5- synthes et tragic des proteines Flashcards
transcription c’est quoi?
c’est l’etape 1 de la synthese des prot.
synthese de l’ARNm
(origine des proteines, vient du noyau)
traduction c’est quoi?
c’est l’etape 2 de la synthese des prot.
réalisée a partir d’ARNm par les ribosomes et debute tjrs dans le cytosol
quelles proteines sont traduite entierement dans le cytosol?
destinés a;
- rester dans le cytosol
- etre importés dans un organite
quelles proteines sont traduite d’abord dans le cytosol puis dans le RER?
+proportion
1/3 prot. environ
destinés a;
- être sécrétées dans l’espace extracelluR
- être transmembranaires
- être transporté a d’autres compartiment du systeme endomenbranaires
comment se nomme le passage de proteine en cours de traduction entre le cytosol et le RER?
la translocation co-traductionnelle
quels sont les 2 types de protéines chaperonnes cytosoliques?
-chaperonine a chambre
(gros complexe moleculaire)
-proteine de type HSP
(petite prot. isolé)
a quoi servent les protéines chaperonnes cytosoliques?
permet a la prot. d’obtenir sa conformation 3D
qui définit sa fonction et son partenariat avec d’autres molécules
pliage incorrect= pas de liaison
qu’es ce que le systeme de controle qualité?
vérifie le bon pliage de la prot.
si mal plié soit elle est repris en charge soit elle est detruite
cite les diff types de modifications co-/post- traductionnelles des AA de certaine prot.
(7)
- phosphorylation
- dephosphorylation
- methylation
- sumoylation
- ubiquination
- ajout chaine lipidique
phosphorylation?
ajout d’un phosphate, enzymes kinases
dephosphorylation?
perte de phosphate par des phosphatase
sumoylation?
liaison covalente d’ 1 ou plrs prot’ SUMO sur une lysine
ubiquination?
liaison covalente d’1 ou plrs molecule d’ubiquitine
donne:
- simple-ubiquination
- multi-ubiquination
- poly-ubiquination
= abouti a 1 queue de poly-ubiquitine
= signal d’addressage au protéasme pr degradation de la prot.
ajout d’1 chaine lipidiques?
liaison d’1 AG à 1 prot.
(type farnésyl, myristoyl)
- permet de lier la prot. a la mbe (et devenir intrinseque)
•en présence de calcium la queue d’AG est pliée sur la prot. soluble
•suite à son activation, la queue lipidique se déplie et s’ancre à 1 endroit précis de la mbe
-est favoriser par des enzymes
•impliqué ds de nbrse pathologie
•cible therapeutique (empecher le transfert queue lipidique et son depliement)
par quoi est délimité le RER?
par une mbe
le RER est en continuité avec:
- la mbe ext. de l’enveloppe nucléaire
- la mbe de REL
de quoi est composé le systeme de cavité du RER?
de canalicules communicants entre eux
que possede le RER sur sa face externe?
des ribosomes
quel % de la surface des mbe le RER représente t-il?
20 a 60% surface mbe
avec quoi les lumières du RER est-il en continuité?
avec l’espace périnucléaire
avec quoi observe t-on le RER?
- avec la microscopie a fluorescence
- au MET
qu’es-ce que le peptide signal?
c’est 1 séquence courte d’AA (fait partie de la prot. native)
peptide signal chez des prot. solubles?
séquence proche de l’extrémité N-terminale
(clivée et détruite lorsque la prot. est synthétiser)
peptide signal chez des prot. transmembranaires?
séquence internes hydrophobe constitue les domaines transmembranaires
(chaque domaine contient 1 peptide signal)
quels sont les 3 acteurs de la translocation co-traductionelle de la prot.?
- SRP
- recepteur transmbr du SRP
- translocon
SRP c’est quoi? sert a quoi?
particule de reconnaissance du peptide signal
- c’est 1 ribunucléo-protéine
- possède 1 activité GTPasique
- contrôle l’arrimage du ribosome a la face cytosolique du RER
recepteur transmembranaire du SRP c’est ou? ça sert a quoi?
