Zelfstudie 1 tot 17 Flashcards
1
Q
Welke vormen zijn er van de subunits?
A
tense of relaxed, bij tense is er weinig affiniteit voor het substraat. Bij relaxed is er een hoge affiniteit voor het substraat.
2
Q
Wat is het verschil tussen allostere enzymen en niet-allostere enzymen?
A
Allostere enzymen hebben meerdere actieve zijdes. De niet-allostere enzymen lopen met 1 boog en de allostere enzymen lopen meer in een s vorm.
3
Q
Hoe bereken je Vmax en Km?
A
1/Vmax is het cijfer op de y-as bij x = 0. Km is het cijfer op de x-as bij y = 0.
4
Q
Wat is irreversibele en reversibele remming?
A
Irreversibele remming: binden sterk aan een enzym en zijn permanent. Reversibele remming: binden niet zo sterk aan het enzym en is dus omkeerbaar.
5
Q
Hoe werkt een irreversibele remmer?
A
Deze remmer bindt aan het enzym en verandert de vorm van het enzym. Hierdoor kan hij het substraat niet meer goed binden.
6
Q
Wat zijn competitieve remmers en niet competitieve remmers?
A
Competitieve remmers binden op de plaats van het substraat. Niet competitieve remmers binden op een ander deel van het enzym, maar maken het enzym kapot.
7
Q
Wat is het effect van competitieve remmers en niet competitieve remmers op de Vmax en Km?
A
Bij competitieve remmers blijft de Vmax gelijk er is een andere Km. Bij niet competitieve remmers blijft de Km gelijk, maar de Vmax is anders.
8
Q
Hoe kan de enzymactiviteit gereguleerd worden door middel van kleine moleculen?
A
Deze kleine moleculen kunnen als reversibele remmer werken.
9
Q
Hoe ziet het celmembraan eruit?
A
Bekijk plaatje in de zelfstudie.
10
Q
Wat is de voornaamste bouw van membraanlipiden?
A
Een hydrofiele kop van choline, fosfaat, glycerol en een hydrofobe staart.
11
Q
Waardoor is een membraan vloeibaar?
A
In de staarten van membraanlipiden zitten dubbele bindingen daardoor gaat de staart scheef staan.
12
Q
Welke soorten transporteiwitten zijn er?
A
- Integraal: zitten helemaal door het membraan heen
- Perifeer: liggen op het membraan of zitten vast in het membraan met een staart
- Cytosolair: los van het membraan
13
Q
Welke soorten transportprocessen zijn er?
A
transport via kanalen of transport via transporters
14
Q
Wat is het verschil tussen actief en passief transport door het membraan?
A
Voor actief transport is er energie nodig of een andere stof (daarbij is indirect ook ATP nodig). Bij passief transport kan de stof gewoon door de transporter heen.
15
Q
Hoe komt het dat kanalen heel specifiek voor bepaalde stoffen
zijn?
A
Omdat ze een bepaalde vorm hebben waar niet alle moleculen inpassen.
16
Q
Wat zijn de verschillen tussen ion-kanalen en carriers?
A
Door kanalen kunnen ionen makkelijk, maar door transporters moet de receptor van vorm veranderen.
17
Q
Hoe wordt glucose door het membraan van een dierlijke cel verplaatst?
A
Daar zijn Na+ en K+ kanalen voor nodig. Eerst gaan 3 Na de cel uit met ATP en 2 K+ de cel in. Dan is er buiten de cel een grotere plus ladingen. Zo kan Na met glucose de cel in.
18
Q
Hoe werken kalium en natrium ion pompen?
A
Er gaan drie Na+ naar buiten en 2 K+ naar binnen met ATP.
19
Q
Hoe ontstaan transporteiwitten?
A
Doordat eiwitten conformatieveranderingen aan gaan.
20
Q
Welke 4 groepen chemische hormonen zijn er?
A
- hormonen gemaakt uit vetzuren
- hormonen gemaakt uit aminozuren (adrenaline)
- eiwit/peptide hormonen
- steroïde hormonen (cortisol)
21
Q
Welke twee hoofdgroepen receptoren zijn er?
