4.1 Transcription eucaryote Flashcards
Comparativement aux bactéries, les eucaryotes, ont plusieurs facteurs d’initiation (σ) qui n’ont pas le même nom.
General Transcription Factors : GTFs
Les promoteurs centraux les plus communs
Souvent Inr associée avec une boite TATA OU élément DPE.
Rôle de GTFs
- Aide l’ARN polymérase à se lier au promoteur.
- Participe à la fusion + évasion du promoteur
La première étape de l’initiation : La formation du complexe de pré-initiation (CPI) analogue de la formation du complexe fermé, à cette fois-ci plusieurs étapes. Quelles sont-ils?
- TFIID, est le premier à arriver, il sert de plateforme pour les autres GTFs.
- Liaison des facteurs TFIIA et TFIIB
- Recrutement de l’ARN pol II liée à TFIIF : sert de ponts pour les autres GTFs (liaison spécifique)
- Liaison de TFIIE et TFIIH
* TFIIE recrute et régule TFIIH
TFIID, est un complexe protéique énorme, sont rôles le plus important est liée à son unique sous-unité TBP, quelle-est-il?
Attacher la TATA box
extra: Plusieurs sous-unités TAFs :
* TBP-associated Factor
* Se lient aux éléments Inr, DPE ou DCE
* Régulation
La subunits TBP est encore plus spéciale, par rapport à sa weird interaction avec l’ADN qui lui confère un nouveau rôle, explique.
Interagit avec la boîte TATA dans le sillon mineur via un feuillet β
>Déforme l’ADN
Pourquoi dit-on que la subunits TBP est un facteur universel?
Il est présent pour les 3 polymérases eucaryotes boite TATA ou non!
Quelle subunit assure une liaison spécifique de l’ARN pol. II (fixation où il y a déjà une plateforme)
TFIIF
Fontions de TFIIB (3)
- Reconnait promoteur BRE
- Recrutement de la polymerase
- Analogue aux linker 3/4
TFIIH à beaucoup de rôle (she takes the heavy load), concentrons-nous sur son activité enzymatique.
- Activité ATPase-hélicase (hydrolyse d’ATP requis)
>fusion du promoteur
>formation du complexe ouvert (bulle de transcription) - Activité kinase
>évasion du promoteur (détail question sup.)
Comment fonctionne le processus d’évasion du promoteur engendré par l’activité kinase de TFIIH et qu’est-ce qui en résulte?
Dernière étape avant l’élongation : on ajoute un gr. phosphate sur la CTD (queue de la polymérase).
>cela entraine l’évasion du promoteur et de ces GTFs
** à l’exception de :
* TFIIF reste associé à l’ARN polymérase
* TFIID reste associé ai promoteur
>qui favorise la prochaine initiation.
Quelle-est la majeure différence in vivo au niveau de la transcription
-En plus des promoteurs d’autre séquence nommé séquence régulatrice doivent être aussi reconnu.
-Contexte particulier de la chromatine lors de l’initiation
>complexe médiateur
Quelle sont les rôles du complexe médiateur (2)
- lien entre protéine régulatrice et CPI (complexe pré-initiation [étape 1])
- Régulation de l’activité kinase de TFIIH (évasion du promoteur)
On sait déjà que la phosphorylation du domaine CTD, libère l’ARN polymérase des GTFs (évasion du promoteur). Mais pas que, quelles sont ses autres rôles? (3)
- Permet de recruter des facteurs d’élongation
>coordone la transcription - Permet de recruter des complexes enzymatiques modifiant l’ARNm
2.1 Addition d’une coiffe à l’extrémité 5’ de l’ARNm (élongation) - Addition d’une queue de poly-A et clivage de l’ARN (terminaison)
>Étape qui precède le recrutement des 2 clevage factors!!!
À quoi sert la coiffe 5’ de l’ARNm? (4)
- Stabilité de l’ARNm
>le gr. méthyle à la position 7 rend la reconnaisance difficile et donc l’ARNm est moins suceptible de ce faire dégrader. - Épissage (splicing?)
- Exportation
- Interagit avec le ribosome lors de la traduction
Qu’est-ce que pTEFb?
