ביוכימיה סיכום דנה Flashcards

Question

האם חומצות אמינו בעלי מטענים דומים יהיו זה ליד זה בשרשרת של אלפא הליקס? האם חומצות אמינו בעלי קבוצות צד גדולות יהיו זה ליד זה?. מה החומצה אמינית פרולין עושה לשרשרת אלפא הליקס? בתחילת ההליקס נמצא בעיקר חומצות אמינו בעלי מטען שלילי או חיובי? ובסוף ההליקס? למה?

Answer 1

קשרים יונים, די סולפידיים, הידרופוביים, קשרי מימן, קשרי ו.ד.ו. זה נעשה על ידי שרשראות הצד של החומצות אמינו, בנוסף על ידי יונים של מתכת. המטען של היום המתכתי יוצר קשרים אלקטרוסטטיים עם חומצות אמינו טעונות שלילית, דבר שתורם לייצוב החלבון

Answer 2

הוא גילה שכאשר הוא "משחק" עם הקשרים הדו סולפידיים של החלבון, וקשרי הו.ד.ו, כאשר הוא מוציא את כל הדברים שפגעו בקשרים האלו, המצב חוזר למצבו הטבעי. בנוסף, הוא ניסה ליצור קשרים לא מתאימים, ולאחר ששהרס אותם, החלבון שוב חזר למצבו הרגיל. המסקנה שלו הייתה שמבחינה אנרגטית המצב הכי יציב הוא מצב הקיפול הטבעי של החלבון. לכן מה שקובע את המבנה המרחבי הסופי של החלבון הוא רצף חומצות האמינו.

Answer 3

מכיוון שבתא המצב צפוף, וחלבון לא בהכרח יעשה מה שטבעי לו, יכולים להווצר אגרגטים של חלבונים

Answer 4

amyloid fibers: אגרגטים של חלבונים מחוץ לתא amyloidosis: מחלות שקורות בגלל אגרגטים של חלבונים שנוצרים מחוץ לתא. שרשראות אמילואידיות עשירות בבטא שיטס.

Answer 5

מחלה השונה באופן מהותי מהקודמות שתיארנו היא ציסטיק פיברוזיס. בציסטיק פיברוזיס, החלבון לא מתפקל נכון אבל . חלבון זה הוא יוצר תעלה המעבירה יוני CFDR אינו שוקע. גם זו מחלה גנטית, בה יש בעייה בחלבון טרנס-ממברנלי בשם כלוריד ומים, והוא מתבטא בריאות וברקמות נוספות. ברוב המקרים, המוטציה היא החסרה של חומצה אמינית אחת (פנילאלנין) מהשרשרת החלבונית. ככל הנראה, הבעייה שזה יוצר בקיפול היא כה חמורה שהיוביקווטין משמיד אותה ולא מוצאים את התעלה בכלל בממברנה. זה מפריע לאיזון של המלחים והמים בריאות, ולכן הם סובלים מקושי משמעותי בנשימה. בציסטיק פיברוזיס יש כמה סוגים של מוטציות, ואחת מהן היא מוטציה פחות חמורה מהאחרות, כי בגרסא זו החלבון כן מגיע לממברנה ויוצר תעלה, אבל תעלה זו היא לא יעילה בתפקוד שלה. ישנה תרופה היום שיודעת לשפר את התפקוד התעלה הזו באופן משמעותי.

