקשן?

Answer 42

תא תורם נדבק בוירוס, הוירוס משתכפל ואורז אל הדנ”א חלק מהדנ”א של המארח

Question 43

מהי קוניוגציה?

Answer 43

מעבר פלסמידים בין חיידקים באמצעות יצירת תעלה

Question 44

מהם אלמנטים גנטיים ניידים?

Answer 44

אלמנטים שיודעים לנוע ממקום אחד למקום אחר בגנום, יכולים לעבור או להשתכפל
לרוב הם חלק מגנום העזר

Question 45

לרוב, הגנים ניידים הם חלק מאיזה גנום?

Answer 45

גנום העזר

Question 46

מהם הצורות הנפוצות של פלסמידים?

Answer 46

ליניארים או מעגליים

Question 47

באילו צירים יודעים הפלסמידים לעבור מתא אם לתא בת?

Answer 47

אופקית ואנכית

Question 48

כיצד עוברים הפלסמידים מתא אחד לא אחר (לא תא אם ובת)

Answer 48

אופקית בלבד

Question 49

דוגמא לרצף שיכול לעבור ממקום אחד לאחר בגנום באמצעות אנזים:

Answer 49

טרנספוזון, בעזרת הטרנספוזאז