ביולוגיה של התא 1 רשף Flashcards
האם לתא דם אדום יש אברונים וגרעין?
יסודות נפוצים בתא
H> C> O> N
לאריטרוציטים (תאי דם) אין גרעין.
המוציטובלסטים -לתאי אב של אריטרוציטים יש גרעין
באיזשהו שלב המוציטובלסטים עושים את הרס הגרעין ואברונים ונשארים עם ציטופלזמה המלא בהמוגלובין.
מהו הליפיד הנפוץ ב
תאי כבד, תא דם אדום , מיאלין , מיטוכונדריה, אנדופלסמיק רטיקולום ,חיידק
?
המסה של ליפיד הרבה יותר קלה מחלבון בממברנה
תאי כבד -פוספוטידילכולין
בתא דם אדום בממברנה הפלזמתית -כולסטרול
במיאלין- גליקוליפידים
במיטוכונדריה- פוספוטידילכולין אבל אין בכלל ספינגומיאלין
באנדופלסמיקרטיקולום - פוספוטידילכולין
בחיידקים יש בעיקר פוספוטידילאתנול אמין
בחיידקים אין כולסטרול וגם צמחים אין כולסטרול אבל יש פיטוסטרולים.
מה ההגדרה של פוספוליפיד?
כולסטרול - הטבעות שלו הם לא מישוריות כי להם רק קשר כפול אחד לכל הטבעות ביחד (לא 4 קשרים כפולים)
העלאת כמות כולסטרול גורם לירידת בפרמביליות.
הגדרה פוספוליפיד -2 זנבות +פוספט+ ראש פולארי
השלד לא בהגדרה של פוספוליפיד
2 סוגי שלד : גליצרול , צרמיד
צרמיד= ספינגוזין +חומצת שומן לספינגוזין יש רק חומצת שומן אחת
השלד צרמיד- שלד המכיל חומצת שומן אחת + אמין שאליה נחבר גם חומצת שומן + נחבר פוספט וראש פולארי
פוספוטידילסרין- ליפיד שלילי
מהי התנועה של הליפידים ?
הגדרה:
lipid Raft
מעין רפסודה שנעה מעין מיקשה אחת . והמטרה היא לגרום לחלבונים להיות קרובים זה לזה כי יש להם פעילות ביולוגית סמוכה
האזורים “ליפיד ראפט “ מכילים הרבה : כולסטרול , חלבונים המייצרים אינטראקציה חלבון חלבון אחד עם השני ,
gpi anchored
רוטציה-תנועה סיבובית במקום
פלקציה-תנועה של זנבות
תנועה לטראלית
תנועת פליפ-פלופ - השאלה האם מועדף תרמודינמית ?
התשובה תלוי בריכוזים
השאלה היא קינטית ולא תרמודינמיקת : הדרך של תנועת פליפלופ היא איטית מאוד.
ישנם 2 דרכים מרכזיות על מנת ללמוד את התנועה הליפידית , אשר נעשו על ממברנות סינתטיות:
א. הצמדה של ראש פלורסנטי או חלקיק זהב המחובר לראש הפולארי - דבר המאפשר מעקב אחרי תנועותיהן של מולקולות בודדות.
ב. שימוש ב”סימון של
spin
או בשפה היותר מדויקת
spin labled
זוהי טכניקה בה לקבוצה הליפידית מוסיפים
NO
שלו יש אלקטרון אחד לא קושר ולכן יש לו
spin
שלא מאוזן עם
spin
של אלקטרון נוסף
מצב זה מוביל ליצירת סיגנאל פרא-מגנטי שאותו ניתן לזהות בטכניקת
ESR=Electron spin Resonance
מזכיר את שיטת
NMR
אלו גורמים המשפעים על פלואידיות?
הרכב הליפידים בממברנה
טמפרטורה
המושג
Phase transition
מעבר מדו שכבה נוזלית לכזו דמוית קריסטלאו ג’ל.