Answer 6

מחלת הפריאונים היא מחלה שמקבלת שמות שונים בקרב זנים שונים- אצל כבשים זה סקרפי ואצל בני אדם מחלת פרוייצפלד-יעקב, ואצל פרות זה הפרה המשוגעת. היא יכולה לעבור מזן אחד לאחר על ידי אכילה. לפני כמה עשורים, המחלה התפרצה בקרב אנשים באירופה עקב אכילת מוחות של פרות שהיו נגועות במחלה. לכל בעלי החוליות יש את החלבון הזה. מה שמאוד ייחודי במחלה הזו היא שהגורם שמעביר את המחלה הוא חלבון, וזה דבר מאוד לא שכיח. התופעה האופיינית למחלה היא שהמוח הופך להראות כמו גבינה שוויצרית- הוא מלא בחורים, וזה קורה תוך מספר חודשים ספורים. חוקר בשם אילנס פענח את המבנה של החלבון. למבנה הנטיבי הוא קרא PrPc ולקונפורמציה שגורמת למחלה הוא קרא PrPsc מצאו כי אם שני החלבונים הללו עוברים אינטראקציות, החלבון הפגוע משנה את הקונפורמציה של החלבון התקין להיות גם כזה בעל קונפורמציה פגומה. למעשה הוא "מדביק" אותו, וכך נוצרת תגובת שרשרת עד שנפגעים כל החלבונים התקינים של PrP במוח. החלבונים הללו שוקעים והתאים באזור השקיעה מתים. לחלבון הנורמלי יש הרבה אלפא הליקס ומעט ביתא שיטס. את המבנה של החלבון הלא תקין לא הצליחו לפענח כי הוא שוקע. ההשערה היא שהוא עשיר בביתא שיטס. משערים כי בתהליך ההדבקה, החלבון משנה את שרשראות האלפא הליקס שלו לביתא שיטס.

Answer 7

שתי שרשראות אלפא ושתי שרשראות בטא. התפקיד של המוגלובין הוא לשאת חמצן

Answer 8

מחלת האנמיה החרמשית נובעת ממוטציה בחומצה אמינית אחת בגן המקודד לתת היחידה ביתא של ההמוגלובין, בה במקום גלוטמט מופיע ואלין. גלוטמט היא חומצה אמינית טעונה שלילית ו-ואלין היא אליפטית הידרופוביות. לכן זו מוטציה לא קונסרבטיבית. המיקום של החומצה האמינית שהוחלפה מסומן בציור בצהוב- אפשר לראות שזה פונה החוצה בשרשרת. זה יוצר אזור "דביק" על ההמוגלובין, שיכול לייצר אינטראקציה כעת עם שרשראות המוגלובין אחרות. בסביבות עניות בחמצן, הקונפורמציה של כדוריות הדם משתנה מעט והמוטציה יכולה לגרום לפיצוץ של כדוריות האדם האדומות וכך לאנמיה.

Answer 9

בעקומה הזו רואים את השוני בין המוגלובין למיוגלובין. העקומה מראה את האפיניות של החלבון לחמצן, כתלות בריכוז החמצן. מיוגלובין הוא העקומה הכחולה. בריכוזים מאוד נמוכים של חמצן האפיניות שלו גדולה מאוד והוא מגיע לסטורציה כבר בריכוזים נמוכים של כחמצן. המוגלובין הוא העקומה האדומה, שהיא סיגמואידית. בריכוזים נמוכים של חמצן ,האפיניות אל החמצן היא נמוכה, והשיפוע הוא לא תלול. אבל מריכוז מסוים, פתאום העקומה משנה את המתלול שלה וההמוגלובין הופך להיות מאוד אפיני לחמצן. הבדל זה בין החלבונים נגרם כתוצאה מהשוני במבנה המרחבי של המולקולות. המיוגלובין נמצאת בקונפורמציה אחת בלבד. היא מזהה חמצן בריכוזים מאוד נמוכים (שזה מה שקורה בשריר בעצם). ההמוגלובין צריך לקשור חמצן בריאות (איפה שריכוז החמצן גבוה מאוד) ולשחרר אותו ברקמות (איפה שריכוז החמצן מאוד נמוך). וזו הסיבה לעקומה הסיגמואידית.

