4.1 Transcription eucaryote

Question 1

Comparativement aux bactéries, les eucaryotes, ont plusieurs facteurs d’initiation (σ) qui n’ont pas le même nom.

Answer 1

General Transcription Factors : GTFs

Question 2

Les promoteurs centraux les plus communs

Answer 2

Souvent Inr associée avec une boite TATA OU élément DPE.

Question 3

Rôle de GTFs

Answer 3

1. Aide l’ARN polymérase à se lier au promoteur.
2. Participe à la fusion + évasion du promoteur

Question 4

La première étape de l’initiation : La formation du complexe de pré-initiation (CPI) analogue de la formation du complexe fermé, à cette fois-ci plusieurs étapes. Quelles sont-ils?

Answer 4

1. TFIID, est le premier à arriver, il sert de plateforme pour les autres GTFs.
2. Liaison des facteurs TFIIA et TFIIB
3. Recrutement de l’ARN pol II liée à TFIIF : sert de ponts pour les autres GTFs (liaison spécifique)
4. Liaison de TFIIE et TFIIH
   * TFIIE recrute et régule TFIIH

Question 5

TFIID, est un complexe protéique énorme, sont rôles le plus important est liée à son unique sous-unité TBP, quelle-est-il?

Answer 5

Attacher la TATA box

extra: Plusieurs sous-unités TAFs :
* TBP-associated Factor
* Se lient aux éléments Inr, DPE ou DCE
* Régulation

Question 6

La subunits TBP est encore plus spéciale, par rapport à sa weird interaction avec l’ADN qui lui confère un nouveau rôle, explique.

Answer 6

Interagit avec la boîte TATA dans le sillon mineur via un feuillet β
>Déforme l’ADN

Question 7

Pourquoi dit-on que la subunits TBP est un facteur universel?

Answer 7

Il est présent pour les 3 polymérases eucaryotes boite TATA ou non!

Question 8

Quelle subunit assure une liaison spécifique de l’ARN pol. II (fixation où il y a déjà une plateforme)

Answer 8

TFIIF

Question 9

Fontions de TFIIB (3)

Answer 9

1. Reconnait promoteur BRE
2. Recrutement de la polymerase
3. Analogue aux linker 3/4

Question 10

TFIIH à beaucoup de rôle (she takes the heavy load), concentrons-nous sur son activité enzymatique.

Answer 10

1. Activité ATPase-hélicase (hydrolyse d’ATP requis)
   >fusion du promoteur
   >formation du complexe ouvert (bulle de transcription)
2. Activité kinase
   >évasion du promoteur (détail question sup.)

Question 11

Comment fonctionne le processus d’évasion du promoteur engendré par l’activité kinase de TFIIH et qu’est-ce qui en résulte?

Answer 11

Dernière étape avant l’élongation : on ajoute un gr. phosphate sur la CTD (queue de la polymérase).
>cela entraine l’évasion du promoteur et de ces GTFs
** à l’exception de :
* TFIIF reste associé à l’ARN polymérase
* TFIID reste associé ai promoteur
>qui favorise la prochaine initiation.

Question 12

Quelle-est la majeure différence in vivo au niveau de la transcription

Answer 12

-En plus des promoteurs d’autre séquence nommé séquence régulatrice doivent être aussi reconnu.
-Contexte particulier de la chromatine lors de l’initiation
>complexe médiateur

Question 13

Quelle sont les rôles du complexe médiateur (2)

Answer 13

1. lien entre protéine régulatrice et CPI (complexe pré-initiation [étape 1])
2. Régulation de l’activité kinase de TFIIH (évasion du promoteur)

Question 14

On sait déjà que la phosphorylation du domaine CTD, libère l’ARN polymérase des GTFs (évasion du promoteur). Mais pas que, quelles sont ses autres rôles? (3)

Answer 14

1. Permet de recruter des facteurs d’élongation
   >coordone la transcription
2. Permet de recruter des complexes enzymatiques modifiant l’ARNm
   2.1 Addition d’une coiffe à l’extrémité 5’ de l’ARNm (élongation)
3. Addition d’une queue de poly-A et clivage de l’ARN (terminaison)
   >Étape qui precède le recrutement des 2 clevage factors!!!

Question 15

À quoi sert la coiffe 5’ de l’ARNm? (4)

Answer 15

1. Stabilité de l’ARNm
   >le gr. méthyle à la position 7 rend la reconnaisance difficile et donc l’ARNm est moins suceptible de ce faire dégrader.
2. Épissage (splicing?)
3. Exportation
4. Interagit avec le ribosome lors de la traduction

Question 16

Qu’est-ce que pTEFb?

