Vprašanja Iz Skripte Flashcards
Kaj je dipolni moment
Vektorska količina, katere velikost je enaka produktu naboja in vektorju razdalje med nabojema.
Kaj je proton hop?
Prehod protona s hidronijevega iona na molekulo vode in posledično nastanek novega hidronijevega iona.
Kaj nam poda absorpcijski koeficient, kaj Henryjev zakon in kaj Raoultov zakon?
- Koliko plina se pri standardnih pogojih raztopi v 1l tekočine
- Topnost plina (ki je sorazmerna parcialnemu tlaku)
- Kako se parni tlak spreminja zaradi prisotnosti topljenca
Katere vrste VDW vezi poznamo?
Orientacijske, disperzijske, indukcijske
Kaj nam pove aktivnost?
Aktivnost predstavlja efektivno molarno koncentracijo (pove, kakšen delež molekul/ionov v 1l raztopine reagira z drugimi delci)
Kaj so pufri?
- Vodni sistemi, ki se upirajo spremembi pH (ponavadi poliprotične kisline)
- pufer sestavljata: šibka baza + njena konjugirana kislina & šibka kislina + njena konjugirana baza
- Biatvo pufranja: pretvorba iz močne baze/kisline v šibko bazo/kislino
O čem govorijo 3 zakoni termodinamike?
- 1: vpelje entalpijo, ki je pri stalnem p in T enaka toploti, govori tudi o endo in eksotermni reakciji
- 2: vpelje entropijo, ki je merilo za stopnjo neurejenosti, govori o reverzibilnih in ireverzibilnih procesih
- 3: govori o entropiji idealnega kristala pri absolutni ničli
Kaj je kemijski potencial?
Potencial, ki nam pove spremembo proste entalpije ob dodatku snov v zmes.
Kaj je oksidoredukcijski potencial
Mera za afiniteto vezave elektronov
Naštej in opiši teorije o hitrosti kemijskih reakcij.
- Arrheniusova teorija (Vpliv T in Ea na hitrostno konstanto)
- Teorija trkov (upoteva še sterične razmere)
- Teorija prehodnega stanja (Nastanek aktiviranega kompleksa)
S čim se ukvarja stereokemija in kako jo delimo?
- Ukvarja se s preučevanjem različnih razporeditev kovalentnih vezi - izomerijo
- Izomerije delimo na strukturne in stereoizomerije, ki se naprej delijo na konformacijsko in konfiguracijsko izomerijo
Opredeli naslednje molekule konfiguracijske izomerije: enantiomeri, diastereoizomer, epimer, mezomer, prokiralna molekula, cis-/trans-izomer.
enantiomeri= kiralni molekulo, ki druga drugi predstavljata zrcalno sliko
diastereoizomer=se razlikuje pri večih, a ne vseh skupinah
Epimer= razlika le v eni funkcionalni skupini
Mezomer= molekule z notranjo ravnjo simetrije (niso aktivni)
prokiralna molekula= zaradi zamenjave 1 skupine postane kiralna
cis-/-trans= 2 obliki geometrijskih izomerov
Na kaj delimo biokemijske reakcije?
- adicije (vode, nukleofilne), eliminacije, izomerizacije
- tvorbe/cepitve C-C vezi (reakcije citoskeleta)
- prenos funkcionalnih skupin
- oksidoredukcije
- radikalske reakcije
Na katere skupine delimo aminokisline?
- nepolarne z alifatskimi radikali (G, A, P, V, L, I, M)
- polarne z nenabitimi radikali (S, T, C, A, G)
- z aromatskimi radikali (P, T, T)
- s poz. nabitimi radikali (L, A, H)
- z neg. nabitimi radikali (A, G)
Kako delimo reakcije aminokislin
- Reakcije na alfa C-atomu (aminacije in deaminacije, transaminacije, dekarboksilacije, racemizacije)
- Reakcije na radikalih (oksidoredukcijske reakcije na cisteinu, oksidacjie, hidroksilacije, kondenzacije, metilacije)
Naštej 5 spojin, ki nastanejo iz peptidov.
Peptidni hormoni, peptidni nevrotransmiterji, endorfini (in enkefalini), peptidni antibiotiki, toksini.
Do katerih vrst izomerizacij prihaja pri monosaharidih?
- Pretvorba iz ketoze v aldozo in obratno
- Epimerizacija aldoz na C2
S katerimi reakcijami lahko dobimo derivate monosaharidov?