Answer 10

התכונה של ההמוגלובין להיות גמיש באפיניות שלו לחמצן נובעת מהמבנה שלו. להמוגלובין יש כאמור ארבע תת יחידות, אשר הקשר ביניהם תלוי בריכוז החמצן בסביבה. בריכוזים נמוכים של חמצן, הקשר ביניהם לא חזק ויוצר אפיניות נמוכה לחמצן. מתברר כי ברגע שחמצן נקשר לאחת מהתת יחידות, זה גורר שינוי קונפורמציה בשאר שלושת התת יחידות, שהופך אותם להרבה יותר אפיניות לחמצן (סה"כ כל מולקולת המוגלובין יכולה לקשור ארבע מולקולות חמצן- אחת עבור כל תת יחידה). כשעשו קריסטלוגרפיה להמוגלובין בנוכחות חמצן ובהעדר חמצן ראו את ההבדלים בקונפורמציות. יחידת ה hem שקושרות חמצן צבועות באדוםונמצאות במיקומים שונים

Answer 11

unit- מוגדר על ידי כמות האנזים שנחוצה כדי להפוך כמות מסויימת של מגיבים לתוצרים, בפרק זמן מסוים, ובטמפ' מסוימת למשל, כמות האנזים שצריך כדי להפוך 25 מיקרומולר של מגיב לתוצר בדקה, בסביבה של 25 מעלות... פעילות- פעילות של אנזים נמדדת על ידי כמות ה- units שיש בתוך האקסטרקט התאי. specific activity- כמה units אנזים יש פר מיליגרם חלבון. במיליגרם חלבון מתכוונים לכל החלבונים באקסטרקט. זה מאוד חשוב בעת ניקוי של חלבון. ככל שננקה את החלבון, נצפה כי ה- specific activity יעלה, כי נעשיר את תערובת החלבונים בחלבון בספציפי שלנו. בעצם כמות ה- unit לא תשתנה בעת הניקוי, אבל האחוז שהם מהוות מהחלבון באקסטרקט יהיה גבוה יותר. החישוב: activity/total protein

Answer 12

נרצה כמה שיותר יוניטס פר חלבון. זה בעצם מה שאנחנו רוצים לבודד. ככל שיש יותר יוניטס פר חלבון, הפעילות הספציפית עולה

Answer 13

1.ג'ל אלקטרופורזה הערה: השיטה הזו טובה בעיקר לאיפיון גודלו של חלבון, ופחות לניקוי של ממש 2.isoelectric focusing גם שיטה זו היא לאיפיון ולא לניקוי 3.הפרדה דו מימדית לאיפיון 4. gel filteration chromatography 5. ion exchange chromatography 6. affinity chromatography

Answer 14

החלבונים מופרדים על מדיום של ג'ל אגרוז שעליו מופעל שדה חשמלי. החלבונים ינועו בשדה החשמלי לפי משקלם. חלבונים קטנים ינועו מהר יותר, וחלבונים גדולים יותר ינועו לאט. אם נעצור את השדה החשמלי בשלב מסוים, ניתן יהיה להפריד בין החלבונים לפי משקלם- כי כל אחד יגיע למקום אחר בג'ל, כפי שנראה בתמונה. זו שיטה איכותית ולא כמותית. אפשר ללמוד מהשיטה על המשקל המולקולרי של החלבון.

Answer 15

לצורך ההרצה, צריך לפרק את המבנה המרחבי של החלבון ולנטרל את המטען שלו. זאת כי רוצים להריץ את הג'ל רק לפי המשקל המולקולרי של החלבון. לשם כך משתמשים בשני חומרים- האחד ביתא-מרקפטו-אתנול שהוא חומר שמחזר קשרים די-סולפידים וכך פותח אותם; והשני חומר בשם SDS שהוא חומר מאוד הידרופובי שהורס את כל יתר הקשרים הלא קוולנטים וכך פורס את החלבון. בגלל שיש לו גם קצה טעון שלילי, ברגע שהוא נקשר לחומצות האמינו הוא מקנה לחלבון הרבה מאוד מטענים שלילים, מה שהופך את מטען החלבון המקורי למאוד זניח. כל החלבונים כעת טעונים שלילית, באופן שפרופורציונלי לגודל שלהם, וזה מונע מהם לרוץ בג'ל באופן שקשור למטען שלהם במקום למשקל. בסוף, עושים חימום. כל הדברים הללו נועדו להבטיח שתהיה דה-נטורציה לחלבון. החלבונים מוזרקים בג'ל באזור השלילי, והם רצים אל עבר הקתודה החיובית. כאמור, החלבונים רצים לפי הגודל שלהם. הרשת שנוצרה בג'ל בעצם תוקעת את החלבונים הגדולים, ולכן הם רצים לאט, בעוד שהחלבונים הקצרים רצים מבעד לחורי הרשת.

