שיטות מחקר

Question 1

דיגוקסיג׳נין

Answer 1

מסמן נוקלאוטידים ומאפשר אינטראקציה עם נוגדן פלורוסנטי המיוצר כנגד הנוקלאוטיד בדנ״א.

Question 2

ביוטין

Answer 2

מסמן נוקלאוטידים ויזוהה על ידי סטרפטבידין

Question 3

איזוטופ 32P

Answer 3

איזוטופ של פוספט הפולט חלקיקי בטא שיכולים להקרא על ידי דטקטור הן במבחנה והן בג׳ל.

Question 4

שיבוט

Answer 4

כאשר יוצרים ״שבט״ של אורגניזמים הזהים אחד לשני. אלברט מדגיש שבט שכל התאים מכילים עותק של אותה מולקולה יחודית של DNA

Question 5

Clone

Answer 5

שבט, מושבה של אורגניזמים שהם כולם צאצאי אב משותף

Question 6

BAC

Answer 6

כרומוזום חיידקי מלאכותי אשר נגזר מהפלסמיד החיידקי הקרוי F-plasmid. מאפשר לכבוד עם מקטעים של מיליוני בסיסים.
הם הכלי המועדף להחדרת מחדרים גדולים.
נעשה בהם שימוש כאשר בוצע ריצוף של הגנום האנושי.

Question 7

סיפריית cDNA

Answer 7

בספריה זו נקבל רק את ריצפיי הDNA המצויים על mRNA כלומר, את האזורים המקודדים לחלבון.

Question 8

SET

Answer 8

short tandem repeats
כמו למשל ATATAT
CGCGCG
המצויים בלוקוסים רבים. כמות החזרות שונה מכל אדם.
ואת זה משווים בבדיקת אבהות.
שימוש בבדיקת אבהות בג׳ל אלקטרופורזה.

Question 9

אנוטציה של הגנום

Answer 9

מתיחס לניסיון למפות את האזורים הפונקציונאלים של הגנום החל מאיזורים מקודדים לחלבון, ל-RNA לא מקודד ואף אזורים בהם קיימים רצפי בקרה.

Question 10

אנליזת אפיסטאזיס

Answer 10

מאפשרת לקבוע את סדר פעולות של הגנים במערכת ביולוגית.
בשיטה זו אפשר לזהות שתוצר חלבוני של גן אחד מבקר את הגן השני .

אנליזת אפיסטטית מאפשרת למצוא אינטרקציה בין שני גנים שונים הקשורים לאותו פנוטיפ

Question 11

מוטצית null

Answer 11

מוטציה שמחסלת לחלוטין את הפעילות

Question 12

פולימורפיזם

Answer 12

כאשר קיימים וריאנטים באוכלוסיה

Question 13

SNP

Answer 13

כאשר יש פולימורפיזם המתבטא בשינוי של נוקלאוטיד יחיד.

Question 14

מחקרי GWAS

Answer 14

SNP or פולימורפיזם
שבאופן כללי מעלים או מורידים את הסיכוי לחלות במחלות.
ואת החומרה של הפרוגנוזה של המחלה.

Question 15

קלאוס

Answer 15

מבנה לא מאורגן בצמח בו ישנה פולפרציה של תאים.

Question 16

אגרובקטריום

Answer 16

חיידק הנושא עליו DNA רקומביננטי אותו הוא מצליח להעביר לצמחים.
הפלסמיד Ti הוא פלסמיד ענקי המעורר גידולים בצמחים אותם החיידק מדביק, זאת על ידי החדרת מקטע הקרוי T-DNA.

Question 17

פקטור בטא

Answer 17

פקטור זה מתאר את הקישור של RNA פולימראז ואת סדר האירועים הבאים אחריו ביצירת mRNA וחלבון.

כאשר נכפול פקטור בטא x ריכוז הפרומוטור התפוס

Question 18

הריכוז בשווי משקל של תוצר

Answer 18

הריכוז בשווי משקל של תוצר חלבוני של גן הוא פרופורציונאלי באופן ישר לזמן החיים הממוצע שלו tx.
כשזמן החיים של החלבון גדל פי 2 הריכוז שלו בשיווי משקל גדל פי 2.

Question 19

אופרון הארבינוז

Answer 19

פועל במנגנון וגם הכוללת נוכחות של שני אקטיבטורים ושנהם צריכים להתחבר.
על מנת לבטא את הגן AraJ שהוא בקר של מסלול הארבינוז, יש שני אקטיבטורים- האחד המשופעל אלוסטרית על ידי הארבינוז והאחד שמשופעל על ידי cAMP

Question 20

אינפוט אינקוהרנטי

Answer 20

אינו=אין
האקטיבטור מגייס ריפרסור ולכן תגובה זו תלויה באפיניות של האקטיבטור ושל הרפרסור לפרומוטור.