- Izomerizacije (izomeraze, dobimo epimere ali pretvarjamo med ketozami in aldozami),
- fosforilacije (pod vplivom MgATP in kinaz),
- dekarboksilacije (zmanjšajo število C-atomov, dobimo ketoze),
- aldolne kondenzacije (dodajamo C-atome, nastane enolatni ion in nato še aldol),
- retro aldolne kondenzacije (cepitev vezi med 2 C-atomoma),
- trans ketolacije (s pomočjo TPP, prenos keto skupine s ketoze na aldozo),
- trans aminacije (s pomočjo PLP, dobimo imin, lahko tudi amin),
- acetilacije (pod vplivom CoA, dobimo npr. N-acetilglukozamin)
Kako nastane glikozidna vez disaharidov?
S kondenzacijo, pred katero se OH zamenja z boljšo izstopajočo skupino (npr. UDP), pri tem pa se lahko spremeni alfa/beta konfiguracija.
Katere homopolisaharide poznas?
- Škrob / amiloza in amilopektin (iz D glukoz z alfa povezavami),
- glikogen (iz D glukoz z alfa povezavami),
- celuloza (iz D glukoz z beta povezavami),
- hitin (iz N-acetilglukozaminov z beta povezavami),
- hitozan (iz N-glukozaminov z beta povezavami),
- dekstran (iz D glukoz z alfa povezavami),
- pektin (iz D-galakturonske kisline z alfa povezavami),
- inulin (iz D fruktoz z beta povezavami).
Katere heteropolisaharide poznaš?
- Glikozaminglikani: Hialuronska kislina, hondroitinsulfat,, keratansulfat, heparin, heparansulfat, dermatansulfat
- Peptidoglikani: proteoglikani, glikoproteini, glikolipidi
Opiši osnovne lastnosti glikozaminglikanov.
-So nerazvejani heteropolisaharidi
So eni glavnih sestavin vezivnih in opornih tkiv
-Sestavljeni so iz dimerov, kjer je en monomer N-acetilglukozamin/galaktozamin, drugi pa je običajno kislinski derivat.
- predstavniki: hialuronska kislina, hondroitinsulfat, keratansulfat, heparin,heparansulfat, dermatansulfat
Kako delimo lipide glede na biološko vlogo?
Na skladiščne (TCG in voski), na strukturne (fosfolipidi, sfingolipidi, steroli) in na biološko aktivne (steroidi, lipidotopni vitamini, eikozanoidi)
Kako se nasičene MK razlikujejo od nenasicenih?
Imajo visje talisce in tvorijo vec Van der Walsovih vezi, imajo samo enojne vezi in se v kristalu bolj tesno zlagajo.
Kako delimo membranske lipide?
Na fosfolipide (glicerofosfolipidi, sfingolipidi, etrski lipidi?) in na glikolipide (glikosfingolipidi)
Opiši pot prenosa signala s fosfatidil inozitol 4,5-bisfosfatom.
Vezava liganda - odcepitev alfa enote trimernega G proteina - aktivacija fosfolipaze C - cepitev PI-3P - nastanek DAG in IP-3 - IP-3 izloca Ca - DAG in Ca aktivirata protein kinazo c - fosforilacija tarčnih proteinov
Na kaj delimo steroide?
- steroli
- žolčne kisline
- vit D
- hormoni nadledvicne zleze
- spolni hormoni
- sinteticni steroidi
Opiši delovanje žolčnih kislin.
- V jetrih se povežejo z glicinom/tavrinom
- Iz njih in delno iz holesterola nastanejo soli kislin, ki se izločajo v žolč
- Skupaj z žolčem se izločijo v dvanajstnik
- Združitev molekul, soli kislin emulgirajo lipide (TAG) in povečajo površino za delovanje lipaz
- Razgradnja TAG na maščobne kisline in monoacilglicerole
- Nastanek mešanih micelov, ki se prenesejo skozi membrano enterocitov
- 95% soli se reabsorbira v jetra in žolčnik, ostale se izločijo
Kaj so glavne vloge lipidotopnih vitaminov in iz česa nastanejo?
- A (iz beta-karotena): sodeluje v vidnem ciklu, kot hormon vzdržuje homeostazo epitelijskih celic)
- D (iz 7-dehidroholesterola): uravnava absorpcijo kalcija in mineralizacijo kosti, kot hormon uravnava izražanje genov
- E (tokoferoli in tokotrienoli): antioksidant
- K (filokinoni in menakinoni): koencim glutamat karboksilaze, ki ima vlogo v strjevanju krvi
Kaj so eikozanoidi?