A
intracellulaire receptoren heel selectief en membraanreceptoren
22
Q
Reactiesnelheid enzymen
A
Vo = Vmax [S]/[S]+km
23
Q
Spontaniteit reactie
A
deltaG’ = deltaG0’ + RTLnproduct/substraat
24
Q
PH berekenen
A
PH = Pk + log[base]/[zuur]
25
Wat zijn de functies van eiwitten?
Enzymen, trasport, structurelen eiwitten
26
Waarom zijn buffers belangrijk?
De pH in ons lichaam moet tussen de 7 en 7.8 blijven anders vervallen bepaalde functies in het lichaam.
27
Wat zijn de eigenschappen van enzymen?
Enzymen hebben een actief centrum waar het substraat kan binden. Ze kunnen covalente bindingen verbreken, covalente bindingen vormen en de bindingen veranderen in een molecuul.
28
Is een apolair molecuul hydrofoob of hydrofiel?
Een apolair molecuul is vaak hydrofoob.
29
Hoe zit het met de hydrofobe en hydrofiele zijketens?
Hydrofobe zijketens: apolair, C, H, S.
Hydrofiele zijketens:
polair aminozuur met neutrale zijgroep (hydroxyl, waterstofbruggen, S-H), positief geladen aminozuur met positief geladen zijgroep (NH3), negatief geladen aminozuur met een negatief geladen zijgroep (aspirine zuur, glutaminezuur).
30
Welke rol spelen disulfide bruggen bij de stabiliteit van 3D eiwitten?
Door de aanwezigheid van disulfide bruggen is het eiwit erg stabiel deze bindingen worden niet snel verbroken en als ze verbroken worden zullen ze elkaar snel weer opzoeken om in de oorspronkelijke vorm te gaan.
31
Wat zijn de Km en Vmax van enzymen?
Km = 1/2 Vmax de helft van de actieve centra zijn dan gevuld. Vmax is de maximale snelheid waarmee het substraat wordt omgezet in product.
32
Hoe komt de quataire structuur tot stand?
Dit zijn alle polypeptide die samen een eiwit vormen.
33
Welke chemische bindingen zijn er en wat zijn de verschillen?
Ionbindingen, verschil in landing en ze worden verbroken in water.
Waterstofbruggen, sterker buiten wateren zwakker dan covalente bindingen.
Van der Waals bindingen, polair, ongeladen en sterk onder grote afstanden.
34
Hoe kunnen thermodynamisch ongunstige reactie alsnog verlopen?
Door enzymen die verlagen de activeringsenergie.
35
Wanneer verloopt een reactie spontaan en wanneer niet?
Bij een delta G kleiner dan nul verloopt de reactie spontaan. Bij een delta G groter dan nul dan kan de reactie niet spontaan verlopen.
36
Wat is het verschil tussen een natief en een gedenatureerd eiwit?
Een natief eiwit is op de juiste manier gevouwen. Een gedenatureerd eiwit is ontvouwen.
37
Wat is de structuur van keratine en collageen? Welke rol hebben zij?
Keratine zijn 2 alpha helixen om een aminozuur gewikkeld. Collageen zijn 3 alpha helixen om een aminozuur gewikkeld. Ze zorgen voor stevigheid.
38
Hoe komen alpha helixen en beta sheets tot stand en met welke krachten?
Alpha helix zijn kokers van waterstofbruggen die van 1 naar 5 en van 2 naar 6 lopen. Deze zijn rechtsom gedraaid. Beta sheets zijn ook verbonden met waterstofbruggen.
39
Welke acties zijn betrokken bij de tertiare structuur?
Reacties tussen de restgroepen van de aminozuren. De hydrofobe restgroepen vouwen naar binnen in water omdat ze niet in contact willen komen met het water.
40
Wat is de rol van vitamines en hoe spelen metalen een rol?
Vitamines maken co-enzymen en metalen zitten in het actieve deel van het enzym.
