שיטות מחקר Flashcards
חוקר הריץ קומפלקסים של נוקלאוזומים נקיים ב-
SDS PAGE.
כמה בנדים (פסים) צפויים להופיע בג’ל?
8.
4.
2.
לא ניתן לדעת בוודאות.
לא ניתן לדעת בוודאות.
אומנם מפתה לחשוב שמשום שנוקלאוזום הוא אוקטמר המורכב מזוגות של 4 היסטוני הליבה
(H2A,H2B,H3,H4)
נקבל 4 בנדים (פסים) בהרצה בג’ל, צריך לקחת בחשבון את האפשרות שהנוקלאוזום מורכב גם מוריאנטים של היסטונים. וריאנטים אלו עשויים להיות בעלי גדלים מעט שונים.
אילו הצלחתי לקבל תוצר
PCR
בשיטת ה
3C,
כנראה ש:
1. החלבון שבדקתי נקשר לדנ”א ברצף שנמצא בין הפריימרים.
2. שני אזורי הדנ”א שאליהם תכננתי פריימרים נמצאים בתא בסמיכות זה לזה.
3. תהליך השיבוט שלי הצליח.
4. אזור הדנ”א שבין שני הפריימרים הוא גן מקודד.
שני אזורי הדנ”א שאליהם תכננתי פריימרים נמצאים בתא בסמיכות זה לזה.
בשיטת ה
3C
מזהים רצפי דנ”א שנמצאים קרובים זה לזה בגרעין. לאחר קיבוע וחיתוך הדנ”א למקטעים קצרים, משתמשים בליגאז כדי לחבר קצוות דנ”א שנמצאים קרובים זה לזה. לאחר מכן בודקים האם שני אזורים נמצאים בסמיכות זה לזה על ידי ריאקציית
PCR
עם פריימרים המתאימים לשני הרצפים המועמדים. אילו הם עברו ליגציה, נקבל תוצר PCR
המכיל את הרצפים הללו.
ברצוני לחקור שאלות הקשורות בדנ”א על ידי מיקרוסקופיה. מה מהבאים נכון?
1. כדי לראות האם שני רצפי דנ”א נמצאים בסמיכות זה לזה בגרעין, אשתמש בשיטת
FRET.
2. כדי להבחין במבנה ה
Beads of a string,
אוכל להשתמש ב
TEM ו-STORM
, אך לא ב-
STED.
3. מיקרוסקופיה פלורסנטית מתאימה להתבוננות במבנים קטנים יותר ממקרוסקופיית אור רגילה, אך פחות ממיקרוסקופיה קונפוקאלית.
4. בשיטות הסופר-רזולוציה של ימינו לא ניתן לראות את מבנה הדנ”א העירום.
בשיטות הסופר-רזולוציה של ימינו לא ניתן לראות את מבנה הדנ”א העירום.
FRET
היא שיטה שבה בודקים קרבה בין שני חלבונים! לא רצפי דנ”א! גם אם נראה לכם ששיטה מסוימת עשויה להתאים לבדיקה לא אופיינית, חשוב להבין שהשיטות האלו הן מאוד מאוד מורכבות, וגם את הדברים שאמורים להיות יכולים לעשות איתם, הרבה פעמים אי אפשר לעשות.
STED ו-STORM
הן שתי שיטות סופר-רזולוציה במיקרוסקופיה קונפוקאלית הבעלות יכולת הפרדה של 20 נ”מ. בשתיהן לא ניתן להבחין ב
Beads on a string (11 נ”מ)
או בדנ”א העירום (2 נ”מ). מיקרוסקופיה פלורסנטית אינה נבדלת ממיקרוסקופיה קונפוקאלית, כדי להבחין בצורה טובה במולקולות קטנות נשתמש בגישות פלורסנטיות במיקרוסקופיה קונפוקאלית.