- ancrée a la mbe du RE
- assure liaison SRP au nveau de la mbe de RER
translocon autre nom pour le definir? c’est quoi?
-canal de translocation
- complexe multiprotéique contenant plrs domaine transmembranaires du RER
- forme un canal aqueux, du meme diametre que la prot. native et au travers duquel passe la prot. native hydrophile
qu’es ce qu’un polyribosome?
ce sont des ribosomes
- qui traduisent en meme temps plrs ARNm
- qui s’attachent a la mbe du RER
avec quoi observe t-on un polyribosome?
au MET c’est une forme en «escargot»
les etapes communes de la translocation co-traductionelle des prot. dans le RER?
1/ reconnaissance du peptide signal par le SRP
2/ -fixat du SRP sur récepteur
- arrimage SRP a l’extremité cytosolique du translocon fermée - arret/ralentissement elongat prot. pdt l’arrimage
3/ -ouverture translocon (entree prot.native)
(-difference selon type de prot)
- trad. prot. native
- reconnaissance peptide signal par le translocon
4/ hydrolyse par le SPR de son GTP en GDP
5/ recyclage du SRP pour prendre en charge 1 autre prot.
étape 1 de la translocation co-traductionelle des prot. dans le RER?
1/ reconnaissance du peptide signal par le SRP
étape 2 de la translocation co-traductionelle des prot. dans le RER?
2/ -fixat du SRP sur récepteur
- arrimage SRP a l’extremité cytosolique du translocon fermée - arret/ralentissement elongat prot. pdt l’arrimage
étape 3 de la translocation co-traductionelle des prot. dans le RER?
3/ -ouverture translocon (entree prot.native)
(-difference selon type de prot)
- trad. prot. native
- reconnaissance peptide signal par le translocon
étape 4 de la translocation co-traductionelle des prot. dans le RER?
4/ hydrolyse par le SPR de son GTP en GDP
étape 5 de la translocation co-traductionelle des prot. dans le RER?
5/ recyclage du SRP pour prendre en charge 1 autre prot.
dans la translocation co-traductionelle quelle etape diffère en fonction du type de prot.?
l’étape 3
étape 3 de la translocation co-traductionelle pour les prot. solubles?
A/ -trad prot. est poussée du canal vers la lumière du réticulum
-reco peptide signal par la face interne du translocon, formation d’1 boucle
B/ -inclusion peptide signal (hydrophobe) ds la bicouche lipidique (translation lateral peptide signal)
C/-lorsque la prod de la prot. est terminé;
•ribosome de détache
•peptide signal clivé (signal peptidase) puis détruit
-la prot. est devenue soluble (car plus de peptide signal) et possède une nvlle extrémité N-terminale
étape 3 de la translocation co-traductionelle pour les prot. transmembranaires?
A/- qd 1 séquence hydrophobe interne (peptide signal) correspond aux domaines trans-mbR alors elle est reconnue par le SRP
-mvt translocat. s’arrete qd peptide signal est reconnue par le translocon
B/-peptide signal est transféré latéralemt du canal vers la mbe
C/-domaine N-terminal intracytosolique (C-term luminal)
•N-term reste ds le cytosol
•domaine hydrophobe se colle paroi du translocon
•C-term entre, formt d’1 boucle
-domaine C-terminal intracytosolique (N-term luminal)
•N-term traverse translocon
•domaine hydrophobe se colle paroi du translocon
•pas de formation de boucle
quelle partie de l’étape 3 de la translocation co-traductionelle pour les prot. transmembranaires peut varier?
l’etape 3 C/
formation N-term ou C-term cytosolique
ajout d’un GPI sur une prot.;
ou?
GPI nom complet
-modification co-traductionelle des prot. ds la lumiere du RER
-glucosylphosphatidyl inositol
(il y a eu un flipping par des flipase passe du coté du cytosol vers le RER)
qu’es qu’un glycolipide? sert a quoi?