Answer 16

לכל חלבון יש נקודה איזואלקטרית מעט שונה. על פי עקרון זה ניתן להפריד בין חלבונים. יוצרים גרדיאנט PH לאורך הג'ל ואת הג'ל יוצקים בגליל ששרוי בתוך שדה חשמלי. החלבונים רצים, ויפסיקו לרוץ כאשר יגיעו לנקודה האיזו-אלקטרית שלהם. בשיטה זו מריצים חלבונים נטיבים, שהם מקופלים. לרוב שיטה זו משולבת עם השיטה הקודמת, כלומר ג'ל אלקטרופורזה

Answer 17

הפרדה על סמך משקל ונקודה איזו-אלקטרית. לוקחים תמיסת חלבונים ומפרידים אותה לפי הנקודה האיזו-אלקטרית, כמו שמתואר קודם. אז לוקחים את הצילינדר ומוציאים את הג'ל, ומניחים אותו על פני ג'ל עם SDS מסובב ב 90- מעלות. כך יוצא שגרדיאנט ה PH הוא עכשיו אופקי. כאשר מפעילים את השדה החשמלי, החלבונים רצים אנכית לפי המשקל. התוצאה היא שכל עמודה היא חלבונים עם אותה נקודה איזואלקטרית, שמופרדים על פי המשקל. לכן אם הולכים ימינה ה PH יורד ואם הולכים למטה המשקל יורד

Answer 18

בשיטה זו משתמשים בחלבון במבנה הנטיבי שלו, הוא לא עובר דה-נטורציה, וזאת על מנת שנוכל בהמשך למדוד את הפעילות שלו. זו כן שיטה לניקוי. בשיטה זו יש צילינדר עם גרגרים שנקראים בידים, שהם מחוררים בתעלות. רק חלבונים קטנים יכולים להיכנס בחורים האלו, וחלבונים שגדולים מדי לחור צריכים לעבור בין הבידים. לכן דווקא חלבונים גדולים הם אלו שיוצאים קודם, והקטנים לוקח להם יותר זמן. אוספים את החומר שמטפטף דרך הקולונה במבחנות שונות, במרווחי זמן קבועים. כל מבחנה מהווה פרקציה, ועם סיום המעבר של התמיסה בקולונה בודקים את פעילות החלבון בכל אחת מהפרקציות. הפרקציות בהן תהיה פעילות גבוהה הן הנקיות.

Answer 19

השיטה גם מתבצעת בקולונה עם בידים, אבל הפעם הבידים טעונים. יש קולונות עם בידים טעונים חיוביות (anion exchange) שאליהם יקשרו חלבונים טעונים שלילית, וקולונות עם בידים טעונים שלילית (cation exchange) שאליהם יקשרו חלבונים טעונים חיובית. תמיסת החלבונים עוברת בקולונה, והחלבונים הטעונים נקשרים אל הבידים בהתאם למטען. אלו שלא נקשרים הם ללא מטען, או שיש להם את אותו המטען כמו לבידים. מה שנשטף החוצה נקרא flow soup . בסיום ההרצה, כדי להפריד את החלבונים שנקשרו לקולונה, מעלים את ריכוז המלח בתמיסה. ככל שריכוז המלח עולה, המלח מתחרה עם הבידים על קשירת החלבונים. החלבונים בעלי מעט מטען (מעט חומצות אמינו טעונות) יפרדו ראשונים ויצאו מהקולונה, והחלבונים בעלי המון חומצות אמינו טעונות יפרדו רק בסוף. אלטרנטיבה אחרת היא לשנות את ה PH בקולונה בהדרגה, וכל חלבון ישתחרר מהביד כאשר ה- pH יגיע לנקודה האיזו-אלקטרית שלו. איסוף בפרקציות מאפשר הפרדה לפי מטען חשמלי. על הפרקציות עושים assay ביולוגי(בודקים אם יש פעילות של החלבון), ובוררים רק את הפרקציות שלהם הייתה פעילות.