הממברנה של ח.שומן בלתי רוויות הינה דקה יותר בהשוואה לממברנה העשויה חומצות שומן רוויות
Lipid Rafts
עשירים ב:
גליקופרוטאינים
גליקוליפידים
חלבוני
GPI
כולסטרול
כמה שכבות ממרנה יש לטיפת שומן
באילו תאים יש טיפת שומן
האם טיפת שומן דומה למיצלה או ליפוזום
מה מקור הממברנות של טיפת שומן
אילו חלבונים יש בטיפת שומן
בנוי משיכבה אחת של ממברנה
בכל התאים יש טיפת שומן
אפשר להגדיר את טיפת השומן כמיצלקור הממברנוצ
מקור הממברנה מ-
ER
בתוך טיפת שומן יש הרבה טריגליצרידים וכולסטרול-אסטר
חלבונים הקיימים בטיפת שומן : פריליפינים , טריאצילגליצרול-ליפאז ,
Hormone sensitive lipasse, Hormone sensitive lipase
אילו ליפידים נמצאים על ממברנה פנימית
אילו ליפידים נמצאים על הממברנה החיצונית
מה מתרחש בעת אפופטוזיס , יש להתייחס לפוספוטידילסרין בתשובה
ולתאים הבולעים את התא שעובר אפופטוזיס
כלומר איך קוראים לתאים שבולעים?
ספינגומיאלין-מצוי על הרבה סוגי תאים , כאשר הראש הפולארי שלו הוא פוספוכולין
מצוי בעיקר על שכבת הממברנה העוטפת אקסונים
פוספוטידילכולין- מצוי בד”כ על העלעל החיצוני . קיים אנזים היודע לשנע אותו בין ממברנות .
PCTP =Phosphatidylcholine transfer protein
כמו גם אנזימים יעודיים היודעים להוציא ממנו חומצות שומן ולצמד לכולסטרול ליצירת כולסטרול-אסטר
לאנזים קוראים
LCAT
סוכרים נמצאים על העלעל החיצוני
כולסטרול נמצא על 2 העלעלים
בנוסף: על הממברנה החיצונית - גליקוליפיד , ספינגומיאלין , פוספוטידיל-כולין
על הממברנה הפנימית- פוספטידילסרין , פוספוטידיל-אינוזיטול, פוספוטידיל-אתנולאמין
גליקוליפידים - נוצרים בלומן של הגולג’י
סקרמבלאז לא פעיל על הממברנה הפלזמתית מכיוון שיש חלבון שעושה סקווסטרינג
בזמן אפופטוזיס אותו חלבון עובר ביקוע
מאקרופאגים וניטרופילים שיש להם רצפטור לפוספוטידילסרין יבלעו את את התאים
נמצא על העלעל החיצוני בלבד
גליקוליפידים מורכבים על שלד ספינגוזין , ללא קבוצת פוספט
בצמחים וחיידקים הגליקוליפידים נוצרים בגליצרול ולא מספינגוזין
גנגליוזידים - הם הגליקוליפידים הכי מורכבים המכילים אוליגוסאכרידים ולהם קבוצה אחת או יותר
של חומצה סיאלית
NANA
מבנה של צרמיד שזה ספינגוזין + חומצת שומן
על הפחמן השלישי מחברים סוכר
ההבדל בין גליקוליפיד לספינגוליפיד זו קבוצת הפוספט
סוכר “נהנה”-גירסה של חומצה סיאלית מה שמיוחד בה שפחמן מס 1 של “נהנה” הוא פחמן קרבוקסילי.
“נהנה” סופחת מים
תפקיד של הגליקוליפידים: בתאי אפיטל ניתן למצוא אותם רק בצד האפיקאלי של הממברנה , שפ הם מגנים מפני
PH
נמוך או מנכוחותם של אנזימים פרוטאליטיים . למטענים השליליים גם כן חשיבות רבה בעיקר במשיכה של יונים חיוביים , ובעיקר סידן , לפני השטח הקרובים לתא.
תפקיד נוסף של גליקוליפידים הוא אינטרקציה וזיהוי בין תאים שונים , זאת ע”י מתווכים חלבונים ממשפחת הלקטינים , חלבונים הקושרים שיירי סוכר ומאפשרים חיבור חזק בין תאים שכנים.
למד את הציור!