Question 21

אינפוט קוהרנטי

Answer 21

קוהרנטי זה אומר שהפעולה שמבוצעת תהיה בשני מישורים אחת באופן ישיר והשניה באופן עקיף, אבל שתיהן יעשו את אותה פעולה. בין אם זה שפעול או דיכויי.

יש צורך בשני אקטיבטורים.
כאשר האינפוט של אקטיבטור 1 קצר האאוטפוט (הביטוי) יהיה מוגבל וקטן מאחר ולא נצליח לגייס את האקטיבטור השני.
כשאר האינפוט יהיה ארוך שני האקטיבטורים יגוייסו -> ולכן האאופיט יהיה ארוך יותר.
יש פה לוגיקה של וגם.

Question 22

מצב יציב

Answer 22

כאשר kon and koff גבוהים יותר כך מגיעים מהר יותר למצב steady steit

Question 23

חלבון שיש לו זמן מחצית חיים קצר

Answer 23

יגיע מהר יותר למצב של שיווי משקל.

Question 24

משוב שלילי

Answer 24

גורם להגעה למצב יציב מהיר יותר.
מערכת משוב שלילי מונע פעולת יתר בשינוי סביבתי.
מערכת משוב שלילי מגיבות מהר יותר לאינפוט

Question 25

אוסילציות

Answer 25

שימוש במשוב שלילי

Question 26

אוסילציות (משוב שלילי) ארוכות

Answer 26

כמות המרכיבים באוסילציות משפיעה זמן ההגעה למצב שיווי משקל. שיש יותר מרכיבים לוקח יותר זמן. שיש פחות מרכיבים מגיעים מהר יותר למצב שומ

Question 27

מה משפיע על אמפליטודת של האוסילציות?

Answer 27

1.אפיניות הקישור 2.קצב שעצוק 3.יציבות החלבונים 4.קצב תרגום(רשף הוסיף את זה)

Question 28

גליקוליזה

Answer 28

דוגמה למשוב שלילי ויוצרת אוסילציות.

Question 29

קבוע היל

Answer 29

מס׳ אתרים המעורבים בקופרטיביות. ערך המקסימלי של ערך היל-מס היחידות הקושרות.

Question 30

משוב חיובי

Answer 30

מאפשר זיכרון תאי, לזכור מאיפה התא מגיע

Question 31

אופרון הרבינוז

Answer 31

הוא קטבולי ומפרק סוכר מסוג רבינוז והוא מסוג גם וגם לא. ריכוז גבוה של רבינוז וגם לא צריך שיהיה גלוקוז.

Question 32

בתגובה וגם לא

Answer 32

יש השפעה של האפניות והקישור של הריפרסור או האקטיבטור-משפיע על תפוס הביטוי

Question 33

רובסטיות

Answer 33

היכולת של מערכת רגולטורית בביולוגיה לתפקד בצורה נורמאלית.

Question 34

מה הגודל של תא אנימאלי?

Answer 34

10-20 מיקרומטר

Question 35

דטקציה

Answer 35

היכולת לראות במיקרוסקופ הגדלה

Question 36

רזולוציה

Answer 36

היכולת להפריד בין שתי נקודות. הרזולןציה של מקרוסקופ נקבע על ידי **הצמצם ועדשת העצם** ככל שהמספר שמתקבל מנוסחת הרזולוציה קטן יותר, כך הרזולוציה טובה יותר.

Question 37

Numerical aperture

Answer 37

מדד שח בעדשה המתאר את יכולת איסוף האור של העדשה וקשור לזווית של העדשה ולקונוס האור שיכול להכנס אליה והאינדקס הרפלקסיבי של המדיום בה העדשה נמצאת,

Question 38

אינדקס רפלקסיבי

Answer 38

מתאר את היחס בין מהירות האור בואקום לבין מהירות האור במדיום בו האור עובר.

Question 39

המטוקסילין

Answer 39

זיקה לרכיבים שליליים של התא כמו RNA and DNA-and חלבונים חומצים **יצבע בצבע כחול/סגול**

Question 40

אאוזין

Answer 40

זיקה לחומרים חיובים ויצבעו בורוד סגול או אדום

Question 41

שלבי עיבוד דגימה לפני התבוננות במיקרוסקופ

Answer 41

Question 42

פלורוסין

Answer 42

עובר אקסיטציה על ידי אור כחול ונותן צבע ירוק חזק.