- structure sucrée complexe
- synthetisé avant d’etre ajouté aux protéines
- sert d’ancrage aux prot. intrinsèques
quand es-que le glycolipide se lie a la prot.? grace a quoi? consomme de l’NRJ?
- au cours de la synthese de la prot.
- grâce a une enzyme qui reconnait un signal de liaison au GPI (porté par C-term de la prot.) le signal de liaison est alors clivé
- oui en hydrolysant de l’ATP
qu’es ce que la N-glycisylation?ou? quand? fixé a quoi? grace a quoi?
- liaison de l’oligosaccharide à la prot.
- modification co-traductionelle des prot. ds la lumiere du RER
- pdt la synthese de la prot.
- transfert jusqu’a un atome azote (N) possible grâce à une enzyme, oligosaccharyl transférase
quel est le but du controle de repliement?
combien de controle une prot. peut passer?
ou a lieu le controle?
- empeche prot. d’aller ds le golgi avant qu’elles ne soient correctement pliée/assemblés
- elle peut en passer plsrs
- dans le RER
proteines chaperonnes a quoi servent-elles?
- se lie aux prot. natives, les protège d’1 mauvais pliement
- réarrangement des ponts dusulfures, aide a l’assemblage des prot. multimérique (struct. 4)
- qd 1 prot. est encore accroché a 1 prot. chaperonnes pas de sorti de RE
que se passe t-il lors de l’echec des controles qualité?
- c’est nuisible pour la cellule ducoup prot. sorti du RER et detruite dans le cytosol
- pas de protéase dans le RER
quelle est la famille de prot. BIP la + abondante dans le RER?
famille prot. HSP 70
a quoi sert la proteine BIP?
utilisation d’NRJ?
- aide aux repliement en mettant les domaines hydrophobes a l’interieur
- oui hydrolyse d’ATP
quel est le mode d’action de la prot. BIP? que fait BIP apres ça?
- BIP se lie aux domaines hydrophobes de la prot.
- aide a se plier correctement: compact + domaine hydrophobe à l’intérieur
-BIP va vers une autre prot.
si le(s) domaine(s) hydrophobe d’une protéine sont encore a la surface alors …
elle n’est pas fini d’être plié
qu’es- ce qu’une GPI?
Prot. Disulfure Isomérase
a quoi sert la PDi?
de quoi ça depend?
- format de pont S-S (liaison entre des AA cysteines d’1 prot. native)
- si incorrecte alors réarrangement par PDI
par quoi les lectine sont-elles activé?
-dépend de la presence en CA2+
type de lectine?
:calnexine (attaché a la mbe du RER)
:calrétuculine (soluble dans le RER)
mécanisme de la calnexine;
les etapes
1/reco d’1 glycoprot. par 1 glucosidase (enleve glucose pr qu’il n’y ai plus qu’1 glucose distal)
2/reco par la calnexine de la glycoprot. (avec 1 seul glucose distal) +liaison
3/recrutement enzyme ERP57, catalyse format ponts disulfure et assure repliement de la prot.
4/expulsion du glucose distal par 1 glucosidase + repliement prot.
5/distinction par enzyme UGGT, prot correctement plié
6/diff selon le pliage correct ou non des prot.
quel etape du mecanisme de la calnexine differe?
la dernière etape, l’etape 6
mécanisme de la calnexine;
que se passe t’il quand le repliement de la molecule est considéré comme correct par l’UGGT?
- la prot. perd son mannose
- elle est exporté vers le golgi
mécanisme de la calnexine;
que se passe t’il quand le repliement de la molecule est considéré comme incorrect par l’UGGT?
- modifié par l’UGGT, nveau glucose distal sur la prot.
- repose le cycle de la calnexine
mécanisme de la calnexine;
que se passe t’il quand le repliement de la molecule est considéré comme définitivement incorrect par l’UGGT?
- la prot. perd son mannose et quitte le RER (translocation rétrograde par le translocon)
- en direction du protéasome on parle de DARE (Degradation Associcié au Reticulum Endoplasmique)
que signifie DARE?