41
Hoe ziet een peptide binding eruit?
O=C-N-H
42
Welke verschillende organisatie niveau's zijn er van eiwitten?
Primair: volgorde van de eiwitten.
Secundair: alpha of beta.
Tertair: vouwen eiwit
Quaternary: de polypeptide samen een eiwit vormen.
43
Wat is de structuurformule van een aminozuur
O=C-O- aan de ene kant
NH3 aan de andere kant
44
Wat is het actieve centrum van een enzym?
Het gebied waar het substraat bindt.
45
Wat is een katabolisme reactie?
Dit zijn reacties die brandstoffen omzetten in bruikbare energie voor de cel.
46
Wat is een anabolisme reactie?
Reacties die energie kosten.
47
Hoe kunnen thermodynamisch ongunstige reacties als nog verlopen?
Als ze gekoppeld zijn aan een thermodynamisch gunstige reactie kan het katabolisme energie geven aan de thermodynamische ongunstige reactie.
48
Wat zijn kinase enzymen?
Dit zijn enzymen die een fosfor groep van ATP kunnen afhalen. Hiervoor hebben ze magnesium nodig.
49
Hoe komt het dat ATP een centrale rol vervult in het metabolisme?
Het is nodig om de reactie op gang te helpen.
50
Wat is de essentie van de glycolyse?
Bekijk zelfstudie document.
51
Welke enzymen moet je reguleren in de glycolyse om de snelheid aan te passen?
De irreversibele enzymen
1. hex-kinase
2. fosfofructokinase
3. pyruvaat kinase c
52
Wat kost gluconeogenese aan energie en hoe wordt dit gecompenseerd met de glycose?
Glyconeogenese kost 6 ATP glycose levert 2 ATP op er is dus nog 4 ATP nodig door de verbranding van vetzuren.
53
Wat is glycogeen en wat is de functie?
Glycogeen is een vorm waarin glucose kan opgeslagen worden in het lichaam. Het zorgt voor snelle energie.
54
Hoe verloopt de gluconeogenese?
Bekijk plaatje zelfstudie.
55
Waarom is glycogeen vertakt?
Zo neemt het molecuul minder ruimte in en zo kan het enzym sneller stukjes van glucose afbreken.
56
Wat is het pentosefosfaatpad?
Dit zijn alternatieve manieren om glucose af te breken.
57
Wat is het verschil tussen NADH en NADPH?
Bij NADPH zit er er een extra fosfaat groep aan.
58
Wat zijn de 2 functies van het pentosefosfaatpad?
NADPH en ribose-5-P maken.
59
Welk verband is er tussen het pentosefosfaatpad en de glycolyse?
Bij de glycolyse wordt vooral ATP gemaakt bij PPPad worden andere brandstoffen gesynthetiseerd. Er wordt wel ATP gebruikt van de glycolyse maar dit wordt op een NAPD+ molecuul gezet in plaats van een NAD+.
60
Hoe wordt de gluconeogenese en de glycolyse gereguleerd?
Bekijk plaatje zelfstudie.
61
Wat is de rol van de krebscyclus in het lichaam?
De krebcyclus zorgt ervoor dat pyruvaat verder kan worden opgenomen in het mitochondrium en kan worden afgebroken in een ander proces. Ook zorgt het voor een kleine hoeveelheid energie en bouwstenen voor bijvoorbeeld aminozuren. Ook wordt er van NAD NADH gemaakt 3 keer en van FAD wordt FADH2 gemaakt.
62
Hoeveel CO2, ATP, NADH en FADH levert de krebscyclus op?
1 ATP, 3 NADH, 1 FADH en 2 CO2
63
In welk opzicht vervuld de Krebscyclus een centrale rol in het geheel van de cellulaire stofwisseling?
De krebscyclus zorgt ervoor dat er veel elektronen in de vorm van NADH of FADH2 komen.
64
Wat zijn de biosynthetische functies van de krebscyclus?
De krebscyclus zorgt voor bouwstenen voor aminozuren, purines, chlorophyl en vetzuren.
