2A1 week 2 Flashcards
Wat valt onder puntmutaties?
Transsities, transversies of kleine insertei/deletie
Wat valt onder chromosomale afwijkingen?
Translocaties, amplificaties, deleties of numerieke afwijkingen
Wat zijn de oorzaken van DNA schade?
Foute replica, chemische instabiliteit, chemische verbindingen, biologische stoffen of fysyische agentia
Wat zijn de soorten DNA schade?
Chemische adducten, intrastreng crosslinks, interstreng crosslinks, DNA strengbreuken en basepaar mismatch
Hoe kan chemische instabiliteit zorgen voor DNA schade?
Chemische instabiliteit (deanimatie van basen) kan een spontane hydrolyse geven -> base wordt verwijderd (depurinatie)
Hoe kunnen biologische stoffen zorgen voor DNA scahde?
Radicale stoffen kunnen metabole processen starten -> ROS -> verandering van complementariteit
Hoe wordt intrastreng DNA beschadigd?
Door straling (UV)
Hoe werkt BER?
DNA schade herkennen door DNA glycosylase -> abasische plaats -> excisie DNA schade -> herstel door DNA polymerase en ligase
Hoe werkt NER?
Grote adducten herstel: herkennen DNA schade -> open omringend DNA -> DNA schade en aangrenzend gebied verwijderen -> herstel DNA door DNA synthese
Welke sooryten NER zijn er?
Globaal genoom NER (langzaam) en transcriptie gekoppeld NER (snel)
Bijwerkingen van NER defect bij XP?
Zongevoelogheid, verhoogde kans huidkanker, erfelijk met 8 gemuteerde genen
Bijwerkingen van NER defect bij CS?
2 gemuteerde genen van NER, zongevoelig, groeiachterstand en geen huidkanker
Welke NER is bij XP defect?
Globaal genoom, zorgt normaliter voor voorkomen mutaties -> bij defect hoge kans op kanker
Welke NER is bij CS defect?
Transcriptie gekoppeld, zorgt normaliter voor voorkomen celdood -> mutatie geeft snelle veroudering
Welke templates worden gebruikt bij recombinatie herstel?
Zusterchromatide of complementaire streng
Wat zijn de manieren van herstel van dubbelstrengs DNA schade?
Niet-homologe DNA eindverbinding (2 uiteinden van een breuk worden direct op elkaar vastgemaakt zonder template)
Homologe recombinatie (Uitwisselen van DNA strengen tussen DNA moleculen met zusterchromatide als template)
Wat is het gevolg van NHEJ?
Kleine deletie -> neuwkeurigheid van DNA gaat ten koste en een defect in deze eindevrbinding kan zorgen voor radiosensiviteit (SCID patienten)
Wat doet RAG1/2?
Zijn B-cel specifieke eiwitten en introduceren dubbelstrengse DNA breuken in immunoglobuline locus -> vergroting van antilichamen
Wat doet RAD51?
Vormt ligament op enkelstrengse starrt en bevirdert de base baseparing tussen gebroken streng en zusterchromatine
Wat doen BRCA 1 en 2?
Beinvloeden het gedrag van RAD51 bij DNA schade -> ophoping van RAD51 bij DNA schade
Wat gebeurt er bij BRCA2 deficiente cellen?
Hoge frequentie van chromosomale afwijkingen (BRCA2 is belangrijk voor genoomstabiliteit)
Welke richting op wordt DNA ingebouwd?
Van 3 naar 5
Hoe zorgt DNA replicatie voor nauwkeurigheid?
Door baseselectie, proofreading en mismatch repair
Waar gaat het bij Lynch syndroom mis?
Mismatch repair defect bij het reannealing -> insertie/deletie en geen reparatie
Wat gebeurt er voor surveillance bij ontdekken van Lynch voordat tum or ontstaat?
Bij kiembaanmutatie immunotherapie en bij vrouw ook gyneacologische surveillance voor Lynch gerelateerde tumoren
Wat is het beleid bij Lynch geassocieerde coloncarcinoom?
Totale colonectomie met ileorectale anastomose vanwege hoop risico op metachroon coloncarcinoom
Bij patienten >60jr partiele colonectomie
Wat doet etiposide?
Remt topoisomerase II (breekt DNA strengen voor replicatie) en remt eiwit-DNA complex wanneer streng gebonden is aan covalente uiteinden -> tumorcel kan zich niet repararen en apoptose (thereapie voor testiskanker)
Voor welke tumoren is er therapie op maat?
Tumoren met BRCA mutatiedragers (defect HR)
Hyperthermie als anti-tumor therapie
Hoe worden enkelsstrengse breuken gerepareerd met BER?