(Degradation Associcié au Reticulum Endoplasmique)
qu’obtient-on en faisant un processus d’oligomérisation sur des prot.?
par qui ses processus sont-ils controlés?
- des complexes multimériques
- par des prot. multimériques
quel est l’autre nom de la «reponse au molecule mal repliée»?
UPR
qu’es ce que l’UPR?
quel est son but?
-1 reponse a l’accumulation de prot. mal pliée ds le RE
-diminué synth prot.
-augmenter synth prot. chaperons
-augmenter synth prot. DARE
BUT; aidé le RE a retrouvé homeostasie (sinon mort cellulaire)
dans quel cellules l’UPR a un role très important?
-dans les cellules qui secretent bcp de prot.
que ce passe t-il quand UPR est altéré?
-naissance de pathologie (d’ou UPR= cible thérapeutique)
différentes voies de signalisation activé par la réponse UPR?
facteur de transcription qu’il crée?
1-PERK (bloque 95% synth prot.)
2-ATF-6
3-IRE-1
1-ATF-4
2-ATF-6
3-Hbp-1 mature
NB: qd les voies sont coiffes d’un BIP elles sont inactive
1-par dimerisation
2-par migration/clivage
3-par dimérisation/clivage
comment se nomme le ver utilisé en biologie cellulaire?
-C. Elegans
il facilite les observation, utilisé comme modèle de physiologie et pathologie humaine
nom de la prot. codant pout la couleur vert fluo?
but?
- prot. GFP
- visualiser prot. d’interet sur cellule vivante (microscope electronique a fluorescense)
qu’es ce que le genie genetique?
pouvoir faire des mutations dirigé (transgène)
de quoi est composé l’appareil de golgi?
- de 1 ou plrs dictyosomes réunis par des tubules
- dictyosomes=empilement saccules associé à des vesicules et des tubules
ou est orienté la face CIS de l’appareil de golgi?TRANS?
- vers le RER
- vers mbe plasmique
nom des regions du golgi?
- CIS (reseau cis golgien)
- MEDIANT
- TRANS (reseau trans golgien)
par qui est controlé le golgi?
-par les microtubules du cytosquelette
•maintient intégrité / orientation
•inhibition polymérisation microtubules par le nocodazole
différents role de l’appareil de golgi?
- maturation prot.
- O-glycosylayion (=ajout struc sucree)
- modif chaine oligosaccharides (=ds les saccules)
etape de l’O-glycosylation?
- ajout d’1 sucre qui a été transporter grace a un transporteur spécifique jusqu’a la lumiere du golgi
- separation du sucre du nucleotide et des phosphate grace a la nucleoside diphosphatase
- liaison prot./sucre sur l’oxygene grace a l’enzyme O-oligosaccharide prot. transférase
modification des chaines oligosaccharide porté par les prot;
dans la région CIS ?
but?
phosphorylation des mannoses
-pour les enzymes solubles des lysosomes
NB: comme pour la O-glycosylation, le sucre est lié à des nucléotides
modification des chaines oligosaccharide porté par les prot;
dans la région MEDIANS?
- excision des mannoses
* addition de nouveaux sucres
modification des chaines oligosaccharide porté par les prot;
dans la région TRANS?
but?
•sulfatation; grace a la molecule PAPS (donneur sulfate et synthetiser dans le cytosol)
-pour prot. destinés à être sécreté iu devenir des GAG
- O-glycosylation
- addition galactose
quelles sont les propriété physico-chimiques et biologiques des chaines oligosaccharides portées par les prot.?
-module l’activité fonctionnelle des glycoprot.
•repliement/ stabilise la conformation
•améliorent la solubilité
- protègent de l’action des protases (augmente la demi-vie prot.)
- favorise le recrutement d’autres partenaires
NB: defaut de glycosylation (=mutation de l’enzyme de la glycolysation) entraine pathologie
qu’es ce qui définît les gpes sanguins?
- les 3 conformation possible dnun oligosaccharide
- les 3 antigènes H(ou O), A et B
quelles sont les deux types de flux vésiculaire?