65
Hoe werkt de elektronen transportketen van de oxidatieve fosforylering?
Plaatje schrift.
66
Wat zijn de “opstapplaatsen” van NADH en FADH2 in de oxidatieve fosforylering en
wat zijn de consequenties ervan voor de hoeveelheid te vormen ATP?
NADH bij complex I en FADH2 bij complex II. Bij NADH wordt er meer ATP gemaakt dan bij FADH2 omdat er bij FADH2 geen H+ door het membraan wordt gepompt. Bij NADH 2,5 ATP bij FADH2 1,5 ATP.
67
Hoe komt bij de oxidatieve fosorylering de protonengradient tot stand?
Doordat de electronen complex I, III, IV actief maken worden en H+ door de membranen heen gepompt.
68
Hoe werkt de ATP synthese?
Er is nu in de cel een groot aantal H+ atomen aanwezig de cel wil dit graag stabiel houden dus de H+jes stromen door de ATP-synthese naar buiten het mitochondrium waar van ADP ATP wordt gemaakt.
69
Wat is de functie van de protonengradiënt algemener is dan ATP synthese?
Voor energie zorgen in een cel.
70
Op welke manier worden ATP en ADP door het mitochondriale
binnenmembraan heen getransporteerd?
Bekijk het plaatje.
1. H+ gaat door a
2. C draait met de klok mee
3. gamma draait tegen de klok in
4. beta verandert van vorm
71
Wat is ademhalingscontrole?
Dit betekend dat het verbruik van ATP de snelheid van substraatverbruik reguleert.
72
Hoe wordt ademhalingscontrole gebruikt?
Door een hoge concentratie ATP zal er minder zuurstof nodig zijn.
73
Hoe zorgt ademhalingscontrole ervoor dat het substraatgebruik gekoppeld is aan het energieverbruik?
Via de protonen gradient.
74
Hoe komt fysiologische ontkoppeling tot stand en wat is de functie?
De functie is het genereren van warmte, dit doen ze door te zorgen dat er geen ATP van ADP wordt gemaakt. Zo blijft er veel energie over wat niet gebruikt kan worden wat dan uiteindelijk warmte wordt.
75
Hoe kunnen er in een cel vrije radicalen ontstaan?
Als er bij de ATP synthese maar 1 elektron wordt doorgegeven blijft er 1 O met radicaal over.
76
Wat is het gevaar van vrije radicalen?
Ze zijn zo gevaarlijk voor de cel omdat ze enzymen, membraanlipiden en nucleïnezuren beschadigen.
77
Welke soorten hormonen zijn er?
1. hormonen gemaakt uit vetzuren
2. gemaakt uit aminozuren
3. eiwit/peptide hormonen
4. steroide hormonen
78
Welke twee soorten receptoren heb je bij transductiepaden?
1. intracellulaire receptoren
nucleare receptoren, stikstofmonoxide, heel selectief
2. membraanreceptoren
zeventransmembraan, dimeric trekken kinase aan, dimeric hebben zelf kinase
79
Wat zijn de voordelen van transductiepaden?
Verstereken een signaal, er kan worden gereguleerd of het pad aan of uit staat, paden kunnen convergeren of paden kunnen divergeren
80
Welk verdedigingsmechanisme tegen radicalen is aanwezig in de cel?
De belangrijkste is het enzym superoxide dismutase. Dit enzym vangt superoxide radicalen door twee radicalen om te zetten in waterstofperoxide en moleculaire zuurstof.
superoxide dismutase: 2 *O2- + 2H+ → O2 + H2O2
De waterstofperoxide die gevormd wordt door superoxide dismutase (en in andere processen) wordt weggevangen door het enzym catalase dat het omzet in water en moleculaire zuurstof.
catalase: 2H2O2 → 2H2O + O2
Peroxides worden ook onschadelijk gemaakt door het enzym glutathion peroxidase
dat gereduceerd glutathion gebruikt als reducerend agens. glutathion peroxidase: 2 GSH + RO-OH → GSSG + ROH + H2O
Het gevormde geoxideerde glutathion (GSSG) wordt daarna weer gereduceerd door glutathion reductase dat daar NADPH als electronenbron voor gebruikt.