Answer 20

זו השיטה היעילה ביותר לניקוי חלבונים, כי היא מתבססת על הפעילות הספציפית של החלבון אותו מנקים. קושרים אל גרגרי הבידים בקשר קוולנטי ליגנד ספציפי לאותו חלבון (סובסטרט של האנזים, נוגדן שמזהה אותו). בגלל שהאפיניות בין חלבון וליגנד היא מאוד גבוהה, כשנעביר את התמיסה בקולונה, החלבון שמעניין אותנו יקשר, וכל שאר החלבונים יצאו החוצה, וניוותר עם חלבון נקי. כדי לשחרר את החלבון מהליגנד צריך אמצעים חזקים, בגלל אותה אפיניות חזקה. אחת השיטות היא לשנות את ה PH אבל אז מסתכנים בדה-נטורציה שלו. שיטה אחרת היא להוסיף את הליגנד לתמיסה. אם מוסיפים את הליגנד בעודף, הריאקציה תטה לטובת קשירת החלבון ללינגד החופשי ולא לביד שבקולונה, ואז הוא ישטף למטה. אבל אז יהיה צורך להפריד שוב בין החלבון לליגנד, ולזה יש שיטות שלא נכנס אליהם.

Answer 21

קביעת רצף החומצות האמיניות בפוליפפטיד

Answer 22

1. הידרוליזה של הקשרים הפפטידים 2. זיהוי החומצה אמינית ה N טרמינלית 3.שיטת אדמן

Answer 23

הידרוליזה של הקשרים הפפטידים. את זה ניתן לעשות ב תנאים חומציים חזקים 6N HCl לחץ גבוה ובחימום ל- 110 מעלות. בתנאים אלו הקשרים הפפטידים נשברים. זה מותיר אותנו עם תערובת חומצות אמינו בודדות, וניתן לאפיין את ההרכב של חומצות האמינו בפולי-פפטיד- כמה יש מכל חומצת אמינו, ומה היחסים בין חומצות האמינו. זיהוי חומצות האמינו נעשה בכרומוטוגרפיה- הפרדה על גבי קולונה עם HPLC שהוא חומר הידרופובי וטעון שלילית. כאשר משנים את ה- pH באופן הדרגתי, החומצות אמינו משתחררות עם ההגעה לנקודה האיזו-אלקטרית שלהם, וכך ניתן לזהות אותן. כדי לדעת את היחסים בין חומצות האמינו של הפפטיד, צריך דרך לאמוד את כמות חומצות האמינו שהיו. לשם כך, מוסיפים לכל פרקציה אינדיקטור שעושה תגובה עם החומצה האמינית ונוצר צבע כחול. ניתן לקרוא את הבליעה של הצבע בספקטרופוטומר- ככל שהבליעה יותר חזקה, כמות החומצה האמינית הייתה גבוהה יותר. מתקבל בסוף גרף שנותן אינפורמציה על הרכב חומצות האמינו:

Answer 24

זיהוי החומצה האמינית ה נ' טרמינלית. זו החומצה האמינית הראשוננה בשרשרת ניתן לזהות אותה על ידי חיבור החומצה האמינית הראשונה לסמן כימי בקשר קוולנטי. לאחר מכן עושים הידרוזליזה לקשרים הפפטידים ומתקבלת תערובת חומצות אמינו. ניתן לזהות את החומצה האמינית הראשונה כי היא קשורה לסמן.

