1r Tema Flashcards
Que es la diversidat microbiana?
Es pot entendre com a deferents microorganismes que ocupen diversos ambients
Que és la diversitat morfolòfica?
Podem trocar morfologia espirala, bacilar, espiral… Também hi ha cèl·lules pleomòrfiques, filamentosas, ramificadas o no, amo prosteques o prolongations, formes peduncles ama apèndixs i formes quadrades.
Les cèl·lules poden agrupar-se formant agregats irregulars, cadences per parelles o tètra des,etc.
Com es el rang de mida de les cèl·lules procariotes?
Extrem mes petit 0,2-2μm i la longitud entre 1-10μm.
Extrem més gran, un gram-positiu: Eculopiscium fishelsoni amb una longitud de 600μm
Quin tipus de bacteri es Thiomargarita namibiensis?
Oxidador del sofre i obteve energia de l’oxidació del sulfur i acumula sofre en granules. Mesura 700μm i es pot arribar a veure sense microscopi
Com diferenciem els gram positius dels gram negatius?
Gram postius te acids micòlics, i tenen capa gruixuda de peptoglica
Gram negatius te lipolisacàrids a la membrana externa i tenen una bicapa lipidica.
Com es la paret cel·lular arqueus?
Poden tenir pseudopeptidoglicà, també poden tenir capes S i poden ser tenyits per la tinció de gram però no tenen peptidoglicà
Quin tipus de varietat poden tenir a nivelles estructures externes i internes?
E. externes: flagels, pilis, fímbries, càpsules, beines, etc.
E. internes: esporulats o no, organismes fotosintètics amb sistema membranós intracitoplasmàtic, vacuoles de gas, etc.
Si la font energia es font química s’anomena
Quimiotrofic
Si la es font energia és font quimica i la font de carboni és de compostos orgànics s’anomena
Quimioheterotròfics
Si la acceptor terminal d’electrons és O2 són
Respiradors aerobis
Si acceptor terminal d’electrons no és O2 s’anomena:
Si es un compost orgànic: fermentaciones
Si es un compost inorgànic: respiración anaeròbica
Si la font energia es font química i la font de carboni es CO2 s’anomena
Quimioautotròfics, aquests obtenen l’energia d’oxidació de compostos inòrganics reduïts serien quimiolitoautotròfics
Si la font energia es la llum s’anomenen
Fototròfics
Si la font energia es la llum i la font de carboni es compostos orgànics s’anomena
Fotoheterotròfics, trobem bacteris verds no del sofre i bactérias vermells no del sofre
Si la font energia es la llum i la font de carboni es CO2 s’anomena
Fotoautotròfics, si no utlitzen H2O per reduir-lo es fotosíntesis anoxigènica ( bact verdes i vermells del sofre) i si utilizen H20 es fotosintesis oxigènica (vegetals i cianobacteris)
Per mirar la diversitat ecològica tenim en compte…
La temperatura i el PH
Pel que fa la diversitat de comportament es poden classificar segons…
-Motilitat i tàxies
-Cicles de desenvolupament
-Resposta metabòlica
-Comportament comunitari
Que es un microorganisme magnetotàctic?
Intetitzar una mena de brúixola
magnètica que ajuden a orientar-se respecte els pols de la Terra i s’ha vist que ho fan per
orientar-se en les zones on les condicions d’oxigen són més favorables.
Que vol dir VBNC (cicles de desenvolupament)
Significa Viable però no cultivable, en condicions amo estrès mantenen la seva viabilitat però perden la capacitat de reproduir-se perquè han de minimitzar el cost energètic degut a les condicions desfavorables. Quan la situació millora es pot recuperar.
A que fa referencia el terme Swarming o motilitat en eixam?
Es usual en mixobacteris i consisteix en el contacte entre cèl·lules de manera que es mouen formant unes onades de forma coordinada, tot gràcies a senyals químiques que permeten que les diferents cèl·lules es moguin alhora.
Per entendre la diversitat evolutiva ho fem…
Seqüencian gens
En el mon microbial es dificil tronar els indicis de la vida i registres fòssils degut a…
A les estructures delicadas i que no acostumen a presentar estructures exoesquelètiques o endoesquelètiques.
Segons les primeres proves l’apareció de vida procaryotes és fa…
3.500-3.800 milions d’anys
A quina data va ser apareció de la primera cèl·lula eucariota?
2.000-2.500 milions d’anys
El registre fòssil es escaso pero tenim diverses proves que són:
-Sílex d’àpex de l’arqueà inferior
-Gloeodiniopsis, aproximadament 1.500 milions d’anys, del sílex carbonaci
-Palaeolungbya aproximadament 950 milions d’anys de l’esquist carbonaci
Que son els estromatòlits?
Són unes formacions sedimentarias que es van formar gracias a l’activitat dels cianobacteris que els compossaven. Aquests
cianobacteris són capaços d’atrapar carbonat calci i formar aquestes
formacions laminares i ens recorden als tapissos microbians actuals.
Com seria la primera cèl·lula?
Cèl·lula procariota sense uncle definit, seria un microorganisme procariòtic anaerobic autotròfic i termòfil (quimiolitotròfia)
Quan va apareixer l’oxigen?
Fa 2.500 milions anis en forma de l’apareció fotosíntesi oxigènica ambos cianobateris
Per que serveix la capa d’ozo?
Protegeix de la radiació UV, i es va formar gracias a un esdeveniment de gran oxidació.
Metabolisme primigeni
Seria anaerobic, quimiolititròfic
Com poden obtenir energia les cèl·lules amb métabolisme primigeni?
