2.pred

Question 1

svjetlosna mikroskopija

Answer 1

• izravna (transmisijska)
• fazno-kontrastna
• diferencijalno-kontrastna (Nomarski)
• tamnog polja

Question 2

elektronska mikroskopija

Answer 2

Transmission Electron Microscope (TEM)
Scanning Electron Microscope (SEM)

Question 3

tehnike elektronske mikroskopije

Answer 3

diferencijalno bojanje
mikrotomski presjek
eng. freeze-fracture
eng. freeze-etch

Question 4

difrakcija X-zraka

Answer 4

-za proučavanje struktura molekula
-najvažnija metoda za karakterizaciju 3D strukture proteina i enzima
-Potrebna je visoka čistoća proteina i enzima inače više od 95%, ako imamo sreće možemo dodati otopinu supstrata i sve lijepo kristalizira, možemo točno vidjeti sa kojim pobočnim skupinama aminokiselina supstrat reagira u aktivnom mjestu. Tako se mehanizmi objašnjavaju

Question 5

dobivanje ekstrakta stanica

Answer 5

ultrazvukom
osmotskim šokom
u tarionicima i kugličnim mlinovima
propuštanjem kroz mali otvor pod visokim tlakom- venturijeva cijev
- upotreba ekstrakcijskih reagensa:

Question 6

analiza ekstrakta stanica

Answer 6

izolacija i pročišćavanje proteina i dr. makromolekula
određivanje enzimske aktivnosti (kinetika)
primjena inhibitora i analogona

Question 7

ultracentrifugiranje

Answer 7

diferencijalno centrifugiranje
razdvajanje u gradijentu gustoće (saharoza, CsCl)
razdvajanje na temelju gustoće plutanja
i nakon toga mikroskopska, kemijska i/ili enzimska analiza različitih frakcija stanica

Question 8

• kromatografija

Answer 8

-razdjelna (tankoslojna, papirna)
-kromatografija u koloni:
i-onsko-izmjenjivačka (A)- razdvajanje oligosaharida, HPLC spada tu
-gel-filtracija (B)
-bio-specifična (afinitetna) kromatografija

Question 9

FPLC

Answer 9

fast protein liquid chromathography
kod većih koncentracija i volumena proteina

Question 10

N- i C-terminalni tag-ovi:

Answer 10

Strep(NH2-WSHPQFEK-COOH)
His (6 x His)
GST
Flag

Question 11

GST

Answer 11

glutation-S-transferaza

Question 12

plinska kromatografija

Answer 12

uzorak mora biti hlapljiv
AK derivatiziramo u estere postaju jako hlapljivi
Standard je kemikalija poznata koju dodamo u naš uzorak kako bi vidjeli jel nam metoda valja i možemo li usporediti pikove naših AK i standarda poznate koncentracije

Question 13

pikovi kod plinske kromatografije

Answer 13

Niža koncentracija manji intenzitet, viša koncentacija veća

Question 14

derivatizacija aminokiselina

Answer 14

izobutil kloroformat
metanol / piridin

Question 15

SDS-PAGE

Answer 15

-Ovom metodom možemo procijeniti masu određenih DENATURIRANIH proteina
-u SDS-PAGE otprilike procjenjujemo masu monomera

Question 16

UV/Vis spektrofotometrija

Answer 16

-praćenje aktivnosti FAD-zavisna oksidaza D-aminokiselina
-FAD daje žuto obojenje to je oko 340 nm

Question 17

Cirkularni dikroizam

Answer 17

-analiza proteina: specifične (ciljane) modifikacije
-Cirkularni dikroizam (skraćeno CD) je spektroskopska metoda koja otkriva informacije o kiralnosti molekule. Informacije iz CD spektra daju mogućnost jedinstvene identifikacije kiralnih spojeva, njihovih konfiguracija, daju mogućnost predviđanja sekundarnih struktura proteina i drugih bioloških makromolekula, moguće je pratiti procese vezivanja liganada.
-cistein, metionin

Question 18

princip mikrosenzora

Answer 18

smanjenje intenziteta fluorescencije
(eng. quenching) kisikom

Question 19

kapilarna elektrokromatografija

Answer 19

HPLC + CE (kapilarna elektroforeza)

Question 20

luminiscencija:

Answer 20

molekule određene tvari u pobuđenom stanju emitiraju svjetlost određene valne
duljine

Question 21

fosforescencija

Answer 21

e- u orbitali višeg energetskog nivoa ima isti spin kao e- u orbitali nižeg (osnovnog) energetskog nivoa, povratak e- u orbitalu nije povoljan i odvija se relativno sporo (103
-100 s-1) uz emisiju fotona

Question 22

fluorescencija

Answer 22

e- u orbitali višeg energetskog nivoa ima suprotan spin s obzirom na e- u orbitali nižeg energetskog nivoa, povratak u orbitalu je povoljan i odvija se brzo (108 s-1) uz emisiju fotona

Question 23

GFP-puni naziv

Answer 23

Green Fluorescent Protein

Question 24

neke primjene GFP-a

Answer 24

obilježavanje stanica i organela, porijeklo stanica, marker kod fuzije, ekspresija gena, protein-protein međudjelovanje, lokalizacija proteina

Question 25

protočna citometrija

Answer 25

vrlo precizna metoda koja koristi principe apsorpcije svjetlosti, rasapa svjetlosti, pobuđivanja svjetlošću i emisije svjetlosti određene valne duljine

Question 26

MS analiza sastoji se od

Answer 26

prikupljanje, obrada i interpretacija spektara masa iona i njihovih fragmenata
-najvažnije je povijest i priprema uzorka

Question 27

povijest i priprema uzorka kod MS-a

Answer 27

denaturacija proteina, redukcija, alkilacija, tripsin, zaustavljanje reakcije

Question 28

in silico modeli

Answer 28

• set primarnih informacija koji se odnosi na određeni (mikro)organizam
• baza podataka načinjena od biokemijskih, genetičkih i drugih podataka čiji se međuodnos može
  opisati matematičkim jednadžbama

Question 29

problemi vezani za uspostavljanje ustaljenog stanja u kemostatu

Answer 29

neidealno miješanje (koncentracijski gradijenti)
rast biomase na stijenkama
koncentriranje stanica u pjeni
vrijeme obrade uzorka prije analize