Question 43

רודהמין B

Answer 43

עובר אקסיטציה על ידי אור ירוק ונותן צבע אדום חזק

Question 44

DAPI

Answer 44

צבע שנועד לצבע את בDNA בצבע כחול

Question 45

מיקרוסקופ קונפוקלי

Answer 45

עד עובי של 150 מיקרומטר. **נעשה בה שימוש בדגימות עבות יותר. ** שיטה אופטית (לא דיגיטלית) מקרוספקופ מסוג פלורוסנטית

Question 46

H amd E

Answer 46

בציעה של המוטוקסילין ואאוזין ניתן לראות ניגודיות טובה יותר

Question 47

CMOS-complementay metal oxide semiconductor

Answer 47

מצלמה דיגיטלית סופר רגישה. המאפשרת לנו לצפות בתאים לאורך זמן ובתאורה נמוכה ובכך להמנע מהקרנת אור ממושכת על התאים ומחימום שלהם. נשתמש בעיקר בשיטות פלורוסנטיות

Question 48

רזולוציה של מיקרוסקופ אור קונבנציונלי

Answer 48

200 ננומטר

Question 49

מיקרוסקופ רב פוטונים Mtiphoton microscopy

Answer 49

איכותי בדגימות עד 250 מיקרון טוב בתאים חיים טוב יותר מהדה קונפוקלי ומהקונפוקלי

Question 50

GFP

Answer 50

מבנה של חבית בטא מצמדים אותו לגנים שאני מעונינים לבדוק, לשים לב שהוא ברמה סימון גנטי. התוצר הראשוני שלו>לא פעיל פלורוסנטי אבל החלבון עצמו יהיה פלורוסנטי-> עושה מודיפיקציות על עצמו.

Question 51

FRET

Answer 51

מלשון המילה לאיים, כלומר חלבון אחד מאיים שיצלח לעשות אקסיטציה לחלבון לידו. כך נראה אינטרקציות בין שני חלבונים סמוכים. נדע שהם ביחד. עובד במרחק של **1 עד 5 ננומטר**

Question 52

חלבון Aquorin

Answer 52

חלבון רגיש נאוד לסידן, פועל בריכוזים של 0.5-10 מיקומולאר.

Question 53

מיקרוסקופ פלוריסנטי מה התפקיד של הפילטר הראשון ומה התפקיד של הפילטר השני

Answer 53

פילטר 1- לסנון את אורכי הגל שלא באקסיטציה פילטר 2- לסנן את כל אורכי הגל שהם לא באמיסיה

Question 54

אוסמיום

Answer 54

צובע ליפידים

Question 55

Condenser lens

Answer 55

מצמצם וממקד את האור שיהיה על הדגימה והופך את האור

Question 56

Objective lens

Answer 56

החלק במיקרוסופ שמגדיל את הדגימה.

Question 57

Electron gun

Answer 57

תותח אלק׳ שיורה אלקטרונים בעוצה גבוהה.

Question 58

עדשת Projector lens

Answer 58

עשדה של מיקרוסקופ אלקטרונים. תפקידו למקד את האלקטרונים לאחר שעברו דרך הדגימה.

Question 59

רסין

Answer 59

לאחר הקיבוע כאשר רוצים להסתכל במיקרוסקופ של הדגימה יש להקפיא את הדגימה או לייצב אותה למשל על ידי ואקס או רסין או פארפין. רסין נשתמש במיקרוסקופ אלקטרונים.

Question 60

אוסמיום

Answer 60

צובע את הדגימה ומקבע אותה

Question 61

במיקרוסקופ אלקטרונים יש לחתוך את הדגימה?

Answer 61

25-100 ננומטר בעזרת זכוכית או מיקרוטום עם יהלום

Question 62

מה משפיע על הבהירות של התמונה?

Answer 62

הצפיפות של האלקטרונים .

Question 63

Beam deflector

Answer 63

סוג של מתקן סטייה של אלומת אור במיקרוסקופ אלקטרונים סורק

Question 64

מה החשיבות הגדולה ביותר לכומוטוגרפיה מסוג- מחליף יונים- Ion exchange chromatography?

Answer 64

הכי חשוב זה הph של התמיסה וה-pi של החלבונים והמטען של הרסין (זה סוג הביד בקולונה זו). החלבונים שעוברים דרך קולנה זו לפי ה-ph שלהם.