Kinase qui phosphoryle Ser-2 (CTD) et SPT5
Recrute TAT-SF1 [facteur d’élongation]
Les différentes enzymes qui coupent : leurs noms + rôles (3)
- Nucléase
>Enzyme qui coupe l’ARN ou l’ADN
>Ribonucléase : coupe l’ARN - Exonucléase :
>Coupe à partir d’une extrémité
>Ne reconnait pas une séquence spécifique - Endonucléase :
>Coupe à l’intérieur d’un brin
>Reconnait une séquence spécifique
>Ou une structure (ex. renflement)
*Voir diapo manquante
Qu’est-ce que le complexe FACT (facilitates chromatin transcription)? (en détail)
Protéines liées aux histones qui facilitent l’élongation.
>Pour y arriver, elle déssasemble les nucléosomes devant l’ARN pol II et les réassemble derrière.
Step of Eukaryotic Transcription Termination et queue Poly-A [step 1/2]
- La polymérase transcrit le signal Poly-A [AAUAAA]
- Le CPSF et CstF (Clevage …) liée à la queue CTD s’accroche à l’ARNm.
- Les 2 factors recrute une endonucléase (qui coupe à l’intérieur du brin)
Step of Eukaryotic Transcription Termination et queue poly-A [step 2/3]
- L’ARNm est libéré et seul le facteur CPSF y reste attaché.
- CPSF recrute la poly-A polymérase (PAP)
- En reproduisant le mécanisme de l’ARN polymérase et en utilisant l’ATP comme source d’adénine, elle va rajouter ~200 A à l’ARNm.
>celle-ci contrairement à notre ARN polymérase n’a pas besoin de template!
Que peut-on dire de la coupure suite au signal Poly-A?
La coupure a lieu en aval d’environ 10-30 nts du signal
>Cela permet d’avancer jusqu’aux 2 facteurs de clevage/polyadenlysation qui sont à ce moment lié à la queue CTD.
Step of Eukaryotic Transcription Termination et queue poly-A [step 3/3]
- Après la coupure, la même ARN continue à être transcrit (ce qui est bizarre, car ce n’est donc pas la fin!)
>Cependant, on sait que la terminaison est liée la polyadénalisation de le queue, on a deux modeles pour explique leur liens.
Quelles sont les deux modèles pour expliquer les liens entre terminaison et polyadénylation de la queue?
- Torpille : La non-coiffe en 5’ de l’ARN après coupure et ressenti par une ARNase, une enzyme hautement processive qui va dégrader tout cet ARN superflu.
- Allostérique :
(3.) Conformation : Le transfert des 2 facteurs ( CPSF et CstF) ou arrivé de la RNase induit un changement de conformation dans la polymérase ce qui augment son temps de Processing.
>ce qui mène au détachement de l’ARN restant.
À quoi sert cette fameuse queue Poly-A de l’ARNm?
*Même rôle que la coiffe 5’ sauf l’épissage :
1. Stabilité
2. Facilite transport hors noyeau.
3. Facilite sa traduction
Qu’est-ce que l’épissage?
Splicing des exons (partie non codante de l’ARNm) post transcription.
Les différences entrent eucaryotes et procaryotes transcriptions (capping)
Eucaryotes : cap 5’ à la position 7 methylguanosine
Procaryotes : does not occur
Les différences entrent eucaryotes et procaryotes transcriptions (tailling 3’)
Eucaryotes : rôles de stabilisation (queue Poly-A)
Procaryotes : dégradation
Les différences entrent eucaryotes et procaryotes transcriptions (editing)
Eukaryotes : à lieu parfois
Prokaryotes : jamais
Décrit l’ARN polymérase I
- Toujours le même transcrit nommé (pre-rRNA), car il est responsable de l’ARN ribosomale.
-Promoteur peu complexe
Décrit l’ARN polymérase III
Il est plus complexe, car il a trois types différents de transcrits : ARN 5S, ARNt, ARNnc (non codante)
Les procaryotes ont deux facteurs d’élongation Gre (édition hydrolytique) et Nus (favorise élongation + terminaison). Quelles sont leurs équivalents eucaryotes?
Dans l’ordre : TFIIS, SPT5