Answer 25

שיטת אדמן. מוסיפים לתמיסה רכיב כימי בשם פניל-איזו-טיציאנט ( PTH ), שנקשר בקשר קוולנטי לחומצה האמינית הראשונה ומסמן אותה. כאשר משנים את ה- pH הוא גורם לשבירת הקשר הקוולנטי בין החומצה האמינית הראשונה לחומצה האמינית השנייה בלבד, ואז החומצה הראשונה בשרשרת משתחררת וניתן לבחון אותה בשיטות כרומוטוגרפיות ולגלות את זהותה. התהליך יחזור על עצמו עם החומצה האמינית הבאה, עד אשר נזהה את כל חומצות האמינו. זו השיטה היחידה שממש נותנת את הרצף. היעילות של השיטה היא מאוד גבוהה אבל אינה 100% - קורה שהחומצה האמינית הראשונה לא משתחררת. התהליך נעשה כך שיש המון מולקולות חלבון בבת אחת בתמיסה, ואם היעילות לא הייתה 100% , ה- PTH לא יחתוך את החומצה האמינית הראשונה בכולן, אלא בכ- 98% מתוכן. לכן ב- cycle הבא, כאשר אותן חומצות שלא נחתכו בסבב הקודם כן יחתכו, הן יהיו שונות מאשר חומצות האמינו האחרות שנחתכו באותו ה- cycle , ויתקבל זיהום. הזיהום הולך ועולה ככל שה- cycles מתקדמים. השיטה מתברר כיעילה לריצוף שרשראות של כ- 60 חומצות אמינו. חלבונים בגוף מורכבים מעשרות אלפי חומצות אמינו ולכן יש צורך לחתוך אותו לשרשראות קצרות כדי לרצף אותו.

Answer 26

ציאנוגן ברומיד- חותך אחרי מתיונין טריפסין - חותך אחרי ליזין וארגנין כימו טרפסין - חותך אחרי חומצות אמינו ארומטיות כלוסתריפיין - חותך אחרי ארגנין

Answer 27

חותכים את הפוליפפטיד פעמים עם שתי טכניקות לראות את החפיפה בין שתי טכניקות שונות במקביל. מתקבל סט שונה של חיתוכים בשתי צורות החיתוך. אח"כ עושים overlaapping השיטות, ומשם מרכיבים את הרצף המקורי. דוגמא לתהליך בעמוד 18 בסיכום

Answer 28

מוצאת במדוייק את המשקל המולקולרי של המולקולה

Answer 29

אנזימים מזרזים ריאקציות פי מיליון מהקצב הטבעי בו הריאקציה הייתה מתבצעת. האנזימים מאוד ספציפיים לסובסטרט שלהם (כמו שטריפסין למשל חותך רק אחרי ליזין וארגנין). נעשית עליהם הרבה בקרה על מנת שלא תתבזבז אנרגיה

Answer 30

אנזימים יכולים להמיר סוג אחד ששל אנרגיה לסוג אחר של אנרגיה. למשל המרת אנרגיית שמש לאנרגיית ATP

Answer 31

האתר הפעיל שלו

Answer 32

מבחינת גודל, האתר הפעיל לא מהווה חלק גדול מהאנזים, אבל מכיוון שהוא האיזור החשוב, שאר מבנה האנזים תומך בו. רצף החומצות אמינו שמרכיבות את האתר הפעיל לא קרוב, אבל בזכות הקיפול המרחבי ששל האנזים, החומצות אמינו מתקרבות זו לזו וכך מרכיבות יחד את האתר הפעיל. עוצמת הקשר עם הסובסטרט היא חלשה. הקשר הפיך. בדרך כלל קשרי ואן דר ואלס או קשרי מימן. ההתאמה המרחבית לסובסטרט היא שמאפשרת את הקשרים הללו. מבחינת הצורה, לאתר הפעיל יש צורה של שקע