שינוי “פי-איצ ‘” יכול לגרום לניתוק בין חלבונים פרפריאליים אבל לא יגרום לניתוק החלבון מהממברנה במקרים אחרים
בשביל לנתק חלבונים אינטגראליים או חלבונים שהם “אנקורד” חייבים להישתמש בדטרגנט
יוני או בלתי יוני
חלבון 1-4 ממברנליים שהגוף שלהם נמצא בתוך המעברנה
חלבון טראנסממבראנלי יכול להיות מעוגן עם ליפיד כידי לעצב את המבנה המרחבי בצורה ברורה מהצד התוך תאי. (תמונה חלבון 1)
חלבון 2 : בין הלולאות יהיו אינטראקציות בעיקר הידרופיליות
חלבון 3 : חביות ביתא נמצאות בעיקר בחיידקים ובמיטוכונדריה בעיקר על המברנה החיצונית. בחיידקים גרם שלילים יש 2 ממברנות
תמונה 4 : סוג נוסף של חלבונים ממברנליים נמצאו בעיקר על העלעל שפונה לציטוזול
בעלי נטיה לעצב את המברנה, הנצת וזיקולות, לעצב צורות.
חלבונים 5-8 לא ממברנליים
חלבון 5 מעוגן ע”י ליפיד בקשר קוולנטי
דוגמא לזה משפחת
RAS
התצורה הזאת היא תחת תאית. לא נוכל לראות תצורה של חלבון המעוגן ע”י ליפיד מחוץ לתא.
חלבון 6: גליקוזילפוספו הראשילאינוזיטול - מייצרים אותו באנדופלזמיק רטיקולום
תמיד לעולם יהיה בצד החוץ תאי (גם בגלל שיש להם סוכנות שזה סממן חוץ תאי)
חלבון פריפיריאלי יכול להימצא בתוך התא ומחוץ לתא !.
חלבונים מעוגנים = חלבוני אנקורד
חלבון גליקופורין -חומצה ממברנה פעם אחת.
“אנקורינג” נעשה תמיד לכיוון הציטוזול למעט אם זה
GPI
דרכים לעגן
דרך קשר עמידי
קשר תיואסטרי
קשר תיו-אתרי
פרנזיל אפשר לייצר ממסלול הכולסטרול
חלבוני
SRC
הם חלבונים ציטוזוליים בעלי פעילות של טירוזין קינאז , והם כולם נקשרים לממברנה ע”י קבוצת מיריסתיול (כלומר 14 פחמנים) שהיא כאמור חומצת שומן רוויה בעלת 14 פחמנים.
על מנת להפוך את המבנה ליציב יותר , רבים מחלבוני
SRC
מעוגנים בנוסף גם ע”י חומצה פלמיטית על שייר ציסטאין קישור שמתבצע ע”י סיגנל חוץ תאי.
כאשר הסיגנאל כבוי הקבוצה הפלמיטית מוסרת והקינאז חוזר לציטוזול.
מה ההגדרה של פורין?
חלבונים אלה (חביות בטא) נפוצים בממברנה החיצונית של חיידקים מיטוכונדריה וכלורופלסט
הגדרה של פורין : 16 סטרנדים . לא כל חבית בטא נחשב פורין.
FepA תופס ברזל ומכניס אותו פנימה יש לו 22 סטרנדים
ישנם חביות קטנות יותר השמשות כרצפטורים או כאנזימים ממבראנליים.
בניגוד להליקסים שיכולים לשנות את המבנה המרחבי שלהם ולהחליק אחד על גבי השני , קשרי המימן בין גדיל בטא בתוך חבית בטא הינם קשיחים ולא מאפשרים שינוי מבנה של החבית עצמה
תן הגדרה לגליקופרוטאינים ופרוטאוגליקנים?
ממה מורכב הדופן של הצמח?
מי האנזים שעושה קשרי “אס-אס” והיכן הם מיצרנים?
הגדרה:
גליקופרוטאינים -עיקר חלבון ומעט סוכר.