- flux centrifuge
- flux centripète
flux centrifuges; d’ou a ou?
- RER au golgi
- ds le golgi Cis-Medians-Trans
- du golgi vers les lysosomes
- du golgi vers la mbe plasmique par EXOCYTOSE
flux centripète; d’ou a ou?
- du golgi au RER
- ds le golgi, Trans-Mediant-Cis
- ds la mbe plasmique vers les lysosomes ou le golgi par ENDOCYTOSE
flux centrifuge; type de prot?
- prot. solubles (milieu extracellulaire/autre compartiment systeme endomembranaire )
- prot. transmembranaires (mbe plasmique/mbe du système endomembranaire )
flux centripète; quelles proteines?
-protéine internalisées
ou a lieu le transport des vesicules?
le long des microtubules
quels sont les diff etapes de la communication grace a des molécules de transport?
1/bourgeonnement (du compartimt donneur) grace a la formation d’un manteau
2/désolidarisation de la vésicule
3/déshabillage de la vésicule (conso NRJ)
4/fusion vesicule avec compart accepteur (presence Ca2+)
quels sont les different types de prot. intervenant dans le trafic vésiculaire?
- prot. de bourgeonnement
- prot. de fission
- prot. motrices et prot. cytosquelette
- prot. de fusion
fonct. prot. de bourgeonnement?
aide polymérisation du manteau
fonct. prot. de fission?
separation vesicule de la mbe du compart. donneur
fonct. prot. motrices et prot. du cytosquelette?
deplacemt vesicule sur le microtubule grace aux prot. motrice jusqu’au compart. accepteur
(consomme NRJ)
fonct. prot de fusion?
fusion vesicule avec compartiment accepteur
autres noms pour le manteau de la vesicules?
coatomere
NB: suite a la polymeration de prot. (consomme NRJ)
mecanisme bourgenement vesicule?
comment etudié se systeme?
1/activation ARF (obtient un GTP) la queue d’AG se déplie
2/ancrage queue d’AG de ARG ds la mbe de la vésicule
3/assemblage du coatomère
4/déshabillage vésicule (hydrolyse du GTP de l’ARF en GDP) ARF est ensuite recyclé et réutilisé pour une autres vésicules
-drogue inhibe echangeur GDP/GTP entraine blocage transport vesiculaire
pourquoi la fusion d’une vesicule dans le compartiment accepteur est specifique,
•prot. SNARES
v-SNARE sur la vesicule
t-SNARE sur la mbe vesiculaire
•GTPases Rab
(controle et rend permanent liaison entre 2 SNARE)
les etapes de la fusion d’une vesicules avec le compartiment accepteur?
1/arrimage;
de 2 SNAREs complémentaires
Rab hydrolyse le GTP
SNAREs s’emboitent
Rab-GDP est réadressé pr etre activé par un echangeur GTP
2/attachement; SNAP
3/fusion; dependance Ca2+
4/désassemblage et réarmement des SNAREs;
NSF(catalyse désassemblage des SNAREs)—> activité ATPasique, déassemblage SNAREs permet leur réutilisation
consequence de la fusion de la vesicule avec le compartiment accepteur?
- liberation contenu de la vesicule
- incorporation de la mbe de la vesicule
NB: on peut inhiber des complexes de fusion (toxine botuliques et tétaniques)
quels sont les deux types de trafic vésiculaire centrifuge (exocytose)?
- constitutives
- régulée ou provoquée
trafic vésiculaire centrifuge; contitutive
concerne? de facon? regulé? formé d’un manteau de? fonctions?
-tt les cellules
-continue
-non regulée
-COP II
- •expulser le contenue de la vesicule
• exposer a la mbe plasmique des lipides et des prot. transmembranaires
trafic vésiculaire centrifuge;
régulée/provoqué
concerne? de facon? regulé? formé d’un manteau de? fonctions?
-cellule différenciés
-discontinue
-régulé; reponse a un signal
• extracellulaire; augmentat brutale Ca2+
• intracellulaire; Potentiel Action
-Clathrine
-expulser contenue vésicules
