ביולוגיה של התא 2 רשף Flashcards
מוקף בממברנה אחת
מטרתו להיפטר מהחמצן
להפחית את ריכוז החמצן הנמצא בסביבת התא.
להעביר חלבון לפרוקסיזום דורש סיגנל בקצה הקרבוקסילי
SKL
כאשר מייצרים פרוקסיזום מ-0 החלבונים מגיעים ביחד עם הממברנה מאנדופלסמיק רטיקולום)
PEX5
תפקידו לסייע להעברת החלבונים המקופלים לפרוקסיזום בעלי סיגנל בקצה הקרבוקסילי “סרין-ליזין-לאוצין”
pex5
מסומן ע”י יוביקוויטין (תוך שימוש של אי-טי-פי”)
הסימון עוזר ל “פקס5” לצאת החוצה ואז ניתן להישתמש בו למחזור נוסף
B-oxidation
אצלנו מתבצע גם במיטוכונדריה וגם בפרוקסיזום. שהמסועפות והארוכות מתפרקות בפרוקסיזום
בשמרים וצמחים- קורה רק בפרוקסיזום.
פרוקסיזום לוקח תרכובות אורגניות ומחמצן את המיימנים ליצירת מיי חמצן. משתמש במולקולת חמצן שהופכת למיי חמצן.
בשלב השני : פרוקסיזום עושה פרוקסידציה .האנזים קטלאז לוקח את תרכובת אורגנית ומעביר ממנה את המיימנים למיי חמצן לקבלת מולקולת מים.
אנזים נוסף שנמצא בפרוקסיזום - אוראט אוקסידאז ,משתמשים באנזים כידי לחזר את החמצן .
פלזמלוגן
הפרוקסיזום אחראי לייצר פלזמלוגן (פוספוליפיד). לפלזמלוגן יש קשר אתרי . הפלזמלוגן הוא חסר מטען (ראו תמונה)
פלזמלוגן מאוד שופע במיאלין (בפרק זה הספר אומר שזה הלפיד הנפוץ ביותר במיאלין)
הספר סותר את עצמו בפרקים אחרים.
מקור הממברנות של הפרוקסיזום הוא אנדופלסמיק- רטיקולום , כלומר הליפידים מגיעים מאי-אר.
היכן נמצא מאגר יוני סידן?
מאגר עצום של יוני סידן נמצאים באנדופלסמיק-רטיקולום ויש מאגר גם במיטוכונדריה
העברת החלבון ל”אי-אר” אחרי התרגום
“2 המנגנונים של פוסט-טראנסלשן” - איוקריוטיים ופרוקריוטיים משתמשים ב “אי-טי-פי”
“קו-טראנסלשן”- גם החיידקי וגם האיוקריוטי משתמשים ב-“ג’י-טי-פי”
BIP
עושה משוך בחבל. הוא סוג של
HSP70
והוא גם
ATPase
SECA
נמצא בציטוזול משתמש ב-“אי-טי-פי” ממש דוחף את החלבון לתוך תעלה של
SECY
“Y”
הרבה מאוד פעמים מתאר חלבונים ממברנליים
דרכים נוספות להעברת חלבונים אל “אי-אר”
BIP
מושך חלבון תוך ניצול “אי-טי-פי”
SEC A
דוחף חלבון מחוץ לתא משתמש ב “אי-טי-פי”
נכנס בעצמו לתעלה!
נמצא רק בציטוזול החיידקי
הידרוליזה “אי-טי-פי” עושה:
אחת מ-3 הדברים:
א.אנרגיה ליצירת קשר קוולנטי
ב.שינוי מבנה מרחבי של הקומפלקס
ג.זרחון
עיגון הקצה הקרבוקסילי של החלבון על ממברנת “אי-אר”
חלבון
pre -targeting complex
מזהה את הזנב ההידרופובי ואז הוא עצמו “פרה-טארגטינג-קומפלקס” נקשר לחלבון
GET3
(המורכב מ-2 יחידות וקושר “אי-טי-פי”)
ועושה אינטראקציה עם חלבונים
GET1 and GET2
“גט 3” מצמיד את הקצה הקרבוקסילי של החלבון ל- “גט1” ו “גט2”
לאחר מכן “גט 3” עושה הידרוליזה של “אי-טי-פי” ל “אי-די-פי”
היחידות של “גט3” מתפרקות
דוגמא לחלבונים האלה:
v-snare
t-snare
חלבוני קבע של “אי-אר”
חלבוני קבע של “אי-אר”
PDI
מחמצן שיירי תיול ליצירת קשרים די-סולפידיים
BIP
צ’פרון המסייע למשוך חלבונים דרך
sec61
גליקוזילציה
oligosaccharyl transferase
אנזים שיודע להעביר עץ סוכרים לחלבון
העץ הסוכרים הינו :
2*Nacetylglucoseamine
8* Mannose
3*Glucose
תנאים לגליקוזילציה מסוג “אן”
אוריננטציה נכונה
לומן של “אי-אר”
“איקס” האמצעי הוא לא פרולין
ASP-X-SER\THR
dolichol
מאיפה הוא מגיע?