Met PARP1 (modificeert eiwitten met poly-ADP-ribose) -> zonder PARP minder reparatie en meer ontstaan van dubbelstrengse DNA breuken -> Tumor kan geen HR uitvoeren
Waar werken Parp-1 remmers vooral goed?
Bij ovariumkanker -> niet niet zo goed bij BRCA deficiente borstkanker (evt. omda er naast NHEJ en HR in BRCA deficiente cellen ook TMEJ reparartie is (afhankelijk van polQ)
Hoe werkt hyperthermie?
Vergroot de effectiviteit van radiotherapie bij anale, cervix en blaastumoren (door lokaal te verhitten)
Hyperthermie verhindert ophoping van RAD51 (BRCA2 eiwit breekt af bij warmte) -> HR-deficiente cellen -> combinatie hyperthermie en PARP-1 remmers
Waarvoor wordt NGS gebruikt?
Bij kleine mutaties, deleties, amplificaties, translocarties en fusiegenen
Wanneer wordt NGS toegepast?
DD, therapiekeuze, clonaliteitsanalyse, oncogenetica en weefselindicatie
Hoe werkt single molecule NGS?
Sequentie van afzonderlijke moleculen worden bepaald
Hoe werkt mass parallel NGS?
Sequentie wordt bepaald door een groot afzonderlijk aantal moleculen tegerlijk
Wat zijn de NGS methodes?
Amplicon enrichment (PCR -> adapter ligation -> sequencing)
Hybridyzation capture (adapter ligation -> capture -> pull down -> sequencing)
Wat is de coverage van sequencing?
Aantal keren dat de base positie bepaald is (hoe vaker, hoe deeper de sequentie gecoverd is)
Wat is de variant allel frequentie?
Aantal keer dat een varinat op een specifieke positie is gevonen tov de referentie, afhankleijk van gen en tumorperfectage
Wat zijn de voordelen van NGS tov. Sanger?
Single molecule, duizend fragmenten per analyse, output miljaren basen, weinig DNA nodig hoge gevoeligheid en poolen van samples
wat doet Baq (in sigarettenrook) aan het DNA?
Wordt in het lichaam omgezet tot BPDE (carciogene eigenschappen) -> bindt aan DNA als adduct
Wat is de vaakst voorkomende mutatie bij longkanker?
p52 genmutatie (veel G naar T mutaties (typisch voor rokers))
Wat is een aneuploie cellijn?
Chromozomenaantal is toegenomen, maar geen veelvoud van 46 (cellen heten HeLa cellen)
Wat is cytokinese?
Zichtbare insnoering van de cel bij overgang ana- naar telofase
Wat is het MTOC punt?
Centrolen en interfase cellen vormen deze, vanit hier beginnen de microtubuli
Waar is erfelijke colonkanker aan te herkennen (ipv sporadisch)?
Eerstegraads familie heeft ook ziekte
Ziekte treedt op <50jr
Multiple primaire colorectale tumoren in 1 patient
Veel poliepen in darm (vooral bij FAP)
Asociatie met ovarium-, endometrium- en maarcarcinoom (bij Lynch)
Wat is de onderliggende pathologie van FAP?
APC gen mutatie
Wat is de onderliggende pathologie van Lynch?
Pathogeen mismatch gen (MLH1/2/6 of PMS2)
Vanaf wanneer screening bij familiare coloncarcinoom in de familie?
Colonscreening en DNA onderzoek vanaf 25jr bij lynch om de 2 jr
DNA onderzoek en colonscopie vanaf 12jr bij FAP om de 2jr
Bij kinderen meer dan 10 darmpoliepen maar bij ouders niks?
MUTYH geassocieerde polyposis (recessiebve overerving) -> door pathogeen APC gen (somatische variant ipv continue variant bij FAP)
Wat veroorzaken missense mutaties voor fenotype?
Een mild klinisch fenotype
Waardoor ontstaan klinische variaties?
Genetische achtergrond, omgeving en gedrag
wat betekent compound heterozygonity?
Niet-bloedverwante uders met 2 verschillende gemuteerde allelen
Wat is het prenataal onderzoek bij ouder met FAP?
Mutatie APC gen bij bloedmonster van ouder vergelijken met DNA van cellen va chorionvlokken van de foetus
Wat is het prenataal onderzoek bij Lynch?
Gendefect indentificeren en controleren van aanwezigheid in jonge gezonde familie leden
Wat is incomplete penetrantie?
Komt voor bij 20% van Lynch dragers -> geen uiting van dragerschap bij dominant autosomaal