Answer 16

Kinase qui phosphoryle Ser-2 (CTD) et SPT5
Recrute TAT-SF1 [facteur d’élongation]

Question 17

Les différentes enzymes qui coupent : leurs noms + rôles (3)

Answer 17

• Nucléase
  >Enzyme qui coupe l’ARN ou l’ADN
  >Ribonucléase : coupe l’ARN
• Exonucléase :
  >Coupe à partir d’une extrémité
  >Ne reconnait pas une séquence spécifique
• Endonucléase :
  >Coupe à l’intérieur d’un brin
  >Reconnait une séquence spécifique
  >Ou une structure (ex. renflement)

*Voir diapo manquante

Question 18

Qu’est-ce que le complexe FACT (facilitates chromatin transcription)? (en détail)

Answer 18

Protéines liées aux histones qui facilitent l’élongation.
>Pour y arriver, elle déssasemble les nucléosomes devant l’ARN pol II et les réassemble derrière.

Question 19

Step of Eukaryotic Transcription Termination et queue Poly-A [step 1/2]

Answer 19

1. La polymérase transcrit le signal Poly-A [AAUAAA]
2. Le CPSF et CstF (Clevage …) liée à la queue CTD s’accroche à l’ARNm.
3. Les 2 factors recrute une endonucléase (qui coupe à l’intérieur du brin)

Question 20

Step of Eukaryotic Transcription Termination et queue poly-A [step 2/3]

Answer 20

1. L’ARNm est libéré et seul le facteur CPSF y reste attaché.
2. CPSF recrute la poly-A polymérase (PAP)
3. En reproduisant le mécanisme de l’ARN polymérase et en utilisant l’ATP comme source d’adénine, elle va rajouter ~200 A à l’ARNm.
   >celle-ci contrairement à notre ARN polymérase n’a pas besoin de template!

Question 21

Que peut-on dire de la coupure suite au signal Poly-A?

Answer 21

La coupure a lieu en aval d’environ 10-30 nts du signal
>Cela permet d’avancer jusqu’aux 2 facteurs de clevage/polyadenlysation qui sont à ce moment lié à la queue CTD.

Question 22

Step of Eukaryotic Transcription Termination et queue poly-A [step 3/3]

Answer 22

1. Après la coupure, la même ARN continue à être transcrit (ce qui est bizarre, car ce n’est donc pas la fin!)
   >Cependant, on sait que la terminaison est liée la polyadénalisation de le queue, on a deux modeles pour explique leur liens.

Question 23

Quelles sont les deux modèles pour expliquer les liens entre terminaison et polyadénylation de la queue?

Answer 23

1. Torpille : La non-coiffe en 5’ de l’ARN après coupure et ressenti par une ARNase, une enzyme hautement processive qui va dégrader tout cet ARN superflu.
2. Allostérique :
   (3.) Conformation : Le transfert des 2 facteurs ( CPSF et CstF) ou arrivé de la RNase induit un changement de conformation dans la polymérase ce qui augment son temps de Processing.
   >ce qui mène au détachement de l’ARN restant.

Question 24

À quoi sert cette fameuse queue Poly-A de l’ARNm?

Answer 24

*Même rôle que la coiffe 5’ sauf l’épissage :
1. Stabilité
2. Facilite transport hors noyeau.
3. Facilite sa traduction

Question 25

Qu’est-ce que l’épissage?

Answer 25

Splicing des exons (partie non codante de l’ARNm) post transcription.

Question 26

Les différences entrent eucaryotes et procaryotes transcriptions (capping)

Answer 26

Eucaryotes : cap 5’ à la position 7 methylguanosine
Procaryotes : does not occur

Question 27

Les différences entrent eucaryotes et procaryotes transcriptions (tailling 3’)

Answer 27

Eucaryotes : rôles de stabilisation (queue Poly-A)
Procaryotes : dégradation

Question 28

Les différences entrent eucaryotes et procaryotes transcriptions (editing)

Answer 28

Eukaryotes : à lieu parfois
Prokaryotes : jamais

Question 29

Décrit l’ARN polymérase I

Answer 29

• Toujours le même transcrit nommé (pre-rRNA), car il est responsable de l’ARN ribosomale.
  -Promoteur peu complexe

Question 30

Décrit l’ARN polymérase III

Answer 30

Il est plus complexe, car il a trois types différents de transcrits : ARN 5S, ARNt, ARNnc (non codante)

Question 31

Les procaryotes ont deux facteurs d’élongation Gre (édition hydrolytique) et Nus (favorise élongation + terminaison). Quelles sont leurs équivalents eucaryotes?

Answer 31

Dans l’ordre : TFIIS, SPT5