חלק מהתוצרים של האיזופרנים שאני מחבר אותם ראש לזנב או ראש לראש זה בעצם דוליכול
מייצרים אותו ב “אי-אר” ואז מצמיחים עליו את עץ הסוכרים ואז
oligosaccharyl tranferase
מעביר את העץ מדוליכול אל האספרגין
גלוקוזיל טראנספראז
גלוקוזיל טראנספראז: מזהה אם החלבון מקופל או לא מקופל.
ואז הוא יכול להשאיר את החלבון למחזור נוסף של קיפול
unfolded protein response
אם החלבונים לא מתקפלים כמו שצריך אחרי מספר מחזורים אני הולך להעיף אותם לתהום הנשייה
שנמצא בציטוזול וקוראים לו פרוטאוזום.
הדגרדציה של החלבונים תוך תאיים מתקיימת בפרוטאוזום
לעומת חלבונים חוץ תאיים ששם הדגרדציה מתרחשת בליזוזום
- אני מעביר את החלבון דרך תעלה שנקראת טקאנסלוקטור. בתעלה יש לי
E3 ubiquitin ligase
בדרך אני נעזר ב
Chaperones and PDI
- מי שפותח את החלבון המיועד לפרוטאזום הוא חלבון שנקרא
AAA-ATPase
זוהי משפחה של הליקאזות שפותחות חלבונים.
גם בפרוטאוזום יש לי
AAA-ATPase
אני רוצה לייצר צ’אפרונים
3 מנגנונים איך אנחנו עושים תגובה תאית או גרעינית לאותו סטרס
התוצאה הסופית היא הפעלה של גנים המקודדים לצ’אפרונים
בכל אחד מהדרכים אני מוצא דרך להפעיל את הגנים שמקודדים לצ’אפרונים (מתרה סופית)
IRE1
רצפטורים הפונים לתוך הלומן של “אי-אר” שם הם מזהים אזורים שקופלו לא נכון ע”י חלבונים.
מזהים ונקשרים לאזורים הידרופוביים.
לאחר שקשרנו את החלבון הרצפטורים עוברים שפעול ,דימיריזציה ומפעילים דומיין ציטוזולי של ריבונוקליאז . הדומיין הציטוזולי מתווך ספלייסינג בציטוזול! נקרא ספליסוזום הקטן. עכשיו ניתן לתרגם פקטור שיעתוק שינדוד לגרעין וישעתק צ’אפרונים.
PERK
מזהה וקושר חלבונים שקופלו לא כמו שצריך . מפעיל שרשרת זרחונים בציטוזול שבסופם אני מפעיל פקטור שיעתוק.
ATF6
רצפטור מזהה אזורים הידרופוביים , הוא עובר לגולג’י ושם הוא עובר ביקוע פרוטאליטי
לאחר מכן חלק ממנו עובר לגרעין מתחיל לשעתק.
++GPI anchored
חלבוני
GPI anchored
לעולם מחוברים לאיזשהו פוספוליפיד שיש לו הרבה מאוד אינוזטולים . תמיד יש לו קצה אמיני עם אתנול אמין בקצה. כל החלבונים האלה מעוגנים דרך אותו פוספוליפיד ותמיד יגיעו לממברנה הפלזמתית והם פונים אל חוץ התא.
הקצה אמיני של הפוספוליפיד אתנולאמין הולך לעשות התקפה נוקלאופילית על הקרבוניל שנמצא בין הכתום לירוק (בתמונה)
אתנולאמין יעשה קשר אמידי עם אותו קרבוניל!
מיטופאגיה
פינק 1 מגיע לממברנה (במקום להיכנס למיטוכונדריה) הוא מגייס את היוביקוויטין ליגז “פרקין”
מהציטוזול שמסמן את חלבוני הממברנה החיצונית של המיטוכונדריה.
איקטוב פרוטאין קינאזות ו-
mTOR
(קומפלקס 1 שלו מאוקטב) ומאותת על מצב מטבולי של התא.
חלבון
ATG9
חלבון טראנסממברנאלי , גורם ליצירת ממברנה כפולה סביב האזור המיועד
לבליעה ולמעשה יוצר אוטופאגוזום. אולם תחילה , אזור זה יסומן ע”י פולי-יובקוויטין - שרשראות של מעל 20 פולי-יוביקוויטינים. היוביקקויטין יקשר קוולנטית לליפיד
phosphatidylethanolamine
