Vorlesung 2 Regulation by Sequence specific DNA-Binding Proteins (STF))

Question 1

Sequence Specific DNA Binding Proteins (STF)

Answer 1

Bindet an die cis- Elemente:
-Registrierung von Signalen
-Übermittlung von Signalen an die RNA Pol, den Mediator-Komplex und das Chromatin
-Mehr als 2000 werden durch das humane Genom kodiert.
Aktiviert und represst die Transkription.
in abhängigkeit von Chromatin assoziierten Proteinen

Question 2

Wie werden die DNA Binding Domains stabilisiert,

Answer 2

Durch Dimerisierung, Durch Kurze alpha-Helix und Betta Faltblattstrukturen

Question 3

Wo bindet die DNA Binding Domains

Answer 3

hauptsächlich in die große Furche der DNA durch alpha helix, da sie gut in die Furche reinpasst

Question 4

Welche DBD gibt es

Answer 4

Helix turn Helix
Zinkfinger
Leucin Zipper

Question 5

Helix turn Helix Motive

Answer 5

Besteht aus Zwei Alpha Helices, die über einen kurzen Betta Faltblattstiel aus AS verbunden sind,

Die Bindungsequenzen sind Palindrom: Sie sind aus zwei invertierten, spiegelbildlich angeordneten Sequenzen in Zwei Aufeinderfolgenden Großen Furchen der DNA

Bindet an die Große Fruche der DNA

Question 6

Zink (2+) Finger Mtive

Answer 6

Zinkfinger 30 AS lange Proteindomäne

Meist Bestandteil von Transkriptionsfaktoren und Steroidhormonrezeptoren

Zink als Zentralatom mit vier Liganden Verbunden:
Zinc-Cys2-His2
Zinc-Cys4
Zinc2-Cys6

Bildet Dimer und bindet Alpha Helix in der großen Furchen der DNA

Zinkelemente sorgen für Ausrichtung der Erkennungshelix bindet selbst aber nicht an die DNA

Die AS na den Positionen 1,3 und 6 in der Helix interagieren jeweils 3 Nukletiden auf dem Kodierenden Strang der DNA und die AS Pos. 2 Mit dem Komplementärstrang über Hydrophobe Interaktionen.

Question 7

Reparatur mechanismen durch Endonukleasen

Answer 7

Homologe Reparatur:

• Rekombination durch überlappende Sequenzen
• Zwischen der genomischen DNA und eingebrachten homologen Sequenzen

Nicht-homologe Reparatur (Non homologous end-joining repair)

• Reparatur durch zelleigene Proteine
• Zufällige Fehler entstehen(Deletionen/Insertionen)

Nicht-Homologe Reparatur Insertion (Non homologous integration and repair)

• Reparatur durch Zelleigene Proteine
• Fremdsequenzen werden inseriert

Problem:

1. Unspezifität
2. Mangelnde Effizienz

Question 8

Leucin-Zipper Motive

Answer 8

Name durch regelmässiges Vorkommen von Leucine alle 7 AS in d. Alpha Helix.

Durch seq. Anordnung sind alle hydrophoben Leucine an einer Seite der Alpha Helix angeordnet und diese seite führt zu reissverschlussartiger zusammenlagerung.

dient lediglich als dimerisierungsvermittler

Question 9

Helix-loop-Helix Motiv

Answer 9

Proteindomäne besteht aus zwei alpha helices + schleife.

Hetero oder Homodeimerisierung mit Partner

Längere alpha helices ausgehen vom Dimerisierungsbereich stellen spezifische DNA Kontakte her

DNA-Bindung über Betta Faltblattstruktur