Answer 33

1. יצירת קומפלקס אנזים-סובסטרט 2. שלב קטליטי (יצירת התוצר)

Answer 34

לא. לאנזים יש מהירות מקסימלית מסויימת בו כל האתרים הפעילים תפוסים

Answer 35

מוריד אותה

Answer 36

1. אם מודדים את מהירות הריאקציה בתחילת התגובה, כאשר עדיין אין תוצרים, התגובה השניה (של פירוק הקומפלקס אנזים-סובסטרט לתוצר) אינה הפיכה 2. שלב יצירת הקומפלקס אנזים-סובסטרט הוא הרבה יותר מהיר מהשלב הקטליטי. מכך נגזר כי השלב קובע המהירות הוא השלב הקטליטי. 3. הקומפלקס אנזים סובסטרט ES נוצר מהר מאוד וכמותו לא משתנה במהלך הריאקציה, בעקבות השיווי משקל שיש לו עם E+S

Answer 37

כאשר כל האנזים קשור לסובסטרט: Vmax=k2\*Etot Etot: ריכוז סך הכל האנזים הכללי (סך הכל אנזים בכלי) k2: קבוע מהירות של התגובה השניה, של יצירת התוצר מהקומפלקס אנזים סובסטרט

Answer 38

באופן כללי ששתי משוואות מתארות את מהירות האנזים לפי כמות הסובסטרט.

Answer 39

נסתכל על המשוואה השניה. כאשר ריכוז הסובסטרט מאוד גדול, הערך של Km יהיה קטן ממנו בהרבה ואפשר יהיה להזניח אותו. במצב זה ריכוז הסובסטרט יצטמצם ונשאר עם: V=Vmax שזה בדיוק מה שאנחנו רוצים. נסתכל על מצב הקיצון השני, בו יש מעט מאוד סובסטרט. נוכל להזניח את כמות הסובסטרט. ונקבל משוואה שהיא קשר לינארי בין V ל Vmax זה אכן מה שאנו מקבלים בתחילת הגרף

Answer 40

Km הוא ריכוז הסובסטרט בו מהירות התגובה היא חצי מהמהירות המקסימלית. לכן, Km משמש מדד לריכוז הסובסטרט בו האנזים יהיה יעיל. מתחת לריכוז זה ששל הסובסטרט, האנזים לא יהיה יעיל גם אם ריכוז האנזים יהיה מאוד גבוה

Answer 41

גבוהה יותר. המשמעות היא ששצריך מעט סובסטרט כדי שהאנזים יגיע לחצי מהפעילות

Answer 42

המשמעות היא יעילות האנזים. ככל ש Kcat גבוה יותר קצב יצירת התוצר מקומפלקס האנזים סובסטרט יותר מהיר, וככל ש Km יותר נמוך האפיניות של האנזים לסובסטרט יותר גבוהה. היחס הזה נקרא specificity constent

Answer 43

עמוד 26-27

Answer 44

מעכב הפיך ל Km החדש קוראים Km apperant מכיוון שהוא לא באמת ישתנה. אבל זה יראה לנו כאילו הוא השתנה

Answer 45

עיכוב הפיך

Answer 46

מדובר בעיכוב הפיך

Answer 47

מעכב לא הפיך

Answer 48

לא הפיך

Answer 49

הפניצילין מעכב את האנזים הבקטריאלי גליקופפטיד-טרנספפטידז. האנזים עובד על ידי יצירת cross linking בין שרשראות פפטידיות שהן חלק מדופן התא, ובלעדיו החיידקים לא יכולים לבנות את הדופן. החיידקים בונים כל הזמן את הדופן- גם בעת החלוקה וגם בזמן הגדילה, וללא הדופן הם מתים, כי אין להם הגנה מהסביבה. פניצלין הוא מעכב בלתי הפיך- הוא דומה לאחד הסובסטרטים של האנזים, ונכנס בקלות לאתר הפעיל, שם יוצר קשר קוולנטי עם האתר הפעיל של גליקופפטיד-טרנספפטידז. אותו קשר הופך את האנזים ללא פעיל, לכן פנצילין נחשב למעכב התאבדות (כי האנזים משתתף בריאקציה שהופכת אותו ללא פעיל). לתיאור סכימה של מבנה תא חיידק, ותיאור פעילותו של האנזים ופעילותו של פניצילין, ראו תמונה