81
Waarom vind de energieopslag plaats in de vorm van TAG?
De TAG moleculen hebben ene hoge energiedichtheid.
82
Hoe worden vetzuren geactiveerd?
Door er een CoA groep aan te plakken.
83
Hoe komen geactiveerde vetzuren intramitochondriaal?
Door de Carnitineshuttle, waar de acyl aan cartine bindt en zo door het membraan heen getransporteerd kan worden. Zodra het molecuul door het membraan heen is worden ze weer los van elkaar gekoppeld.
84
Hoe worden vetzuren door middel van de beta-oxidatie afgebroken?
Van acylCoA wordt er elk rondje door de beta-oxidatie 2 koolstof atomen afgehaald dit kan doorgaan tot er allen nog maar acetyl-CoA over is.
85
Hoe gaat de glycolyse over naar de krebscyclus?
Pyruvaat wordt acetylCoA daarbij komt een CO2 molecuul vrij en 2 elektronen.
86
In welke stap van de Krebscyclus wordt de ATP gevormd?
Als er van succinyl-CoA succinate wordt gemaakt.
87
Waar wordt de krebscyclus gereguleerd?
Bij isocitraat als er veel ADP is wordt de cyclus gestimuleerd net als als er weinig ATP is of NADH. De cyclus wordt ook gereguleerd bij alfaketoglutarate hier wordt de cyclus geremd bij een hoge concentratie van ATP, CoA of NADH.
88
Wat zijn de namen van Complexen van de oxidatieve fosforylering?
Complex I: NADH-Q oxido-ructase
Complex III: Q-Cytochrome C Oxide-reductase
Complex IV: Cytochrome C Oxidase
89
Wat is het nuttige rendement in termen van ATP opbrengst per slag van de β-oxidatie en per gevormd acetyl-CoA?
Bij 1 slag beta-oxidatie wordt 1 FADH2 gevormd en 1 NADH wat weer in de oxidatieve fosforylering gebruikt kan worden om 4 ATP te maken.
90
In welk opzicht verschillen synthese en afbraak van vetzuren van elkaar?
De afbraak gaat via de beta-oxidatie en de synthese gaat via krebscyclus.
91
Wat zijn de verschillende functies van cholesterol?
Cholesterol zorgt voor de opbouw van cellen en organen en de aanmaak van hormonen.
92
Hoe werkt de synthese en afbraak van ketonlichamen?
De ketonlichamen worden gemaakt uit acetyl-CoA en gevormd tot Acetone, hieruit worden uiteindelijk de betonlichamen gemaakt. De afbraak kan overal in het lichaam gebeuren zelfs in de hersenen omdat ketonlichaamen zich goed kunnen oplossen in water.
93
Wat is de rol van ketonlichamen in het metabolisme?
Keton lichamen kunnen ook voor energie zorgen in het lichaam als er super veel AcylCoA in het lichaam aanwezig is.
94
Wat gebeurt er met de aminozuren die niet gebruikt worden voor de eiwitsynthese?
Die worden gebruikt voor de ureumcyclus
95
Hoe verloopt de reactie van aminotransferase?
Een aminotransferase zorgt ervoor dat een aminogroep van een aminozuur naar een ketozuur wordt verplaatst.
96
Hoe passen de afbraakproducten van het koolstofskelet in de stofwisseling?
Van een aminozuur kunne 7-tal eindproducten, namelijk pyruvaat, acetyl-CoA, acetoacetyl-CoA, α-ketoglutaraat, succinyl-CoA, fumaraat en oxaloacetaat waar vooral het koolstofskelet van belang voor is. Deze eindproducten zijn heel erg belangrijk voor verschillende metabole processen.
97
Wat gebeurt er met een afgekoppelde aminogroep?
Daar wordt ureum van gemaakt.
98
Hoe worden afgekoppelde aminogroepen getransporteerd naar de plaats van ureumsynthese?