Les cèl·lules amb metabolisme primigeni obtenien energia a partir formació de pirita (FeS2), es produeix hidrogen, que activa ATPasa i genera ATP i els electrons s’utilitzarien per reduir el sofre, que seria l’acceptor terminal d’electrons, cap a sulfur. El sulfur actuaria com a catalitzador de la reacció.
Quines proteines primitives poden generar ATP?
Hidrogenasa i ATPasa
Quantes manera hi ha per a les cèl·lules primitives l’obtenció de energia ?
2, per la formació de pirita i l’oxidació de ferro
Quines erien les primeres molècules autoreplicatives que trobaríem?
DNA, RNA i proteïnes
Qui va trocar existència d’un RNA autocatalític?
Thomas Cech (1981)
On es va trocar l’existencia d’un RNA autocatalític?
En el protist Tetrahymena, en el seu rRNA, una seqüència intrònica RNA, era capaç d’autoescindir-se sense la intervenció d’una altra proteïna.
Sidney Altman
Va caratceritzar la RNAsa P d’E. coli, és a dir, una ribonucleasa (RNA) amb activitat catalítica.
Ribozims
RNAs amb activitat catalítica
Gilbert (1986) quina hipótesis va emetre?
D’un món de RNA, el qual la molecular de RNA, va ser capaç d’emmagatzemar, copiar i expressar la informais genètica i presentar una act catalítica
Que van descubrir mitjançant proves indirectes en laboratori sobre embolcall de l’RNA?
Que els lipids de l’embolcall de manera espontánea poden formar liposomes
En la sopa primitiva es formen?
Mòlecules orgàniques sensibles
El pas de RNA a DNA es degut…
Perquè el DNA es estable, es va donar el flux informatiu DNA-RNA-prot
LUCA
L’ultim ancestre como entre totes les formes de vida
Anàlisi evolutiu
Objectiu és obtenir la història evolutiva
Filogènia
Història evolutiva d’un grup d’organismes, identificació d’un microorganisme a nivell genètic i hi haurà un seguit de tècniques per fer-ho, però no és filogènia. La filogènia es dedueix de manera indirecta de la seqüència nucleotídica.
Rellotge molecular
Les molecules canvien al llarg del temps, descobert per Zuckerkandl i Pauling l’any 1965
Cronòmetre molecular parteix d’unes assumpcions per implementar el concepte:
- Els canvis nucleòtids s’acumulen en la seqüència proporcionalment al temps transcorregut.
-Els canvis són selectivament neutrals i no interfereixen a la funció gènica i són a l’atzar.
Un cronòmetre molecular segueix un model estocàstic: el que s’ha de mantenir constant sempre és la probabilitat de canvi i això es manté constant.
Per un analisi filogenètic s’utilitza..
rRNA 16S en procariotes i 18S en eucariotes
Per poder ser un bon cronòmetre molecular, una molècula ha de complir les següents característiques:
-Universalment distribuïts → tots els organismes presenten 16S/18S.
-Estables en la seva funció
- Suficientment conservats → canvien lentament en el temps. Si canviessin de pressa, no podríem fer
una història evolutiva.
-Tenen la longitud adequada → si és petita, hi ha més errors.
Quin percentatge representen els microorganismes aïllats?
menys de 1% de la diversitat que hi ha
Per obtenció de sequÜències de DNA utilitzem…
Primers universals, amplificant a partir de l’extracció de la mostra de l’ambient natural el metagenoma de la comunitat.
Com s’obte seq de DNA?
Amb els primers universals, s’amplificant i s’obté fragments de 1600 pb. Es fa electroforesis horizontal, s’observa una banda pq la mobilitat es per la mida. Es soluciona fent FINGER-PRINTING
Que es la técnica de DGGE?
Electroforesi en gradient desnaturalitzant. Limitació: no podem resoldre fragments tant llargs, no serveix per més de 800 parells de bases. Hauríem d’utilitzar uns primers de només una part del gen.
Una opció per poder treballar amb tot el 16S seria..
Seria fer una genoteca, una biblioteca de gens, utilizar un vector de clonació i es poden clonar tots els productes de PCR amplificats. Quan ja tenim les seq finalment podem seq.
Metodologies bàsiques de seqüenciació
Com el mètode Sanger o portar una seq automática basats en el metode de Sanger. Cada dideoxinucleòtid i marco el nucleotid amb fluorescència o radioactivitat, i s’atura la reacció quan s’afegeix un dideoxinucleòtid, podem córrer un gel d’acrilamida o fer una electroforesi capil·lar i en funció de la mida dels fragments es pot deduir i interpretar la seqüència.
En la traducció es produeixen…
inserciones o delecions que s’acumulant en la cadena i provoquen canvis en la seq i provocant desarellament en certs punts.
Per detectar els gaps i poder identificar els identitat es fa…
Alineament de les seqÜències
Quan una base ha sigut reemplaçada per una altra, veiem una diferència en la seqüència:
-Poden haver-se donat passos intermitjos.
-Poden haver-se donat mutacions en paral·lel en ambdues seqüències → no perquè procedeixin d’un
avantpassat en comú. Homoplàsia.
De models estadístics trobem:
-Jukes-Cantor: és un algoritme basat en logaritmes. El que fa és corregir aquesta deriva evolutiva que no coneixem, de manera que si en una seqüència hi ha 6 diferències, apliquem l’algoritme i calculem la distància evolutiva. Atribueix la mateixa probabilitat en les bases, tot i que sabem que no és la mateixa.
-Kimura: algoritmes més complicats que atribueixen probabilitats diferents en funció de com es dona la mutació.
Dificultats de construcció d’arbres filogenètics:
-Selecció de gens a comparar pot afectar a l’arbre resultant
-Duplicacions gèniques
-Velocitat d’evolució desiguals.
-Transferència horitzontal o lateral de gens