פרוטואוגליקנים: שיירי סוכר עם מעט חלבון
יצירת קשרי אס-אס נוצר באנדופלזמיק בלומן רטיקולום עי
PDI
בתמונה רואים את האזור הסוכרי של המברברנה
בעלעל החיצוני יש לנו גליקופרוטאינים וגליקוליפידים
מחוץ לתא יש לנו פרוטאוגליקנים ועוד כל מיני גליקופרוטאינים השוחים במטריקס החוץ תאי
כל הסוכרים האלה יקר שלד סוכנות שתפקידו בעיקר להגן על התא! (רואים בתמונה) באמצעות שיטה הנקודה
“אימונוסטיינין”
צמחים יש להם דופן תא הבנויה מתאית
נתחיל בהפרדת חלבונים מהממברנה להשתמש פירוק עי בוחנה
לאחר מכן צנטריפוגה. ניקח את הפלט את החלק נזרוק.
נקבל חלבונים ממבראנליים וממברנה
איך להוציא את החלבונים האינטגראליים מתוך המברנה?
ריכוז
CMC
היא תכונה אינטרינזית אבל מושפע גם מתנאי סביבה:
טיבורה
PH
ריכוז מלחים
נמצא בדטרגנט יש סוג יוני ולא יוני.
דוגמא לדטרגנט לא יוני : טריטון
דוגמא לדטרגנט יוני:
SDS
עד ריכוז
CMC
כל מולקולת דטרגנט שנוסיף תעלה את הריכוז בתמיסה ולא תיצור מיצלה!
מעל ריכוז של
CMC
כל מונומר שיכנס לתמיסה יכנס בצורה של מיצלה ולא יוסיף לריכוז בתמיסה
דטרגנט יוני : עושה דנטורציה מוחלטת של החלבון לכן לא יכול לבחון את התפקוד שלו
הראש הפולארי, מאוד פולארי העדפה שלו היא יצר מיצלות בריכוזים נמוכים, הם
CMC
נמוך מאוד
החלבונים יעברו מתוך המברנה ויווצרו מצלות עם חלבונים אותם
דטרגנט לא יוני : עושה הפרדה פחות טובה, הדטרגנט לא מסיס במים הריכוז של
CMC
יהיה ריכוז יותר גבוה.
הדטרגנט לא עושה דנטורציה לחלבון. בריכוזים פחות מחיר מאת
CMC
חלק ויללבונים יעברו למיצלות, נקבל חלבונים שעושים אינטראקציות וונדרוואלס עם הדטרגנט שהוא לא יוני.
אם נחזיר פוספוליפידים אל התערובת נגרום לחלבון לעבור מפאזה של דטרגנט לפאזה של פוספוליפידים. אפשר לעשות בריכוז דטרגנט נכון שיהיה לי חלבון אחד בכל ליפוזום ולבחון את התפקוד בסביבה הטבעית של החלבון.
חסרון אחד : לא ניתן לדעת מאיזה צד החלבון יכנס לליפוזום למן הקצה הקורבוקסילי יהיה בהלומן של המיצלה או מחוץ למיצלה החלבון יכנס בצורה אקראית ואניתן יהיה לבחון את צד אחד שלו.
הפתרון: ננו -דיסקים - שיטה מחקרית עוטפים פוספוליפידים באמצעות
HDL
ואז ניתן לבחון את החלבון משני הצדדים
מה עושה בקטריודופסין?
איך בנוי?
בקטריודופסין הוא לא ג’י-פי-סי-אר וקיים בחיידקים ובארכיאה (שבהם אין ג’י-פי-סי-אר)
בקריודופסין חוצה ממברנה 7 פעמים
הוא משמש כקולטן של אור
יש בתוכו מולקולת רטינאל (נגזרת ויטמין אי) שקשורה לחומצת אמינו ליזין
קשר בין ליזין לרטינל הוא קוולנטי
יש שם קשר כפול וכאשר מגיע פוטון הוא משנה את הקונפורמציה שלו מציס לטראנס
וזה גורם לשינוי מבנה מרחבי של בקטריודופסין ומוביל לפעילות של שאיבת פרוטונים מתוך התא החיידקי החוצה. ואז החיידק יכול להפעיל חלבונים לדוגמא פלג’לה.
יש כאן המרה של אנרגיית סולארית לאנרגיית אור
שאיבת הפרוטנים היא החוצה מהתא!.
corals
corals
התכווצות של מספר חלבונים באותו אזור .שישפיעו אחד על השני