Met CO2 als carbamoylphosphate.
99
In welk orgaan vinden de laatste stappen van het metabolisme van de
aminogroep plaats?
In de lever.
100
Hoe werkt de ureumcyclus?
Pyruvaat kan worden omgezet in alanine (en vice versa) met behulp van alanine
aminotransferase.
Oxaloacetaat kan reversibel omgezet worden in aspartaat met behulp van aspartaat
aminotransferase, waarbij glutamaat als aminodonor fungeert. α-ketoglutaraat kan omgezet worden in glutamaat met behulp van glutamaat
dehydrogenase en vrije ammonium-ionen.
101
Hoe verloopt de reactie van glutamaat dehydrogenase en wat is de functie van deze reactie in de stofwisseling van aminozuren?
De aminogroep wordt van glutamaat afgehaald en er wordt ureum van gemaakt in de ureumcyclus.
102
Wat is het verschil tussen een essentieel of niet-essentieel aminozuur?
Een essentiële aminozuren kan je lichaam zelf niet aanmaken, niet essentiële aminozuren kan je lichaam wel zelf maken. Zoogdieren kunnen 11 van de 20 aminozuren zelf maken.
103
Wat is het verschil tussen glucogene en ketogene aminozuren?
Het belangrijkste verschil tussen glucogene en ketogene aminozuren is dat de glucogene aminozuren tijdens hun katabolisme pyruvaat of andere glucose-voorlopers produceren, terwijl ketogene aminozuren tijdens hun katabolisme acetyl CoA en acetoacetyl CoA produceren.
104
Wat is TAG?
Triacylglycerol zijn esters van glycerol en 3 vetzuurstaarten.
105
Wat zijn in de cel de lotgevallen van glucose 6-fosfaat, pyruvaat en acetyl-CoA?
Glucose-6-phosphate kan glucose, ribose of pyruvaat worden. Pyruvaat kan lactaat, acetylcoa ook oxaloacetate worden. En acetyl CoA wordt gebruikt in de krebscyclus, betaoxidatie, vetzuursynthese, vetzuurafbraak en de ketogenese.
106
Waarom kan vet wel worden omgezet in koolhydraten maar vetzuren niet?
107
Welke stoffen de verschillende weefsels (hersenen, spier en lever) oxideren voor hun energievoorziening?
Hersenen: kunnen alleen maar op glucose draaien hebben geen eigen glycogeen voorraad. Bij langdurig vasten kunnen ook ketonlichamen als brandstof dienen. Spieren: Glycogeen en vetzuren. Lever: Glucose, lipoproteine, ketonlichamen en lipogenese.
108
Wat is de rol van de lever in het energiemetabolisme van de andere weefsels (hersenen en spieren)?
Voor de hersenen is het van belang dat er genoeg glucose aanwezig is dus bij een laag glucose gehalte kan de lever glycogeen omzetten in glucose.
109
Wat is rol van insuline, glucagon en adrenaline in het energiemetabolisme van een organisme?
Als er te veel glucose aanwwezig is in het lichaam wordt er glycogeen van gemaakt zodat het kan worden opgeslagen. Glucagon zorgt dat glycogeen weer glucose wordt zodra het glucose gehalte heel laag is en adrenaline
110
Wat is er bijzonder aan de glucosevoorziening van een herkauwer?
Die kunnen nog een ander substraat gebruiken voor de gluconeogenese namelijk propionaat.
111
Wat zijn de fysiologisch belangrijke grondstoffen voor de gluconeogenese en waar komen ze vandaan?
Pyruvaat vanuit lactaat en de kerbscyclus en Phosphoenolpyruvaat vanuit oxaloacetaat vanuit de krebscyclus.
112
Waarom kan een alfa helix een optimale secundaire structuur vormen als transmembraandomein?
Door de alfa helix structuur staan alle zijgroepen van de aminozuren naar buiten. In het transmembraandomein zijn alle zijgroepen hydrofoob waardoor de alfa helix een hydrofoob kararkter heeft en een interactie kan aangaan met het membraan.
113