So avtokrini ali parakrini hormoni, ki nastanejo iz arahidonske kisline v razlicnih tkivih. Imajo vlogo v reprodukciji, vnetnem odzivu, vrocini, bolecini, krvnih strdkih,…
Glavne lastnosti dusikovih baz (ki omogočajo različne prostorske strukture nukleinskih kislin)?
So sibke kisline, so aromatske, planarne, heterociklicne, imajo delokalizirane elektrone, obstajajo v razlicnih tautomernih oblikah, tautomere pri ph 7 omogocajo tvorbo vodikovih vezi, najpogosteje se parijo po crick-watsonu
Katera molekula je prekurzor pirimidinskih in katera purinkih dusikovih baz?
Pirimidini- orotinska kislina
Purini- 5-fosforibozilamin
Kakšne konformacije lahko zavzamejo nukleozidi in kako nastanejo?
- Konformaciji syn- in anti-
- Rotacija okoli N-glikozidne vezi
(- lahko tvori fosfoestrsko vez na mestih 2, 3 in 5)
Fiziološke vloge nukleotidov?
- sestavine DNA in RNA
- Prenos energije
- sklapljanje anabolizma in katabolizma
- aktivacija CO2, HCO3, metilnih skupin
- tvorba kemijskih vezi
- pretvorba v cAMP
Katere koencime in prosteticne skupine poznas? Opiši jih.
- TPP (iz vitamina B1, koencim dekarboksilaz in transketolaz),
- FAD in FMN ( iz vitamina B2, elektronska prenašalca, prostetični skupini v dehidrogenazah)
- NAD+ in NADP+ ( iz vitamina B3, elektronska prenašalca)
- CoA, (iz vitamina pantotenske kisline, osrednji koencim metabolizma)
- Vitamin H/biotin, (koencim karboksilaz, biosinteza maščobnih kislin in nekaterih AK)
- PLP, (iz vitamina B6, koencim transaminaz, vklujčen v dekarboksilacije)
- THF, (iz vit B9, metabolizem AK in NK)
- Metilkobalamin, (iz vit B12, biosinteza metionina, vit je vklučen v metabolizem celic)
- Vit C, (antioksidant, posttranslacijska hidroksilacija prolina v kolagen)
Kaj DNA polimeraza potrebuje za svoje delovanje?
Magnezijeve ione, ki so kofaktorji encima.
Razlike med globularnimi in fibrilarnimi proteini?
GLOBULARNI PROTEINI:
terc. struktura iz več različnih sek.
hidrofobni ostanki v notranjosti, hidrofilni zunaj
kvartarna struktura je dinamična
topni v vodi
funkcija: transport, regulacija DNA, obramba, kataliza, signalizacija
FIBRILARNI PROTEINI:
terc. struktura iz ene same sek.
hidrofobni ostanki so v notranjosti in zunaj kvartarna struktura je statična
netopni v vodi
funkcija: struktura, opora
Keratin vs. kolagen?
Keratin:
desnosučna alfa vijačnica, ki gre v levosučno ovito vijačnico, ki jo stabilizirajo hidrofobne in ionske interakcije, keratinske filamente stabilizirajo disulfidne vezi, strukturna funkcija v citoskeletu, laseh, nohtih, koži
Kolagen:
levosučna prolinska vijačnica, ki gre v desnosučno trojno vijačnico/tropokolagen, stabilizirajo jo hidrofobne in vodikove vezi, kolagenska vlakna stabilizirajo kovalentne vezi, strukturna funkcija zunajceličnega matriksa
Katere dva pojava se zgodita pri vezavi liganda na protein (hemoglobin, mioglobin)?
inducirano prilagajanje, alosterični efekt (če je protein iz večih podenot), pozitivna kooperativnost
Kaj je vzrok za nastanek hemoglobinopatij in kaj za nastanek talasemij?
Hemoglobinopatije: mutacija v genu za verigo -> sprememba strukture/funkcije HB
Talasemije: napaka v regulacijskih regijah genov -> manjša količina/odsotnost verige
Naštej kovalentne modifikacije histonov in opiši, kako vplivajo na aktivnost gena DNA.
- acetilacije Lys (odprta konformacija)
- metilacije Arg/Lys (zaprta konformacija)
- fosforilacije Thr/Ser (odprta konformacija)
3 glavne domene TF?