Answer 50

באופן כללי, ה PH האופטימלי בו אנזים יעבוד יהיה דומה ל PKR של חומצת אמינו שנמצאת באתר הפעיל שלו. פירוט בתמונה

Answer 51

זוהי משפחת אנזימי פרוטאזה שמבקעים קשרים פפטידים ובאתר הפעיל שלהם יש סרין. לכל אנזים במשפחה יש ספציפיות לקשרים פפטידיים אחרים. שלושת הסרין פרוטאזות הם: טריפסין, כימוטריפסין, אלסתאז. טריפסין חותך אחרי חומצה אמינית חיובית ארגנין או ליזין. כימוטריפסין אחרי חומצה אמינית ארומטית.

Answer 52

התשובה ל1 - בתמונה 2.לא. הן צריכות להיות קרובות זו לזו מרחבית, אבל לא ברצף חומצות האמינו. לאחר קיפול החלבון הן יהיו קרובות.

Answer 53

הם משפיעים על ה Km אם הם מעכבים הם יעלו אותו ואם הם מזרזים הם יורידו אותו. הם לא משפיעים על ה Vmax

Answer 54

הוא מורכב מיחידות קטליטיות ויחידות רגולטוריות. הן קורות זו לזו מרחבית אך נפרדות בתפקיד. האנזים מורכב מ12 שרשראות פוליפפטידיות, החלק הרגולטורי מורכב מ3 יחידות, כלאחת מורכבת מ2 שרשראות. החלק הקטליטימורכב משתי יחידות כל אחת מורכבת מ3 שרשראות. הדומיין החיצוני של היחידות הרגולטוריות הוא שיוצר את הקשר עם המזרזים/מעכבים. האלוסטריות נובעת מכך שתת היחידות הרגולטוריות נוגעות בתת היחידות הקטליטיות, וכך שינוי ברגולטורי יגרור שינוי בקטליטי

Answer 55

הוא דומה לסובסטרט שלו, אך האנזים לא יכול לעבוד עליו. לכן הוא רק נקשר לאתר הפעיל ונשאר שם. אנו רואים שכשהוא נקשר המבנה של האנזים משתנה, הוא נפתח (מאפשר היקשרות של יותר סובסטרטים)

Answer 56

הערה- לקרוא מה שכתוב פה אחרי עיון בתמונה לגבי האנזים ATCase ניתן לראות שהוא עובד לפי המודל המתואם, שכן כמות החלקים שהיו בקונפורמציית ר' הייתה גדולה מכמות התת היחידות שקושרות סובסטרט

Answer 57

באמצעות בקרה אם אנזים עיכול נוצר בלבלב, אסור שהוא יפעל עד שיגיע למעי. אם הוא מופעל משום מה בלבלב יזהה אותו המעכב שלו. לדוגמא, לטרפסין יש מעכב שנקרא pancreatic trypsin inhibitor הוא נמצא בלבלב ויקשר לטרפסין אם יזהה אותו שם במצב פעיל. אלפא אנטי טריפסין הוא דוגמא למעכב של אנזים אחר שנקרא אלסטאז. זהו אנזים שמשתתף בתהליך דלקתי, הוא מפרק רקמות חיבור. כשיש יותר מידי ממנו בדם הוא יכול לפרק רקמות במקומות לא רצויים, כמו בריאות. ברגעים כאלו המעכב חשוב