Question 65

מה ניתן להסיק מהעבודה שרנא פולי 2 משעתק miRNA? 1.נקודת תחילת השעתוק וסוף השעתוק מוגדרות 2.משועתק כפרה קורסור ארוך שעובר תהליכי עיבוד וחיתוך 3.טרם יצאתו מהגרעין עובר חיתוך

Answer 65

תשובה 1 היא הנכונה. יש mRNA שיש לו cap and poy A

Question 66

TIRF

Answer 66

מקרוסקופ אופטי: מאפשר לנו להאיר מספר מצומצם של מולקולות בכל פעם. זה משהו שמיוחד אותו. כל פעם קרינה תגיע רק למולקולות הנמצאות קרוב לשטח פנים וזה יגרום להם לאקסיטציה. לשים לב שהדגימה מכוסה בזכוכית הגורמת לreflection שמונע מאור להכנס לדגימה. Tirf - כמו דמעות שזה טיפות בודדות. כל פעם מאירים חלק קטן.

Question 67

**מיקרוסקופית אור מסוג DIC מאפשרת?** 1.הארה של אזורים חשוכים כחלק ממנגנון שדה חשוך 2.עיבוד תמונה ממוחשב 3.זיהוי תאים חיים וחלק מהאברונית שלהם מבלי לבצע קיבוע,חיתוך או הקפובתאים 4.קיבוע מהיר בעזרת הקפאה בחנקן נוזלי

Answer 67

תשובה שלוש- זיהוי תאים חיים וחלק מהאיברונים שלהם מבלי לבצע חיתוך, הקפאה בתאים

Question 68

למה משמשת מתכות כבדות כבר אוסמיום הכנה לצביעה במיקרוסקופ אלקטרונים?

Answer 68

על מנת להעלות את המסה. המולקולרית של הדגימה . כך יהיה ניתן לראות את החלקים הצבועים

Question 69

Answer 69

זה

Question 70

Answer 70

זה

Question 71

ddNTP נוקלאוטידים של איזה שיטה?

Answer 71

אילומינה-ריצוף בזמן שכפול של הגדיל כאשר נכנס הנוקלאוטיד ישנה ריאקציה צבע פלורוסנטי-רישום במכשיר איזה נוקלאוטיד נכנס. ddNTP- נוקלאוטיד המסומן בפלורופור וגורם לטרמינציה של השעתוק. הוא **ללא קבוצת הידרוקסלי בקצה 3׳.**ל =OH

Question 72

נוקלאוטיד מסוג dNTP למי שייך?

Answer 72

לשיטה ion torrent מתי שנוקלאוטיד משיטה זו מתחבר לגדיל ה-DNA משתחרר H+ לתמיסה וזה משנה את הph של התמיסה -> יש מד שקורא את השינויים ולפי זה יודעים איזה נוקלאוטיד מכנס. **נוקלאןטיד רגיל**

Question 73

אנוטציה של הגנום Genome annotations

Answer 73

נסיון למפות את האיזורים הפונקציונאליים של הגנום. החל מאיזורים המקודדים לחלבון לRNA לא מקודד ואיזורים בהם יש רצף בקרה.

Question 74

Codon bias

Answer 74

כאשר רוצים למפות גן, בגנומים גדולים המכילים אינטרונים גדולים ואקסונים קטנים, ניתן להשתמש ברצפי שיחבור הנמצאים בגבול של אקסונים ואינטרונים, ובטכניקות נוספות כמו codon bias בדרך כלל ברצפי אקסונים של כ-50 קודונים.

Question 75

Answer 75

שיטה שעובדת כמו סיטי כל פעם מצלמים חתך אחר. שייך למיקרוסקופ אלקטרונים

Question 76

Answer 76

Question 77

Answer 77

Question 78

מה קולגאנז

Answer 78

הוא סוג של פרוטאז שמפרק את המרכיבים במטריקס החוצ תאי.

Question 79

לאיזה חלקים SDS נקשר?

Answer 79

לאיזור הידרופובים

Question 80

כאשר אנו מעונינים לבדוק כמויות של RNA של גן שלא מקודד לחלבון, בין שלי רקמות שונות בשינפנזה. והגן מתבטא בכמות קטנה. במה נשתמש microarray or RT-PCR

Answer 80

אנו נשתמש בRT-PCR היות ואין לנו ביטוי של חלבון. בשיטה זו אנו בולנים רמות ביטוי של רנא. גם כשאר הוא לא מקודד לחלבון.

Question 81

מה התפקיד של פין הול במיקרוסקופ קונפוקאלי?

Answer 81

להגביר את הפוקוס ומתוך כך את הרזולוציה הוא מעביר את האור דרך חריצים

Question 82

שיטת סלקציה סינתטיים נקרא גם In vitro selection of a synthetic eibozyme

Answer 82

הרעיון הוא ליצור ריבוזימים בעזרת תהליכי סלקציה טיבעיים. יוצרים פול של מולקולות RNA אקראיות, ובוחנים איזה מהמולקולות מבצעות תהליך קלטליתי כלשהו.