- DNA vezavna domena
- domena za interakcijo z drugimi TF
- transaktivacijska domena
Klasifikacija encimov in primeri.
- oksidoreduktaze -dehidogenaze, oksidaze, peroksidaze, oksigenaze
- transferaze (prenos funkcionalnih skupin) -transaminaze, transketolaze, kinaze, acil in metil transferaze
- hidrolaze (prenos skupin na vodo) -esteraze, glikozidaze, peptidaze in amidaze
- liaze (katalizirajo tvorbo vezi brez dodatne E ATP) -karboanhidraza, aldolaza
- izomeraze (intramolekularne oksidoreduktaze) -UDP-glukoza-4-epimeraza, fosfotrioze/heksoze izomeraze
- ligaze (katalizirajo tvorbo vezi z energijo ATP) -glutamin sintetaza, piruvat karboksilaza
Kaj je Michaelisova konstanta?
Vrednost, ki ustreza koncentraciji substrata, ko velja, da je hitrost enaka polovični maksimalni hitrosti. Pove nam tudi afiniteto encima do vezave substrata.
Tipi in vplivi encimskih inhibitorjev.
- kompetitivni inhibitorji (povečajo Km encima-znižajo afiniteto, ne vpliva na Vmax)
- akompetitivni inhibitorji (zniža Km, zniža Vmax)
- mešana inhibicija (zniža Vmax, spremeni se tudi afiniteta encima) *posebna vrsta: nekompetitivna inhibicija (vpliv le na Vmax)
Mehanizmi encimske katalize
- kislinsko-bazična kataliza (formacija katalitične triade)
- približevanje in orientacija
- kovalentna kataliza (hidroliza p-nitrofenilacetata s kimotripsinom)
- elektrostatska kataliza (enolaza)
- kataliza z induciranim prilagajanjem (heksokinaza)
Načini uravnavanja encimske aktivnosti?
- uravnavanje koncentracije encima z biosintezo encima
- aktivacija encima s proteolitičnim razcepom
- sinteza inhibitorjev proteolitičnih encimov
- alosterična modulacija encimske aktivnosti
- kovalentne modifikacije encima
Načini regulacije celičnega metabolizma?
- Zakon o delovanju mas
- Tekmovanje za skupen substrat
- Alosterična inhibicija in aktivacija
- Kovalentna modifikacija encimov
- Izoencimi
- Hitrost beljakovinske razgradnje
Kakšne vloge imajo apolipoproteini?
- Določajo tarčna tkiva lipoproteinom
- Aktivirajo encime metabolizma lipidov, so esencialne strukturne komponente lipoproteinov
Katere so poti prenosa lipidov z lipoproteini?
- eksogena pot (transport zaužitih proteinov)
- endogena pot (pretvorba VLDL v LDL)
- reverzna holesterolna pot (prevzemanje odvečnega holesterola)
Katere so značilnosti prenašalnih proteinov?
stereospecifičnost, saturacijska kinetika, hitrost prenašalcev je manjša od hitrosti difuzije
Naštej vrste prenašalnih proteinov in primere.
- prenašalci iz družine GLUT (GLUT1, GLUT4)
- kloridni/hidrogenkarbonatni izmenjevalec (prenos CO2 do pljuč)
- črpalke: ATP-aze tipa P (kalcijeva črpalka, natrij-kalijeva črpalka), tipa V, F črpalke (F0F1 ATP-aza)
- ABC transporterji (CFTR)
- sekundarni aktivni transporterji (natrij-glukozni simporter)
Naštej metode preučevanja proteinov.
- Kromatografija (za ločevanje komponent zmesi)
- Tankoplastna kromatografija/TLC (ločevanje manjših molekul/metabolitov)
- Tekočinska kromatografija
- Ionska izmenjevalna kromatografija (po razlikah v naboju)
- Gelska filtracija (glede na razliko velikosti)
- Afinitetna kromatografija (glede na afiniteto do vezave liganda)
- Poliakrilamidna gelska elektroforeza/NaDS PAGE (čistost proteinov)
- NaDS 2D-PAGE (glede na naboj in maso)
- masna spektrometrija (ločevanje, detekcija, zaporedje aminokislin)
- Rentgenska difrakcija (3D struktura proteina)
- Proteinske mreže (masovna identifikacija proteinov)
Naštej metode preučevanja NK.
- gelska elektroforeza
- kapilarna elektroforeza
- verižna reakcija s polimerazo (PCR)
- DNA mikromreže
