מבנה חלבונים

Question 1

מהם הקשרים המיצבים את המבנה

הראשוני

שניוני

שלישוני

Answer 1

סוג המבנה

איך הוא מיוצב

דוגמאות למבנים

ראשוני

קשרים קוולנטים בלבד (הקשר הפפטידי)

המבנה הלינארי הפשוט

שניוני

רק קשרי מימן בשלד הפפטידי- קשרי מימן בין שיירים שאינם שיירי הR, אין אפקט של שיירי הR (לא משפיעים על יצוב המבנה)

*שיירי הRכן משפיעים על המבנה השניוני, אבל לא משתתפים בקשרים (יכולים ליצר הפרעות שיגרמו פירוק)

סליל אלפא, משטח בטא, מוטיבים- מבינים סופר שניוניים- נוצר צורה חדשה משני מבנים שניוניים לדוגמא helix-turn-helix

שלישוני

משיכה אלקטרוסטטית (חיובי נמשך לשלילי-ואן דר ואלס) וקשרים דיסולפידים SSקשרים דו סולפידי קוולנטים מתרחשים בין שני ציסטאינים קשרי מימן, אינטראקציות הידרופוביות והידרופיליות

חלבון גלובולרי , הפפטיד מתקפל על עצמו-מבנה תלת מימדי של חלבון- כל הקבוצות שיכולות לעשות קשרים עם קבוצות אחרות יעשו זאת

רביעוני

גם מכיל את כל סוגי הקשרים (נדיר קשרי S-S אך קיים בעיקר באברונים בתוך התא ובציטופלסמה, כמעט ולא קיים בציטוזול)

כל קומפלקס,המוגלובין, מורכב מ4 תת יחידות במבנה שלישוני

Coild coile- מיוחד כי הוא בנוי רק ממנים שניוניים המסתלסלים זה על זה ליצרת המבנה (קרטין, קרן של קרנף,קולגן)

Question 2

כיצד נוצר

B-sheet

מה המאפיין המבני העיקרי שלו ואיזה יותר יציב- פרללי או אנטי פרללי?

Answer 2

לבטא שיט מבנה שטוח המורכב ממספר סליל בטא סמוכים היוצרים בינהם קשרי מימן.

אנטיפרללי יותר יציב כי קשרי המימן שלו לא מתעקמים כמו בפרללי

בטא שיט מאופיים בצורה מתוח וזיגזגית בגלל סידור טטהדרי של פחמני אלפא שלו

הקבוצות הצידיות מצויות בטרנס ופונות כלפי חוץ

Question 3

איזה סליל אלפא הליקס יציב יותר כזה הבנוי מחומצות אמינו

D או L?

איזה סליל הבנוי מחומצות אמינו

D

יהיה יותר יציב- ימיני או שמאלי?

Answer 3

לגבי L או D:

אין העדפה ביציבות, יש להם את אותה אנרגיה ההבדל היחיד הוא בכיוון הפיתול

לגבי שמאל ימין:

לחיידקים יש חומצות אמינו D

ולכן סליל שמאלי יותר יציב

עבור יוקריוטים סליל ימיני יותר יציב כי ההפרעה המרחבית מתהפכת שהופכים קונפיגורציה

Question 4

α הליקס

מרחק בין שני פחמני אלפא

כל סיבוב מכיל __ חומצות אמינו

זווית הסיבוב בין חומצה אמינית אחת לשנייה היא

Answer 4

• המרחק בין שני פחמני אלפא הוא בערך 1.5 אנגסטרם
• כל סיבוב מורכב מ3.6 חומצות אמינו בממוצע
• זווית הסיבוב בין חומצה אמינית אחת לבאה היא 100 מעלות

Question 5

איפה נמצא לרב סליל אלפא?

איפה הוא הכי יציב?

Answer 5

מבנים מובהקים:

1. אזורים חוצי ממברנה לרב הם α הליקס בן 25-20 ח.א
2. רצפי היכרות על הDNA,
3. לרב יכיל גם חומצות אמינו פולאריות או טעונות שמצבעות אינטראציות עם רצף חלבוני ספציפי (אתר קשירה)

*יכול להיות בעיקרון כמעט בכל חלבון – המקומות המזוכרים הם מובהקים

מבנים פחות מובהקים: מרכיב סיביי ביניים

איפה α הליקס הכי יציב?

בסביבה הידרופובית, הסליל מיוצב ע”י קשרי מימן, אם נשים אותו במים אז הם יתחרו על קשרי המימן ויפרקו את המבנה השניוני.

Question 6

מה הורס α הליקס?

Answer 6

1. פרולין שוברת את המבנה בגלל הציס טרנס שלה
2. עודף מטענים מאותו סוג התקבצות של הרבה חומצות אמינו חיוביות או שליליות תגרום לדחייה חשמלית והרס המבנה
3. שינוי בPH, אם כתוצאה משינוי בPH מתייננות הקבוצות הצידיות והם נושאות מטען זהה, נניח כמו בסליל פולי גלוטמט- שייר הR שלו מתיינן מעל PH=4 ו ואז יהיה ריבוי מטען שלילי
4. ריבוי קבוצות נפחיות מסועפות באותו אזור (נניח הרבה איזולאוצין, פנילאלנין, טירוזין)

Question 7

כמה חומצות אמינו בסליל בגבוה 30 אנגסטרם

Answer 7

30/1.5=20 חומצות אמינו

Question 8

אילו חומצות אמינו נצפה למצוא בפניית β**?

Answer 8

תמיד יהיו: גליצין כי היא הכי קטנה וגמישה , ופרולין שתמצא תמיד בעמדת x+1, כי מבנה הציס שלה מתאים לאופי העקמומי של פניית ה β.

יכול להיות גם: אספרגיןף ציסטאין, חומצה אספרטית, סרין.

Question 9

יש שני טיפוסים של פניית β:

מה מאפיין את type 1

מה מאפיין את type 2?

Answer 9

יש שני טיפוסים של פניית β:

Type 1: בעמדה x+2 יש חומצת אמיני שאיננה גליצין יהיה פרולין

Type 2: בעמדה x+2 יש גליצין.

Question 10

איפה מתקיימים קשרי המימן בפניית β?

Answer 10

קשר המימן מתקיים רק בין חמצן קרבונילי של חומצה אמינית X לבין H אמיני של חומצה אמינית x+3.

Question 11

לאן פוני שיירי ה

R

בסליל אלפא?

Answer 11

תמיד כלפי חוץ הם נמצאים בטרנס זה לזה

Question 12

כמה חומצות אמינו בסיבוב בטא אופייני?

Answer 12

3 קלאסי

יכול להיו גם 5-6

קשרי הימין מתקיימין בין החמצן הקרבוני בעמדה X

למימן האמיני בעמדה X+3

Question 13

מה ההבדל בין קופקטור קו אינזים וקבוצה פרוסטטית

Answer 13

קופקטור- רק אינאורגנים מתכת (מגנזיום ברזל מנגן ניקל וכו’)

קו אנזים- אורגנו-מטאלי גם אורגני וגם מתכתי כמו ויטמין לדוגמא

קבוצה פרוסטטית זה כמו קו אנזים רק שהקשר בינו לבין חלבון הוא סופר חזק- קוולנטי או קאורדינטיבי כמו בהמוגלובין וHEME